轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的動態(tài)挖掘

112omicshare3omicsmartCONTENTS21.為什么要干實驗（生物信息優(yōu)化參數(shù)，算探索數(shù)據(jù)統(tǒng)計分

濕實驗（生物實驗摸索實驗條生物信息如同功能實達(dá)到最優(yōu)的結(jié)3（a）實驗準(zhǔn)備：方案設(shè)計（決定樣本么？4）研究方法的選2）實驗參數(shù)的（b）實驗執(zhí)行：方）研究方法的選2）實驗參數(shù)的（c）實驗數(shù)據(jù)解5干實

6整 局 1）1）找到規(guī)律，篩選生物學(xué)預(yù)期的規(guī)2）縮小范圍，鎖定目7112omicshare3omicsmartCONTENTS8

目 掘

9轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘涉及的問12、目 Data 潛在原因異常/離群潛在原因異常/離群樣本存優(yōu)化方前期實驗進行樣本篩增加樣本自由篩選樣本進行分2X的差異其實是經(jīng)驗值，可以視情況修改為1.5X，或4X。例如，miRNA導(dǎo)致的靶表達(dá)改變通常比較微弱，1.5X的FDR<0.05也是經(jīng)驗值，視除了FDR之外，也可以考慮用值進行篩

結(jié)合多組不同的數(shù)據(jù)，進一步縮小范圍（維恩針對不同的基進行結(jié) 功能注釋和 ，鎖定目標(biāo)

研究藥物對小鼠的影樣藥物處藥物處理藥物處理小研究耐寒牛油果品種耐寒機品對低溫處耐寒牛油果不耐寒牛油果A1-vs-??B1-vs- 112omicshare3omicsmartCONTENTS 解決方樣本剔操作方新建樣

解決方調(diào)整閾操作方差異分

解決方多方法綜操作方維恩圖分趨勢分目 集分

解決方動態(tài)圖形整操作方勾選需要圖的信顏色、字調(diào)整合作單位：中山大學(xué)，周 ：Environmentalscience&研究 水平，不同處理時、不同品（系）脅應(yīng)答應(yīng)的差。研究兩種品系對鎘吸研究（12.5um鎘脅迫40d小白菜根組織處理時LAJK（低鎘累積HAJS（高鎘累積

因因理差異差異分析和趨勢分 上 重點上 重點討控模塊中通模塊中通路 討目標(biāo)趨勢討品系間進行韋恩圖分品系間進行韋恩圖分 前期實驗中，作者通過對兩種品系小白菜受Cd刺激后，連續(xù)根部Cd濃度檢測，發(fā)現(xiàn)兩種品系Cd處理組（T0）、Cd處理3h后（T3）、Cd處理24h后二、差異分理間的差 結(jié)果顯示，兩種品系間的DEGs數(shù)量差異顯著HAJS品系中的差 數(shù)量都顯著高于LAJK品系 獲得DEGs后，分別對各品系內(nèi)所有的DEGs進行趨勢分析，各得到種Cd應(yīng)答過程中的顯著 而LAJK則在處理后24h才達(dá)到表兩個品系在趨勢分析中的差 數(shù)量相似，表明LAJK響應(yīng)鎘脅迫的錄調(diào)控要比HAJS 隨后作者又分別對不同品系各顯著趨勢中的DEGs進行GO profile5（對逆境的短期應(yīng)答profile6（長期的應(yīng)答反應(yīng)等term，也是和細(xì)胞壁合成相關(guān)。

profile4（profile7（持續(xù)應(yīng)答提升 素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)等term得出結(jié)論 可能響應(yīng)鎘脅迫，因此專門對T0vsT3的上調(diào)的 結(jié)果顯示：LAJKGO富集 term很（尤其是與抗壓相關(guān)的term）結(jié)果表明，在最初階段，HAJS的轉(zhuǎn)錄水平對Cd壓力的反應(yīng)變化更活躍（profile5結(jié)論一致） 在T24中，Cd-響應(yīng)的轉(zhuǎn)錄變化LAJK比HAJS更明顯，LAJK在晚期答 （PS：這部 可以單獨挑出進行展示）LAJK早期應(yīng)激反 的較慢激活被認(rèn)為與LAJK的Cd積累延遲有關(guān)七.特定類 T3時，對淀粉代謝的兩個關(guān)鍵酶進行討論，推測淀粉酶的高表達(dá)可能在抗性中扮演重要角色。并且提及在白楊中也有發(fā)現(xiàn)類似現(xiàn)象T24時，類苯基丙烷代謝通路 上調(diào)（也和細(xì)胞壁合成相關(guān)），并且擬南芥中也有類似現(xiàn)象

從差異趨勢中，找出差異的pathwayGOterm，證明 分別對兩品系內(nèi)不同處理間的結(jié)果進行差異分PS：除了差異分析外，還可以進行趨勢分析和韋恩圖分析 選擇查看任務(wù)記錄——位置：差異分析→啟動新的差異步驟：選擇樣品關(guān)系單→設(shè)定差異參數(shù)→開始分析（兩步）??！分別對各品系內(nèi)所有的DEGs在差異分析和高級功可 比較組 集進行分析 （數(shù)據(jù)探索）不同差 查看任務(wù)編號——HAJS和位置：高級功能分析→趨勢分步驟：選擇差異結(jié)果編號→提交分析（三步對顯著模塊生 集，用于后續(xù)分析在數(shù)據(jù)探索過程 集的富集分可直接在做趨勢分析時勾選富集分析按鈕分析（耗費時間較久對兩品系差 、趨勢各模塊進行富集分析可 差異比較組、生成 集進行富集分選擇不同前 跳轉(zhuǎn)任務(wù)編號——T0vsT3、T0vsT24，查看富集分析——總位置：選擇基本功能分析→GO/KEGG富集分步驟：選擇差異結(jié)果→提交分析（三步）可以看出HAJS品系和T0vsT3的差異結(jié)果的數(shù)據(jù)進行保存時，系統(tǒng)自動生成3份差異結(jié)果表上 、下 、全部差 ）隨后，可在富集分析功能中針對特 集進行分析 針對上 、全 集進行富集分析，任務(wù)編號up-all回答三：上 富集程度和全 富集程度不一樣，凸顯出的通路自不一樣，針對目 集進行富集分析，可便于我們快速定位關(guān)鍵通路T0vsT3上 顯著富集結(jié)

T0vsT3全 顯著富集結(jié)跳轉(zhuǎn)任務(wù)編號——T0vsT3、T0vsT24，查看富集分析——分組詳1.結(jié)果統(tǒng)計表——可進行通路篩選 查找（數(shù)據(jù)探索2.二級分類柱狀圖、顯著性柱狀圖、顯著性氣泡圖—— 心儀圖形、挑選目標(biāo)通路進行展示、更 顏色/字體大?。▓D形可視化回答四 圖形的樣式，并進行勾選，凸顯目標(biāo)通路對不同品系間，相同處理條件下 進行差異分析，并進行功能集分析——HT0VSLT0HT3VSLT3HT24VS 錄：allGO 作者在文章多次提及鎘脅迫相 的表達(dá)模式在擬南芥、白楊等物中也有所發(fā)現(xiàn)，然而并未針對這 進一步展開分析回答五 報告可以針對目 進行blast分析 目 位置：高級功能分析→blast分步驟 或上傳需要比對 序列→開始blast（一步）點擊blast分析結(jié)果，查看MYB的同 可對結(jié)果進行閾值篩選，并對比對 生 集，進一步展開論從差異趨勢中，找出差異的pathwayGOterm，證明 分 各個組成部分的特數(shù)挖

定制化生物信息服數(shù)據(jù)挖掘培訓(xùn) 不同類型轉(zhuǎn)座子 的DNA甲基化分布規(guī)

抑 表 如何展示pvalue分布甚至組學(xué)數(shù)據(jù)之外的問題，我們也處定制化生物信息服數(shù)據(jù)挖掘培訓(xùn)

其 《微生物數(shù)據(jù)挖掘培訓(xùn)《Origin