(生物類研究生必學)DNAMAN、DNAstar、primer5.0、Endnote常用功能介紹

DNAMAN、DNAstar、primer5.0、Endnote常用功能介紹DNAMANDNAMAN是美國LynnonBiosoft公司開發(fā)的高度集成化的分子生物學應用軟件，幾乎可完成所有日常核酸和蛋白質(zhì)序列分析工作，包換多重序列比對、PCR引物設計、限制性酶切分析、蛋白質(zhì)分析、質(zhì)粒繪圖等。該軟件是所有生物信息學研究人員所必備的，強烈推薦使用!!

專題講座（一）DNAstarDNAstar軟件，即著名的LasergeneSuite，功能主要有：序列的格式轉(zhuǎn)換，序列拼接和重疊克隆群的處理；基因?qū)ふ?；蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的查找；多重序列的比較和兩兩序列比較；寡核苷酸設計（PCR引物，測序引物，探針）。由EditSeq、MegAlign、GeneQuest、MapDraw、PrimerSelect、Protean、SeqManII七個模塊組成。專題講座（一）PrimerPrimer是由加拿大的Premier公司開發(fā)的專業(yè)用于PCR或測序引物以及雜交探針的設計，評估的軟件。其主要界面同樣也是分為序列編輯窗口（Genetank），引物設計窗口（PrimerDesign），酶切分析窗口（RestrictionSites）和紋基分析窗口（Motif）。專題講座（一）EndNoteEndNote是THOMSON公司推出的最受歡迎的一款產(chǎn)品，是文獻管理軟件中的佼佼者。其具有海量文獻信息的管理、全文管理、筆記管理、自動編排論文或書籍的參考文獻、利用雜志全文模版撰寫論文、統(tǒng)計與分析等功能，強烈推薦?。?！

養(yǎng)成良好的閱讀習慣，不管做實驗還是寫文章將會事半功倍。專題講座（一）DNAMAN功能很多，這里我們主要講以下幾個常用功能：序列形式的變換DNA序列的限制性酶切位點分析序列比對分析專題講座（一）專題講座（一）打開DNAMAN會出現(xiàn)如下界面主菜單欄瀏覽器欄工具欄載入序列的方法：主菜單欄?文件?打開?選擇要載入的序列主菜單欄?文件?新建?直接將序列復制過來主菜單欄?序列?載入序列?選擇要打開的文件類型?選擇相應的要打開的文件專題講座（一）序列格式轉(zhuǎn)換載入序列主菜單欄?序列?顯示序列專題講座（一）專題講座（一）尋找酶切位點載入序列主菜單欄?限制性酶切?限制性酶切分析專題講座（一）專題講座（一）專題講座（一）序列比對主菜單欄?序列?比對?多重序列比對工具欄?多重序列比對專題講座（一）專題講座（一）專題講座（一）DNAstar功能強大，這里主要講EditSeq。專題講座（一）file?open專題講座（一）選擇所需的序列?SetEnds?輸入序列起始和終止位點專題講座（一）該命令用來去除5’和3’端污染序列尋找開放閱讀框：打開序列?search?FindORF專題講座（一）點擊FindNext專題講座（一）DNA序列翻譯：找到開放閱讀框后選擇Goodies?TranslateDNA專題講座（一）引物設計以及Primer5.0的使用引物設計的原則1.引物最好在模板cDNA的保守區(qū)內(nèi)設計。DNA序列的保守區(qū)是通過物種間相似序列的比較確定的。在NCBI上搜索不同物種的同一基因，通過序列分析軟件（比如DNAman）比對各基因相同的序列就是該基因的保守區(qū)。專題講座（一）2.引物長度一般在15~30堿基之間。引物長度常用的是18-27bp，但不應大于38，因為過長會導致其延伸溫度大于74℃，不適于Taq酶進行反應。3.引物GC含量在40%~60%之間，Tm值在55－80℃之間，最好接近72℃。4.引物3′端要避開密碼子的第3位。如擴增編碼區(qū)域，引物3′端不要終止于密碼子的第3位，因密碼子的第3位易發(fā)生簡并，會影響擴增的特異性與效率。專題講座（一）5.引物3′端不能選擇A，最好選擇T。引物3′端錯配時，不同堿基引發(fā)效率存在著很大的差異，當末位的堿基為A時，即使在錯配的情況下，也能有引發(fā)鏈的合成，而當末位鏈為T時，錯配的引發(fā)效率大大降低，G、C錯配的引發(fā)效率介于A、T之間，所以3′端最好選擇T。6.堿基要隨機分布。引物中四種堿基的分布最好是隨機的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不應超過3個連續(xù)的G或C，因這樣會使引物在GC富集序列區(qū)錯誤引發(fā)。專題講座（一）7.引物自身及引物之間不應存在互補序列。引物自身不應存在互補序列，否則引物自身會折疊成發(fā)夾結(jié)構(gòu)（Hairpin）使引物本身復性。這種二級結(jié)構(gòu)會因空間位阻而影響引物與模板的復性結(jié)合。引物自身不能有連續(xù)4個堿基的互補。兩引物之間也不應具有互補性，尤其應避免3′端的互補重疊以防止引物二聚體（Dimer與Crossdimer）的形成。引物之間不能有連續(xù)4個堿基的互補。引物二聚體及發(fā)夾結(jié)構(gòu)如果不可避免的話，應盡量使其△G值不要過高（應小于4.5kcal/mol）。否則易導致產(chǎn)生引物二聚體帶，并且降低引物有效濃度而使PCR反應不能正常進行。專題講座（一）8.引物5′端和中間△G值應該相對較高，而3′端△G值較低?！鱃值是指DNA雙鏈形成所需的自由能，它反映了雙鏈結(jié)構(gòu)內(nèi)部堿基對的相對穩(wěn)定性，△G值越大，則雙鏈越穩(wěn)定。應當選用5′端和中間△G值相對較高，而3′端△G值較低（絕對值不超過9）的引物。引物3′端的△G值過高，容易在錯配位點形成雙鏈結(jié)構(gòu)并引發(fā)DNA聚合反應。專題講座（一）9.引物的5′端可以修飾，而3′端不可修飾。引物的5′端決定著PCR產(chǎn)物的長度，它對擴增特異性影響不大。引物的延伸是從3′端開始的，不能進行任何修飾。3′端也不能有形成任何二級結(jié)構(gòu)可能。10.引物應具有特異性。引物設計完成以后，應對其進行BLAST檢測。如果與其它基因不具有互補性，就可以進行下一步的實驗了。專題講座（一）打開Primer5.0，會出現(xiàn)如下界面專題講座（一）選擇File?New?DNASequence或者File?Open?DNASequence，輸入或者打開所需的序列。專題講座（一）這里我們主要講引物設計這個功能，點擊Primer，則會出現(xiàn)以下界面：專題講座（一）點擊Search專題講座（一）引物類型搜索模式5’引物位置范圍3’引物位置范圍引物長度產(chǎn)物大小點擊OK,出現(xiàn)搜索結(jié)果，選擇其中一條專題講座（一）發(fā)夾結(jié)構(gòu)引物二聚體錯誤引發(fā)一對理想的引物應當不存在任何一種上述結(jié)構(gòu)，但是，實際操作中我們常常遇到：專題講座（一）選擇要修改的引物，點擊EditPrimers，對引物進行修改，修改完成后點擊OK。專題講座（一）引物設計完之后我們再來看一下引物內(nèi)部的穩(wěn)定性：主菜單欄?Report?InternalStability

專題講座（一）運行EndNote后，出現(xiàn)的第一個界面如下：專題講座（一）我們可以新建一個數(shù)據(jù)庫：專題講座（一）如何將文獻導入數(shù)據(jù)庫電腦里的