SNP分型技術簡介

SNP分型簡介單核苷酸多態(tài)性分型SNP技術交流QQ群：107750067SNP分型技術簡介SNP概念SNP（singlenucleotidepolymorphisms）單核苷酸多態(tài)性是指在基因組水平上由單個核苷酸的改變所引起的DNA序列多態(tài)性。單個？核苷酸？多態(tài)性？SNP分型技術簡介突變與多態(tài)性多態(tài)性是一個群體概念，多態(tài)性指這個差異占群體的1%以上。否則就叫突變（小于1%）。SNP是多態(tài)性中的一種，只是進一步限定了差異只是單堿基。SNP一般來說，是全部體細胞一樣的基因型。突變一般不是一個個體全部體細胞的變化。如果突變發(fā)生在生殖細胞，則可以遺傳，但是只要這個突變群沒有達到總群體的1%，它就只是一個突變株/系；達到了1%就是多態(tài)性了。SNP分型技術簡介SNP多態(tài)性SNP在人類基因組中廣泛存在，平均每500～1000個堿基對中就有1個，估計其總數(shù)可達300萬個甚至更多。人類30億堿基中共有300萬以上的SNPs。各地各民族人群中特定SNP并非一定都存在，其所占比率也不盡相同，但大約有85%應是共通的。SNP分型技術簡介SNP的發(fā)生形式這種變異可能是轉換(CT，在其互補鏈上則為GA)，也可能是顛換(CA，GT，CG，AT)。AACGGATCGACTTGCCTAGGTGAACGAATCGACTTGCTTAGGTGSNP分型技術簡介SNP的發(fā)生形式轉換的發(fā)生率總是明顯高于其它幾種變異，具有轉換型變異的SNP約占2/3可能是因為CpG二核苷酸上的胞嘧啶殘基C是人類基因組中最易發(fā)生突變的位點，其中大多數(shù)是甲基化的，可自發(fā)地脫去氨基而形成胸腺嘧啶T。SNP分型技術簡介SNP的影響編碼區(qū)SNP有同義和非同義2種，非同義突變由于會導致氨基酸的變化，從而影響蛋白質的功能，特別是發(fā)生在結構功能區(qū)域的SNP尤其重要非同義突變，雖然沒有明顯的功能的分子機制，但是在遺傳學上可能因為與附近的其它致病基因的表達或者SNP連鎖，因此在流行病學上形成陽性結果一般以此解釋。SNP分型技術簡介SNP研究的優(yōu)勢SNP在基因組中每500-1000個堿基就有一個標記。無論是比較于RFLP還是SSR（6000一個標記），都要廣泛得多；SNP在人群中是等位基因性的，在任何人群中其等位基因頻率都可估計出來；與微衛(wèi)星位點相比，SNP是高度穩(wěn)定的，尤其是處于編碼區(qū)的SNP，而前者的高突變率容易引起對人群的遺傳分析出現(xiàn)困難；部分位于基因內部的SNP可能會直接影響產(chǎn)物蛋白質的結構或基因表達水平，因此，它們本身可能就是疾病遺傳機制的候選位點；易于自動化、規(guī)?；治?，縮短了研究時間。

SNP分型技術簡介功能研究發(fā)展與方向通過測序手段對SNP的存在及頻率信息進行確定,對不同人群進行SNP的基因分型都需借助這些序列信息才能得以進行SNP連鎖分析、單體型構建以及標簽SNP尋找預測啟動子SNP位點與轉錄因子結合的改變,編碼區(qū)SNP對蛋白質的空間結構,生物功能的影響等SNP作為復雜性疾病的遺傳標記的關聯(lián)性研究（吸煙人群中患肺部疾病的相關連鎖性）SNP分型技術簡介1.未知SNP位點尋找未知的SNP或確定某一未知SNP與某遺傳病的關系

研究方法：單鏈構象多態(tài)性(SSCP)高效液相色譜檢測(HPLC)限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)隨機擴增多態(tài)性DNA(RAPD)測序(SEQ)

只能發(fā)現(xiàn)含有SNP確知SNP的位置和堿基SNP檢測對象SNP分型技術簡介SNP檢測對象2.已知SNP位點對不同群體SNP遺傳多樣性檢測或在臨床上對已知致病基因的遺傳病進行基因診斷。

研究方法：等位基因特異寡核苷酸片段分析(ASO)

基因芯片技術(genechips)熒光定量PCR技術（RealTimePCR）---Taqman探針

飛行質譜

測序SNP分型技術簡介SNP研究方法DNA測序

最終的確認標準單鏈構象多態(tài)性(SSCP)

傳統(tǒng)的酶切方法，資金少的實驗室做，結果不準確，工作量大，需測序確認。TaqMan實時熒光PCR

國內很少做，成本高MassARRAY飛行質譜SNP

成本高限制性酶切片段長度多態(tài)性(RFLP)基因芯片大規(guī)模，成本高，某些流程還不成熟等位基因特異的寡聚核苷酸雜交(ASO)

SNP分型技術簡介測序法SNP分型技術簡介項目案例1SNP分型技術簡介已知SNP位點測序項目案例VKORC1基因-1639G/A位點測序項目簡單了解VKORC1基因研究背景

VKORC1基因：VitaminKepoxidereductasecomplexsubunit1，維生素K環(huán)氧化物還原酶復合物1查找SNP位點參考序列。公開的SNP數(shù)據(jù)庫：http://http:///生產(chǎn)前準備SNP分型技術簡介根據(jù)參考序列，在SNP位點附近設計引物，并檢測引物效率。SNP位點引物名稱引物序列產(chǎn)物大小rs9923231

(-1639G/A)VKORC1_1FACAGACGCCAGAGGAAGAG306bpVKORC1_1RCAGGGTTCAAGTGGTTCTCSNP分型技術簡介生產(chǎn)過程上機檢測測序反應PCR產(chǎn)物純化PCR反應測序模版質控電泳檢測SNP分型技術簡介PCR擴增3730xl測序峰圖

SNP分型技術簡介SNP位點分析生產(chǎn)后分析Codoncode軟件SNP分型技術簡介

統(tǒng)計信息Samplenamers9923231rs9934438rs7294P1-001TAGP1-002TAGP1-003TAGP1-004TAGP1-005YRRP1-006TAGP1-007TAGP1-008TAGP1-009YRRSNP分型技術簡介項目案例2SNP分型技術簡介未知SNP位點測序項目案例CTSL基因Exon4中未知SNP位點測序項目

簡單了解CTSL基因背景

CTSL基因：cathepsinL，組織蛋白酶L。查找CTSL基因Exon4參考序列。公開的數(shù)據(jù)庫：http://http:///生產(chǎn)前準備SNP分型技術簡介根據(jù)參考序列，在Exon4區(qū)域設計引物，并檢測引物效率。引物名稱引物序列產(chǎn)物大小CTSL-4FACCAGTGGAAGGCAACTCAC492bpCTSL-4RACAGAGGAGAGGAGGCACAASNP分型技術簡介生產(chǎn)過程上機檢測測序反應PCR產(chǎn)物純化PCR反應測序模版質控電泳檢測SNP分型技術簡介PCR擴增3730xl測序峰