R語言-ggmsa包-多序列比對圖

R語言_ggmsa包–多序列比對圖ZW2024-01-18安裝ggmsa包ggmsa是一個用于繪制多重序列比對（MultipleSequenceAlignment，MSA）的R包。library(devtools)install_github("YuLab-SMU/ggmsa")讀取樣本序列#加載ggmsa包中包含的示例序列文件protein_sequences<-system.file("extdata","sample.fasta",package="ggmsa")#支持的可輸入對象available_msa()##1.filescurrentlyavailable:##.fasta##2.XStringSetobjectsfrom'Biostrings'package:##DNAStringSetRNAStringSetAAStringSetBStringSetDNAMultipleAlignmentRNAMultipleAlignmentAAMultipleAlignment##3.binobjects:##DNAbinAAbinggmsa(protein_sequences,start=250,end=300,seq_name=TRUE,font='mono',char_width=0.7,color='Chemistry_AA')+theme(axis.text.y=element_text(size=6))ggsave("ggmsa1.jpg",width=15,height=10,bg="white")start=250和end=300：指定序列比對的起始和結(jié)束位置，只顯示這個區(qū)間的序列。seq_name=TRUE：表示在比對中包含序列名稱。char_width:氨基酸字符寬度，默認(rèn)為0.9。font='mono'：設(shè)置字體為等寬（monospace）字體，這在序列比對中很常見，因為等寬字體能夠保持字符對齊。helvetical，mono，TimesNewRoman，DroidSansMono。font=NULL不顯示氨基酸字符。color='Chemistry_AA'：指定一種配色方案，這里使用的是基于氨基酸化學(xué)特性的配色。其他蛋白序列配色：Clustal，Shapely_AA，Zappo_AA，Taylor_AA。核酸序列配色：Chemistry_NT，Shapely_NT，Taylor_NT，Zappo_NT。none_bg=TRUE去除背景posHighligthed=c(185,190)高亮指定位置theme(axis.text.y=element_text(size=6))。這是

ggplot2

的功能，用于自定義圖表的主題。這里，它設(shè)置y軸文字的大小為6。這對于調(diào)整軸上文字的可讀性非常有用，特別是當(dāng)繪制的圖表包含大量的數(shù)據(jù)點或標(biāo)簽時。分割圖像（增加facet圖層）p<-ggmsa(protein_sequences,start=250,end=400,seq_name=TRUE,font='mono',color='Chemistry_AA')p<-p+facet_msa(field=60)+theme(axis.text.y=element_text(size=6))##Scaleforxisalreadypresent.##Addinganotherscaleforx,whichwillreplacetheexistingscale.##Coordinatesystemalreadypresent.Addingnewcoordinatesystem,whichwill##replacetheexistingone.p##Warning:Nosharedlevelsfoundbetween`names(values)`ofthemanualscaleandthe##data'sfillvalues.facet_msa函數(shù)是ggmsa包特有的，用于在MSA圖中添加分面（facet），使得每個分面顯示一部分序列。這在序列較長時特別有用，可以幫助聚焦于特定的序列段。field=60參數(shù)設(shè)定了每個分面顯示的序列長度。在這個例子中，每個分面顯示60個氨基酸的序列添加序列標(biāo)志和GC含量圖層ggmsa(nt_sequences,seq_name=TRUE,font="mono")+geom_seqlogo()+geom_GC()+scale_size(range=c(0.2,4))+scale_color_gradient(low="white",high="red")+theme(axis.text.y=element_text(size=8))ggsave("ggmsa1.jpg",width=15,height=10,bg="white")geom_seqlogo()：在MSA圖上添加序列標(biāo)志圖層（sequencelogo）。序列標(biāo)志是一種表現(xiàn)序列保守性的可視化方式，通常用于顯示序列中各位置的核苷酸多樣性和保守性。geom_GC()：添加GC含量的圖層。GC含量指的是DNA或RNA序列中鳥嘌呤（G）和胞嘧啶（C）的比例，這是分子生物學(xué)中?？疾斓囊粋€特征。scale_size(range=c(0.2,4))：調(diào)整圖層元素的大小比例。scale_color_gradient(low="white",hi