重建系統(tǒng)發(fā)育樹方法

重建系統(tǒng)發(fā)育樹1多重序列比對將待比對的序列以fasta格式保存，利用clustalx2.1或MEGA中的clustalW軟件進行多序列比對。2保守區(qū)的選擇將1得到的序列提交Gblock在線服務(wù)器(http:〃www.phylogeny.fr/one_task.cgi2task_type二gblocks)，得到保守區(qū)的序列.fasta，并通過MEGA軟件將其轉(zhuǎn)換為.nex；3核昔酸替換飽和度檢測用DAMBE軟件驗證替換飽和。只要比較ISS和ISS.c值大小及顯著與否，即可。當ISS小于ISS.c且p=0.0000(極顯著)，就說明沒序列替換未飽和，可以建樹。4核昔酸替換模型的選擇在進行系統(tǒng)發(fā)育分析過程中，建樹序列的進化模型選擇是至關(guān)重要的一步，尤其對進化模型敏感的ML法和BI法。通過MrMTgui軟件選擇核酸替代模型。4.1安裝PAUP、ModelTest(或MrModelTest)軟件，然后再安裝MrMTgui軟件。配置MrMTgui，分別設(shè)置PAUP、ModelTest和MrModelTest路徑。win-paup4b4a.exe 2013/7/914:32 程序,■5win-paup4bl0-tensole.exe 2CQ6/1/1C14:15 應(yīng)用程序

4.2運行PAUP點擊RunPaup,選擇2中.nex文件。

當模型參數(shù)值計算完畢，程序會提示是否立即啟動分析，選擇“否”，先保存scores文件。然后選擇“，…?，運行MrModeltest,就得到模型數(shù)據(jù)了。一種是基于hLRT標準選擇的模型，另一種是基于AIC標準選擇的模型，一般選擇AIC標準。3.3添加模型參數(shù)，添加到建樹的文件.nex。4使用PAUP軟件重建ML樹將用AIC標準選擇的模型直接拷貝到Nexus文件的最后。|p.veBicatuiD_XYX20110815021ACAACTTCCCTCrAGATTTAGCTTCTGTTGAAGCT3CTTC二GTAMTGGTTAATKTTTAGTT&TAATTTTqTT&TTTTAAAYnATRTAMATAGGATAACfACTTGMAAATAATGaCCTTAi；GGCT7TAAT"CCT^GGTCATTATTTTCTATTTAGrGC-mTCAA7AAATGGC二GACGTGGCCAaGTGGaTT.\AGGCAGTP.ve3icatum_m2011(i815041ACAACTTCCCTCrAGATTTAGCTTCTG7TGAACCT?CTTC?GTAA.\TGGT7AArA7TTTAGTTATA?.TT7TArTATTTTm\TTATATAAAATAGGATMCMCTTGAAAAArAATGACCTTAGGGCT7TAAT7CCTA/lGGTCATTATTTTCTATTTAGrGGAA.\TCAA7AAATGGCJGACGTGGCCAaGTGGaTTW-GCAGTer.d;BEGIMFAUP；LsetBaE==l.O.35780.12220.0980)Nst=27Ratio=2.0223F.ates=ganmaSkape=C.2416Pinyar=0;EMj：參數(shù)設(shè)置:setcriterion=likelihood轉(zhuǎn)化為似然法。outgroup12 .設(shè)定外類群bootstrapnreps=1000keepall=yesbrlens=yes此命令設(shè)定循環(huán)次數(shù)為1000次（具體次數(shù)可根據(jù)實際情況自定），保存枝長。describetrees1/plot二bothbrlens=yes此命令設(shè)定了描述樹的方式，即phylogram和cladogram均顯示，顯示枝長。最后用savetreesfrom=1to=1000保存樹。5貝葉斯樹5.1在Nexus文件的最后加入一個MrBayesblocko（MEGA輸出Nexus格式文件不能被Mrbayes識別，因此要進行修改）_2|psbA-trnH-LneHU5-記事本***文件舊解舊格式好I查看田幫助〔Hi_#NEKJS -二Till=]begintax&;diner.sionsntax=3f;+ op.pIQbr：/mi_=apillai'e_YU1^21Br,/mi_argenteum_Y7J20110^120P.acuturo.WYF20091D185P.acuturoLY201207D5018P.acit]Tr_TTJ20090')12P.acutuin_WYF2011091S6P.ac.it-.iir_YGS20110?033end;begincharacters;|dilLci.iluJiLs1i-LclL=￡0S,fuiiutL1亂=3上培一7 一—.uaLdiclit_L-.dilily^c-iiLiclcjtide,rratrix61-幾口_二*山ar已_丫f」1B521ATAATTrOCCTCTAGATrT^GCTTCTGTTGMGCTCCTTCTGTMACAGTTAATATrTrTGT?ATMTnTAT7C?TAT.JW.TIA7ACA.kMT^GGATUCA.\CTT^A?JVLTAATGACCTTAAG弦nTAGTTCCTAAGGTCATTKTnTCATTTAATAMMTGAATAAGTGGCkACGTGG工心GTGGATTAAGGIAGT-記事才:matrixBrvriincapillareYYT16521打A.ATTT匚匚匚TCTaCATTT齪匚TTCTCTT匚心服H」tct二TAAK解TTAaTATTTTTCTTATAAT二TT上TTCTTATAAaATTATA二AAXATkCC上工業(yè)「AACTTaA^AAaTWATC也CCTr/AGGA7TrAG7TCCT.\AGGT；AT7AriTTTCATnAATWA\ATGA.\TAAGrC-GCGGAC3TGGCCAAjTGGAriMGGCAjTend;BEGINHRMg□itgroupBryun_capillare_YYJ15521;oitsroupBrvunarsen:ejirYY.-2J11C912J:I..HF十n^t=2THtF￡=E?lTnTlH；Prceictatefreqpr-cirishlet、L1,1^0；mLirengen_1COOOprin7frcq-100□□inplcfrcc-10)r.chain3-4tcirp_0.1savebr1cns-；Tcj;匚5_mLL.uliLypc=alLt-.ullipaLLullil11=2D,EMD; -

5.2運行mrbayes.exe,在命令行界面中輸入轉(zhuǎn)換或者修改的Nexus文件，點擊回車，最后生成*.tre,即最終的BI樹。用Figtree查看生成.tre在運行1000代后都會顯示Averagestandarddeviationofsplitfrequenciesoa.當這個值＜0.01時，說明兩次運行的結(jié)果差異顯著，Convergence已經(jīng)達到，這時可以輸入no終止運行；這個值＜0.05也可以，但不能＞0.05.b.當這個值＞0.01時，說明兩次運行的結(jié)果差異不顯著，可以輸入yes，并輸入繼續(xù)運行的代數(shù)，直至上述值＜0.01為止。

注：NEXUS文件，一般有兩種格式：一種是interleaved，一種是noninterleaved，兩者可以在PAUP中實現(xiàn)互相轉(zhuǎn)換。建樹或進行模型選擇時，推薦使用non-interleavedNEXUS格式。打開PAUP,輸入下列命令即可將interleaved格式轉(zhuǎn)為non-interleaved格式。exportfile=data.nexformat二nexusinterleaved=no;下圖的data為序列名稱，根據(jù)實際序列而定：II.11/XI.I—TGTGGcGCc-H-H-H|i]DisplayII.11/XI.I—TGTGGcGCc-H-H-H[TiatchesstateinfirsttaxonriUTE:FhlUF*doesnotsupporttheLodebEtcomniand. 11hasbeeriskipped-訃小抬Skippinq-C