查找啟動子區(qū)課件

如何判斷序列的正反向NCBI里的序列，mRNA，CDS序列等等，都標注的很清楚，只是有的基因序列給的是反向互補的序列，需要大家在primer5等軟件里轉(zhuǎn)換一下。具體看是不是反向互補的序列，辦法就是看在第一個CDS區(qū)的前三個堿基是不是ATG，如果是ATG，那么這個序列就是你要的了，如果不是，那八成就是你要得序列的反向互補序列了。查找啟動子區(qū)目的：尋找promoter區(qū)域預(yù)測核心啟動子區(qū)查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域用NCBI：/

用UCSC：/用Ensembl：/index.html用公司信息（只包含公司擁有promoterclones的信息）：/

（*種類比較少）用SIB-EPD:http://www.epd.isb-sib.ch/

(可直接提供TSS，但是庫容較小，很多基因查不到)預(yù)測核心啟動子區(qū)查找啟動子區(qū)NCBI數(shù)據(jù)庫查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域NCBIhttp:///pubmed/選擇Gene,輸入ankh,點擊search選擇第一項，以人類Homosapiens的ANKH為例；Chromosome5location14707,complement(反義鏈)即-14871887到-14704909為基因范圍此例中選取-14873887到-14871887約2000bp核苷酸序列作為啟動子區(qū)域查找啟動子區(qū)選擇Ensembl或者HGNC_，進入ensembl分析尋找promoter區(qū)域查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域圖形顯示FASTA格式顯示的核苷酸序列輸入序列可以查詢?nèi)旧w位置ANKHgene在反義鏈上，所以用負數(shù)表示可以查詢具體核苷酸序列Genomiccontext點擊GraphicsToolsSequeceTextView查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域點擊GoToPosition,輸入-14873887，點擊PrevPage找到具體位置復(fù)制白底黑色區(qū)域即為promoter區(qū)域。白底黑字為啟動子區(qū)域紫底黑字為基因區(qū)域粉底黑字為編碼區(qū)，ATG為啟示密碼子查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域在前兩張幻燈片中選擇FASTA在右邊Changeregionshown輸入到Displayoptions選擇Showreversecomplement可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列（似乎有一個bp的差距，可以輸入到）可以選擇展示反向互補序列查找啟動子區(qū)1.選擇基因示意圖：1）.向下查看“Genomicregions,transcriptsandproducts”2）.將鼠標放在Genes的”NR_”示意圖上，3）.在彈出的窗口中點擊2.點擊”FASTAView，序列范圍表示NR_的位置。出現(xiàn)該基因的實際序列，第一個序列的位置表示“起始位置”3.調(diào)整顯示位置：將起始位點先前排1000bp，向后排1000bp。更改后的位置認為是啟動子區(qū)。查找啟動子區(qū)UCSC數(shù)據(jù)庫查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域UCSC

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選擇左側(cè)邊欄的“TableBrowser”在clade選擇Mammal，genome選擇Human，assmebly選擇最新的數(shù)據(jù)庫，在position后面的搜索框內(nèi)寫入待查的基因名稱，如actin。點擊getoutput。方法一查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域出現(xiàn)一系列候選序列。當(dāng)搜索用詞不特異的時候會出來太多的結(jié)果，只顯示500條。查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域點擊自己目的基因的結(jié)果鏈接，會出現(xiàn)該基因在染色體上的位置(有時候會直接跳到選擇genome，protein，mRNA那一頁面，可能是在搜索詞比較特異的情況寫)，繼續(xù)getoutput選擇genome查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域選擇Promoter/Upstreamby2000basesExonsinuppercase,everythingelseinlowercase：外顯子大寫，其他小寫查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域小寫字母為promoter區(qū)域大寫字母為基因區(qū)域，與NCBI結(jié)果相同ATG為CDS區(qū)起始密碼子查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域promoter/upstream前面的框中打勾，一般的啟動子長度大約為2kb左右，這個數(shù)字可以修改。為便于觀察，可繼續(xù)修改下面的幾個選項。這里選擇CDS大寫。點擊getsequence即可得到結(jié)果。查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域UTR和upstream是分開的，CDS是大寫的，可以看到起始碼。CopyATG以前的序列進行啟動子分析。PCR以genome為模板。查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域UCSC

/，點擊左側(cè)邊欄的“GenomeBrowser”方法二查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域以大鼠（rattusorvegicus）的結(jié)締組織生長因子（CTGF）為例，在Organism的下拉菜單中選擇Rat，在assembly的下拉菜單中選擇最新日期Nov.2004，在position框中鍵入CTGF，imagewidth選擇默認即可，如下圖所示：點擊Submit查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域結(jié)果顯示該基因的已知序列和相關(guān)mRNA序列，點擊“KnownGene”中的第一個序列，查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域出現(xiàn)包含這序列的圖解概要為了獲得這個區(qū)域更清晰的圖像，可以點擊緊靠zoomout的1.5X按鈕，如下圖：對于KnownGenes（已知基因）和預(yù)測的基因路徑來說，一般的慣例是以一個高的垂直線或塊狀表示每個編碼外顯子，以短的垂直線或塊狀表示5′端和3′端非翻譯區(qū)。起連接作用的內(nèi)含子以非常細的線條表示。翻譯的方向由沿著細線的箭頭指示。查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域本例的搜尋目的來說，默認設(shè)置不是理想的設(shè)置。按照視圖利用頁面底部的TrackControls按鈕，將一些路徑設(shè)置為hide模式（即不顯示），其他設(shè)置為dense模式（所有資料密集在一條直線上）；另一些路徑設(shè)置為full模式（每個特征有一個分開的線條，最多達300）。查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域Ensembl基因通過許多方法來預(yù)測，包括與已知mRNA和蛋白質(zhì)進行同源性比較。若查詢啟動子區(qū)域，我們需要將EnsemblGenes選擇為dense或full模式，點擊Refresh，即刷新，出現(xiàn)下圖：圖中多出了EnsemblGenes的預(yù)測路徑，我們在紅框中圈出。點擊用于表達該序列的任何方塊出現(xiàn)以下頁面：查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域點擊紅框中的條形深色方塊（不是EnsemblGenes文字），查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域選擇并點擊Linktosequence中的GenomicSequence，即顯示基因組序列查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域?qū)romoter改為2000bp，具體多少bp合適，可根據(jù)文獻資料和實驗?zāi)康墨@取，有的基因可能在其上游戲幾百bp就可以了,其他的幾個選項分別為5’端非編碼區(qū)，編碼區(qū)外顯子，3’端非編碼區(qū)，內(nèi)含子（內(nèi)含子用綠框圈了起來）等。SequenceFormattingOptions序列顯示方式，選擇上圖紅框里的內(nèi)容，即外顯子大寫，其余的小寫，也就是說mRNA的外顯子大寫，其余上下游非編碼區(qū)以及內(nèi)含子均為小寫。查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域第一個大寫字母以后就是mRNA序列，之前的小寫字母序列即為啟動子區(qū)域了。查找啟動子區(qū)第一個大寫字母以后就是mRNA序列，但該序列包含外顯子和內(nèi)含子，是未經(jīng)剪切修飾的mRNA,圖中兩段大寫字母中間的小寫字母便為內(nèi)含了序列。

尋找promoter區(qū)域查找啟動子區(qū)Ensemble數(shù)據(jù)庫查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域Ensembl：/index.html

選擇human輸入ankh選擇Gene，點擊GeneIDENSG點擊左邊的Exportdata方法一查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域5Flankingsequence輸入2000OptionsforFASTAsequence中Genomic選5Flankingsequence，deselectall點擊Next（不管正反此法都適用）查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域得到2000

bases的核苷酸序列查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域Ensembl：/index.html在“SearchEnsembl“標題下search后的下拉框中選中物種名homosapiens（人），for框中輸入基因名ankh，點擊Go方法二查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域找到所需要的gene，點擊出來2個結(jié)果。本例中貌似是同一個。點擊相應(yīng)鏈接進入新頁面。查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域貌似有2個不同的轉(zhuǎn)錄本。點擊ExonInfo。查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域新頁面中即可看到5'upstreamsequence?？梢栽贔lankingsequenceateitherendoftranscript后面的框中修改期望顯示的序列長度。一般啟動子最好選>2kb。然后copy所顯示的上游序列進行分析。

查找啟動子區(qū)Genecopoeia公司查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域/點擊searchproduct，選擇promoterclones，因為沒有ANKH的信息，此處輸入FIBRONECTIN選擇目的基因查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域點擊clickheretoviewthepromotersequence得到promoter信息查找啟動子區(qū)EPD數(shù)據(jù)庫查找啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域SIB-EPD網(wǎng)址：http://www.epd.isb-sib.ch/

具體使用方法大同小異，就是輸入物種名、基因名，限定啟動子序列區(qū)域

查找啟動子區(qū)預(yù)測核心啟動子區(qū)查找啟動子區(qū)Transcriptstartsite(TSS)附近-60bp到+40bp是核心啟動子區(qū)，是精確轉(zhuǎn)錄必須的最小單元。CpG島是一段200bp或更長的DNA序列,核苷酸G+C的含量較高,并且CpG雙核苷酸的出現(xiàn)頻率占G+C含量的50%以上。許多脊椎動物的啟動子區(qū)都與CpG島的位置重合。

查找啟動子區(qū)常見的在線預(yù)測工具有：真核啟動子數(shù)據(jù)庫第85版（TheEukaryoticPromoterDatabaseCurrentRelease85，EPD，http://www.epd.isb-sib.ch/

）http://epd.vital-it.ch/

轉(zhuǎn)錄起始位點數(shù)據(jù)庫：http://dbtss.hgc.jp/

該數(shù)據(jù)庫主要包括人，小鼠等常見生物的基因轉(zhuǎn)錄起始位點及該基因啟動子的可能情況。

Promoterscan(/molbio/proscan/),

Promoter2.0PredictionServer(http://www.cbs.dtu.dk/services/promoter/)

神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)啟動子預(yù)測器NNPP（/seq_tools/promoter.html

）

SoftBerry()

DragonPromoterFinder(.sg/promoter)（好像不能用了？）查找啟動子區(qū)FirstEF(/tools/FirstEF/)UROGENE(/methprimer/

)，可用于位點甲基化的預(yù)測CpGPlot/CpGReport/Isochore(http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/)

CpGProD(http://pbil.univ-lyon1.fr/software/cpgprod_query.html)

CpGIslandSearcher(/；/)

CpGPrediction(http://www.ualberta.ca/~stothard/jaascript/cpg_islands.html)/

CpG島預(yù)測軟件查找啟動子區(qū)1、獲取目的基因的mRNA序列，并且在NCBI的數(shù)據(jù)庫中查獲轉(zhuǎn)