蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化以鐮刀型紅細(xì)胞貧血癥為例正常成人血紅蛋白是由兩條α鏈和兩條β鏈相互結(jié)合成的四聚體，α鏈和β鏈分別由和個(gè)氨基酸順序連結(jié)構(gòu)成。鐮狀細(xì)胞貧血患者因β鏈第位氨基酸谷氨酸被纈氨酸所代替，形成了異常的血紅蛋白（，），取代了正常血紅蛋白（），在氧分壓下降時(shí)分子間相互作用，成為溶解度很低的螺旋形多聚體，使紅細(xì)胞扭曲成鐮狀細(xì)胞（鐮變）。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化以鐮刀型紅細(xì)胞貧血癥為例正常成人血1課程工具下載地址：(擴(kuò)展名改)(擴(kuò)展名改)課程工具2課程內(nèi)容蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)介常見(jiàn)的蛋白質(zhì)相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)三維結(jié)構(gòu)可視化練習(xí)()課程內(nèi)容蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)介3蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測(cè).從氨基酸組成辨識(shí)蛋白質(zhì).蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè).蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測(cè).從氨基酸組成辨識(shí)蛋白質(zhì)4蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件5考慮氨基酸理化性質(zhì)時(shí)注意的主要因素：側(cè)鏈基團(tuán)的大小，和疏水性。常根據(jù)氨基酸側(cè)鏈的疏水性進(jìn)行分類(lèi)考慮氨基酸理化性質(zhì)時(shí)注意的主要因素：側(cè)鏈基團(tuán)的大小，6

7蛋白質(zhì)的生物功能由蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)所決定，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)成為了解蛋白質(zhì)功能的重要途徑蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)分為:二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)空間結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的生物功能由蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)所決定，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)成為了8二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)在一定程度上二級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)可以歸結(jié)為模式識(shí)別問(wèn)題在二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方面主要方法有：立體化學(xué)方法圖論方法統(tǒng)計(jì)方法最鄰近決策方法基于規(guī)則的專(zhuān)家系統(tǒng)方法分子動(dòng)力學(xué)方法人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率超過(guò)的第一個(gè)軟件是基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的系統(tǒng)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)在一定程度上二級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)可以歸結(jié)為模式識(shí)別問(wèn)題9通過(guò)對(duì)多種蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn)各種氨基酸在不同二級(jí)結(jié)構(gòu)中出現(xiàn)具有偏好：α螺旋：具有長(zhǎng)側(cè)鏈的氨基酸如、、和β折疊：β碳原子處有分支的側(cè)鏈如，，和在螺旋和折疊中出現(xiàn)都不適宜也很少出現(xiàn)在螺旋和折疊中和常出現(xiàn)在β轉(zhuǎn)角中通過(guò)蛋白質(zhì)的氨基酸序列預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)可以達(dá)到％的準(zhǔn)確率通過(guò)對(duì)多種蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn)各種氨基酸在不同二級(jí)結(jié)構(gòu)中出現(xiàn)具10蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)：：蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)：11蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)（瑞士日內(nèi)瓦大學(xué)）蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)容包括序列及功能信息、蛋白識(shí)別、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)及其他功能蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)包括所有蛋白質(zhì)序列，及其翻譯產(chǎn)物序列蛋白質(zhì)序列信息資源庫(kù)（美、德）

蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)（瑞士日內(nèi)瓦大學(xué)）蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)12蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，美國(guó)國(guó)家實(shí)驗(yàn)室管理生物大分子三維空間結(jié)構(gòu)原子坐標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)（），包含了從獲取的實(shí)驗(yàn)確定的生物高聚物結(jié)構(gòu)分子模型數(shù)據(jù)庫(kù)（）英國(guó)醫(yī)學(xué)研究會(huì)（）劍橋分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)。包含描述蛋白質(zhì)域的家族、超家族、折疊、等級(jí)等信息。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，美國(guó)國(guó)家實(shí)驗(yàn)室管理生物大分子三維空間結(jié)13蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件14蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件15蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件16蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件17數(shù)據(jù)庫(kù)收集了全世界利用核磁共振，衍射實(shí)驗(yàn)，理論模擬出來(lái)的蛋白質(zhì)和的三維立體結(jié)構(gòu)是全球最重要的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)資料來(lái)源，主要提供的信息有：原子的空間坐標(biāo)，引用文獻(xiàn)，形成的α和β的氨基酸序列，二硫鍵連接模式，與蛋白結(jié)合的，參與生化功能的數(shù)據(jù)庫(kù)18蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件19課堂練習(xí).以人類(lèi)的血紅蛋白亞基為例的展示實(shí)驗(yàn).從數(shù)據(jù)庫(kù)中下載感興趣的文件觀察其蛋白結(jié)構(gòu)模型課堂練習(xí).以人類(lèi)的血紅蛋白亞基為例的展示實(shí)驗(yàn)20:開(kāi)源產(chǎn)生高質(zhì)量三維結(jié)構(gòu)圖像:21

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23蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件24蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件25獲取序列選擇序列格式顯示獲取序列選擇序列格式顯示262023/1/4復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室獲取格式序列2022/12/29復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室獲取格式序列27進(jìn)入日內(nèi)瓦大學(xué)生物分子學(xué)網(wǎng)站

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選擇同源建模服務(wù)器28同源建模服務(wù)器建模自動(dòng)模式聯(lián)盟模式項(xiàng)目模式同源建模服務(wù)器建模自動(dòng)模式聯(lián)盟模式項(xiàng)目模式29自動(dòng)模式建模自動(dòng)模式建模30將以上獲取的序列的 重新建模將以上獲取的序列的31*預(yù)測(cè)模型*與相似的已知結(jié)構(gòu)蛋白的列表*預(yù)測(cè)模型32蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)例：對(duì)正常hemoglobin的序列修改后并預(yù)測(cè)其功能MVHLTPVEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)例：對(duì)正常hemoglobin的序列修改后并預(yù)33蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化以鐮刀型紅細(xì)胞貧血癥為例正常成人血紅蛋白是由兩條α鏈和兩條β鏈相互結(jié)合成的四聚體，α鏈和β鏈分別由和個(gè)氨基酸順序連結(jié)構(gòu)成。鐮狀細(xì)胞貧血患者因β鏈第位氨基酸谷氨酸被纈氨酸所代替，形成了異常的血紅蛋白（，），取代了正常血紅蛋白（），在氧分壓下降時(shí)分子間相互作用，成為溶解度很低的螺旋形多聚體，使紅細(xì)胞扭曲成鐮狀細(xì)胞（鐮變）。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化以鐮刀型紅細(xì)胞貧血癥為例正常成人血34課程工具下載地址：(擴(kuò)展名改)(擴(kuò)展名改)課程工具35課程內(nèi)容蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)介常見(jiàn)的蛋白質(zhì)相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)三維結(jié)構(gòu)可視化練習(xí)()課程內(nèi)容蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)介36蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測(cè).從氨基酸組成辨識(shí)蛋白質(zhì).蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè).蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測(cè).從氨基酸組成辨識(shí)蛋白質(zhì)37蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件38考慮氨基酸理化性質(zhì)時(shí)注意的主要因素：側(cè)鏈基團(tuán)的大小，和疏水性。常根據(jù)氨基酸側(cè)鏈的疏水性進(jìn)行分類(lèi)考慮氨基酸理化性質(zhì)時(shí)注意的主要因素：側(cè)鏈基團(tuán)的大小，39

40蛋白質(zhì)的生物功能由蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)所決定，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)成為了解蛋白質(zhì)功能的重要途徑蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)分為:二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)空間結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的生物功能由蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)所決定，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)成為了41二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)在一定程度上二級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)可以歸結(jié)為模式識(shí)別問(wèn)題在二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方面主要方法有：立體化學(xué)方法圖論方法統(tǒng)計(jì)方法最鄰近決策方法基于規(guī)則的專(zhuān)家系統(tǒng)方法分子動(dòng)力學(xué)方法人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率超過(guò)的第一個(gè)軟件是基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的系統(tǒng)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)在一定程度上二級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)可以歸結(jié)為模式識(shí)別問(wèn)題42通過(guò)對(duì)多種蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn)各種氨基酸在不同二級(jí)結(jié)構(gòu)中出現(xiàn)具有偏好：α螺旋：具有長(zhǎng)側(cè)鏈的氨基酸如、、和β折疊：β碳原子處有分支的側(cè)鏈如，，和在螺旋和折疊中出現(xiàn)都不適宜也很少出現(xiàn)在螺旋和折疊中和常出現(xiàn)在β轉(zhuǎn)角中通過(guò)蛋白質(zhì)的氨基酸序列預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)可以達(dá)到％的準(zhǔn)確率通過(guò)對(duì)多種蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn)各種氨基酸在不同二級(jí)結(jié)構(gòu)中出現(xiàn)具43蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)：：蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)：44蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)（瑞士日內(nèi)瓦大學(xué)）蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)容包括序列及功能信息、蛋白識(shí)別、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)及其他功能蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)包括所有蛋白質(zhì)序列，及其翻譯產(chǎn)物序列蛋白質(zhì)序列信息資源庫(kù)（美、德）

蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)（瑞士日內(nèi)瓦大學(xué)）蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)45蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，美國(guó)國(guó)家實(shí)驗(yàn)室管理生物大分子三維空間結(jié)構(gòu)原子坐標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)（），包含了從獲取的實(shí)驗(yàn)確定的生物高聚物結(jié)構(gòu)分子模型數(shù)據(jù)庫(kù)（）英國(guó)醫(yī)學(xué)研究會(huì)（）劍橋分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)。包含描述蛋白質(zhì)域的家族、超家族、折疊、等級(jí)等信息。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，美國(guó)國(guó)家實(shí)驗(yàn)室管理生物大分子三維空間結(jié)46蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件47蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件48蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件49蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件50數(shù)據(jù)庫(kù)收集了全世界利用核磁共振，衍射實(shí)驗(yàn)，理論模擬出來(lái)的蛋白質(zhì)和的三維立體結(jié)構(gòu)是全球最重要的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)資料來(lái)源，主要提供的信息有：原子的空間坐標(biāo)，引用文獻(xiàn)，形成的α和β的氨基酸序列，二硫鍵連接模式，與蛋白結(jié)合的，參與生化功能的數(shù)據(jù)庫(kù)51蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件52課堂練習(xí).以人類(lèi)的血紅蛋白亞基為例的展示實(shí)驗(yàn).從數(shù)據(jù)庫(kù)中下載感興趣的文件觀察其蛋白結(jié)構(gòu)模型課堂練習(xí).以人類(lèi)的血紅蛋白亞基為例的展示實(shí)驗(yàn)53:開(kāi)源產(chǎn)生高質(zhì)量三維結(jié)構(gòu)圖像:54

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56蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件57蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及三維可視化bisbioinfor課件58獲取序列選擇序列格式顯示獲取序列選擇序列格式顯示592023/1/4復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室獲取格式序列2022/12/29復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室獲取格式序列60進(jìn)入日內(nèi)瓦大學(xué)生物分子學(xué)網(wǎng)站

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