總結(jié)性生化ii之分子專輯

1、01-編者作為一個對有機化學、01-編者作為一個對有機化學、分子機理以及構(gòu)效關(guān)系有著強的人，習生化時可能不會只從各種生化途徑入手。不管如何，分子也算是一種角度。該“專輯”走的明顯不是嚴格的學術(shù)路線，而是希望盡能把編者認為的生化有趣好玩的一面展示給讀者。視其為一本花邊志，于復習苦悶之余，翻翻無妨。鑒于編者能力有限，知識性錯誤所難免，歡迎指正。 1LaCategoraTPP(thiaminepyrophosphate) 硫胺焦磷酸biotin 生物malonyl-CoA 丙二酰輔酶LaCategoraTPP(thiaminepyrophosphate) 硫胺焦磷酸biotin 生物malonyl-

2、CoA 丙二酰輔酶PLP(pyridoxalphosphate) 磷酸吡哆carbamoylphosphate 氨基甲酰磷lipoate 硫辛VB12(VitaminB12,cobalamin) 維生素B12，鈷胺porphyrin 卟ylpyrophosphate) 磷酸核糖焦磷I(hypoxanthine) 次黃嘌THF(tetrahydrofolate) 四氫葉 LaCategorae) 雙氯乙quinolone 喹諾actinomycinD 放線菌素icin 利福flurouracil 氟尿嘧2LaCategoraTPP(thiaminepyrophosphate) 此物是維生素（又叫

3、硫胺素抗腳氣病維生等等）的衍生物。說到維生素 LaCategoraTPP(thiaminepyrophosphate) 此物是維生素（又叫硫胺素抗腳氣病維生等等）的衍生物。說到維生素 B1，曾經(jīng)用來做安息香縮合（分子縮合為羥基苯乙酮）的催化劑。想想機理就知道 B1 上噻唑 CH 酸性對親核進攻羰基起了大作用。關(guān)于雜環(huán)氫原子酸的親核進攻在酶催化機理上的重要作用，還可參見羅老師生化 I 部的chymotrypsin（糜蛋白酶）中的那兩個重要的 His & Asp residue，處不再廢話TPP 在生化反應中的作用類似，在醛酮等羰基化合物的生成和裂解應中發(fā)揮作用。回憶 TPP 在哪些酶中出現(xiàn)過PD

4、H 酸脫氫酶）見 -ketoglutarate dehydrogenase（-酮戊二酸脫氫酶）見 前兩個酶都可以歸納為 -酮酸脫氫酶，典型特征為氧化脫羧，產(chǎn)物CoA-SH 活化了的酰基化合物酸脫羧酶）發(fā)酵。這個比較不同一點，因為這并不是氧化脫羧，而只是一次很普通的脫但的確，產(chǎn)物乙醛是羰基化合3biotin 且看生物素的結(jié)生物素在生化書中常被述為一載體，也顯然它就在各種羧化(carboxylase)中扮演極其重要的biotin 且看生物素的結(jié)生物素在生化書中常被述為一載體，也顯然它就在各種羧化(carboxylase)中扮演極其重要的角色了。來看看酸羧化酶）對于這比較復雜酶，千萬沒見過它。于線粒

5、體中，負責酸轉(zhuǎn)化草酰乙酸e)，這么一來呢1，作為 TAC 的補充反應(anaplerotic reaction)，維持草酰乙酸的正供應2，在糖異生(gluconeogenesis)途徑中，作為生成 PEP 途中的一步反（順便提醒諸位，草酰乙酸是不能透過線粒體3，在肥途徑中，作為從線粒體到胞液轉(zhuǎn)運 acetyl-CoA 的檸酸系統(tǒng)的一員，忠實執(zhí)TAC 的第一檸檬酸不過這個時檸檬出來就被運出去啦acetyl-CoA carboxylase(乙酰輔酶 A 羧化酶)途徑。位負malonyl-CoA(丙二酰輔酶 A)*propionyl-carboxylase(丙酰輔酶A 羧化酶)見肥途徑這個酶（但參與

6、的酶不只它一個幫助了丙酰輔酶 A 轉(zhuǎn)化為琥珀酰4酶A(succinyl-CoA)malonyl-CoA 既然提到了它，就順便說說。但這貨絕對不簡1琥珀酸（丁二酸AC）的抑制劑，可以理解成為避免酶A(succinyl-CoA)malonyl-CoA 既然提到了它，就順便說說。但這貨絕對不簡1琥珀酸（丁二酸AC）的抑制劑，可以理解成為避免能量浪費而此策2，肉堿?；D(zhuǎn)移酶 I(carnitine acyltransferase I)（置粒體膜內(nèi)側(cè)這個很好理解抑制分3*，細心的孩子會發(fā)現(xiàn)在肥 轉(zhuǎn)移后又了，所為何故哉？答曰：羧化乃是活化了甲基，使成為更好的親核進攻基團。有中 -二羰基化合物策略亦類似PL

7、P(pyridoxalphosphate) 維生素B6 衍生物，在生化 II 中出場次數(shù)較少ase，參考有機化學)的形式發(fā)揮橋梁作用涉及的酶為所有的 aminotransferase(轉(zhuǎn)氨酶)，機理為不常見的乒乓理 *另外，在嘌一章作為絲氨酸羥甲基轉(zhuǎn)移酶的輔酶，參與了從四氫葉酸到N5,N10-亞甲基四氫葉酸反應的羥甲基的轉(zhuǎn)移5carbamoylphosphate 比較復雜的小分子，但不是輔酶。其現(xiàn)身之處有這也是一尿素循環(huán)和嘧：1，由carbamoylphosphate 比較復雜的小分子，但不是輔酶。其現(xiàn)身之處有這也是一尿素循環(huán)和嘧：1，由肝細胞線粒體內(nèi)，carbamoyl phosphate

8、synthetase 與尿素循環(huán)；2，由體細胞胞液中的 carbamoyl phosphate synthetase ，參嘧。另外說一點廢話。一酶多地、一酶多態(tài)是太常見的現(xiàn)象了，在生化 中可以說是俯拾皆是，例如肌肉己糖激酶（liver hexokinase）vs 肝糖激酶（glucokinase，肌肉糖原磷酸化酶（m-GP）vs 肝糖原磷酸GP lipoate 沙發(fā)棒”(disulfide bond，二硫鍵)了吧要多說一句就是作為輔酶的時候它是羧基連在一個氨基酸側(cè)鏈上的（Lys 等。其實不難猜出這位分子作輔酶的作用了。它在 酸脫氫酶、-dehydrogenase（-酮戊二酸脫氫酶）等 -酮酸氧

9、化酶復合物的 E2 6基(dihydrolipoyl acyltransferase，二氫硫辛酸酰基轉(zhuǎn)移酶)中起到兩作用：電子橋梁和?；d體此外多說一句，硫辛酸近幾年作為抗衰老抗氧化各種基(dihydrolipoyl acyltransferase，二氫硫辛酸酰基轉(zhuǎn)移酶)中起到兩作用：電子橋梁和?；d體此外多說一句，硫辛酸近幾年作為抗衰老抗氧化各種品炒得很火，可自行谷歌(VitaminB12, cobalamin) B12我覺得我必須把維生B12 的結(jié)構(gòu)放上來，看這個分子的在化學史是具有時代意義的。圍繞它的方案，是一群光輝耀眼的字：伍德沃德（有神級利一大堆結(jié)構(gòu)極其復的天然生物活性物質(zhì)霍夫（與伍

10、德沃德同為分子軌稱守恒原理的提出人福井謙一（Fukui Kenichi，前線軌道理論的出人。從生物提取到，如方案適當，成本的下降 有機的文字均為題外好，咱們來看看B12 在生化反應中的作用1，肥酸氧化過程中，B12 作為輔酶參與奇數(shù)碳肥酸的氧化過程methyl-malonyl-CoA mutase(甲基丙二酰輔酶 A 變位酶)中充當輔酶幫助丙酰輔酶A 轉(zhuǎn)化為琥珀酰輔酶A(succinyl-CoA)。值得一提的是7一步中包含基，在生化反應中是極其少見一步中包含基，在生化反應中是極其少見但可惜的是在生化 PPT 中ribonucleotide e(核糖核苷酸還原酶一部分我卻沒有看見 B12 作為輔

11、酶被提及的B12，不過看見基(Tyr*，回憶一下吧)。也許 B12 參與的過程常常伴隨基的產(chǎn)生和消滅，僅為個人猜想，尚需資料驗證porphyrin 不得不說卟啉是一個極其精巧的結(jié)構(gòu)單元，如多地被各種生物分子借用。中間嵌上不同的金離子，殘基被修飾成不同的樣子就能發(fā)揮不同功能（血紅蛋白、葉綠素、細胞色素等等實神奇。在生化 II 中，細胞色素和葉綠素談到較多，可以說說它1，細胞色素(cytochrome) 在生化 II 中，集中接觸它們的地方是在化磷酸化一節(jié)，呼吸鏈上有大量以細胞色素為輔基的蛋白，還有一游動的cyt c。它們中間嵌入一個鐵原子，依靠 Fe(II)和Fe(III)的價態(tài)換傳遞電子注意：

12、其一，它們是單電子載體，因而有必要留意一個叫做 Q 的東西，此處不多說；其二，它們不裝載還原性氫，因而為質(zhì)子出提供了某種可關(guān)于電子在呼吸鏈上各個細胞色素的傳遞順序，列一個（省略了非胞色素的組分8cytb-cytc1-cytc-cytaa3(其實是cyta 和cyta3 的復合體2，葉綠素(chlorophyll) 植物不寫了ylpyrophosphate) 酸5-磷酸核糖經(jīng) ATP 活化而來，呤和嘧啶核苷的重cytb-cytc1-cytc-cytaa3(其實是cyta 和cyta3 的復合體2，葉綠素(chlorophyll) 植物不寫了ylpyrophosphate) 酸5-磷酸核糖經(jīng) AT

13、P 活化而來，呤和嘧啶核苷的重。1，參與形成核苷酸中的糖組分。需要注意的是：嘌呤中作，連接上各種基團最后成環(huán)；嘧中，則是先獨立出嘧啶環(huán)，最后通過一部反應連接上PRPP2，另外，在補途徑(salvage pathway)中，PRPP 作為磷酸供可以在腺嘌呤磷酸核糖轉(zhuǎn)移酶(adenine yltransferase)化下將腺嘌呤磷酸化為。I(hypoxanthine) 甚為重要的一種稀有堿基，黃嘌呤少了一個羰基的弟，在嘌呤代謝以及蛋白質(zhì)中都有比較重要出場。來看看它如何登場的1，IMP（inosate，也稱為肌苷，即次黃嘌呤核苷酸）嘌呤中的首個具有完整嘌呤環(huán)的化合物。后續(xù)步驟列如下從 GTP 活化的

14、天冬氨酸(Asp)處得氨基，被NAD+氧化為 XMP（黃嘌呤核苷酸）經(jīng) ATP 活化后從谷氨酰胺9處得氨基而成 GMP這里很明顯看出A,G 兩種嘌呤的剪不斷理還亂的關(guān)系，當然對應的也存在各種交叉抑制，此處略2，處得氨基而成 GMP這里很明顯看出A,G 兩種嘌呤的剪不斷理還亂的關(guān)系，當然對應的也存在各種交叉抑制，此處略2，其X（Xanthine，黃嘌呤）是嘌呤分解代謝必經(jīng)。經(jīng)G而至經(jīng)I 而至X到一個比較奇嘌呤氧化酶(xanthine oxidase)，既催化 I 氧化為X，又催化X 氧化尿酸(uric acid)，最終轉(zhuǎn)變?yōu)槟?，I 作為子的第一位，以通過雙鍵的互變異構(gòu)實現(xiàn)擺動配對，與 A,C,

15、U 均能形成氫鍵注意形成的均為兩個氫鍵，因可以預計是欠穩(wěn)定的THFtetrahydrofolate) 第一遍看生化的時候，因為它的字實在是太長了，我完全沒有留這分子，直到看到它若干次重現(xiàn)我才發(fā)現(xiàn)它絕對不能被省略掉它的衍生物在嘌和蛋白中都被提1，先來個溫和點的，N10-甲酰四氫葉酸(N10-作為甲識得嘌呤環(huán)上的字樣吧沒錯，這formate 就是它給的2，同時呢，N10-甲酰四氫葉酸在細菌中作為甲?；w負責將Met-tRNA 甲酰fMet-tRNA，從而起始位點(initiation2，同時呢，N10-甲酰四氫葉酸在細菌中作為甲?；w負責將Met-tRNA 甲酰fMet-tRNA，從而起始位點

16、(initiationsite)3，另外，四氫葉酸的另一個具有更長名字的衍生物，N5,N10-亞甲四氫葉酸N10-methylenetetrahydrofolate)能作為電子和甲基供體，參與。所以呢，它也是催化 的酶胸腺嘧核苷 se)的輔酶題外話，經(jīng)典藥物磺胺(sulfonamide)的作用機理、巨幼紅細胞性的成因等等，也與葉酸衍生物的代謝有關(guān)，有意可自。S-腺苷甲硫氨酸锍鹽，常見的甲基供體，在生化 II 中的 RNA 修飾中出場，作用RNA 轉(zhuǎn)錄開始后使 5-端的新加上的鳥嘌呤甲基化。LaCategorae) 小分子，大作用出于某種機理，此分子強烈抑制 pyruvate dehydroge

17、nase 酸脫氫酶激酶)，而變相激LaCategorae) 小分子，大作用出于某種機理，此分子強烈抑制 pyruvate dehydrogenase 酸脫氫酶激酶)，而變相激活 酸脫氫酶)在生化的世界里有句話常被提到“每一個直接參與代謝過程的背后，都站著一個冷笑的激酶”，不禁讓我回想起 MAPKKK的故廢話完了，DCA 有這么是可以了解的1，醫(yī)治乳(lactic acidosis)。可以認為是藉由大，減弱無氧發(fā)酵；但這樣的解釋未免太過勉強2，治療腫瘤。生化中并未提及，可之氧化磷酸化、光合磷酸化物 引起內(nèi)窒息。經(jīng)典，不多說 傳遞鏈。注意它另一方面還干擾紅細胞攜氧而引起低 傳遞鏈。注意它另一方面還

18、干擾紅細胞攜氧而引起低氧血癥 ，也是流的用一?？勺⑸涮妓釟溻c堿化血液促進排除而解毒DNP 2,4-解偶聯(lián)劑。憑借自身親脂而又是弱酸的性質(zhì)，壞線粒體內(nèi)膜內(nèi)外的質(zhì)子梯度。曾一度被用作減肥藥，后因其毒性大而停用valinomycin 纈氨霉化I中便認識了的，屬于離子載(ionophore)，通過攜帶鉀離子穿梭過膜而反抗跨膜電勢梯度thermogenin 生熱素 解偶聯(lián)蛋白的一種，大量存在于褐色脂肪組e)中。對產(chǎn)熱貢獻很大，有生理意義quinolone 抗生素大軍的一大主力。作用目標撲異構(gòu)酶(topoisomerase)，造成 DNA 螺旋無法解開（DNA 亂麻解不開，夠諾氟沙星的結(jié)的妨礙細。特別之處在于它細菌的質(zhì)粒傳導耐