耐藥細菌基因組測序結(jié)果分析流程

耐藥細菌基因組測序結(jié)果分析流程Illumina測序的短讀序Reads1.拼接AssemblySpadesStatisticswithoutreferencescaffolds#contigs93#contigs(>=0bp)151#contigs(>=1000bp)69Largestcontig346920Totallength5297568Totallength(>=0bp)5309406Totallength(>=1000bp)5280561N50236790N75102743L509L7517GC(%)55.091.拼接Assembly組裝后的Scaffold2.注釋AnnotationProkka產(chǎn)生gbk和sqn等文件位于加拿大的www.basys.ca2.注釋AnnotationBASys2.注釋AnnotationBASys注釋基因的利器Artimis主界面Artemis的主要用途1，基因注釋2，基因預(yù)測3，基因比對ACT4，contigordering3.菌株信息1菌種鑒定Sequencetype序列類型（但不是所有菌種都有MLST方案）耐藥基因毒力基因3.菌株信息4.菌株信息2Phylogeneticanalysis（進化分析），基于SNPHarvest軟件5.菌株信息3獨特基因分析（所測序的菌株是否有與其他菌株沒有的獨特基因）Gegenees軟件6.質(zhì)粒信息Replicontype（復(fù)制子類型，Inc）pMLST（質(zhì)粒的多位點序列分型，只針對F、I1、H和N等少數(shù)幾種）Illumina測序常無法給出質(zhì)粒的全序列，而是數(shù)個片段，而細菌中可能會有多個質(zhì)粒。拼接完整的質(zhì)粒全序列需要做PCR和普通測序來補洞測序不能告訴質(zhì)粒是否為接合性，需要接合實驗驗證15.033.548.563.582.097.0112.0130.5145.5160.5179.0194.0209.0227.5242.5M100186286118157224M134085250101098MS1酶切后PFGE用以估計質(zhì)粒大小7.耐藥基因的基因環(huán)境找到耐藥基因所在的Contig或ScaffoldBLAST找到相近結(jié)構(gòu)，以此為模版，用PCR拼接不同的Contigs細菌基因組學(xué)在感染和感控中的應(yīng)用調(diào)查暴發(fā)（如海地霍亂、埃博拉、NIH臨床中心KPC）明確病原學(xué)診斷（如肝移植后柯薩奇病毒感染、神經(jīng)梅毒等）找出耐藥基因，協(xié)助臨床抗菌藥物合理選擇追蹤病原體在體內(nèi)的長期進化（如囊性纖維化患者的銅綠假單胞菌）解析優(yōu)勢克隆的起源和成因（如ST259肺克、ST131大腸）近期的進展1長讀序測序平臺BioPACMinIon近期的進展2深度測序——臨床標(biāo)本直接測序找病原體總結(jié)1，基本投入，工作站。Linux系統(tǒng)2，幾種軟件的用途。