DNA star 簡介及其主要功能

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許義2023.5.8

DNAStar是一款基于Windows和Macintosh平臺的序列分析軟件，特點是操作簡單，功能強大試驗室必備軟件，功能主要有：序列的格式轉換，序列拼接和重疊克隆群的處理；基因尋覓；蛋白質結構域的查找；多重序列的比較和兩兩序列比較；寡核苷酸設計(PCR引物，測序引物，探針)。

DNAstar是哈佛大學醫(yī)學院是使用的序列分析軟件，可見其功能強大。

1.EditSeq2.GeneQuest3.MapDraw4.MegAlign5.PrimerSelect6.Protean7.SeqManII

用來將DNA或蛋白質序列的數(shù)據(jù)輸入計算機的工具，同時還具有編輯已有序列的功能。開啟已有序列尋覓開放讀框DNA序列翻譯遺傳密碼選擇使用遺傳密碼修改序列的反向互補及反向轉換BLAST檢索序列信息查看序列校讀序列的保存與輸出

幫助查找和解釋DNA序列中的基因和其他特征序列，包括ORFs,剪接位點，轉錄因子結合位點，重復序列和酶切位點等。開啟已有分析文件GeneQuest的DNA分析方法用分析方法操作方法參數(shù)改變結果展示優(yōu)化Feature解釋BLAST檢索EntrezDatabase檢索GeneQuest的其他特點保存分析文件

酶切圖譜分析，克隆試驗設計，分析及處理試驗結果等。同時還具有繪制質粒圖譜的功能。新酶切圖制作過瀘器類型應用頻率過瀘器應用手動過瀘器使用過瀘器一覽表使用MustCutHere/Don’tCutHere調色板工具酶信息顯示環(huán)形展示ORF圖顯示擇選保存，退出

對DNA或蛋白質序列進行同源比較，有六種不同的對準算法供用戶選擇。在同源比較的同時，能很快輸出進化樹和進化距離等數(shù)據(jù)。創(chuàng)立隊列文件序列設置PairwiseAlignment使用DotPlotMethod多序列比較PhylogeneticTree查看查看隊列報告Decorations/ConsensiMegAlign文件保存

設計PCR引物、測序引物和探針。創(chuàng)立PrimerSelect文件定義引物特點查找引物對瀏覽其他的引物信息按特征對引物分類引物長度改變在引物中引入突變設計新引物使用寡核苷酸訂購表格保存PrimerSelect文件

分析和預計蛋白質結構，提供各種分析方法并以圖形的格式輸出結果，顯示蛋白質分子的各種理化特性以及例如抗原決定族等功能區(qū)的預計功能。

創(chuàng)立蛋白質分析文件Protean’s蛋白質分析方法應用分析方法方法參數(shù)改變優(yōu)化結果顯示使用蛋白酶消化與SDSPAGEFeature解釋BLAST檢索二級結構模擬展示滴定曲線保存分析文件

多序列拼接。最多支持64000條序列的同時拼接。在拼接前可以對序列

進行修正，對自動測序的序列結果可除去污染序列或載體序列。整個拼裝過程即時顯示，并提醒可能的完成時間。拼裝結果采用序列、策略等方式顯示。輸入序列片段Pre-AssemblyOptions操作檢查修整的數(shù)據(jù)序列裝配查看范圍和構建結果去除矛盾堿基和缺口手動修改序列末端文件保存與序列輸出

從SEARCHMENU找到ORF,點擊開啟會出現(xiàn)右邊的對話框。單擊FindNext尋覓第一個ORF的位置。繼續(xù)點擊FindNext直到你把ORF的位置選定在所需位置。ORF的坐標會出現(xiàn)在EditSeq窗口的頂端附近。

任何序列中的讀框內部分都可以用下面的方法進行翻譯。假使你的選擇是在三聯(lián)碼的讀框內，三聯(lián)碼指示棒顯示為實心黑線(如下圖箭頭)。假使你的選擇是不在三聯(lián)碼的讀框內，左邊的箭頭和右面的箭頭顯示向左或向右移動一個bp,以使所選序列成為三的倍數(shù)。選定ORF,從GOODIESMENU菜單中選擇翻譯(Translate)。翻譯的蛋白質序列出現(xiàn)在一個新的未命名窗口中(如右圖)。它是使用標準的遺傳密碼翻譯的。

從GOODIESMENU菜單，選反向互補序列(ReverseComplement),或者把序列顛倒過來(ReverseSequence)命令，則被選定的序列就被翻轉互補或翻轉過來了。

我們以尋覓能夠切割組氨酸DNA序列的酶切位點為例。從文件菜單項選擇擇New開啟對話框。開啟“DemoSequences.〞文件夾。雙擊開啟TETHIS21(見下)。

過濾器類型過瀘器(filter)是你定義的可以使用的酶切位點的集合。在你自定義過瀘器之前，所有酶切位點都會用于序列分析。你可以用和/或來組合過瀘器。MapDraw內置的過瀘器如下：Overhang過瀘器頻率(Frequency)過瀘器種類和繁雜性過瀘器(ClassComplexity)手動選擇過瀘器MustCutHere/Don’tCutHere調色板工具。

頻率過瀘器應用頻率過瀘器刪除任何可以兩次切割我們序列的酶。從ENZYMEMENU,選NewFilter,然后Frequency開啟參數(shù)對話框。在Min和Max對應的框中輸入數(shù)字1和2,其他的參數(shù)不變。這個設定將我們序列中切割多于兩次的位點自動刪除。在過瀘器名字框中，輸入“Two-cuts-max.〞。單擊Apply將過瀘器用于序列分析——然后OK退出參數(shù)對話框。在圖上酶切位點的數(shù)目將會大大地減少了。

應用手動過瀘器雖然減少了大約3分之2的位點，但是還有100以上的酶存在。我們還可以設定一些更嚴緊的命令進行限制。譬如是否能整齊地用來切割TETHIS21序列的編碼區(qū)。從MAPMENU選LinearMinimap。開啟的窗口顯示每個限制酶切割位點的位置。滾動窗口，直到你看到大的向右的箭頭，上寫“h

istone〞。“Histone〞是在最初的Genbank入口被解釋的序列特點。當我們開啟它的時候，這個特點和序列一起輸入。單擊選定它。在屏幕的左上單擊種類調色板工具(Sort),接著選擇SortbyCutsClosetoSelection。酶切位點即刻分類，這樣，距特點最近而且超出選定范圍的酶切位點將會排在最上面。滾動到窗口的最頂端。你將注意到，在histone基因的左和右有2酶切位點：AcsI和ApoI。

從MapDocument,單擊過瀘器調色板工具

PrimerSelect創(chuàng)立PrimerSelect文件我們將以克隆載體pBR322為模板DNA序列。我們選擇引物，用來擴增位于2023-2169位的H-strandY