核酸序列分析2

4.2比對(duì)分析序列比對(duì)（sequencealignment）指將兩個(gè)或多個(gè)序列排列在一起，標(biāo)明其相似之處。序列中可以插入間隔（通常用短橫線“-”表示）。對(duì)應(yīng)的相同或相似的符號(hào)（在核酸中是A,T或U,C,G，在蛋白質(zhì)中是氨基酸殘基的單字母表示）排列在同一列上。序列比對(duì)常用于研究由共同祖先進(jìn)化而來(lái)的序列，特別是如蛋白質(zhì)序列或DNA序列等生物序列。在比對(duì)中，錯(cuò)配與突變對(duì)應(yīng)，而空位與插入或缺失對(duì)應(yīng)。4.2.1

BLAST比對(duì)BLAST主頁(yè)http:///Blast.cgi各個(gè)序列比對(duì)的詳情4.2.2

雙序列比對(duì)舉例：RDGV基因組S8片段的中國(guó)廣西分離物（DQ364683）與泰國(guó)分離物（NC_009241）序列之間是否相關(guān)？1.打開bl2seq程序http:///Blast.cgi

2.提交序列3.參數(shù)設(shè)置4.比對(duì)結(jié)果序列比對(duì)的點(diǎn)矩陣示意圖目的序列參考序列比對(duì)信息4.2.3

多序列比對(duì)多序列比對(duì)(MutipleAlignment)軟件：ClustalX1.載入序列note：存儲(chǔ)的文件路徑及名稱不能含有中文。ClustalX載入序列界面2.參數(shù)設(shè)置雙序列比對(duì)參數(shù)設(shè)置3.完全比對(duì)完成比對(duì)輸出設(shè)置4.結(jié)果輸出比對(duì)完成界面5.結(jié)果解讀ClustalX比對(duì)文件窗口4.3基因結(jié)構(gòu)識(shí)別ORF識(shí)別啟動(dòng)子及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)分析重復(fù)序列分析CpGisland3′UTR區(qū)4.3.2

ORF識(shí)別及其可靠性驗(yàn)證開放閱讀框（openreadingframe,ORF）：從mRNA5端起始密碼子AUG到3端終止密碼子之間的核苷酸序列，各個(gè)三聯(lián)體密碼連續(xù)排列編碼一個(gè)蛋白質(zhì)多肽鏈，稱為開放閱讀框。RDGVS8geneORFFinder主界面1.提交序列RDGVS8gene2.參數(shù)設(shè)置ORF識(shí)別網(wǎng)址：http:///projects/gorf/ORFFinder預(yù)測(cè)結(jié)果3.預(yù)測(cè)結(jié)果選取預(yù)測(cè)的ORF4.驗(yàn)證參數(shù)設(shè)置BLASTP查詢界面5.結(jié)果解讀BLASTP比對(duì)結(jié)果總覽圖BLASTP比對(duì)結(jié)果描述4.3.2

啟動(dòng)子及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)分析啟動(dòng)子（promoter

）：位于基因上游，與RNA聚合酶識(shí)別、結(jié)合并起始轉(zhuǎn)錄有關(guān)的DNA序列。轉(zhuǎn)錄因子（transcriptionalfactor,TF）：能識(shí)別并結(jié)合啟動(dòng)子核心序列，直接或間接參與轉(zhuǎn)錄起始復(fù)合體的形成的蛋白因子。PromoterScan界面啟動(dòng)子預(yù)測(cè)網(wǎng)址：/molbio/proscan/Human78kdalton

glucose-regulated

protein

(GRP78)genePromoterScan預(yù)測(cè)結(jié)果啟動(dòng)子閾值與該啟動(dòng)子可能結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子考核操作題（四）在NCBI核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中查找并下載AY999078、AY999077、AY216767三個(gè)基因cDNA序列，并進(jìn)行如下操作（10分）：

1.在命名為基因登錄號(hào).txt的文件中，以FASTA格式分別保存上述三個(gè)基因cDNA序列;

2.對(duì)上述三個(gè)基因