生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索.ppt

醫(yī)學(xué)信息檢索 PubMed主要內(nèi)容 PubMed概況PubMed數(shù)據(jù)來源PubMed檢索機(jī)制PubMed檢索運(yùn)算符PubMed檢索方法結(jié)果的顯示 保存其他輔助功能 PubMed概況 創(chuàng)建機(jī)構(gòu) 美國國家醫(yī)學(xué)圖書館下設(shè)的美國生物技術(shù)信息中心 NCBI 1997年6月開始向全球開放特色 具有收錄范圍廣 內(nèi)容全 檢索途徑多 檢索體系完備等特點(diǎn) 部分文獻(xiàn)還可在網(wǎng)上直接免費(fèi)獲得全文 與Medline光盤數(shù)據(jù)庫的區(qū)別 檢索機(jī)制 檢索界面 檢索方法以及收錄文獻(xiàn)數(shù)量不同 PubMed數(shù)據(jù)來源 MEDLINE pubmed indexedformedline InProcessCitations 每天收錄 尚未經(jīng)規(guī)范處理的數(shù)據(jù) pubmed inprocess Publisher SuppliedCitations 由出版商提供的電子文獻(xiàn) 每條記錄標(biāo)有 PubMed assuppliedbyPublisher 自動轉(zhuǎn)換匹配功能 AutomaticTermMapping 對于輸入的檢索詞 PubMed先按一定的詞表順序進(jìn)行對照匹配和轉(zhuǎn)換 再進(jìn)行檢索 詞表匹配轉(zhuǎn)換順序是 MeSH表 MeSHTranslationTable 期刊刊名表 JournalTranslationTable 短語表 Phraselist 作者索引 AuthorIndex 如果在以上4個表中都找不到相匹配的詞 PubMed將把短語分開 以單詞為單位 分別重復(fù)以上的過程 檢索時各個詞之間是AND邏輯關(guān)系 如果仍找不到相匹配的詞 則用單個詞在所有字段查找 各個詞之間也是AND邏輯關(guān)系 PubMed檢索機(jī)制 短語檢索 PhraseSearching 也可稱為強(qiáng)迫詞組檢索 即 如果要將短語作為一個詞組進(jìn)行檢索 可用雙引號 將其引起來 如 drugtherapy 作為詞組進(jìn)行檢索的詞 系統(tǒng)不進(jìn)行自動轉(zhuǎn)換匹配 也不進(jìn)行MeSH詞的擴(kuò)檢 PubMed檢索機(jī)制 PubMed檢索運(yùn)算符 邏輯運(yùn)算符 邏輯與 AND 邏輯或 OR 邏輯非 NOT 當(dāng)一個檢索表達(dá)式中同時含有三個運(yùn)算符時 運(yùn)算順序從左至右 括號可以改變運(yùn)算順序 截詞符 一個詞或字拼寫出部分字母后面加上一個截詞符 chem 表示用詞根進(jìn)行檢索 雙引號 表示對引號中的短語進(jìn)行檢索 檢索字段標(biāo)識符 tag tag為字段名稱 ti au ta la pt 常用字段組成 標(biāo)識符字段名稱中文釋義TITitle題目AUAuthor作者ADAffiliation作者單位ABAbstract文摘DPPublicationDate出版日期TAJournalTitleAbbreviation刊名縮寫MHMeSHTerms主題詞PTPublicationType出版類型 http www ncbi nlm nih gov pubmed PubMed網(wǎng)址 高級檢索 主題檢索 期刊檢索 文獻(xiàn)匹配 臨床咨詢 特定主題咨詢 PubMed檢索方法 基本檢索高級檢索主題檢索輔助檢索 基本檢索 默認(rèn)檢索字段為主題 作者 期刊 關(guān)鍵詞 詞 詞組 或短語 輸入任意關(guān)鍵詞 livercancer Lungcancer 帶有雙引號 作為短語檢索 cancertherapy 帶有連接號 作為一個詞組檢索 interleukin 6 限制檢索字段 如livercancer ti 作者 SmithJ Smith au 2002年以后的文獻(xiàn)如果作者有全稱 可用全稱 基本檢索 期刊刊名 可用期刊全稱 GENETHERAPY TA 可用期刊簡稱 JAMA TA TheJournaloftheAmericanMedicalAssociation 刊名中含有特殊字符 如 等 要去掉 如JHANDSURG AM 輸入時要寫成JHANDSURGAM截詞 chemo 復(fù)雜表達(dá)式 livercancerANDtherapy帶有摘要文獻(xiàn)的檢索 livercancerANDhasabstract 基本檢索 分析該檢索課題 包含兩個方面 肝癌 livercancer 治療 therapy兩個主題之間的邏輯關(guān)系是AND 即livercancerANDtherapy 基本檢索舉例1 肝癌的治療 分析該檢索課題 包含兩個方面 作者為 馬大龍 madl 作者單位為 北京大學(xué) pekinguniversity ad 基本檢索舉例2 北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn) 得到了兩個檢索結(jié)果 作者為 馬大龍 madl 的檢索結(jié)果作者單位為 北京大學(xué) pekinguniversity ad 的檢索結(jié)果利用檢索史把這兩個檢索結(jié)果用AND組合起來 基本檢索舉例2 北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn) 高級檢索 限制檢索或條件檢索 Limit 1 全文 摘要 2 動物 人類 3 文獻(xiàn)類型 4 語種 5 數(shù)據(jù)庫子集的限定 6 年齡組 分析該課題 主題為肝癌治療 即livercancerandtherapy限制條件有兩個 語種為英文 English 文獻(xiàn)類型為綜述 Review 高級檢索舉例 原文為英文的肝癌治療方面的綜述文獻(xiàn) 主題檢索 medline數(shù)據(jù)主題標(biāo)引規(guī)范 用主題詞檢索 可以提高查全率 查準(zhǔn)率 點(diǎn)擊MeSHDatabase打開主題檢索界面 主題檢索 主題檢索舉例 長春新堿 Vincristine 治療白血病 leukemia 的文獻(xiàn) 該檢索課題有兩個概念 長春新堿 Vincristine 白血病 leukemia 長春新堿治療疾病 組配副主題詞治療應(yīng)用 therapeuticuse 白血病藥物治療 組配副主題詞藥物療法 drugtherapy 這兩個概念之間是AND的關(guān)系 主題檢索舉例 長春新堿 Vincristine 治療白血病 leukemia 的文獻(xiàn) 第1步 檢索長春新堿 治療應(yīng)用 主題檢索舉例 長春新堿 Vincristine 治療白血病 leukemia 的文獻(xiàn) 第1步 檢索長春新堿 治療應(yīng)用 主題檢索舉例 長春新堿 Vincristine 治療白血病 leukemia 的文獻(xiàn) 第1步 檢索長春新堿 治療應(yīng)用 副主題詞 主題檢索舉例 長春新堿 Vincristine 治療白血病 leukemia 的文獻(xiàn) 第1步 檢索長春新堿 治療應(yīng)用 主題檢索舉例 長春新堿 Vincristine 治療白血病 leukemia 的文獻(xiàn) 第1步 檢索長春新堿 治療應(yīng)用 主題檢索舉例 長春新堿 Vincristine 治療白血病 leukemia 的文獻(xiàn) 第1步 檢索長春新堿 治療應(yīng)用 主題檢索舉例 長春新堿 Vincristine 治療白血病 leukemia 的文獻(xiàn) 第2步 檢索白血病 藥物療法 主題檢索舉例 長春新堿 Vincristine 治療白血病 leukemia 的文獻(xiàn) 第2步 檢索白血病 藥物療法 主題檢索舉例 長春新堿 Vincristine 治療白血病 leukemia 的文獻(xiàn) 第2步 檢索白血病 藥物療法 主題檢索舉例 長春新堿 Vincristine 治療白血病 leukemia 的文獻(xiàn) 第2步 檢索白血病 藥物療法 主題檢索舉例 長春新堿 Vincristine 治療白血病 leukemia 的文獻(xiàn) 第2步 檢索白血病 藥物療法 主題檢索舉例 長春新堿 Vincristine 治療白血病 leukemia 的文獻(xiàn) 第2步 檢索白血病 藥物療法 通過兩個主題檢索得到 長春新堿 治療應(yīng)用 的檢索結(jié)果 白血病 藥物療法 的檢索結(jié)果兩個檢索結(jié)果用AND組合起來 需要用到檢索史 主題檢索舉例 長春新堿 Vincristine 治療白血病 leukemia 的文獻(xiàn) 文獻(xiàn)匹配器臨床咨詢和系統(tǒng)評價 輔助檢索 文獻(xiàn)匹配器 系統(tǒng)提供有兩種用來查找特定文獻(xiàn)的方式 單篇文獻(xiàn)匹配器 SingleCitationMatcher 和多篇文獻(xiàn)匹配器 BatchCitationMatcher 如果要查找某一篇文獻(xiàn) 點(diǎn)擊單篇引文匹配器 輸入刊名 日期 卷 期 頁碼 作者 題目中的一項(xiàng)或多項(xiàng)內(nèi)容進(jìn)行檢索 系統(tǒng)返回文獻(xiàn)記錄結(jié)果 如果要同時查找多篇文獻(xiàn) 則點(diǎn)擊多篇引文匹配器 然后在輸入框內(nèi)分行輸入每篇文獻(xiàn)的查詢項(xiàng)目 其中刊名為必需項(xiàng) 其他項(xiàng)目沒有時可省略 單篇文獻(xiàn)匹配器 SingleCitationMatcher 多篇文獻(xiàn)匹配器 BatchCitationMatcher 輸入格式 臨床咨詢和系統(tǒng)評價 用戶方便快捷地檢索到有關(guān)臨床方面的文獻(xiàn) 如臨床疾病的診斷 治療 病因和預(yù)后等 檢索臨床實(shí)踐過程中的問題 如系統(tǒng)綜述 多元分析 臨床試驗(yàn) 循證醫(yī)學(xué) 實(shí)踐指導(dǎo) 遺傳學(xué)方面 臨床咨詢和系統(tǒng)評價 臨床咨詢 臨床咨詢和系統(tǒng)評價 系統(tǒng)評價 PubMedClinicalQueries臨床咨詢 DirectoryofTopic SpecificPubMedQueriesPUBMED學(xué)科 專題數(shù)據(jù)庫http www nlm nih gov bsd special queries html ClinicalQueriesusingResearchMethodologyFilters臨床研究方法 ClinicalQueriesusingResearchMethodologyFilters臨床研究方法的檢索http www ncbi nlm nih gov entrez query static clinicaltable html SummaryofEnhancementsforClinicalQueriesforMEDLINEforStudiesMEDLINE數(shù)據(jù)庫如何強(qiáng)化臨床信息檢索功能 http www nlm nih gov pubs techbull jf04 cq info html NLMResourcesforInformingComparativeEffectiveness醫(yī)學(xué)科研信息檢索http www nlm nih gov nichsr cer cerqueries html pubmed http www ncbi nlm nih gov sites myncbi recentactivity PUBMED上檢索當(dāng)天全球醫(yī)學(xué)科研活動 科學(xué)網(wǎng)許培揚(yáng)博客 PUBMED數(shù)據(jù)庫高效科研信息的檢索方法 醫(yī)學(xué)語義智能檢索平臺http www quertle info v2 search s r query Genome sequencing so a so j 全球語言翻譯支持 全文鏈接BioMedCentralPubMedPubget 結(jié)果的顯示 保存 顯示保存 結(jié)果的顯示 顯示格式 系統(tǒng)提供的顯示格式很多 一般較常用的有以下3種 1 Summary 為默認(rèn)顯示格式 顯示的信息包括文獻(xiàn)的標(biāo)題 著者 出處 PMID 綜述出版類型 非英文文獻(xiàn)的原文語種等 2 Abstract 顯示信息除了文獻(xiàn)標(biāo)題 著者 出處等基本信息外 還包括摘要信息 以便用戶了解文獻(xiàn)詳細(xì)內(nèi)容 3 MEDLINE 以MEDLINE數(shù)據(jù)庫的記錄格式來顯示檢索結(jié)果 字段內(nèi)容主要包括PMID 題目 摘要 作者 作者地址 語種 出版類型 出處 MeSH 文獻(xiàn)ID 出版狀態(tài)等 結(jié)果的顯示 結(jié)果的顯示 保存記