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1、cytoscape 軟件學習（ 1）簡介及安裝Figure 1 Cytoscape 軟件制作的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡圖（官網(wǎng) 展示圖片）Cytoscape 是一個開源的軟件平臺， 用于圖形化顯示蛋白質(zhì)互 作網(wǎng)絡數(shù)據(jù)并進行分析和編輯（Figure 1 ）。它支持多種網(wǎng)絡描述格式，也可以用以 Tab 制表符分隔的文本文檔或 Microsoft Excel 文件作為輸入，或者利用軟件本身的編輯器 模塊直接構建網(wǎng)絡。它還能夠為網(wǎng)絡添加豐富的注釋信息， 并且可以利用自身以及第三方開發(fā)的大量功能插件，針對網(wǎng) 絡問題進行深入分析。Cytoscape 對非盈利性客戶免費，在他的官網(wǎng)（ ）上即可下載。 目前 windo

2、ws 平臺的最新版本為 （有 64 位和 32 位兩個版本） ， 另外也有 Mac OS X 和 Linux 平臺的對應版本。該軟件的運行同樣首先需要Java虛擬機環(huán)境（6.0以上版本，可在此處獲得 x.html ）。下面介紹 Cytoscape3.21（ windows-64bit ）的安裝流 程。Figure 2 雙擊安裝包，進入軟件的安裝向?qū)В苯?NextFigure 3 接受許可協(xié)議才能 NextFigure 4 選擇安裝路徑，安裝需要的空間不多，默認路徑就 好。Figure 5 選擇是否讓軟件默認關聯(lián) *.cys 文件類型，當然同意 了。Figure 6 Next 后即開始安裝Figure 7 幾秒鐘就 finish 了，還是蠻快的。Figure 8 它不會在桌面生成程序的快捷方式，從開始菜單中 查找并首次運行軟件時需要初始化 OSGi container 。 OSGi ： Open Service Gateway Initiative ，一個基于 Java 語言的軟件服 務（業(yè)務）規(guī)范，其核心是一個框架 ，其中定義了應用程 序的生命周期模式和服務注冊?；谶@個框架定義了大量的 OSGi 服務：日志、配置管理、偏好， HTTP （運行 servlet）、 XML 分析、設備訪問、軟件包管理、許可管理、星級、用 戶管理、 IO 連接、連線管理、 Jini 和 UP

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