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(優(yōu)選)第二章目的基因連接及導(dǎo)入現(xiàn)在是1頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六二、目的基因與載體的連接(接)質(zhì)粒DNA分子一個(gè)切口兩個(gè)黏性末端兩個(gè)切口獲得目的基因DNA連接酶重組DNA分子(重組質(zhì)粒)同一種限制酶
目的基因與運(yùn)載體的結(jié)合過(guò)程,實(shí)際上是不同來(lái)源的基因重組的過(guò)程?,F(xiàn)在是2頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六
(主要有以下4種連接方式)
1)
粘性末端連接
2)平頭末端連接
3)人工接頭法
4)同源多聚尾連接法現(xiàn)在是3頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六工具酶:基因工程中的工具酶主要包括用于DNA和RNA分子的切割、連接、聚合、逆轉(zhuǎn)錄等相關(guān)的各種酶類。幾種重要的工具酶
活性限制性核酸內(nèi)切酶
識(shí)別特異堿基序列,切割DNADNA連接酶
催化DNA5ˊ-磷酸與3ˊ-羥基形成磷酸二酯鍵DNA聚合酶
以DNA為模板合成DNA逆轉(zhuǎn)錄酶
以RNA為模板合成cDNA堿性磷酸酶
切除5-末端磷酸T4多聚核苷酸激酶
催化核酸5'-羥基磷酸化末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶
催化3'-端合成同聚尾現(xiàn)在是4頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六DNA連接酶
E.coliDNA連接酶只能催化互補(bǔ)粘性末端之間的連接DNA連接酶(DNAligase)能催化雙鏈DNA片段緊靠在一起的3‘-OH末端與5’-P末端之間形成磷酸二酯鍵,使末端連接。
T4DNA連接酶催化互補(bǔ)粘性末端和平末端之間的連接,但平末端之間連接的效率比較低?,F(xiàn)在是5頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六
將目的基因和載體用同一種限制酶酶切,產(chǎn)生相同粘性末端,再通過(guò)DNA連接酶作用將兩者連接起來(lái),構(gòu)成重組DNA分子。
用同一種或兩種限制性內(nèi)切酶酶切DNA連接酶重組質(zhì)粒質(zhì)粒目的基因本法適用于在質(zhì)粒和目的基因上有相同單或雙酶切位點(diǎn)
(一)粘性末端連接現(xiàn)在是6頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六有些限制酶只能將目的基因和載體DNA切割成平端,此時(shí)在T4DNA連接酶的作用下同樣能連接起來(lái)。
質(zhì)粒產(chǎn)生平末端的內(nèi)切酶DNA連接酶產(chǎn)生粘性末端的內(nèi)切酶核酸酶S1目的基因重組質(zhì)粒核酸酶S1
本法適用于在質(zhì)粒和目的基因上沒(méi)有相同的酶切位點(diǎn)?。ǘ┢筋^末端連接現(xiàn)在是7頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六(三)人工接頭法
合成連接子→與DNA平頭末端連接→限制酶切割,產(chǎn)生粘性末端→連接,構(gòu)建重組DNA?,F(xiàn)在是8頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六用接頭連接
用同一種限制性內(nèi)切酶酶切DNA連接酶重組質(zhì)粒質(zhì)粒目的基因++DNA連接酶接頭(linker)
本法適用于在質(zhì)粒和目的基因上沒(méi)有相同的酶切位點(diǎn)!現(xiàn)在是9頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六(四)同源多聚尾連接法現(xiàn)在是10頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六尾接法
DNA連接酶重組質(zhì)粒質(zhì)粒目的基因內(nèi)切酶末端轉(zhuǎn)移酶
+dGTP末端轉(zhuǎn)移酶
+dCTP
本法適用于在質(zhì)粒和目的基因上沒(méi)有相同的酶切位點(diǎn)現(xiàn)在是11頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六基因與載體的平末端連接方法有哪些?(1)T4DNA連接酶法
連接平末端DNA分子的方法有2種,一種是直接用T4DNA連接酶連接,另一種是先用末端核苷酸轉(zhuǎn)移酶給平末端DNA分子加上同聚物尾巴之后再用DNA連接酶進(jìn)行連接。T4DNA連接酶同一般的大腸桿菌DNA連接酶不同。T4DNA連接酶除了能夠封閉具有3’-OH和5’-P末端的雙鏈DNA的缺口之外,在存在ATP和加入高濃度酶的條件下,它還能夠連接具有完全配對(duì)堿基的平末端DNA分子,但其連接效率比粘性端要低的多?,F(xiàn)在是12頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六(2)同聚物加尾法
5’特意的核酸外切酶處理目的基因及質(zhì)粒的平末端,移去幾個(gè)末端核苷酸。運(yùn)用末端核苷酰轉(zhuǎn)移酶,能夠?qū)⒑塑账幔ㄍㄟ^(guò)脫氧核苷三磷酸前體)加到DNA分子單鏈延伸末端的3’-OH基因上,它并不需要模板鏈的存在,它一個(gè)一個(gè)加上核苷酸,構(gòu)成由核苷酸組成的尾巴,長(zhǎng)度可達(dá)100個(gè)核苷酸。在載體中加入dTTP和末端核苷酸轉(zhuǎn)移酶,在載體3’-OH末端延伸形成單鏈PolyT尾巴。將兩者混合發(fā)生互補(bǔ)連接,缺口用DNA連接酶封閉。現(xiàn)在是13頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六3)用化學(xué)合成的銜接物連接DNA分子用化學(xué)合成法合成一段10-12個(gè)核苷酸,具有限制酶識(shí)別位點(diǎn)的寡核苷酸片段,磷酸化后,通過(guò)T4DNA連接酶,將片段分別于載體5’端和目的基因片段5’連接起來(lái)。用相應(yīng)的限制性內(nèi)切酶處理,產(chǎn)生互補(bǔ)的粘性末端。
4)T-A克隆法:
TagDNA聚合酶在擴(kuò)增目的基因DNA的同時(shí),還能不依賴模版在產(chǎn)物3’末端加上兩個(gè)游離的A。只要載體切口除人工加上的游離T,PCR產(chǎn)物即可于載體連接?,F(xiàn)在是14頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六T-A克隆T-vector兩條鏈的5’端含有一個(gè)游離的TPCR過(guò)程中,普通的Taq酶可在產(chǎn)物的3’端多加一個(gè)A現(xiàn)在是15頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六1.用一定的_________切割質(zhì)粒,使其出現(xiàn)一個(gè)切口,露出____________。2.用_____________切斷目的基因,使其產(chǎn)生_____
____________。3.將切下的目的基因片段插入質(zhì)粒的______處,再加入適量___________,形成了一個(gè)重組
DNA分子(重組質(zhì)粒)限制酶黏性末端同一種限制酶的黏性末端切口DNA連接酶相同現(xiàn)在是16頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六質(zhì)粒單酶切點(diǎn)的基因連接如何降低本底和防止自我環(huán)化和提高連接效率?
目的基因片斷與載體由相同的單一限制性核酸內(nèi)切酶(如EcoRI)消化酶切后,兩者的兩端均具有相同的粘性末端,稱為單酶切點(diǎn)的粘性末端,又稱全同源性粘性末端⑴高背景
載體經(jīng)單一限制性核酸內(nèi)切酶切割后,載體分子易于自我環(huán)化,既不利于目的基因的重組連接,大大降低陽(yáng)性克隆效率,又可使非重組性載體造成高背景。為了防止載體的自我環(huán)化,通常用堿性磷酸酶去除載體粘性末端的
5’-P以抑制DNA的自我環(huán)化。在連接反應(yīng)中,具有5’-P的目的基因DNA片斷可有效地與去磷酸化質(zhì)粒DNA載體通過(guò)粘性末端發(fā)生互補(bǔ)連接,盡管產(chǎn)生的重組DNA分子于連接點(diǎn)含有兩個(gè)缺口的開環(huán)分子,盡管在轉(zhuǎn)化時(shí)其轉(zhuǎn)化效率高于線性低于閉和環(huán),但轉(zhuǎn)化大腸桿菌后,在菌體內(nèi)其缺口可獲得修復(fù)。現(xiàn)在是17頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六⑵雙向插入
經(jīng)單一限制核酸內(nèi)切酶(如EcoRI)切割的目的基因和載體,因二者的粘性末端是相同的,因此在連接反應(yīng)中,目的基因可發(fā)生雙向插入,載體對(duì)目的基因表達(dá)是有方向的,而目的基因可雙向與之相連,這種連接若以克隆目的基因片段為目的沒(méi)有影響,若以表達(dá)為目的,我們就要對(duì)插入的片段進(jìn)行方向鑒定,因目的基因由起始密碼子向終止密碼子方向表達(dá)是定向轉(zhuǎn)錄的,一旦啟動(dòng)子與目的基因編碼順序方向相反就不能正確轉(zhuǎn)錄目的基因的mRNA。若構(gòu)建表達(dá)DNA重組體選用雙酶切切割目的基因和載體,可使目的基因與載體的連接發(fā)生定向連接重組,以便定向克隆。(YL)現(xiàn)在是18頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六第六節(jié)重組DNA導(dǎo)入受體細(xì)胞基因工程之現(xiàn)在是19頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六
在目的基因與載體連接成重組DNA分子以后,下面的重要工作主要是將其導(dǎo)入受體細(xì)胞進(jìn)行擴(kuò)增和篩選,獲得大量的重組DNA分子,這就是外源基因的無(wú)性繁殖,即克隆(cloning)。
由于外源基因與載體構(gòu)成的重組DNA分子性質(zhì)不同、宿主細(xì)胞不同,將重組DNA導(dǎo)入宿主細(xì)胞的具體方法也不相同。轉(zhuǎn)—重組DNA導(dǎo)入宿主細(xì)胞現(xiàn)在是20頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六
受體細(xì)胞:也叫宿主細(xì)胞,是指在轉(zhuǎn)化、轉(zhuǎn)導(dǎo)、雜交中接受外源基因的細(xì)胞。分為原核受體細(xì)胞(最主要是大腸桿菌)、真核受體細(xì)胞
(最主要是酵母菌)、動(dòng)物細(xì)胞和昆蟲細(xì)胞(其實(shí)也是真核受體細(xì)胞)。
具有接受外源DNA的能力;為限制性內(nèi)切酶缺陷型菌珠或?yàn)镈NA重組型菌珠;在標(biāo)記上和載體對(duì)應(yīng);有利于表達(dá);不適宜在人體或非培養(yǎng)條件下生存,有利于安全。受體細(xì)胞條件現(xiàn)在是21頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六原核生物細(xì)胞是較為理想的受體細(xì)胞:①?zèng)]有細(xì)胞壁,便于外源DNA的進(jìn)入;②沒(méi)有核膜,染色體DNA沒(méi)有固定結(jié)合的蛋白質(zhì),便于外源DNA與染色體DNA重組;③基因組小,遺傳背景簡(jiǎn)單,便于外源基因的遺傳分析;④容易獲得一致性的實(shí)驗(yàn)材料,培養(yǎng)簡(jiǎn)單,繁殖迅速,易重復(fù)。現(xiàn)在是22頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六表達(dá)真核生物基因存在一定的缺陷,很多真核生物基因往往不能在原核生物細(xì)胞內(nèi)表達(dá)出具有生物活性的功能蛋白。需要進(jìn)行適當(dāng)?shù)男揎棳F(xiàn)在是23頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六酵母作為受體細(xì)胞,除了真核生物細(xì)胞共有的特性外,還具有以下優(yōu)點(diǎn):①基因結(jié)構(gòu)相對(duì)簡(jiǎn)單,其基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制研究比較清楚,便于基因工程操作;②培養(yǎng)簡(jiǎn)單,適于大規(guī)模生產(chǎn),成本低廉;③可以分泌表達(dá),便于產(chǎn)物的提取和加工;④不產(chǎn)生毒素,是安全的受體細(xì)胞。真核生物細(xì)胞-酵母受體細(xì)胞現(xiàn)在是24頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六植物細(xì)胞作為受體細(xì)胞,除了真核細(xì)胞共有的特性外,最突出的優(yōu)點(diǎn)就是其體細(xì)胞的全能性,一個(gè)獲得外源基因的體細(xì)胞可以培養(yǎng)出能穩(wěn)定遺傳的植株或品系。不足之處是植物細(xì)胞有纖維素參與組成的堅(jiān)硬細(xì)胞壁,不利于攝取重組DNA分子?,F(xiàn)在是25頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六動(dòng)物細(xì)胞同樣可以作為受體細(xì)胞。早期多采用生殖細(xì)胞、受精卵細(xì)胞或胚細(xì)胞作為受體細(xì)胞,近年來(lái)干細(xì)胞成為新的研究熱點(diǎn)?,F(xiàn)在是26頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六原核生物細(xì)胞,大腸桿菌優(yōu)點(diǎn):結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單,便于操作分析缺點(diǎn):表達(dá)蛋白可能沒(méi)有活性真核生物細(xì)胞,酵母優(yōu)點(diǎn):表達(dá)蛋白加工具有活性缺點(diǎn):操作相對(duì)麻煩現(xiàn)在是27頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六
大腸桿菌是目前基因工程中最常用的受體細(xì)胞。通常采用的是大腸桿菌的感受態(tài)細(xì)胞,即在冰浴中用一定濃度的CaCl2處理對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期的大腸桿菌,以獲得高效轉(zhuǎn)化的感受態(tài)細(xì)胞。也有采用Rb+、Mn2+、K+、二甲亞礬、二硫蘇糖醇(DTT)或用氯化己胺鈷處理制備感受態(tài)細(xì)胞。
感受態(tài)是指受體細(xì)胞能吸收外源DNA分子而有效地作為轉(zhuǎn)化受體的某些生理狀態(tài)。一般受體細(xì)胞在對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期轉(zhuǎn)化能力最強(qiáng)?,F(xiàn)在是28頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六1、直接導(dǎo)入法:(1)顯微注射法:利用微量注射器在顯微鏡下直接把目的基因注入宿主細(xì)胞。(2)電擊法:借助電擊儀高壓脈沖把目的基因打入宿主細(xì)胞。(3)直接吸收法:把目的基因和宿主細(xì)胞混在一起,讓其吸收。(4)基因槍法:在金屬微粒上涂一層目的基因,然后發(fā)射到宿主細(xì)胞中。基因?qū)敕椒ìF(xiàn)在是29頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六又稱之為直接顯微注射。一般是用微吸管吸取供體DNA溶液,在顯微鏡下準(zhǔn)確地插入受體細(xì)胞核中,并將DNA注射進(jìn)去。此法常用于轉(zhuǎn)基因動(dòng)物的基因轉(zhuǎn)移。(1)微注射技術(shù):是將外源基因直接注射到真核細(xì)胞內(nèi)的方法;將外源基因通過(guò)毛細(xì)玻璃管,再顯微鏡下注釋到受精卵的細(xì)胞核內(nèi)的方法?,F(xiàn)在是30頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六(2)電轉(zhuǎn)化法也有人稱做高壓電穿孔法(簡(jiǎn)稱電穿孔法),即在受體細(xì)胞上施加短暫、高壓的電流脈沖,使質(zhì)膜形成納米大小的微孔,DNA能直接通過(guò)這些微孔,或者作為微孔閉合時(shí)所伴隨發(fā)生的膜組分重新分布而進(jìn)入細(xì)胞質(zhì)中。該法可用于真核細(xì)胞(如動(dòng)物細(xì)胞和植物細(xì)胞)和原核細(xì)胞(轉(zhuǎn)化大腸桿菌和其他細(xì)菌等)的外源DNA的直接導(dǎo)入。
電穿孔法具有簡(jiǎn)便、快速、效率高等優(yōu)點(diǎn)
電擊的處理方式對(duì)轉(zhuǎn)化率有著決定性的作用,有兩種不同的處理方式:一種是較低的電壓,處理較長(zhǎng)的時(shí)間(350V/cm54s);另一種是高電壓,短時(shí)間處理(1-1.25kV/cm,10s)。一般常用第二種處理方式?,F(xiàn)在是31頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六1.磷酸鈣沉淀法
利用磷酸鈣-DNA共沉淀,把外源基因與λ噬菌體DNA的重組分子導(dǎo)入大腸桿菌和哺乳動(dòng)物細(xì)胞,簡(jiǎn)稱磷酸鈣沉淀法。細(xì)胞具有攝取磷酸鈣沉淀的雙鏈DNA的能力,幾乎所有的雙鏈DNA都可以通過(guò)這種方法導(dǎo)入細(xì)胞,而且可在電子顯微鏡下清楚地看到細(xì)胞吞噬DNA-磷酸鈣復(fù)合顆粒。此法的轉(zhuǎn)染效率遠(yuǎn)遠(yuǎn)不如體外包裝法。(3)直接吸收法:現(xiàn)在是32頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六Ca2+誘導(dǎo)DNA對(duì)大腸桿菌細(xì)胞的轉(zhuǎn)化的可能原因:①在0℃的Cacl2低滲溶液中,細(xì)菌細(xì)胞發(fā)生膨脹,同時(shí)Cacl2使細(xì)胞膜磷脂層形成液晶結(jié)構(gòu),促使細(xì)胞外膜與內(nèi)膜間隙中的部分核酸酶解離開來(lái),誘導(dǎo)大腸桿菌形成感受態(tài)。②Ca2+能與加入的DNA分子結(jié)合,形成抗DNA酶(DNase)的羥基-磷酸鈣復(fù)合物,并黏附在細(xì)菌細(xì)胞膜的外表面上。當(dāng)42℃熱刺激短暫處理細(xì)菌細(xì)胞時(shí),細(xì)胞膜的液晶結(jié)構(gòu)發(fā)生劇烈擾動(dòng),并隨之出現(xiàn)許多間隙,為DNA分子提供了進(jìn)入細(xì)胞的通道?,F(xiàn)在是33頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六現(xiàn)在是34頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六該法重復(fù)性好。操作簡(jiǎn)便快捷,適用于成批制備感受態(tài)細(xì)胞。對(duì)這種感受態(tài)細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)化,每μg質(zhì)粒DNA可以獲得5×106~2×l07個(gè)轉(zhuǎn)化茵落,完全可以滿足質(zhì)粒的常規(guī)克隆的需要Mg2+對(duì)DNA分子有很大的穩(wěn)定性作用,因此利用Mgcl2與Cacl2共同處理大腸桿菌細(xì)胞,可以提高DNA的轉(zhuǎn)化效率。如利用二甲基亞砜(DMSO)和二硫蘇糖醇(DDT)等進(jìn)一步處理細(xì)胞,能誘導(dǎo)高頻感受態(tài)細(xì)胞的形成,轉(zhuǎn)化效率可提高100~1000倍,且對(duì)大小質(zhì)粒分子均可進(jìn)行有效的轉(zhuǎn)化。但該法要求條件高,對(duì)外界污染物極為敏感,通常很少采用?,F(xiàn)在是35頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六(4)基因槍技術(shù)又稱高速微型子彈射擊法、微彈射擊法、高速粒子轟擊法基本原理:將DNA吸附在微型子彈(1μm)的表面通過(guò)放電或機(jī)械加速,使子彈射入完整的細(xì)胞或組織內(nèi)?;咀龇ǎ合葘⑼庠碊NA溶液與鎢、金等金屬微粒(直徑0.5-5μm)共同保溫,使DNA吸附于金屬顆粒表面,然后放電加速金屬顆粒,使之以400m/s的速度直接噴射受體細(xì)胞,外源遺傳物質(zhì)隨金屬顆粒進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)部?,F(xiàn)在是36頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六基因槍轉(zhuǎn)化的操作步驟靶細(xì)胞或組織的預(yù)處理微粒子彈的制備裝備基因槍轟擊過(guò)渡培養(yǎng)進(jìn)行篩選培養(yǎng)或直接分化再生植株P(guān)DS-1000|HeSystem現(xiàn)在是37頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六無(wú)宿主限制:農(nóng)桿菌介導(dǎo)法只對(duì)雙子葉植物敏感,限制了它的應(yīng)用范圍。而基因槍沒(méi)有物種限制。靶受體類型廣泛:可以是原生質(zhì)體,葉片,懸浮細(xì)胞,莖或根切段,種子胚,愈傷組織,花粉等。操作簡(jiǎn)單快速基因槍法轉(zhuǎn)化的優(yōu)點(diǎn)有:便攜式基因槍現(xiàn)在是38頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六1.體外包裝轉(zhuǎn)染法
又稱感染,將目的基因放在載體上,感染到要表達(dá)的細(xì)胞中,
并在宿主菌體內(nèi)擴(kuò)增和表達(dá)外源基因。常用的載體是質(zhì)粒、λ噬菌體、科斯質(zhì)粒。
2、間接導(dǎo)入法現(xiàn)在是39頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六2.脂質(zhì)體介導(dǎo)法
脂質(zhì)體(又叫做人工膜泡)作為體內(nèi)或體外輸送載體的方法,一般都需要將DNA或RNA包囊于脂質(zhì)體內(nèi),然后進(jìn)行脂質(zhì)體與細(xì)胞膜的融合,通過(guò)融合導(dǎo)入細(xì)胞。
這種方法具有許多方面的優(yōu)點(diǎn),包括可保護(hù)DNA在導(dǎo)入細(xì)胞之前免受核酸酶的降解作用,降低了對(duì)細(xì)胞的毒性效應(yīng),適用的植物種類廣泛,重復(fù)性高,包裝在脂質(zhì)體內(nèi)的DNA可穩(wěn)定地貯藏等?,F(xiàn)在是40頁(yè)\一共有49頁(yè)\編輯于星期六
人們很早就發(fā)現(xiàn)雙子葉植物常發(fā)生一種冠癭瘤病,該病在法國(guó)、東歐和意大利的葡萄和果樹上曾大面積發(fā)生。
1907年Smith和Towns
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