培訓(xùn)班五、無參轉(zhuǎn)錄組上機(jī)

1、2014年072014年0722Trinity是由theBroadInstitute開發(fā)的轉(zhuǎn)錄組denovoTrinity是由theBroadInstitute開發(fā)的轉(zhuǎn)錄組denovo將上一步生成的contigs聚類，然后對(duì)每個(gè)類構(gòu)建deBruijn處理這些deBruijn圖，依據(jù)圖中reads和成對(duì)的reads$perlTrinity.pl-seqTypefqleft*_1.fq$perlTrinity.pl-seqTypefqleft*_1.fq-right*_2.fqoutdir-min_contig_length100-paired_fragment_lengthreads的類型：(c

2、facfqfaorread 1的文件名read2-min_contig_length 輸出的最短的contig長(zhǎng)度。默認(rèn)為 Trinity組裝很占內(nèi)存及空間，一般，2G以內(nèi)包括2Gcleandata，415G足夠；若cleandata大于2G內(nèi)存要設(shè)大于15G,4G以上就要大于20Ga1;40total_counts:52410Seed:9K:a1;40total_counts:52410Seed:9K:25：k-merk-merc0_g1_i1len=2071path=53:0-c0_g1_i1len=2071path=53:0-表示該集合下1序列長(zhǎng)度4545$ s.pl 與接近于本物種或近

3、緣物種的$ s.pl 與接近于本物種或近緣物種的的AsssemblyProperty(relativeSequenceAveN50ReadsGCN50ReadsGCAsssemblyProperty(relativeSequenceAveN50ReadsGCN50ReadsGCSAsssemblyProperty(relativeSequenceAveN50ReadsGCN50ReadsGCSAsssemblyProperty(relativeSequenceAveN50ReadsGCN50ReadsGCBLAST，全稱BasicLocalAlignmentBLAST，全稱BasicLocal

4、AlignmentSearchTool，即 多種版本并存，NCBI主推的是$makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -out -$makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -out -選擇建庫(kù)的類型，prot表示蛋白庫(kù)，nucl表示核酸庫(kù)：建庫(kù)以后，做blast比對(duì)的輸入文件就是建庫(kù)所得的文件db.seq.n*者db.seq.p*，而不是原始的FASTA序列如果輸入序列不符合AS格式或者S.出，并報(bào)錯(cuò)：omtdbRRR: Couldnot opn db庫(kù)(2.（果蠅(2.（果蠅查詢序列查詢序列一些過濾選項(xiàng)，包括簡(jiǎn)單重復(fù)序列，

5、人類組中的重一些過濾選項(xiàng)，包括簡(jiǎn)單重復(fù)序列，人類組中的重匹配情況，score，e匹配情況，score，e$blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db -outfmt 6 -evalue 1e-5 _seqs 10 -8-比對(duì)的數(shù)學(xué)期望值。E，$blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db -outfmt 6 -evalue 1e-5 _seqs 10 -8-比對(duì)的數(shù)學(xué)期望值。E，最小為0，默認(rèn)的e值為10-db-與已知數(shù)據(jù)進(jìn)行同源性搜索，通常設(shè)定”-e_seqs：-num_threads： 線程數(shù)-輸出文件格式，

6、總共有12種格式，6是tabular式生成生成bin、data、doc三個(gè)makeblastdb .exe$ blastx -query seq.fasta -out seq.blast.xml -db nr -5 -evalue 1e-5 _seqs 5 -num_threads $ blastx -query seq.fasta -out seq.blast.xml -db nr -5 -evalue 1e-5 _seqs 5 -num_threads GO(Gene Ontology)GO分為三大類生物過程GO(Gene Ontology)GO分為三大類生物過程分子功能細(xì)胞組分Blast2goBlast2go結(jié)果導(dǎo)出：FileExportExportionsExport結(jié)果導(dǎo)出：FileExportExportionsExportKEGG(KyotoEncyclopediaofGenesGenomes)KEGG(KyotoEncyclopediaofGenesGenomes)：KAAS(KEGGion分分：$makeblastdbin-input_type$makeblastdbin-input_type$blastxqueryTrinity.fastadbeggnogv4