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文檔簡介
PCR引物設(shè)計軟件
primerPremier5.0
應(yīng)用簡介一.引物設(shè)計的基本原則
引物長度(primerlength)產(chǎn)物長度(productlength)序列Tm值(meltingtemperature)ΔG值(internalstability)引物二聚體及發(fā)夾結(jié)構(gòu)(duplexformationandhairpin)錯誤引發(fā)位點(falseprimingsite)引物及產(chǎn)物GC含量(composition)
1.引物的長度
一般為15-30bp,常用的是18-27bp,但不能大于38,因為過長會導(dǎo)致其延伸溫度大于74℃,即Taq酶的最適溫度3.引物的GC含量
一般為40-60%,過高或過低都不利于引發(fā)反應(yīng)。上下游引物的GC含量不能相差太大。4.引物所對應(yīng)模板序列的Tm值最好在72℃左右5.ΔG值(自由能),
反映了引物與模板結(jié)合的強弱程度。一般情況下,引物的ΔG值最好呈正弦曲線形狀,即5’端和中間ΔG值較高,而3’端ΔG值相對較低二.PrimerPremier5.0
引物設(shè)計軟件簡介
PrimerPremier5.0用途:
引物分析評價
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