生物信息學軟件

生物信息學軟件JASPARConSiteTRANSFACrVista2.0

MEMEWeblogPISCESCH-HITPSIPREDChEMBLDavid轉錄因子結合位點轉錄因子：能夠結合在某基因上游特異核苷酸序列上的蛋白質，活化后從胞質轉位至胞核，通過識別和結合基因啟動子區(qū)的順式作用元件,啟動和調控基因表達轉錄因子結合位點：轉錄因子結合位點是轉錄因子調節(jié)基因表達時，與轉錄因子結合的區(qū)域JASPARJASPAR是收集有關轉錄因子與DNA結合位點模體(motif)的最全面的公開的數據庫,該數據庫是由哥本哈根大學維護。JASPAR數據庫中所包含的數據,都經過嚴格篩選,有確切的實驗依據,通過計算機輔助軟件進行整合識別匹配并用生物學手段進行注釋(1)

JASPARCORE(2)JASPARCNE(3)JASPARFAM(4)JASPARPBM(5)JASPARPBM_HLH(6)JASPARPBM_HOMEOJASPAR_CORE核心數據庫TheJASPARCOREdatabasecontainsacurated,non-redundantsetofprofiles,derivedfrompublishedcollectionsofexperimentallydefinedtranscriptionfactorbindingsitesforeukaryotes.Theprimedifferencetosimilarresources(TRANSFAC,etc)consistoftheopendataaccess,non-redundancyandquality.

JASPARCNEJASPARCNEisacollectionof233matrixprofilesByclusteringofoverrepresentedmotifsfromhumanconservednon-codingelements.Thebiochemicalandbiologicalroleofmostofthesepatternsisstillunknown如何得到位置矩陣位置矩陣如何打分PhylogeneticfootprintingPhylogeneticfootprintingisatechniqueusedtoidentifytranscriptionfactorbindingsites(TFBS)withinanon-codingregionofDNAofinterestbycomparingittotheorthologoussequenceindifferentspecies.同源假設兩個或多個結構具有相同的祖先，那么稱它們同源(Homology)這里相同的祖先既可以指演化論意義上的祖先，即兩個結構由一個共同的祖先演化而來，也可以指發(fā)育意義上的祖先，即兩個結構由胚胎時期的同一組織發(fā)育而來。

直系同源與旁系同源如果兩個基因有著幾乎一樣的DNA序列，那么它們很可能同源。同源序列可分為兩種：直系同源(orthology)和旁系同源(paralogy)。直系同源的序列因物種形成(speciation)而被區(qū)分開(separated)：假設一個基因原先存在于某個物種，而該物種分化為了兩個物種，那么新物種中的基因是直系同源的。嚙齒動物和人類旁系同源的序列因基因復制(geneduplication)而被區(qū)分開(separated)：假設生物體中的某個基因被復制了，那么兩個副本序列就是旁系同源的。肌紅蛋白(myoglobin)和血紅蛋白(hemoglobin)被認為是古老的旁系同源體ConSiteConSiteisauser-friendly,web-basedtoolforfindingcis-regulatoryelementsingenomicsequences.Predictionsarebasedontheintegrationofbindingsitepredictiongeneratedwithhigh-qualitytranscriptionfactormodelsandcross-speciescomparisonfilteringByincorporatingevolutionaryconstraints,selectivityisincreasedbyanorderofmagnitudeascomparedtosingle-sequenceanalysis

TRANSFAC

TRANSFAC數據庫是關于轉錄因子、結合位點和與DNA結合的profiles的數據庫。由SITE、GENE、FACTOR、CLASS、MATRIX、CELLS、METHOD和REFERENCE等數據表構成。Match-1.0Public

Matchisaweightmatrix-basedprogramforpredictingtranscriptionfactorbindingsites(TFBS)inDNAsequences.ItusesalibraryofpositionalweightmatricesfromTRANSFAC?Public6.0.

rVista2.0

Analyzingnovelsequencesforthepresenceofknowntranscriptionfactorbindingsitesortheirweightmatricesproducesahugenumberoffalsepositivepredictionsthatarerandomlyanduniformilydistributed.

rVistacombinesdatabasesearcheswithcomparativesequenceanalysis,reducingthenumberoffalsepositivepredictionsby~95%whilemaintainingahighsensitivityofthesearchMEMEMotif-basedsequenceanalysistools尋找DNA，RNA和蛋白質的共有序列可以在啟動子區(qū)域搜尋TFBS的結合位點可以搜尋蛋白質家族的模體(motif)WeblogWeblogo基于多序列比對信息，把多序列的保守信息通過圖形表示出來。每個logo由一系列堿基〔氨基酸〕組成，在每一個序列位置上用總高度表示此位置上的序列保守性，用堿基〔氨基酸〕字母的高度表示出現的頻率PISCES序列相似性比對軟件進行序列相似性比對蛋白質預測時序列相似性一般選?。?5%，40%CH-HIT序列相似性比對軟件DOS下運行最低的序列相似性為40%PSIPREDPSIPRED(PositionSpecificIteratedPRED)Server是一個預測蛋白質二級結構的效勞器ChEMBLChEMBLisadatabase