如何運(yùn)用BLAST進(jìn)行序列比對

1、如何運(yùn)用blast 進(jìn)行序列比對、檢驗引物特異性提到序列比對，絕大多數(shù)人都會想到blast，但blast 的使用確實(shí)又是一個很大的難題，因為他的功能比較強(qiáng)悍，里面涉及到的知識比較多，而且比對結(jié)束后輸出的結(jié)果參數(shù)（指標(biāo)）又很多。如果把blast 的使用詳細(xì)的都講出來，我想我發(fā)帖發(fā)到明天也發(fā)不完，更何況我自己也不是完全懂得blast 的使用。所以我在這里也就“畫龍點(diǎn)睛”以比對核酸序列為例來給大家介紹一下blast 的使用，也算是blast 的入門課程吧。請大家好好體會，如果你用心看，在看帖完畢之后blast 的基本使用（包括其他序列的比對）應(yīng)該沒有問題了。1打開blast 頁面，http:/www

2、./blast/ 打開后如圖所示：對上面這個頁面進(jìn)行一下必要的介紹：blast 的這個頁面主體部分（左面）包括了三部分：blast assembled genomes、basic blast、specialized blast。相信大家可以看懂這三個短語的意思，我就不多說了；我要說的是，可以認(rèn)為這是三種序列比對的方法，或者說是blast 的三條途徑。第一部分blast assembled genomes 就是讓你選擇你要比對的物種，點(diǎn)擊相應(yīng)物種之后即可進(jìn)入比對頁面。第二部分basic blast 包含了5 個常用的blast，每一個都附有簡短的介紹。第三部分sp

3、ecialized blast 是一些特殊目的的blast，如dart、geo、igblast、snp 等等，這個時候你就需要在specialized blast 部分做出適當(dāng)?shù)倪x擇了?？傊?，這是一個導(dǎo)航頁面，它的目的是讓你根據(jù)自己的比對目的選擇相應(yīng)的blast 途徑。下面以最基本的核酸序列比對來談一下blast 的使用，期間我也會說一下其他序列比對的方法。2 點(diǎn)擊basic blast 部分的nucleotide blast 鏈接到一個新的頁面。打開后如圖所示：介紹一下上述頁面：enter query sequence 部分是讓我們輸入序列的，你可以直接把序列粘貼進(jìn)去，也可以上傳序列，還可以

4、選擇你要比對的序列的范圍（留空就代表要比對你要輸入的整個序列）。job title 部分還可以為本次工作命一個名字。choose search set 部分是讓我們選擇要與目的序列比對的物種或序列種類（genome dna、mrna 等等）。如果是人或小鼠的話，就可以直接選擇了如果是其他物種就要選擇“others”了，這時候網(wǎng)頁會主動跳出一個下拉對話框和一個輸入式對話框，你可以分別選擇和輸入要跟你的序列比對的序列種類和物種。下面的entrez query 可以對比對結(jié)果進(jìn)行適當(dāng)?shù)南拗?。program selection 部分其實(shí)是讓我們選擇本次比對的精確度，種內(nèi)種間等等。在blast 按鈕下面

5、有一個“algorithm parameters” ，這是參數(shù)設(shè)置選項，一般用戶使用不到此項，所以它比較隱蔽，點(diǎn)擊，原網(wǎng)頁下方即可增加了algorithm parameters 的內(nèi)容。大部分人都用不到更改這里面的選項，我也不多說了，有興趣的朋友可以自己研究一下。1 依次填寫上述網(wǎng)頁必須部分，點(diǎn)擊blast 按鈕后，出現(xiàn)如下界面（只截取其中二部分）：出現(xiàn)的這個結(jié)果頁面信息含量非常大，如果我們用心觀察，還是可以發(fā)現(xiàn)其中的一些主要指標(biāo)的。列舉上圖也是為了給大家展示一下這些評價標(biāo)準(zhǔn)。其中description 部分推薦大家詳細(xì)看一下，另外說一下“e value” 這個指標(biāo)與其他指標(biāo)不同，它的數(shù)值越小相似程度越高，其他幾個（如totle score）都是數(shù)值越高相似度越高。注意：除可以比對設(shè)計的引物序列，還可以比對蛋白質(zhì)的氨基酸序列，即從未知蛋白質(zhì)的氨基酸序列找到相當(dāng)?shù)牡鞍踪|(zhì)。輸出結(jié)果分四部分：1、第一部分：accession為數(shù)據(jù)庫名稱，配對序列存取號，基因位點(diǎn)名稱。2、第二部分