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RS是NCBI數(shù)據(jù)庫中SNP編號，該數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)一般都有兩個身份標識(ID)：ss編號和rs編號，前者是為所有研究者提交的SNP都生成的編號，稱為NCBI分析編號(NCBIAssayID),而后者是在對所有已有數(shù)據(jù)比較后，為獨特SNP生成的編號，稱為參考SNP編號(refereneeSNPID)。理論上一個rsSNP可能對應多個不同的ssSNP,rsSNP應是唯一的。從理論上說一個SNP位點應該有4種等位基因型，即A.T.C,G,但是在現(xiàn)實情況中，往往只有2種,說以說是兩種等位基因型.一個位點兩種基因型AG,不是一條鏈為A,另外一條鏈為G.這個意思是說，比如人有兩套染色體，一套來源母本，一套來源父本,所說的A和G的等位基因型說的是這兩套上的不同基因型.在PCR擴增的條帶上，如何看出哪個位點是多態(tài)位點?多態(tài)位點和等位基因是什么關系？一般微衛(wèi)星的話是兩條帶的居多，表示在這個位點存在多態(tài)性,也有可能會出現(xiàn)3條帶的，暗示著遺傳背景是遠系雜合的.應該說等位基因只是一個標記,并不是是有功能的基因，只是標識個體在兩條染色體上的差異的一個marker.Hardy-Weinberg平衡定律的意義時間:2012-11-0812:08來源:互聯(lián)網(wǎng)作者:張醫(yī)師1.反映基因頻率和基因型頻率的關系按照Hardy-Weinberg平衡定律，在達到遺傳平衡的群體,基因頻率和基因型頻率之間的關系可以用二項式展開的公式表示。設某基因座有A1、A2、A3、......An個等位基因，基因頻率分別為pl、P2、p3、"""pn。貝V：評■(PlAl十皿兀中內;M *Pn/Vj—訂療凡兒—一喩氏a2丄厲民A：H…?+卅他A?|j2pjP2AjA>I即】+即］p?凡 pflAn］九上述等式的左側稱配子組數(shù)；等式的右側稱合子組數(shù)。從二項式展開的公式，歸納出基因頻率與基因型頻率的數(shù)量關系為：純合子基因型頻率等于該基因頻率的平方。雜合子基因型頻率等于該兩基因頻率乘積的二倍。這種基因頻率和基因型頻率間的數(shù)量關系對物證鑒定結論的量化有重要作用。2．群體樣本的檢驗Hardy-Weinberg定律的另一個意義在于對抽樣調查的結果進行檢驗，評估所調查的對象群體是否符合Hardy-Weinberg平衡定律，評估群體調查資料的可靠性。由于在實際中“理想群體”是不存在的，所以在應用群體調查資料計算法醫(yī)物證學鑒定參數(shù)之前，需要先檢驗對象群體是否是統(tǒng)計學意義的Hardy-Weinberg平衡群體。群體的Hardy-Weinberg平衡檢驗方法有吻合度檢驗法、純合度檢驗法、似然比檢驗法以及確切概率分析法等等。其中吻合度檢驗法最為常用，而純合度檢驗法、似然比檢驗法和確切概率分析法由于計算較復雜而使用較少。吻合度檢驗是運用X2檢驗來衡量基因型數(shù)目的觀察值與該位點上全部基因型頻率分布在符合Hardy-Weinberg平衡時的期望值之間的吻合程度。首先計算出比較每個基因型的觀察值與期望值之間吻合程度的X2值，再將所有基因型的Xz值求和獲得總的X2值，查表求得p值，一般以P>0.05作為無顯著性差異的界限。計算公式如下：“P(觀察值一期望值護若一乙期望值其中X2檢驗的自由度為：df-觀察到的基因型數(shù)一等位基因數(shù)基因型的期望值按照Hardy-Weinberg公式計算：純合子基因型數(shù)的期望值=(基因頻率)2x樣本含量雜合子基因型數(shù)的期望值=2x(基因頻率1)x(基因頻率2)x樣本含量吻合度檢驗法是一經典的方法，優(yōu)點在于計算方法簡便。P>0.05說明所調查的群體達到了遺傳平衡，也說明本次群體調查的數(shù)據(jù)可信。如果檢驗的結果PvO.05，有三個問題要考慮：①被調查的群體不是處于遺傳平衡狀態(tài)；②遺傳標記分型的技術或標準出現(xiàn)誤差；③沒有達到隨機抽樣的要求。在X2檢驗時，要求列聯(lián)表中每一格子中基因型的數(shù)目均大于5,而現(xiàn)在法醫(yī)物證分析中最為常用的高多態(tài)性DNA位點，如VNTR或STR,每個位點有許多等位基因，群體調查的樣本量不夠大時，調查資料中常會出現(xiàn)一些基因型數(shù)目小于5，甚至有些基因型未觀察到的情況。這不適合于檢驗該群體調查資料是否與Hardy-Weinberg平衡吻合?？梢杂谜{整數(shù)據(jù)結構的方法解決這個問題。常用的方法是并組法，可以忽略基因頻率很小的等位基因對群體結構影響。以STR基因座D18S51基因座為例：表2-5列出了128名漢族無關個體D18S51基因型分布原始數(shù)據(jù)，即基因型的觀察值。例如基因型12-12的觀察值為0，基因型12-13的觀察值為2，基因型12-14的觀察值為2。等位基因頻率按照前述直接計數(shù)法的公式算出，即：等位基因12的基因頻率一(0+2+2+2+0+1+2+1+1+0+0+0+0)／2x128=(2+2+2+1+2+1+1)／2x128=0.043所有等位基因頻率的計算結果見表2-5。表2-5成都地區(qū)漢族群體D18S51基因型分布及等位基因頻率(n=128)121314151?181920基肉頻率1221U21111§&51m；M341030.S33?卩12$310.2?133]a05B.L915￡4p.u55:2013221L2123g1a.0352221ii.OI?331GQQ4剋10.004純合子基因型12-12的期望值=（基因頻率）2x樣本含量=0.0432x128=0.2367雜合子基因型12-13的期望值=2x（基因12頻率）x（基因13頻率）x樣本含量=2x0.043x0.140x128=1.5411其余純合子或雜合子基因型的期望值同樣用上述公式計算，并與基因型觀察值一起代入吻合度檢驗公式進行Hardy-Weinberg平衡吻合度檢驗，即：“Ec觀察蠶嚴匚碣叱df=基因型數(shù)目一等位基因數(shù)目=42-13=29查表得P<O.01，結果顯示群體不處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)。但是由于D18S51基因座實際觀察到的基因型數(shù)為42，明顯少于根據(jù)等位基因數(shù)推算出的預期基因型數(shù)91。在列聯(lián)表中大部分的格子數(shù)值小于5,影響了X2檢驗對群體的估計能力。此時的X2檢驗不能說明群體是否處于Hardy-Weinberg平衡，需要用并組法對群體調查資料的數(shù)據(jù)結構進行調整，即將基因頻率等于和小于0.058的等位基因并組為C,得到表2-6數(shù)據(jù)。按前述步驟計算結構調整后的數(shù)據(jù)，求得基因型觀察值，基因頻率和基因型期望值，將基因型觀察值和期望值代人吻合度檢驗公式進行Hardy-Weinberg平衡吻合度檢驗，得：X2=16.588df=基因型數(shù)目一等位基因數(shù)目=15-5=10查表得P>O.05，結果顯示群體處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)。DNA測序結果發(fā)現(xiàn)某位點突變，而此位點恰好是多態(tài)性位點，怎樣判斷這個結果是突變還是基因多態(tài)性？單個堿基突變可以做SNP檢測首先應該重復測序，因為兩次測序相差一個堿基也很有可能。類似這種情況，有專家建議測序至少要做3次，而且要仔細核對圖譜和堿基序列。對于單核苷酸多態(tài)性（SNP），通常只有兩種等位基因。既然知道此位點是多態(tài)性位點，那么可以杳閱文獻，看該多態(tài)性位點是哪兩種核苷酸（比如說是C/A）,如果你的序列中該位點不是其中的一種（比如說是T或G）,則我認為可以判斷結果為突變；如果你的序列中該位點是其中的一種（是C或A）,則判斷結果為基因多態(tài)性。另外，關于為什么SNP只有兩種等位基因？4種寡核苷酸的任何一種都可以位于基因組的任意位置，因此可以設想每種單核苷酸多態(tài)性應該有四種等位基因。這在理論上是可能的，但實際上大多數(shù)的SNP只能以兩種突變體的形式存在。這是由產生SNP的方式和其在種群中的分布決定的。當基因組中發(fā)生點突變時就產生SNP，使一個核苷酸轉變成另一個。如果該突變是發(fā)生在一個個體的生殖細胞中，那么一個或多個后代就可能遺傳了這個突變，經過多代之后，這個SNP可能在種群中建立，但是僅有兩個等位基因一一原始序列和突變序列。如果要產生新的突變，必須在另一個個體的基因組的同一位置產生一個新的突變，該個體和其后代必須繁殖以產生新的等位基因。這種情況不是不可能的，但是不太可能發(fā)生；因此絕大多數(shù)SNP都是雙等位的。哦，我明白了。多謝了！突變和多態(tài)是兩個經常被混淆的概念。嚴格來說多態(tài)是指基因在人群中在某個位點或者某段序列上存在差異，這種差異往往并不能導致基因功能的變化。而突變則指那些存在于基因調控區(qū)，編碼區(qū)或者雖然存在于非編碼區(qū)但能影響基因剪切的多態(tài)位點，這些位點能造成基因所編碼的蛋白的功能變化或者是基因的表達量發(fā)生變化。這就是突變和多態(tài)的區(qū)別。突變和多態(tài)是兩個經常被混淆的概念。嚴格來說多態(tài)是指基因在人群中在某個位點或者某段序列上存在差異，這種差異往往并不能導致基因功能的變化。而突變則指那些存在于基因調控區(qū)，編碼區(qū)或者雖然存在于非編碼區(qū)但能影響基因剪切的多態(tài)位點，這些位點能造成基因所編碼的蛋白的功能變化或者是基因的表達量發(fā)生變化。這就是突變和多態(tài)的區(qū)別。

不同意不同意首先應該重復測序，因為兩次測序相差個堿基也很有可能。類似這種情況，有專家建議測序至少要做3次，而且要仔細核對圖譜和堿基序列。對于單核苷酸多態(tài)性（SNP），通常只有兩種等位基因。既然知道此位點是多態(tài)性位點，那么可以查閱文獻，看該多態(tài)性位點是哪兩種核苷酸（比如說是C/A）,如果你的序列中該位點不是其中的一種（比如說是T或G）,則我認為可以判斷結果為突變；如果你的序列中該位點是其中的一種（是C或A）,則判斷結果為基因多態(tài)性。首先應該重復測序，因為兩次測序相差補充：一般認為DNA序列中某特定位點的突變頻率低于1%為突變，高于1%則為分子多態(tài)。目前研究較深入的分子多態(tài)是微衛(wèi)星DNA多態(tài)，單核昔酸多態(tài)和AluI序列多態(tài)。DNA多態(tài)性是指染色體DNA等位基因中核昔酸排列的差異性?DNA區(qū)域中等位基因（或片段）存在兩種或兩種以