華中農(nóng)業(yè)大學(xué)生物信息學(xué)Bioinf02-2

章數(shù)據(jù)庫(kù)(III)生物信息學(xué)EBI(EuropeanBioinformaticsInstitute)管理與GenBank收集的數(shù)據(jù)相同序列數(shù)據(jù)展示方式與GenBank不同（網(wǎng)頁(yè)，純文本）數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè)“Textsearch”輸入關(guān)鍵詞檢索到的條目每一條目詳細(xì)內(nèi)容（10）ENA(EuropeanNucleotideArchive)（11）DDBJ(DNADataBankofJapan)與GenBank收集的序列數(shù)據(jù)相同數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè)

提供基于關(guān)鍵詞及序列的搜索服務(wù)

打開(kāi)“ARSA”輸入關(guān)鍵詞檢索到的條目每一條目詳細(xì)內(nèi)容與GenBank一致發(fā)表文章要提供Accessionnumber（在三大核苷酸數(shù)據(jù)庫(kù)中通用）EPD(EukaryoticPromoterDatabase)

由WeizmannInstituteofScienceinRehovot(Israel)開(kāi)創(chuàng)收集數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)（TSS）通過(guò)實(shí)驗(yàn)確定包括部分cis-element信息同一個(gè)基因可以具有多個(gè)啟動(dòng)子原版（EPD）包含4809條真核生物聚合酶II（eukaryoticPOLII）啟動(dòng)子序列新版（EPDnew）主要包含人類(lèi)、小鼠和果蠅的大量啟動(dòng)子信息，總數(shù)超過(guò)20萬(wàn)（12）啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫(kù)PlantProm(plantpromoterdatabase)植物啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫(kù)（水稻、擬南芥）部分收集數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)（TSS）通過(guò)實(shí)驗(yàn)確定，其他的有全長(zhǎng)cDNA序列支持包括部分cis-element信息最近更新是2009.02，總共8301條植物啟動(dòng)子序列可以完整下載（12）啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫(kù)（13）miRNA數(shù)據(jù)庫(kù)Science309:1522(2005)轉(zhuǎn)錄RNA折疊形成pri-miRNApre-miRNAmiRNARISC攜帶有活性的miRNAmiRNAgenemicroRNA(miRNA)的形成miRBase

收集了28645條hairpinprecursormiRNA序列（第21版，2014.6）來(lái)源于>100個(gè)物種可以通過(guò)miRNA名稱、關(guān)鍵詞、染色體位置等信息檢索數(shù)據(jù)庫(kù)分析一條DNA序列中是否可能包含miRNA（第四章介紹）（13）miRNA數(shù)據(jù)庫(kù)利用miRNA編號(hào)或關(guān)鍵詞檢索（1）在數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè)點(diǎn)擊“searching”在“SearchmiRBase”網(wǎng)頁(yè)的“BymiRNAidentifierorkeyword”欄目輸入miRNA編號(hào)，點(diǎn)擊“提交查詢內(nèi)容”檢索結(jié)果目錄查看詳細(xì)信息利用染色體位置檢索miRNA（2）在數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè)點(diǎn)擊“searching”在“SearchmiRBase”網(wǎng)頁(yè)的“Bygenomiclocation”欄目選擇物種和染色體，輸入染色體上的核苷酸位置范圍（如1000至1000000)，點(diǎn)擊“Getsequences”檢索結(jié)果目錄查看詳細(xì)信息檢索miRNA群（cluster)（3）在數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè)點(diǎn)擊“searching”在“SearchmiRBase”網(wǎng)頁(yè)的“Forclusters”欄目選擇物種，輸入希望查詢的miRNA之間的距離（核苷酸數(shù)目），點(diǎn)擊“Getclusters”檢索結(jié)果目錄批量獲取maturemiRNA序列：在結(jié)果目錄網(wǎng)頁(yè)的“Fetch”列選擇miRNA，在該網(wǎng)頁(yè)的底部選擇“Maturesequence”，點(diǎn)擊“FetchSequences”第二章數(shù)據(jù)庫(kù)(IV)生物信息學(xué)2、蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)由PIR、EBI和SIB于2002年創(chuàng)辦，統(tǒng)一了PIR、TrEMBL和Swiss-Prot三個(gè)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)分為兩個(gè)部分：來(lái)源于實(shí)驗(yàn)的有詳細(xì)注釋的序列（SwissProt）和自動(dòng)注釋序列（TrEMBL）與100多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)相互參照（cross-reference）可用關(guān)鍵詞（Textsearch）和序列比對(duì)（BLASTsimilaritysearch）進(jìn)行檢索（1）UniProt

/UniRef100：非冗余的UniProt蛋白質(zhì)序列UniRef90：聚類(lèi)UniRef100中一致性超過(guò)90%且80%重疊的蛋白質(zhì)，取最長(zhǎng)的一條（序列數(shù)壓縮58%）UniRef50：聚類(lèi)UniRef90中一致性超過(guò)50%且80%重疊的蛋白質(zhì)，取最長(zhǎng)的一條（序列數(shù)壓縮79%）UniProt蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)的結(jié)構(gòu)在數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè)搜索框選擇“ProteinKnowledgebase”庫(kù)，使用關(guān)鍵詞檢索結(jié)果頁(yè)面，reviewed(Swiss-Prot)，unreviewed(TrEMBL)Browsebytaxonomy,keyword,geneontology,enzymeclassorpathway條目詳細(xì)內(nèi)容（1）UniPROT（2）PIR(ProteinInformationResource)

由NationalBiomedicalResearchFoundation創(chuàng)辦信息整合的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)（iProClass），內(nèi)容/編號(hào)與UniProtKB相同，但額外提供到超過(guò)160個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接蛋白質(zhì)序列分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)（PIRSF），提供不同層級(jí)的蛋白質(zhì)家族分類(lèi)（Superfamily、HomeomorphicFamily和HomeomorphicSubfamily）（2）PIR(ProteinInformationResource)檢索某一蛋白質(zhì)的注釋信息數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè)“Search/Analysis”菜單“TextSearch”選擇數(shù)據(jù)庫(kù)“iProClass”后輸入關(guān)鍵詞或注冊(cè)號(hào)檢索結(jié)果列表查看詳細(xì)內(nèi)容檢索某一蛋白質(zhì)分類(lèi)的信息數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè)“Search/Analysis”菜單“TextSearch”選擇數(shù)據(jù)庫(kù)“PIRSF”后輸入關(guān)鍵詞或注冊(cè)號(hào)檢索結(jié)果列表查看詳細(xì)內(nèi)容（3）PRF(ProteinResearchFoundation)

由日本的ProteinResearchFoundation創(chuàng)辦已發(fā)表在雜志上的蛋白質(zhì)序列修飾位點(diǎn)、S－S鍵等兩月更新一次（4）PDBSTR(Re-OrganizedProteinDataBank)

蛋白質(zhì)序列和二級(jí)結(jié)構(gòu)碳結(jié)構(gòu)（5）Prosite

蛋白質(zhì)家族結(jié)構(gòu)域3、結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)（1）PDB(ProteinDataBank)

由BrookhavenNationalLaboratories創(chuàng)辦蛋白質(zhì)核酸其它117651個(gè)結(jié)構(gòu)圖（2016.4.11）可通過(guò)關(guān)鍵詞或BLAST系統(tǒng)檢索（第四章介紹）TotalYearlyPDBContentGrowth（1）PDB(ProteinDataBank)使用關(guān)鍵詞或注冊(cè)號(hào)檢索PDB數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè)“Search”框輸入關(guān)鍵詞或注冊(cè)號(hào)檢索結(jié)果列表查看詳細(xì)內(nèi)容（2）NDB(NucleicAcidDatabase)

包含8,089個(gè)核酸分子的結(jié)構(gòu)（2016.3）（3）PDIdb(Protein-DNAInterfaceDatabase)

DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合體的X射線衍射結(jié)構(gòu)及分類(lèi)4、酶和代謝數(shù)據(jù)庫(kù)KEGG(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)各種代謝、遺傳等路徑圖可檢索參于各種路徑的基因檢索Metabolism（1）KEGG主頁(yè)點(diǎn)擊“KEGGPATHWAY”“PATHWAY”網(wǎng)頁(yè)點(diǎn)擊任一代謝路徑（Metabolism），如糖酵解/糖原異生途徑（Glycolysis/Gluconeogenesis)檢索GeneticInformationProcessing（2）KEGG主頁(yè)點(diǎn)擊“KEGGPATHWAY”“PATHWAY”網(wǎng)頁(yè)點(diǎn)擊任何遺傳信息（GeneticInformationProcessing）路徑，如Proteinexport路徑可以查看參加這一路徑蛋白質(zhì)的信息KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)檢索EnvironmentalInformationProcessing（3）KEGG主頁(yè)點(diǎn)擊“KEGGPATHWAY”“PATHWAY”網(wǎng)頁(yè)點(diǎn)擊任何EnvironmentalInformationProcessing路徑，如MAPKsignalingpathway路徑可以查看與這一路徑相連的其它信號(hào)路徑或參加這一路徑的蛋白質(zhì)信息KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)檢索CellularProcesses（4）KEGG主頁(yè)點(diǎn)擊“KEGGPATHWAY”“PATHWAY”網(wǎng)頁(yè)點(diǎn)擊任何CellularProcesses路徑，如Cellcycle路徑可以查看與這一路徑相連的其它信號(hào)路徑或參加這一路徑的蛋白質(zhì)信息KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)（2）PKR(ProteinKinaseResource)多種檢索內(nèi)容已知蛋白激酶的序列比較蛋白激酶分類(lèi)蛋白激酶的三維結(jié)構(gòu)與疾病相關(guān)的蛋白激酶其它內(nèi)容5、物種分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)物種分類(lèi)界（Kingdom）門(mén)（Phylum）綱（Class）目（Order）科（Family）屬（Genus）種（Species）每一分類(lèi)等級(jí)下可加設(shè)亞級(jí)（Sub-），如亞門(mén)、亞綱、亞科等。每一分類(lèi)等級(jí)上可加設(shè)總級(jí)（Super-），如總綱、總目、總科等。動(dòng)物界（Animal）脊索動(dòng)物門(mén)（Chordata）脊椎動(dòng)物亞門(mén)（Vertebrata）哺乳綱（Mammalia）嚙齒目（Rodentia）鼠科（Muridae）小家鼠屬（Mus）小家鼠種（musculus）Mouse：Musmusculus在Taxonomy主頁(yè)輸入物種俗名檢索“pig”Taxonomy數(shù)據(jù)庫(kù)lineage在Taxonomy主頁(yè)輸入物種學(xué)名檢索“Homosapiens”lineage擬南芥（Arabidopsisthaliana）系譜檢索某一物種的系譜（lineage）：6、文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)（1）

/PubMed/美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書(shū)館的數(shù)據(jù)庫(kù)醫(yī)學(xué)、分子生物學(xué)、基礎(chǔ)生物學(xué)5400多種刊物，來(lái)源于80多個(gè)國(guó)家文獻(xiàn)年限：1947年至今提供摘要，全文鏈接免費(fèi)全文收集在PubMedCentralEuropePubMedCentral（內(nèi)容相同）:（2）其它類(lèi)型的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)Agricola

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美國(guó)農(nóng)業(yè)部農(nóng)業(yè)圖書(shū)館的數(shù)據(jù)庫(kù)農(nóng)業(yè)類(lèi)刊物OMIM(OnlineMendelianInheritanceinMan)/omimNCBI的數(shù)據(jù)庫(kù)，每天更新數(shù)據(jù)人類(lèi)基因、遺傳疾病在NCBI主頁(yè)選擇OMIM后輸入關(guān)鍵詞（疾病、基因名稱等）進(jìn)行檢索條目（2）其它類(lèi)型的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)GOPubMed/web/gopubmed/基于PubMed，利用GO和MESH詞表對(duì)文獻(xiàn)全面分析快速了解相關(guān)領(lǐng)域文獻(xiàn)的年度分布、期刊分布、地域分布、合作者可視化網(wǎng)絡(luò)等信息可以根據(jù)背景知識(shí)、雜志、作者、地域和發(fā)表時(shí)間等選項(xiàng)對(duì)于查詢結(jié)果進(jìn)行篩選查詢雜志“NatGenet”有關(guān)人類(lèi)的研究結(jié)果（2）其它類(lèi)型的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)GOPubMed檢索使用關(guān)鍵詞檢索“ricesnpdatabase”查看統(tǒng)計(jì)結(jié)果，選擇雜志“NucleicAcidsRes”查看在該雜志中的相關(guān)文獻(xiàn)7、更多的數(shù)據(jù)庫(kù)第二章數(shù)據(jù)庫(kù)(V)生物信息學(xué)8、向數(shù)據(jù)庫(kù)提交和修改核苷酸和蛋白質(zhì)序列提交：Submission修改：Update數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)由大家無(wú)償提供，共同享用Accuracy？？（1）向GenBank提交或修改核苷酸序列GenBank主頁(yè)菜單“Submit”BankIt功能提交序列網(wǎng)上直接提交，簡(jiǎn)單方便提交后立刻得到臨時(shí)編號(hào)二天內(nèi)得到Accessionnumber用Update功能修改GenBank中的序列和相關(guān)信息Accessionnumber不變，修改一次，version的編號(hào)就進(jìn)一位用Sequin方法提交序列可下載的電子表格自動(dòng)確定CDS、ORF和查找重復(fù)序列BankIt發(fā)表文章需要提交序列（2）向UniProtKB提交或修改蛋白質(zhì)序列使用SPIN網(wǎng)上直接操作，網(wǎng)頁(yè)先注冊(cè)（Register），然后登陸（Login）填寫(xiě)電子表格只接收用蛋白質(zhì)直接測(cè)序的序列質(zhì)譜數(shù)據(jù)通過(guò)email提交到PRIDE由核苷酸序列翻譯得到的蛋白質(zhì)序列將進(jìn)入TrEMBLMore…

遞交數(shù)據(jù)到NCBI/guide/howto/submit-sequence-data/

遞交數(shù)據(jù)到ENAhttp://www.ebi.ac.uk/ena/about/submit_and_update大規(guī)模數(shù)據(jù)往往需要郵件聯(lián)系9、常用序列格式FAS