菌種鑒定專業(yè)知識(shí)講座

菌種判定制作人：張立巖1/13內(nèi)容簡(jiǎn)述16sRNA判定菌種總結(jié)2/13

傳統(tǒng)細(xì)菌學(xué)檢查與判定主要根據(jù)是形態(tài)特性和生理性狀,需要進(jìn)行細(xì)菌培養(yǎng)及一系列生化反應(yīng)或免疫學(xué)檢測(cè).辦法復(fù)雜費(fèi)時(shí),對(duì)有些細(xì)菌也往往不能給出抱負(fù)判定成果。諸如引發(fā)肺結(jié)核分支桿菌，其生長遲緩，經(jīng)常要培養(yǎng)幾周才能得到供生物化學(xué)分析，判定和株系/亞種分型(subtyping)純凈培養(yǎng)物。通過傳統(tǒng)培養(yǎng)和生物化學(xué)分析辦法對(duì)其檢測(cè)和判定費(fèi)時(shí)且費(fèi)用大，影響醫(yī)生給予患者最合適治療。由于假如不能對(duì)細(xì)菌進(jìn)行迅速精確判定，醫(yī)生只能給患者開廣譜抗生素，因而引發(fā)無效治療和細(xì)菌耐藥性。

簡(jiǎn)述3/13分子生物學(xué)判定

伴隨分子生物學(xué)技術(shù)發(fā)展,PCR技術(shù)以迅速、敏感和特異等長處迅速地應(yīng)用到微生物檢測(cè)領(lǐng)域。

DNA所包括遺傳信息決定了不一樣種生物之間以及同種生物不一樣亞種/株系之間差異。因此分子診斷對(duì)細(xì)菌分型比傳統(tǒng)辦法更為精確。4/13類別分子生物學(xué)菌種判定PCR-RFLP分析法

16SrDNA序列分析法

REP-PCR指紋法5/13

RAPD-PCR是使用較短寡核苷酸引物擴(kuò)增一群長度不等DNA片段混合物，這些產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳展現(xiàn)出帶型，反應(yīng)了用于擴(kuò)增模板DNA分子總體構(gòu)造特性，因此能夠測(cè)出2個(gè)生物體（包括同一物種不一樣個(gè)體）基因之間差異。親緣關(guān)系越近種，PCR擴(kuò)增帶型就越相同，反之差異懸殊。

RAPD-PCR

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目前在細(xì)菌分類學(xué)及菌種判定研究中最有用和最常用分子是rRNA。rRNA構(gòu)造既具保守性又具高變性。保守性反應(yīng)生物物種親緣關(guān)系,高變性則揭示生物物種特性核酸序列,是屬種判定分子基礎(chǔ)。rRNA這種特性使得這一段核酸序列成為目前人們利用PCR技術(shù)檢測(cè)不一樣細(xì)菌種間或種內(nèi)差異最為抱負(fù)模板。一般菌種判定還是最常用16SrDNA分析.由于它能迅速精確地對(duì)微生物進(jìn)行分類判定,因此它在分類學(xué)中關(guān)鍵地位不可替代,還是受人們青睞.但當(dāng)16SrDNA序列同源性大于99.5％時(shí)難以取得精確判定成果.7/13卡拉膠：一種紅藻多糖，由1,3-β-D-吡喃半乳糖和1,4-α-D-吡喃半乳糖作為基本骨架，交替連接而成線性多糖。加拿大Labatt公司研究人員在啤酒腐敗菌乳酸菌檢測(cè)中使用5S和16SRNA基因進(jìn)行PCR擴(kuò)增，用于菌種特性判定。已成功地對(duì)乳桿菌、片球菌、明膜串珠菌屬中菌株做出判定。現(xiàn)狀8/1316SrDNA序列分析法

9/13詳細(xì)流程基因組制備PCR克隆16sRNA陽性克隆判定，測(cè)序同源性分析，系統(tǒng)進(jìn)化樹建立10/13系統(tǒng)發(fā)育樹根據(jù)同源性分析成果和系統(tǒng)發(fā)生樹來判定該菌株為Cellulophaga屬細(xì)菌,命名Cellulophagasp.QY201。11/13總結(jié)

篩選得到一株高產(chǎn)酶菌株QY201，該菌株具有酶活高、降解速率快、并且能同步分泌出κ-、ι-、λ-卡拉膠酶等特點(diǎn)。通過采取形態(tài)觀測(cè)和16SrDNA技術(shù)，菌株QY201能夠判定為

Cellulophaga屬，命名為Cellulophagasp.QY201。加拿大Labatt公司研究人員在啤酒腐敗菌乳酸菌檢測(cè)中使用5S