基因檢測技術(shù)在肺癌精準治療中的應(yīng)用 靶向捕獲測序與ddPCR比較資料

1、基因檢測技術(shù)在肺癌精準治療中的應(yīng)用 靶向捕獲測序與ddPCR比較Li TH, et al. J Clin Oncol 31:1039-1049測序技術(shù)的發(fā)展帶來靶向治療的縱深研究遺傳易感性早期篩查伴隨診斷用藥指導(dǎo)復(fù)發(fā)與疾病進展監(jiān)控良惡性或分子分型非小細胞肺癌NGS在肺癌臨床領(lǐng)域的應(yīng)用NGS+ddPCRNGS+ddPCRNGS腫瘤的異質(zhì)性對傳統(tǒng)分子組織診斷提出了挑戰(zhàn)NGS和ddPCR都是通過計算，看檢測出多少帶有突變的DNA（突變型），和檢測到的所有的DNA（野生型+突變型）的比值來確定等位基因突變頻率（AF）。等位基因突變頻率=4/14=28.5%未突變的DNA來自正常組織或腫瘤中的其他亞克隆

2、NGS和ddPCR都能夠報告等位基因突變頻率，反映不同亞克隆的比例關(guān)系EGFR L858通過等位基因突變頻率在結(jié)合樣本病理評估中的腫瘤細胞占比，我們能夠?qū)δ[瘤內(nèi)部帶有不同驅(qū)動基因的腫瘤細胞亞克隆有一個大致的比例上的了解。對了解腫瘤異質(zhì)性有幫助。NGS和ddPCR都可分辨分子順式/分子反式K.S. Thress, et al. Nat Med, 2015. 21(6): p. 560-562.有研究發(fā)現(xiàn)T790M和C797S突變分子順式/分子反式信息影響EGFR TKI治療療效；NGS和ddPCR都能夠提供EGFR突變的in cis/in tran信息，具有重要的臨床意義，傳統(tǒng)PCR檢測則會遺漏

3、這一信息；基于靶向捕獲的NGS能夠同時檢測已知突變和未知突變ddPCRCapture NGS熱點1熱點2熱點3熱點4檢測基因NCCN指南建議初診患者進行多靶點平行檢測針對非小細胞肺癌的8個基因NGS可以完全覆蓋NGSNGS與與ddPCRddPCR在肺癌在肺癌8 8基因檢測對比基因檢測對比檢測基因型檢測基因型NGSNGS組織組織NGSNGS血液血液ddPCRddPCR組織組織ddPCRddPCR血液血液EGFR突變檢測已知+未知檢測已知+未知已知已知ALK融合檢測已知+未知檢測已知+未知已知難（已知）HER2突變檢測已知+未知檢測已知+未知已知已知BRAF突變檢測已知+未知檢測已知+未知已知已知

4、MET擴增可以難很好好MET14外顯子跳讀檢測已知+未知檢測已知+未知已知已知ROS1融合檢測已知+未知檢測已知+未知已知難（已知）KRAS突變檢測已知+未知檢測已知+未知已知已知MET 14 exon skipping，HER2 20 exon insertion等情況復(fù)雜的突變EGFR等熱點基因的非熱點突變位點ALK等熱點基因的非常見融合方式約3/4 ALK融合為經(jīng)典的EML4-ALK融合，但有1/4為與其他基因的融合，包括：STRN-ALKCATSPERB-ALKACVR1-ALKCLIP1-ALKDPH6-AS1-ALKKIF5B-ALKRP11-320M2.1-ALKUGP2-ALK

5、罕見的EGFR-19Del 可能會造成PCR方法假陰性 NGS能夠覆蓋傳統(tǒng)方法和ddPCR無法檢測的突變種類NGS能夠發(fā)現(xiàn)新的耐藥機制15例患者一代TKI進展，T790M+，應(yīng)用AZD9291后耐藥，經(jīng)檢測發(fā)現(xiàn)三種類型：6例出現(xiàn)C797S5例仍保持T790M，無C797ST790M消失 Thress KS et al, Nat Med.2015 Jun;21發(fā)現(xiàn)AZD9291獲得性耐藥機制-C797S突變與EGFR不同ALK-TKI的耐藥機制更加復(fù)雜 NGS檢測EGFR和ALK的耐藥位點都沒有問題。 ddPCR只能做T790M這種比較集中出現(xiàn)的耐藥位點檢測。隨著建庫技術(shù)和生物信息分析策略的進步NGS液體活檢敏感性已經(jīng)遠超ddPCRu在腫瘤克隆進化的過程中，勞拉替尼耐藥相關(guān)亞克隆L1198F重拾對克唑替尼的敏感性Shaw AT et al, N Engl J Med. 2016;374(1):54-61.Bordi P et al, N Engl J Med. 2016;374(18):1790. u評論：相比反復(fù)活檢在臨床面臨的巨大挑戰(zhàn)，ctDNA動態(tài)隨訪是對腫瘤克隆進化監(jiān)控的最佳方式NGS檢測能夠幫助分析腫瘤克隆的進化N. Rizvi et al, Science, vol 348, 2015 全外顯子測序結(jié)果有