ETphantom軟件使用說明

1、ETphantom軟件使用說明軟件安裝所需環(huán)境:Opencv, Qt4 （qt5 不可用）以及 Imod （已在 64 位 ubuntu 系統(tǒng)，安裝有 opencv2.4.9, qt4.7.4以及imod的環(huán)境下測(cè)試可用。）ETphantom軟件第一次使用時(shí)需要選擇工程存儲(chǔ)的默認(rèn)路徑（不更改則默認(rèn)在 /home/user/tomo_project下）。新創(chuàng)建一個(gè)項(xiàng)目時(shí)，點(diǎn)擊菜單欄或者工具欄內(nèi)的NewProject選項(xiàng)，在彈出的對(duì)話框中，選擇我們提供的phantom文件，輸入工程名，點(diǎn)擊創(chuàng)建即可創(chuàng)建一個(gè)新的工程。創(chuàng)建新工程打開已有工程，可以點(diǎn)擊OpenProject選項(xiàng)，選擇所在工程的.pro文

2、件，即可打開已有工程。點(diǎn)擊SetProjectPath按鈕可以更改工程存儲(chǔ)的默認(rèn)路徑。視圖右側(cè)為當(dāng)前工程下的所 有文件，文本文件可以直接打開進(jìn)行查看，圖像文件需要使用imod進(jìn)行查看。對(duì)于擁有圖像視圖的模塊中，左邊的圖像為需要進(jìn)行處理的圖像，右邊的圖像為處理后的圖像。對(duì)于擁有 Thread Num輸入欄的模塊需要在輸入框內(nèi)輸入可以使用的線程數(shù)目。ETphantom的基本處理流程如下:1.3D Volume Co nstruct 模塊該部分包括Normalize、Warp和Marker三個(gè)部分:（1）Normalize :參數(shù)：旋轉(zhuǎn)角度（整數(shù)）在Normalize中，可以實(shí)現(xiàn)圖像的旋轉(zhuǎn)功能，輸入

3、需要旋轉(zhuǎn)的角度，點(diǎn)擊start按鈕便可進(jìn)行旋轉(zhuǎn)。Thread Number24Input Rle Size512Rotate Angle! 0notate1inputNormalize 模塊Rotate An gle:0（2） Warp:該部分包括三個(gè)處理過程：extend、xy平面的彎曲模擬（warpXY ）以及z軸方向的彎曲模擬（warpZ ）。1）Extend :參數(shù)：extend類型為了防止在后續(xù)的步驟中丟失有效的信息，需要在初始時(shí)對(duì)圖像做擴(kuò)展處理。 在Extend中，可以實(shí)現(xiàn)圖像的 xy平面擴(kuò)展，擴(kuò)展后的圖像為原始圖像的三倍。 此處共有兩種擴(kuò)展方式：mean和mirror。 Mean

4、方式選擇使用圖像的平均值填充圖像的擴(kuò)展部分，mirror方式選擇使用軸對(duì)稱的方式填充圖像的擴(kuò)展部分。2）Warp:在Warp的處理中，首先需要進(jìn)行模式的選擇，目前有兩種模式可選：normal以及nowarp。 Normal模式可以填入的參數(shù)如圖中所示。Normal模式：該模式可以進(jìn)行正常的warpXY以及warpZ處理，參數(shù)可由用戶選填。Nowarp模式：該模式不進(jìn)行 warpXY處理，且warpZ的除角度外所有參數(shù)都 為0，并且最后只生成一張一個(gè)角度的圖片。warpXY :參數(shù)：開始角度，結(jié)束角度，角度間隔，指定角度，b和在warpXY中，填入角度的前三個(gè)參數(shù)（eg： 60, -60, 2）

5、以及b和.參數(shù) （代表彎曲程度），可以進(jìn)行其中每個(gè)角度的warpXY處理，warpXY完成后會(huì)生成與phantom圖片相同張數(shù)的各個(gè)角度（eg： -60+60）的warpXY圖像。如果 輸入了指定角度，則會(huì)只生成一張?jiān)摻嵌鹊膚arpXY圖像。warpZ :b和.和a參數(shù)：開始角度，結(jié)束角度，角度間隔，指定角度，在warpZ中，填入角度的前三個(gè)參數(shù)（eg： 60,-60, 2）以及和.和a （代 表彎曲程度）參數(shù)，可以進(jìn)行其中每個(gè)角度的warpZ處理，warpZ完成后會(huì)生成與phantom圖片相同張數(shù)的各個(gè)角度（eg： -60+60）的warpZ圖像。如果輸入了指 定角度，則會(huì)只生成一張?jiān)摻嵌鹊?/p>

6、warpXY圖像。Thread Number 24Extend type mggn*extend咖中 Mod亡 Nofmal No wsrpAngle irg2Angle indexSigma 0.1滄。0.1warp KYAngle arg60 602angte indexqiE sigma D.lOdAJpha Q.002 |wa rp ZWarp模塊Exte nd type:mea n , Warp Mode:Nomalstart angle:-60 , end angle:60 , angular sampling interval:2specified angle:null ,cr

7、:0.1 , t :0.1start angle:-60 , end angle:60 , angular sampling interval:2specified angle:null , c :0.1, t :0.1 , a :0.0023）Marker:參數(shù)： Marker Type （marker 類型），Number （marker 點(diǎn)數(shù)量）， Bottom size （上 表面 marker 點(diǎn) size） , Top size （下表面 marker 點(diǎn) size） , Noise （噪聲）,MarkerA 和a （兩個(gè) marker參數(shù)）Marker模塊Marker Type:

8、Gaussian , Number:100 , Bottom size:3 , Top size:2Noise:0, Marker A:0.1 , a:0.2在Marker中，可以實(shí)現(xiàn)人工添加 Marker點(diǎn)，并可以設(shè)置所添加 Marker點(diǎn)的多個(gè)屬性。 默認(rèn)使用的參數(shù)如圖中所示。點(diǎn)擊Start Marker按鈕運(yùn)行。2. Projection 模塊參數(shù)1：開始角度，結(jié)束角度，角度間隔，指定角度，twist參數(shù)shirinkage和max_angle,shift 參數(shù) offset 禾口 rotate_angle,drift 參數(shù) xsize 禾口 ysize。如果輸入指定角度，則只生成指定角

9、度的投影圖片，不輸入則生成給定的所有角度的投 影圖片。需要進(jìn)行扭曲處理的參數(shù)默認(rèn)值如圖中所示。點(diǎn)擊Projection按鈕即可運(yùn)行。參數(shù)2： nosie類型，Snr（信噪比）選定noise類型，可為生成的投影圖片加入噪聲，目前可加入的噪聲類型為泊松噪聲。輸入信噪比，點(diǎn)擊第二個(gè)add noise按鈕即可進(jìn)行加入噪聲的操作。if XPrxcess.:3D 曲lumc CDnslTLKtdTil 卜 lenel PrqettkipBack nextOutputFite System B t&st -yniall clipET phantomProject Window Setdngs Tools H

10、elpProjectio nstart angle:-60, end angle:60, angular sampling interval:2, specified angle:nullshrinkage:0 , max angle:0 , offset:40 , rotate angle:180 , X size:0 , Y size:0Noise type:gaussia n , Snr:13.Alignment 模塊該模塊分為兩部分：Exact Map和Talor Map。點(diǎn)擊相應(yīng)的按鈕， 即可生成有實(shí)際 marker 點(diǎn)位置標(biāo)記的圖像和使用泰勒級(jí)數(shù)計(jì)算得到的marker點(diǎn)位置標(biāo)記的圖像。標(biāo)記后的效果如圖中所示。Alignment模塊目前只適用于 shift參數(shù)offset和rotate angle都為0的情況。Marker點(diǎn)標(biāo)記（綠色）4. Reconstruction 模塊Back Projection Tab參數(shù)：重構(gòu)算法類型選擇需要運(yùn)行的重構(gòu)算法，目前有兩種：bpt和fbp，點(diǎn)擊start即可進(jìn)行重構(gòu)。Back Project ion TabRecon struct ion method:bptIteration method Tab參數(shù)：重構(gòu)算法類型，松弛因子，重構(gòu)次數(shù)，V （初始重構(gòu)模型）選擇需要運(yùn)行的重構(gòu)算法，目前