NGS用于指導晚期惡性腫瘤治療2016年2016年-6-19

基因檢測一覽第一頁，共56頁。PresentedByClaudineIsaacsat2016ASCOAnnualMeeting遺傳性腫瘤重疊表型同病異治異病同治第二頁，共56頁。Sequencingis…PresentedByDavidHayesat2016ASCOAnnualMeeting測序的優(yōu)勢價格更低廉品質(zhì)更高適用范圍更廣

—機器

—試劑盒

—軟件組織靈活性更高

—石蠟標本

—無需細胞

—甚至RNA！第三頁，共56頁。近8年，ASCO年會上與NGS相關(guān)的摘要數(shù)目投稿第四頁，共56頁。內(nèi)容：NGS指導下的腫瘤免疫治療cfDNA檢測與腫瘤治療NGS在多種實體腫瘤治療中的應(yīng)用第五頁，共56頁。Cancerisadiseaseof…PresentedByDavidHayesat2016ASCOAnnualMeeting癌癥是一種……的疾病?DNA胚系

—家族性腫瘤綜合征

—藥物基因組學體系

—單核苷酸變異（突變）

—短序列插入/缺失

—長序列缺失/擴增

—結(jié)構(gòu)的變異（易位）免疫系統(tǒng)B細胞受體—克隆和多樣性（DNA或RNA）T細胞受體—克隆和多樣性（DNA或RNA）

突變負荷（RNA或DNA）腫瘤亞克隆RNA特征第六頁，共56頁。PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting以雜交捕獲法為基礎(chǔ)的二代基因測序法可作為預(yù)測抗PD-1/PD-L1治療黑色素瘤療效的標記物第七頁，共56頁。IntroductionPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting簡介在進展期黑色素瘤患者中，抗PD-1治療有30-45%的有效率；反應(yīng)可能持續(xù)存在；較難辨別有效人群；因此需要有效預(yù)測標記物。第八頁，共56頁。Candidatebiomarkersforanti-PD-1/PD-L1PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting抗PD-1/PD-L1的候選標記物克隆性增殖，突變或新的抗原第九頁，共56頁。第十頁，共56頁。AimsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting目標：假設(shè)：小片段基因能精確地代替基因突變負荷以雜交捕獲法為基礎(chǔ)的二代基因測序法檢測236-315個基因編碼區(qū)序列

—突變負荷和特殊突變與臨床結(jié)果的相關(guān)性

—與全外顯子測序所得突變負荷相比較T細胞受體測序與結(jié)果的相關(guān)性第十一頁，共56頁。MethodsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting方法：第十二頁，共56頁。MutationloadandresponsePresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting突變負荷和反應(yīng)第十三頁，共56頁。MutationloadandresponsePresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting突變負荷和反應(yīng)第十四頁，共56頁。MutationloadandresponsePresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting突變負荷和反應(yīng)第十五頁，共56頁。MutationloadandsurvivalPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting突變負荷和生存率第十六頁，共56頁。SpecificmutationsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting特定突變第十七頁，共56頁。SpecificmutationsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting特定突變第十八頁，共56頁。MutationloadcomparisonsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting突變負荷比較第十九頁，共56頁。MutationloadandsurvivalinunselectedpatientsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting在未選擇患者中的突變負荷及生存率在未選擇患者中突變負荷與生存率無關(guān)第二十頁，共56頁。TCRclonalityPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeetingTCR克隆第二十一頁，共56頁。PotentialimplicationsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting潛在臨床價值及意義第二十二頁，共56頁。ConclusionsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting結(jié)論二代雜交捕獲法為基礎(chǔ)的NGS檢測突變負荷與抗PD-1/PD-L1療效相關(guān)236-315個基因突變負荷的檢測結(jié)果與全外顯子測序結(jié)果一致通過此法檢測突變負荷可能有助于臨床的治療決策和預(yù)測療效。第二十三頁，共56頁。內(nèi)容：NGS指導下的腫瘤免疫治療cfDNA檢測與腫瘤治療NGS在多種實體腫瘤治療中的應(yīng)用第二十四頁，共56頁。ctDNAPPVvs.tissuebiopsy(NSCLC,CRC,Breast,Others)PresentedByDavidHayesat2016ASCOAnnualMeeting背景：第二十五頁，共56頁。SerialNextGenerationSequencing(NGS)ofcellfreeDNA(cfDNA)revealsclonalevolutionofAKT1E17Kmutanttumors:analysesfrompatientsenrolledonaphaseIbasketstudyofanAKTinhibitor(AZD5363)PresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting血漿游離DNA（cfDNA)的NGS揭示AKT1

E17K突變腫瘤的克隆演變：一項AKT抑制劑（AZD5363）I期籃子研究的患者分析第二十六頁，共56頁。Background–TargetableDriverOncogenesPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting背景靶向驅(qū)動致癌基因大量的腫瘤基因型分析已顯著提高了腫瘤驅(qū)動基因的認識，其中一部分已成為靶向基因其中一個驅(qū)動基因，AKT1

E17K突變

—反復的（~2%），人類癌癥的致癌事件

—一項研究治療意義的I期籃子研究正在進行中，其中一種pan-AKT抑制劑（AZD5363）的靶向治療具有較好的前景

—當然，目前還不清楚是否同時存在其他突變，導致腫瘤細胞對AKT1

E17K依賴的改變。第二十七頁，共56頁。Background-LiquidbiopsiesPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting背景液體活檢對腫瘤發(fā)展及耐藥產(chǎn)生的理解很大程度上依賴于取得新鮮腫瘤組織而單個病灶的活檢存在很多挑戰(zhàn)（異質(zhì)性，局限的可行性，侵襲性以及價格昂貴）都可能被液體活檢克服[腫瘤來源的血漿游離DNA]第二十八頁，共56頁。Background-LiquidbiopsiesPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting檢測腫瘤基因組的改變發(fā)現(xiàn)疾病基因組的復雜性（異質(zhì)性）監(jiān)測治療中的腫瘤動力學追蹤現(xiàn)實中耐藥機制的演變（監(jiān)測分子性疾?。┍尘耙后w活檢第二十九頁，共56頁。ObjectivesPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting目標在基因富集（含有AKT1

E17K突變）的人群中，正在接受靶向治療，嘗試運用cfDNA以：1.發(fā)現(xiàn)及追蹤AKT1

E17K突變2.描述具有AKT1

E17K突變的腫瘤中同時發(fā)生的突變3.監(jiān)測分子耐藥機制的演變，通過

—平行追蹤所有腫瘤突變

—辨別新近獲得的突變的出現(xiàn)第三十頁，共56頁。StudydesignPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting研究設(shè)計前瞻性，單中心，相關(guān)性研究合適的患者

—AKT1

E17K突變陽性的實體腫瘤

—入組參加AZD5363的1期多中心籃子研究，一種口服的催化性pan-AKT抑制劑，作用于AKT1突變的進展期實體腫瘤（NCT01226316）

-已知具有RAS/RAF突變的腫瘤患者被排除

-根據(jù)RECISTv1.1標準定義，具有可測量病灶第三十一頁，共56頁。StudySchemaPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting研究綱要第三十二頁，共56頁。SampleCollectionPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting血樣本收集第三十三頁，共56頁。PatientdemographicsPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting患者統(tǒng)計學資料第三十四頁，共56頁。<br/>AKT1E17KdetectedandmonitoredincfDNAbyddPCRPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting在22/25個（88%）患者中，

ddPCR檢測到AKT1在D21，AKT1的減少預(yù)示PFS的升高以ddPCR檢測及監(jiān)控cfDNA中的AKT1

E17KAKT1追蹤腫瘤反應(yīng)持續(xù)的（≥21天）AKT1清除與持續(xù)的RECIST反應(yīng)相關(guān)（P=0.025）第三十五頁，共56頁。AKT1mutantallelefraction(MAF)incfDNAhighlyconcordantbetweenddPCRandNGSPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeetingcfDNA的AKT1突變等位基因分數(shù)（MAF）在ddPCR和NGS中高度一致第三十六頁，共56頁。NGSofPre-treatmentcfDNA(n=25)capturedtumorheterogeneityPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting治療前cfDNA（n=25）的NGS發(fā)現(xiàn)腫瘤異質(zhì)性在8個（38%）病人中檢測到17種額外的改變（共21個病人具有可比較的治療前腫瘤）發(fā)現(xiàn)3個（12%）病人中同時出現(xiàn)了相關(guān)的突變（ARAF，RAF1，KRAS），但是所有都對藥物治療沒有反應(yīng)第三十七頁，共56頁。Slide13PresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting治療前最常見的突變基因第三十八頁，共56頁。Pre-treatmentcfDNAcapturedtumorheterogeneityPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting治療前的cfDNA發(fā)現(xiàn)腫瘤異質(zhì)性第三十九頁，共56頁。ConclusionsPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting結(jié)論在這項探索性研究中，對通過基因panel捕獲的cfDNA進行二代測序是可行的，并且與ddPCR得到的結(jié)果高度一致發(fā)現(xiàn)疾病異質(zhì)性能夠監(jiān)測腫瘤克隆動力學/發(fā)現(xiàn)克隆演變/突出反應(yīng)的不同模式辨別在治療過程中獲得的或富集的潛在相關(guān)的基因組改變?yōu)榍捌诜肿影邢蛩幬锏难邪l(fā)提供了一種有效方法。

第四十頁，共56頁。內(nèi)容：NGS指導下的腫瘤免疫治療cfDNA檢測與腫瘤治療NGS在多種實體腫瘤治療中的應(yīng)用第四十一頁，共56頁。二代基因測序在未治療、轉(zhuǎn)移性EGFR突變肺癌中發(fā)現(xiàn)并發(fā)的基因改變第四十二頁，共56頁。第四十三頁，共56頁。[TITLE]二代基因測序膽管腫瘤揭示腫瘤體系變異和化療耐藥