HPC高性能計算平臺Linpack測試手冊_以太網(wǎng)絡(luò)

1、Lin pack測試手冊（1）千兆以太網(wǎng)：Stepl :安裝 MPICH2將 MPICH2 安裝包放到 /hpc 目錄下，運行：tar - xvf mpich2-1.0.2p1.tarcd mpich2-1.0.2p1創(chuàng)建MPICH2安裝目錄： mkdir /hpc/mpich2 設(shè)置MPICH2安裝目錄： ./configure -prefix=/hpc/mpich2 配置完成后makemake install 安裝完成后退出當(dāng)前目錄 進入 /root 目錄編輯環(huán)境變量文件 cd /rootvi .bashrc 在文件最后附加一行PATH="$PATH:/hpc/mpich/b2i

2、n" 關(guān)閉并保存文件，執(zhí)行命令： source .bashrc 檢查which mpirun 返回 /hpc/mpich2/bin/mpirun 則 mpi 安裝正常。 下面進行通用作業(yè)啟動機制配置：修改/root/.mpd.conf 文件，內(nèi)容為 secretword=myword cd /root#vi .mpd.conf 文件內(nèi)容如下SECRETWORD=123456 設(shè)置文件讀取權(quán)限和修改時間#touch /root/.mpd.conf #chmod 600 /root/.mpd.conf cp ./.mpd.conf /etc/mpd.conf 創(chuàng)建主機名稱集合文件 /ro

3、ot/mpd.hosts #vi mpd.hosts文件內(nèi)容如下：cn01cn02cn030 0 0 0 0 0啟動 MPD 進程：命令如下mpd & （單節(jié)點啟動）或者通過 mpdboot 啟動，命令如下mpdboot - n 16 - f /root/mpd.hosts 為起動的機器的個數(shù)） 觀看啟動機器 :mpdtrace （看到所有啟動機器的列表則正常） 退出用命令：mpdallexitStep2:安裝數(shù)學(xué)庫（GotoBLA$將數(shù)學(xué)庫安裝包GotoBLAS-1.26.tagz放到/hpc目錄下，運行：tar - zxvf GotoBLAS-1.26.tar.gzcd GotoB

4、LAS32 bit 安裝: ./quickbuild.32bit64 bit 安裝: ./quickbuild.64bit安裝完成后，在當(dāng)前目錄下會生成3個文件，系統(tǒng)根據(jù)你的CPU型式來取名，例如:libgoto.aIibgoto_core2p-r1.14.a系統(tǒng)根據(jù)你的CPU型式來取名 libgoto_core2p-r1.14.so其中 Iibgoto.a 即為使用的數(shù)學(xué)庫函數(shù)，記下該路徑Step3:安裝 linpack測試包（hpltgZ）將linpack測試包hpl.tgz放到/hpc目錄下，運行tar - xvf hpl.tgzcd hplcd setupcp ./Make.Linux

5、_PII_FBLAS /hpc/hpl/Make.testcd .pwd目錄為 /hpc/hpl/vi Make.test編輯該文件如下地方需要更改：ARCH= testTOPdirINCdir BINdirLIBdir= /hpc/hpl= $(TOPdir)/include= $(TOPdir)/bin/$(ARCH) = $(TOPdir)/lib/$(ARCH)MPdir= /hpc/mpich2MPincMPlib= -I$(MPdir)/include= $(MPdir)/lib/libmpich.aLAdirLAlib= /hpc/GotoBLAS= $(LAdir)/libgo

6、to.aCCLINKER= $(MPdir)/bin/mpicc= $(MPdir)/bin/mpif77更改完畢保存后進行編譯make arch=test完成后會在 /hpc/hpl/bin 下生成 test 目錄，進入cd bin/test會看到 2個文件 HPL.dat 和 xhpl編輯HPL.da,設(shè)置如下：P值，Q值，NB值，Ns值可根據(jù)情況調(diào)整，不能 超過sqrt(單個計算節(jié)點內(nèi)存*計算節(jié)點個數(shù))/8)*0.8,否則可能導(dǎo)致測試中使用 swap分區(qū)或者內(nèi)存耗盡而導(dǎo)致的死機，P*Q=®程數(shù)二核數(shù)，16臺計算節(jié)點，內(nèi) 存8G每節(jié)點8核心數(shù)，共128核心例子如下：HPLin p

7、ack ben chmark in put fileInnovative Computing Laboratory, University of TennesseeHPL.out6110000011920181616.01012121010102output file name (if any)device out (6=stdout,7=stderr,file)# of problems sizes (N)Ns# of NBsNBsPMAP process mapping (0=Row-,1=Column-major)# of process grids (P x Q)PsQsthresho

8、ld# of panel factPFACTs (0=left, 1=Crout, 2=Right)# of recursive stopping criteriumNBMINs (>= 1)# of panels in recursionNDIVs# of recursive panel fact.RFACTs (0=left, 1=Crout, 2=Right)# of broadcastBCASTs (0=1rg,1=1rM,2=2rg,3=2rM,4=Lng,5=LnM)# of lookahead depthDEPTHs (>=0)SWAP (0=bin-exch,1=l

9、ong,2=mix)64swapping threshold0L1 in (0=transposed,1=no-transposed) form0U in (0=transposed,1=no-transposed) form1Equilibration (0=no,1=yes)8memory alignment in double (> 0)編輯完成后創(chuàng)建運行節(jié)點的列表 hostlist 文件，每個核心對應(yīng)一行節(jié)點名。 8 核心示意如下：Vi hostlistcn01cn01cn01cn01cn01cn01cn01cn01cn02cn02cn02cn02cn02cn02cn02cn02

10、cn16cn16cn16cn16cn16cn16cn16cn16 保存該文件后 按如下命令運行 linpack 測試：Mpiexec mach in efile ./hostlist np 128 ./xhpl 進行計算，計算完畢后得出計算結(jié)果。如下所示HPLinpack 1.0a - High-Performance Linpack benchmark - January 20, 2004Written by A. Petitet and R. Clint Whaley, Innovative Computing Labs., UTKAn explanation of the input/o

11、utput parameters follows: T/V : Wall time / encoded variant.N : The order of the coefficient matrix A.NB : The partitioning blocking factor.P : The number of process rows.Q : The number of process columns.Time : Time in seconds to solve the linear system. Gflops : Rate of execution for solving the l

12、inear system.The following parameter values will be used:N : 103000NB : 168PMAP : Row-major process mappingP : 8Q : 16PFACT : LeftNBMIN : 2NDIV : 2RFACT : LeftBCAST : 1ringDEPTH : 0SWAP : Mix (threshold = 64)L1 : transposed formU : transposed formEQUIL : yesALIGN : 8 double precision words- The matr

13、ix A is randomly generated for each test.- The following scaled residual checks will be computed:1) |Ax-b|_oo / ( eps * |A|_1 * N )2) |Ax-b|_oo / ( eps * |A|_1 * |x|_1 )3) |Ax-b|_oo / ( eps * |A|_oo * |x|_oo )- The relative machine precision (eps) is taken to be1.110223e-16- Computational tests pass

14、 if scaled residuals are less than16.0Written by A. Petitet and R. Clint Whaley, Innovative Computing Labs., UTKWritten by A. Petitet and R. Clint Whaley, Innovative Computing Labs., UTKT/VN NB P QTimeGflopsWR00L2L2 103000 168 8 16682.091.068e+03|Ax-b|_oo / ( eps * |A|_1 * N ) = 0.0020002 PASSED|Ax-b|_oo / ( eps * |A|_1 * |x|_1 ) = 0.0026000 PASSED|Ax-b|_oo / ( eps * |A|_oo * |x|_oo ) =0.0004820 PASSEDFinished 1 tests with the fol