DNA測序結(jié)果分析比對實(shí)例

1、DNA測序結(jié)果分析比對（實(shí)例）矢鍵詞：dna測序結(jié)果2013-08-22 11:59來源：互聯(lián)網(wǎng)點(diǎn)擊次數(shù)：14423從測序公司得到的一份DNA測序結(jié)果通常包含seq格式的測序結(jié)果序列文本和.abl 格式的測序圖兩個(gè)文件，下面是一份測序結(jié)果的實(shí)例：CYP3A4-E1-1-1(E1B).ab1CYP3A4-E1-1-1 （E1B） .seqseq文件可以用系統(tǒng)自帶的記事本程序打開，abl文件需要用 專門 的軟件打開。軟件名稱：Chromas軟件Chromas下載seq文件打開后如下圖：.abl文件打開后如下圖:通常結(jié)果圖由紅、黑、綠和藍(lán)色測序峰組成，代表不同的堿基序列。測序圖的兩端（下圖原圖的后半

2、段被剪切掉了）大約50個(gè)堿基的測序圖部分通常雜質(zhì)的干擾較大，無法判讀，這是正?，F(xiàn)象。這也提醒我們在做引物 設(shè)計(jì)時(shí)，要避免將所研究的位點(diǎn)離pcr序列的兩端太近（通常要大于50個(gè)堿基 距離），以免 測序后難以分析比對。uMUd Bi oas 我的課題是研究基因多態(tài)性的，因此下面要介紹的內(nèi)容也主要以判讀 測序圖中的等位基因突變位點(diǎn)為主。實(shí)際上，要在一份測序圖中找到真正確實(shí)的等位基因多態(tài)位點(diǎn)并不是 一件容易的事情。一般認(rèn)為等位基因位點(diǎn)假如在測序圖上出現(xiàn)像套疊的兩個(gè)峰，就是雜 合子位點(diǎn)。實(shí)際比對后才知道，情況并非那么簡單，下面測序圖中標(biāo)出的兩個(gè)套峰均不 是雜合子位點(diǎn)，如圖并說明如下:說明：第一組套峰兩峰

3、的軸線并不在同一位置，左側(cè)的T峰是干擾峰；第二組套峰,雖兩峰軸線位置相同，但兩峰的位置太靠近了，不是雜合子峰，藍(lán)色的 C峰是干擾峰通常的雜合子峰由一高一略低的兩個(gè)軸線相同的峰組成，此處的序列被機(jī)器誤判為“ C，實(shí)際的序列應(yīng)為“ A” ，通常一個(gè)高大堿基峰的前面12個(gè)位 點(diǎn)很容易產(chǎn)生一個(gè)相同堿基的干擾峰，峰的高度大約是高大堿基峰的1/2，離得越近受干擾越大。一個(gè)摸索出來的規(guī)律是：主峰通常在干擾峰的右側(cè)，干擾峰并不一定比主峰 低。最尖鍵的一點(diǎn)是一定要拿疑似為雜合子峰的測序圖位點(diǎn)與測序結(jié)果的文本序列和基因 庫中的比對結(jié)果相比較；一個(gè)位點(diǎn)的多個(gè)樣本相比較；你得出的該位點(diǎn)的突變率與權(quán)威 文獻(xiàn)或數(shù)據(jù)庫中的突變率相比較。通常，對于一個(gè)疑似突變位點(diǎn)來說，即使是國際上權(quán)威組織大樣本的 測序結(jié)果中都沒有報(bào)道的話，那么單純通過測序結(jié)果就判定它是突變點(diǎn)，是并不嚴(yán)謹(jǐn) 的，因一份PCR產(chǎn)物中各個(gè)堿基的實(shí)際含量并不相同，很難