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1、單細(xì)胞 RNA-seq 分析Jie Li 下機(jī)數(shù)據(jù)的處理（10X為例） 單細(xì)胞分析（實(shí)操）Cellranger 簡(jiǎn)介 cell ranger是10X genomics公司提供的，專(zhuān)門(mén)用于分析10X 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的pipeline，包含了原始數(shù)據(jù)拆分，構(gòu)建索引，表達(dá)定量，合并數(shù)據(jù)，聚類(lèi)分析等多個(gè)功能。 直接從官網(wǎng)下載最新版的軟件即可，網(wǎng)址如下：https:/ 安裝Step1. 下載安裝包wget -O cellranger-4.0.0.tar.gz https:/ 安裝Step2. 解壓文件tar -xzvf cellranger-4.0.0.tar.gzCellranger 構(gòu)建索引 1.

2、官網(wǎng)下載（人，小鼠的索引）下載網(wǎng)址：https:/ 構(gòu)建索引 2.自行構(gòu)建需要準(zhǔn)備的文件：基因組序列，注釋文件（gtf）運(yùn)行命令：cellranger mkref -genome=AT -nthreads=10 -fasta=Arabidopsis.fa -genes=Arabidopsis.gtf-genome ：創(chuàng)建索引的名稱(chēng)-nthreads：使用的線(xiàn)程數(shù)（默認(rèn)1）-fasta：參考的基因組序列的路徑-genes：基因注釋文件的路徑Cellranger 定量運(yùn)行命令：cellranger count -id=sample -transcriptome=/xx/ AT -fastqs=/xxx/fastq_path -localcores=8 -localmem=64參數(shù)解釋?zhuān)篿d：樣本名（唯一性）transcriptome：上一步創(chuàng)建的索引的目錄名fastqs：下機(jī)數(shù)據(jù)的目錄localcores：內(nèi)核localmem：內(nèi)存其它參數(shù)可以參考：

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