基因組學(xué)生物信息學(xué)及高性能計(jì)算

基因組學(xué)生物信息學(xué)及高性能計(jì)算第1頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一內(nèi)容1.研究所整體介紹2.基因組及生物信息基礎(chǔ)科研環(huán)境3.生物信息研究工作4.致謝第2頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一

West

5InstitutesShanghai8InstitutesBeijing

7

InstitutesBio-relatedInstituteofCASMid-South5Institutes25Institutes19NationalKeyLabs15BotanicGardens18Museums9SpecimenDepository13ObservationStations第3頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一3Mb30Mb400Mb3000MbOnecancertainlydosomethingusefulforChinaPLoSBiology2005RiceGeneMapsStartfrom1999第4頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一2007年10月22日，經(jīng)過(guò)2個(gè)月的裝修和籌備工作，中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所臨時(shí)所址落成。第5頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一北京基因組所的中心任務(wù)

以大規(guī)模測(cè)序解決重要生物學(xué)問(wèn)題

(測(cè)序是手段，不是目的）

將發(fā)現(xiàn)應(yīng)用到經(jīng)濟(jì)和社會(huì)發(fā)展中水稻基因組項(xiàng)目人類轉(zhuǎn)錄組研究腫瘤基因組研究細(xì)菌及微生物研究第6頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一內(nèi)容1.研究所整體介紹2.基因組及生物信息基礎(chǔ)科研環(huán)境3.生物信息研究4.致謝第7頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一基因組學(xué)生物信息學(xué)高性能計(jì)算第8頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一測(cè)序能力測(cè)序儀數(shù)量序列圖像運(yùn)行時(shí)間SOLiDv4.0730GB6～8TB10天/臺(tái)SOLEXAGAII415GB4TB10天/臺(tái)4541400MBGB量級(jí)7小時(shí)/臺(tái)37304～50KBGB量級(jí)2小時(shí)/臺(tái)數(shù)據(jù)產(chǎn)量：1TB/月

（不包括圖像文件）第9頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一第10頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一第11頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一454SolexaGAII第12頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一第13頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一第14頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一第15頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一“釣魚(yú)”和“撈魚(yú)”前基因組時(shí)代的“釣魚(yú)”和后基因組時(shí)代的“撈魚(yú)”第16頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一CPU:960(core)AggregationCapabilities:10.2TFLOPS第17頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一運(yùn)算速度快節(jié)點(diǎn)多單節(jié)點(diǎn)內(nèi)存大（至少2～4GB/Core）節(jié)點(diǎn)內(nèi)部網(wǎng)絡(luò)通路無(wú)特殊要求應(yīng)用（NGS數(shù)據(jù)分析）全基因組序列比對(duì)分析（BWA，SOAP，Bioscope，Bfast，…）轉(zhuǎn)錄組序列比對(duì)分析…通用高性能集群計(jì)算環(huán)境第18頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一

專用計(jì)算環(huán)境大內(nèi)存服務(wù)器128GB/256GB/512GB/1TB用途大基因組拼接轉(zhuǎn)錄組拼接基于大數(shù)據(jù)量的功能分析…第19頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一存儲(chǔ)資源環(huán)境分級(jí)存儲(chǔ)普通存儲(chǔ)+高性能存儲(chǔ)高性能存儲(chǔ)+磁帶庫(kù)存儲(chǔ)普通存儲(chǔ)+高性能存儲(chǔ)+磁帶庫(kù)存儲(chǔ)基因組所狀況普通存儲(chǔ)：700TB（參與小數(shù)據(jù)計(jì)算）高性能存儲(chǔ)：200TB（參與大數(shù)據(jù)計(jì)算）磁帶存儲(chǔ)：若干（備份數(shù)據(jù)）第20頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一第21頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一內(nèi)容1.研究所整體介紹2.基因組及生物信息基礎(chǔ)科研環(huán)境3.生物信息研究工作4.致謝第22頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一生物信息研究工作第23頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一(1)ResequencingWholegenomesequencingExoncapturesequecing第24頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一(2)AssemblySequencingReadsLongreads：454、3730Shortreads：Solexa、SolidHybridReads：Long+ShortreadsAssemblypipelineReadsfiltering(QV,adaptor,redundantreads)ReadscorrectionContigassemblyScaffoldingFixgap第25頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一(3)TranscriptomeBasicAnalysisReadsfilteringMaptogenomeMaptojunctionAnnotationDEGseqGOKEGGAdvancedAnalysisDenovoassemblySNPalleleAlternativeSplicingIsoformexpressionAnti-senceRNA…第26頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一第27頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一(4)microRNA第28頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一(5)MethylationSolexasequencingBusilfitemethodSingle-endPair-endMappingstrategyMethylationsiteStatisticalanalysisDistributionGCornon-GC第29頁(yè)，共35頁(yè)，2023年，2月20日，星期一(6)DatabaseandsoftwareBioinformaticsdatabasedesignanddevelopWebservicedevelopmentSoftwaredevelopmentLabInformationManagementSystem(LIMS)designanddevelop第30頁(yè)，共