KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)的使用說(shuō)明

1、KEG（數(shù)據(jù)庫(kù)的使用方法與介紹 http:/www.ge no me.jp/KEGG的數(shù)據(jù)KEGG中的pathway是根據(jù)相關(guān)知識(shí)手繪的,這里的手繪的意思可能是指人 工以特定的語(yǔ)言格式來(lái)確定通路各組件的聯(lián)系；基因組信息主要是從NCBI等數(shù) 據(jù)庫(kù)中得到的，除了有完整的基因序列外，還有沒(méi)完成的草圖；另外 KEGG中 有一個(gè)“專有名詞” KO（ KEGG Orthology ），它是蛋白質(zhì)（酶）的一個(gè)分類體 系，序列高度相似，并且在同一條通路上有相似功能的蛋白質(zhì)被歸為一組，然后打上KO （或K）標(biāo)簽。下面就首先來(lái)講一下 KEGG orthology。任找一個(gè)代謝通路圖，在上方有 pathway me

2、ue | payhway en try | Show（Hide） description | 這 3 個(gè)選項(xiàng)，點(diǎn)擊 pathway entry,出現(xiàn)了一個(gè)頁(yè)面，這 個(gè)隨時(shí)被連接出來(lái)的頁(yè)面相信大家一定再熟悉不過(guò)了。在這個(gè)頁(yè)面中的pathwaymap項(xiàng)中點(diǎn)擊按鈕狀的鏈接 Ortholog table。就進(jìn)入了 Ortholog table如下的頁(yè)面：Ortholog tableoOOOia Page: 1 T>Orga nismK00844(HK) 296K12407K00845(GCK) 11(glk) 1108K01810(GPI) 1234hsa r310130983099264528

3、21* ptr P462298741291450505737923455941mcc P710479698120711922699728717960mmu P152772120321527510398814751,mo P25058250592506024385292804cfa P479234475781489096479379611942bta P281771280817616576280808在這個(gè)表中，行與物種對(duì)應(yīng)，3個(gè)字母都是相應(yīng)物中的英文單詞縮寫， 比女口 has表示 Homo sapiens, mcc表示 Macaca mulatta；歹U就表示相應(yīng)的 Ortholog 分類，比

4、如K00844就表示生物體內(nèi)的己糖激酶hexokinase這一類序列和功能 相似的蛋白質(zhì)類（酶類）。如上圖 has后有3101, 3098，3099這3個(gè)條目，它 表示在人類細(xì)胞中中存在3中不同的己糖激酶，它們分別由以上這3組數(shù)字代表 的基因所編碼，這3組數(shù)字應(yīng)該是這3個(gè)基因的登錄號(hào)。空白則表示在該物種中 不存在這種酶。點(diǎn)擊K00844則這一 KO分類信息及成員列表都可顯示出來(lái)；點(diǎn)擊has則鏈接到物種（人類）基因組去了；點(diǎn)擊 P,則顯示相應(yīng)的代謝通路。下面我們 點(diǎn)擊3101，如下：Homo sapiens (human): 3101、” 申Entry3101CDSii. sapiensGene

5、 nameHK3r HKIII, HXK3Definitionheokinase 3 white cell,7.1.1OrthologyK0CS44 hexokinA» EC:2.7,1.1PathwayhsaOOOlO Glycolysis： / Gluconeegenesis hsaOGOol Frac七o曰巳 and mannose metabolism hsdC'3052 Galactose metabolism hsa00500 Starch and sucrose metabolism haa00520 Amino sugar and nucleotide sug

6、ar aetaboilam hsia00524 Butirasln and neomycin biosynthesis hsalllO j Met且bolic： pathways hsa0913 Insulin signaling pathway hsa04930Typ皂 II diah皂七皂s mellitusClavsMetabolism； Carbohydrate Metabolism; GlycolyAiA / Glu=cneogeneaiA PATH:haa0001G|Metabolism; Caxbchydra七e Metabolism; Fructcse and macnc3&l

7、t;= metabolismPATH:hsa0O051如上圖，就是我們常見(jiàn)的一個(gè)頁(yè)面，3101是KEG矽的基因ID （登錄 號(hào)）, H.sapiens表示物種，然后是基因的名稱，表達(dá)的酶，屬于哪個(gè) KC分類 以及參與哪些代謝途徑；下面還有結(jié)構(gòu)、序列信息等等。所以從Ortholog table中可以很容易地知道一張代謝通路上有哪些K0分類（酶類），并且這些酶類的成員在各物種中分配存在的情況以及特定的 名稱。怎么看KEGG代謝通路圖兩QXEGLYCOLYSIS / GLUCONEOGENESISStarchiiidsacHise HetabDlism2.7.1 4131.3.10ctD-Gluco

8、se-lPGlycolysis / Gluconeogenesis - Saccharomyces cerevisiae (budding yeast)Patfiway menu | Pathway entry | Shaw descripban Sacchanomvces cerevisiae fbudding yeast)5.4.22a-D-Glucose5 I 3.331.39I為丄i iry詞12 工 i.22.?..632T1.2271.147p-D-Glwose*QI 53.1.9 -jl 1y.,. Aibutm-P伽Q乜遼畫_>O彳3占1.3 Saiici

9、ii I n . ,n3 1 3.1127,1.31271君 Q p-D-Fnicto®-6P4t2.13|9O*CljjtBtont-Pc D-GliiOOaB9 (eitracellulai* |3-D-Fiructose-lnfliP 2* Glyceraldehyde-SP 冷十一比如以上這個(gè)圖，方框一般就是酶，方框里面的542.2不是IP而是EC編號(hào)；小圓圈代表代謝物，你把鼠標(biāo)放上去，（別放我這上面，放KEGG中去）會(huì)出現(xiàn)C00668的東西，C代表compound, 00668是這種化合物在 KEGG中 的編號(hào)，一般在KEGG中數(shù)據(jù)條目都是這樣的

10、，前面一個(gè)標(biāo)志，后面一個(gè)五位 數(shù)編號(hào)；大的圓方塊，就表示是另一個(gè)代謝圖了，所以就不展開(kāi)了。但是：為什么這個(gè)圖上有的小框框是綠色呢？（這是綠色吧？我藍(lán)綠不分的，下同）因?yàn)檫@是一張?zhí)囟ㄎ锓N（S. cere.釀酒酵母）的代謝圖，藍(lán)色的框框 表示專屬于這個(gè)物種。在 KEGG中有兩種代謝圖，一種是參考代謝通路圖 referenee pathway是根據(jù)已有的知識(shí)繪制的概括的、詳盡的具有一般參考意義 的代謝圖，這種圖上就不會(huì)有綠色的小框，而都是無(wú)色的，所有的框都可以點(diǎn)擊 查看更詳細(xì)的信息；另一種就是像上面這樣的屬于特定物種的代謝圖 species-specific pathway會(huì)用綠色來(lái)標(biāo)出這個(gè)物種特有

11、的基因或酶，只有這些綠 色的框點(diǎn)擊以后才會(huì)給出更詳細(xì)的信息。這兩種圖很好區(qū)分，refere nee pathway在KEGG中的名字是以map開(kāi)頭的，比如map00010,就是糖酵解途徑的參考 圖，而特定物種的代謝通路圖開(kāi)頭三個(gè)字符不是map而是種屬英文單詞的縮寫（應(yīng)該就是一個(gè)屬的首字母+2個(gè)種的首字母）比如酵母的糖酵解通路圖，就是 sce00010大腸桿菌的糖酵解通路圖就應(yīng)該是 eco00010吧。那么：怎么找這兩種圖呢?（1） 有下拉列表的時(shí)候，在列表選擇refere nee或者是特定物種即可。（2）在 pathway檢索的頁(yè)面 http:/www.genome.jp/kegg/pathw

12、ay.html，如下圖:KEGG2 PATHWAY BRrTESelect prefixmap | OrganismDISEASE DRUG KO GENES GENOME LIGAND DBGETEntmkevrVirardspqjHelpPathway MapsKEGG PATHWAY is a collection of manually drawn pathway maps (see new maps； change history, and last updates) representing dur knowledge on the molecular interaction an

13、d reaction net woIts for:0. Global Map1. MetabolismCmrbdhvdmt：E Enerav Lioid Nucleotide Amino acid Other amino acid Gl辛匚mn默認(rèn)的就是map,參考圖，你想要什么物中的代謝圖寫上它的名稱就 好了（種屬縮寫），如果不知道是哪 3個(gè)字母，點(diǎn)擊organism選擇即可。（不 過(guò)你點(diǎn)進(jìn)去也是一片空白，你要提示兩個(gè)字母才會(huì)給出下拉條目） 順便問(wèn)一下：怎么找基因呢?還是上面這張圖，看到了嗎，除了 PATHWAY之外是不是還有BRITE、DISEASE.以及GENES等等，點(diǎn)擊基因GENES

14、，就可以查找基因了, 如下圖：KEGG2 PATHWAY BRITE KO GFNES 5SDEt GENOMEOrganismsEnter Orqigerte (Example) syn!ssr3451Entry i Gwnw 已ustwr Ortholog | Paralog Motif 匚心Gene CatalogsKEGG GENES 由 a collection of gene catalogs for all complete genomes (百皂e update history) generated from publicly available resources, most

15、ly NCBI RefSeq, They are subject to SSDB l. ifli b-K!H nIH/i j-B j-i B-m.n 雀 f jT uil n-s ji,i. i b.kli j-s.ai-b、!J*-hi A. IA:卜 J-fc j-s I Ir-1 if-'I F Ph !f-'C j-t ljl - fl ri«ri° jnmji不過(guò)這里要按一定的格式（org:gene）輸入要查找的目的基因，比如它 給出的示例：syn表示物中，ssr3451表示基因ID，查找出來(lái)的基因名稱是psbE。其實(shí)我試了一下，若直接檢索基因名稱

16、（而不是KEGG中的基因ID）syn:psbE也 是一樣的。因?yàn)槲也恢?KEGG中基因ID如何編制的，但是，我同時(shí)也不知道 基因的名稱是如何定義的。 比如果糖1,6-二磷酸酶Fructose 1,6-biphosphatase的 基因就叫fbp,我放進(jìn)去能檢索，但是我把有名的 gal填上去就不能檢索，當(dāng)然這 可能與基因后面的亂七八糟的序號(hào)后綴有關(guān)，比如填上gal1就能檢索了，所以我真不知道基因到底怎么命名的？當(dāng)然我在syn中沒(méi)找到gal1在sce中檢索到了，這也說(shuō)明了基因果然不是亂長(zhǎng)的。依舊是上面這個(gè)圖，看到 KEGG2 了嗎？點(diǎn)擊。也會(huì)出現(xiàn)檢索框，這 是一個(gè)總體性地檢索框，在這里面輸入關(guān)鍵

17、詞，代謝通路也好，glycolysis也好,gal也好，化合物也好，沒(méi)那么多限制，KEGG中的相關(guān)東西都會(huì)檢索出來(lái)，在 這里瀏覽一下，再進(jìn)行后續(xù)檢索，也是一個(gè)不錯(cuò)的方法。當(dāng)然，代謝通路圖，還有其他的查看形式（比如以 KO查看），以及 圖上可以點(diǎn)擊，鏈接到這鏈接到那，點(diǎn)來(lái)點(diǎn)去總能點(diǎn)出奇怪的頁(yè)面來(lái)， 熟悉一下 也就熟悉了，這些東西會(huì)很有用，所以我就不說(shuō)了。下面講一下 KEGG的自動(dòng) 注釋功能。KEGG的自動(dòng)注釋KEGG Automatic Annotation Server， KEGG 的自動(dòng)注釋服務(wù)簡(jiǎn)稱 KAAS。 在線網(wǎng)址為http:/www.genome.jp/tools/kaas/。就是你

18、提交一段蛋白質(zhì)序列或者 基因序列（必須是fasta格式），它自動(dòng)在內(nèi)部進(jìn)行相似性比對(duì)，找到最相似的 基因，并確定檢索基因的KO分類，然后給出這些基因所在的代謝通路并以以不 同的顏色標(biāo)示這些基因。如下圖：Query sequences (inmuiti-FASTA)* Text data (I. NucleotideGFRQARQaVAE IGAVAS GISGSGPT LFAH：DKPETAQRVM>WLGE(NYLQNQEGFVHI CRL * DIASARTZLEN>0002KKLYNLKDSHE275FJ爲(wèi)AVT茁LWKN誤LFFRAFEFSIHEI二EXLKLTFVTREA

19、KIIS 三 AFISDEIPQEILEERVRAAEAFPAPVANVESUVGCLELFHGPIIAEKDFGGRFMAQKLTH lAGDKmiLTATSGDTGAAVAHAFY 缸 FNVKWILYERGKISPLQEKLFCTLQSIIETVAIDSJFiaCCALVK妙FDDEELKVALGLNSANSimsRLLAQICYFFEAVaOLPCPTRNQ Tin r&.TFcnT TEUT T 2b 亡T UTtVD Tt TIsTi WnTt rcu rT sj FvzAwq：DtrbTT Mf 卞 ” File upload ( Nucleobde)瀏覽Query na

20、meforexampleE-mail addressneobe110GENES dsta set (javascnpt button or text box)我在help中隨便復(fù)制了它的兩條示例氨基酸序列，然后粘貼到檢索框 中，進(jìn)行了檢索。檢索框默認(rèn)的蛋白質(zhì)序列，如果不是的話要改選。然后填上一 個(gè)郵箱地址，點(diǎn)擊又下角的compute即可。不出意外的話，你在接下來(lái)的頁(yè)面中 應(yīng)該看不到任何結(jié)果，甚至連提示都沒(méi)有，原來(lái)它把結(jié)果發(fā)到你郵箱去了。 我也 不明白就一個(gè)網(wǎng)頁(yè)鏈接為什么還硬要發(fā)送到郵箱。首先發(fā)你一封信說(shuō)已經(jīng)接受，并給你一個(gè)期待結(jié)果顯示的網(wǎng)址，一段時(shí)間后，會(huì)發(fā)你另外一封郵件，說(shuō)已經(jīng)完 成。打開(kāi)它

21、給的網(wǎng)址，就能看到結(jié)果了，如下：HomeFeedbackKEGG2KEGGGenome Met看來(lái)從1: 20開(kāi)始計(jì)算到1: 50才結(jié)束，兩條氨基酸鏈計(jì)算了 30分 鐘（不過(guò)我感覺(jué)沒(méi)這么長(zhǎng)呀）。人家說(shuō)了，計(jì)算時(shí)間是與要和檢索序列對(duì)比的目 標(biāo)序列成正比，因此在檢索的時(shí)候最好限制一下檢索范圍。點(diǎn)擊html有兩條代謝通量圖的條目，點(diǎn)開(kāi)他們就可以直觀地看出我們檢索的未知序列在代謝通路中的位置和作用了。Text給出的是兩個(gè)KO分類好像北京大學(xué)的生命科學(xué)學(xué)院也搞了一個(gè) KOBA，也是基于KEGG中的KO進(jìn) 行注釋的一個(gè)服務(wù)，應(yīng)該和這個(gè)差不多吧。代謝通路的著色怎么在KEGG檢索出來(lái)的代謝通路中給特定的一些化

22、合物或者基因（酶）著色以高亮顯示呢？進(jìn)入網(wǎng)頁(yè) http:/www.genome.jp/kegg/tool/color_pathway.html ，或者 由 pathway主頁(yè)的 Color objects in KEGG pathways進(jìn)入，看圖：KEGG2 Search Pathway Color Pathway Search Brite Color ©rite Map TaxonomySearch against: Saccharomyces cerevisiae (budding yeast)Enter objects one per line followed by bgt

23、olo匚 Fgcolor:GALI redExamptes;caona blue(Reference path wav (KO'i)K0ie03 redfblueCOO 118 pink(Homo sapiens pathway)7167 red .blueCOO 118 pinkAlter native IVf enter the file name containing the data:測(cè)覽If necesaryr change default bgcolor: pinkJ! Include aliasesI Use uncolored diagrams0 Display obj

24、ects not found in the searchExec (clear如上圖，search against下拉出你可供選擇的代謝通量圖，總所周知的 一個(gè)很煩人的問(wèn)題就是，在這些下拉列表中，條目排序竟然是亂七八糟的很難索 引。還好我發(fā)現(xiàn)把焦點(diǎn)定在這個(gè)下拉列表的最頂端的文本框上（即文本框變成選中的藍(lán)色），然后在鍵盤上拼寫你要的那個(gè)物中的英文單詞，只需要拼兩三個(gè)字符相應(yīng)的代謝通量圖就出現(xiàn)在頂端了。 比如我要找酵母的代謝通量圖，只需要在 文本框變藍(lán)的時(shí)候拼寫“ sacc 這幾個(gè)字符“ Saccharomyces cerevisiae（budding yeast）”就自動(dòng)被置于上面了?；蛘卟话呀?/p>

25、點(diǎn)集中在文本框中也行，但是你要很 快地拼寫sacc,否者的話焦點(diǎn)會(huì)在以這幾個(gè)字符開(kāi)頭的條目之間切換。如上圖，右邊有示例，這個(gè)貌似不要太簡(jiǎn)單。想給誰(shuí)著色就把它寫出 來(lái)后面跟上顏色就好了， 一個(gè)一行。比如寫上C00118 blue就表示在代謝通路圖 中把C00118這種代謝物（3-磷酸甘油醛，GAP）給著上藍(lán)色。但是大家也看出 來(lái)了，著色可以自定義背景色，也可以同時(shí)定義前景色。我曾一度琢磨前景色是 干嘛的，琢磨半天發(fā)現(xiàn)沒(méi)用。背景色就是把方框或者圓圈涂成選定的顏色，這自然是要的；而前景色是誰(shuí)的顏色，就是方框里面的542.2這幾個(gè)數(shù)字的顏色，或者是小圓圈圓周的顏色，這有必要定義嗎，所以后面直接跟一種顏

26、色就行了。然后就可以了。我隨便弄個(gè)gal1想去著色，KEGG突然說(shuō)在酵母中 找不到gal1,怎么可能找不到呢？我前面還在 GENES中搜過(guò)呢，分明是酵母， 分明是gal1分明搜的到，我當(dāng)時(shí)還大為興嘆，唉，看來(lái)基因果然不能亂長(zhǎng)啊， 怎么可能一頓飯就說(shuō)找不到了呢？我又回去搜里一下，確實(shí)搜的到，我再回來(lái)著色還說(shuō)找不到。發(fā)現(xiàn)沒(méi)有哪里不對(duì)呀，難道在這里KEGG著色只能輸入基因ID而不能輸入名稱？不是，輸入基因ID能給著色，基因名稱也應(yīng)該能給 哈哈， 我突然大笑起來(lái)，一定是 KEGG區(qū)分大小寫了！果然，我把搜到的 GAL1輸進(jìn) 去，好了！用gall又不行了。我突然覺(jué)得好玩起來(lái)，就一次次地改大小寫，一 次次

27、地看它給出的錯(cuò)誤報(bào)告，一次次得意地嗤笑它的弱智。既然區(qū)分大小寫，那 red能著紅色，Red、RED肯定就不認(rèn)識(shí)了，果然改寫一個(gè)大小寫的 red就沒(méi)反 應(yīng)了，C00118也不認(rèn)識(shí)了。前面那么多檢索一直都不區(qū)分大小寫的，在這里怎 么區(qū)分大小寫呢？ KEGG顯然把這點(diǎn)疏忽了。著色結(jié)果如下：（紅色的就是 GAL1的酶，右上角的就是C00118）Ml施i.j 1 LX"TV1CMjaJwne-I珂JI ub珂讀2-DchylE&-3-dMrKy-. D-簾皿UM 砒丄訂nd|鮎】Pentiss uiteTWETvemaiwOdrtiKj|41.2.S1|代謝物還好，如果要著色酶，沒(méi)必要

28、去找基因，還免得像我那樣麻煩， 直接在輸入框中輸入相應(yīng)的酶就好了，比如ec: red（ec 要小寫）跟GAL1 red是一樣的?；蛘咧苯訉? red也是一樣的。這種著色功能還可用于對(duì)比（或?qū)ふ遥﹥蓚€(gè)不同物種的一些基因，或 者根據(jù)芯片數(shù)據(jù)，直觀地示意一些基因的表達(dá)調(diào)控。 著色內(nèi)容也可以預(yù)先按以上 規(guī)定的格式寫在文本文件中，然后直接瀏覽導(dǎo)入也行?；蛐酒瑪?shù)據(jù)的分析我對(duì)基因芯片數(shù)據(jù)（表達(dá)譜）的分析也是蠻感興趣的。利用基因芯片的 表達(dá)數(shù)據(jù)，分析不同實(shí)驗(yàn)條件下的一些上調(diào)或下調(diào)基因，并與生物通路結(jié)合起來(lái)，用不同的顏色來(lái)直觀地反映代謝通路中各基因表達(dá)的變化情況，可以為更好地研究代

29、謝網(wǎng)絡(luò)提供了很大的幫助。以前出去聽(tīng)人家講課，只知道GenMapp不錯(cuò)，可 以把基因芯片數(shù)據(jù)和通路結(jié)合起來(lái)，沒(méi)想到在KEG仲也可以實(shí)現(xiàn)這一功能。進(jìn)入網(wǎng)頁(yè) http:/www.genome.jp/kegg/expression/。網(wǎng)頁(yè)左邊是KEGG1身?yè)碛械囊恍┗虮磉_(dá)數(shù)據(jù)集 KEGG EXPRESSION Database!網(wǎng)頁(yè)的右邊 KegArray就是要進(jìn)行芯片分析的工具了。 在KEGCEXPRESSIO下面，點(diǎn)擊“l(fā)ist of experimental data available”，就打開(kāi)了 KEGG中的基因芯片數(shù)據(jù)，見(jiàn)下圖：t SynechocysUs sp. PCC&803

30、a Suzuki et al.Gi'OOl JSynechocystis PCCb8O3cold shock response PM1D:112y82yo=> Clus'sxnOOQuOQleK0000012saeDO0DO13eK0000014 esOODOOlS exQOOQQO?eK0C00003wild type wild type wild type wild type wild typE wild type wild type(normliKEd data emir). Download dat«UT 34CZ22C-1WT 34CZ22C-2UT

31、3Cz22C-3UT 34C/22C-4JWT 3Cz22C-5UT 34CZ22C-61exnUUDOlJOZ exOOOOOOB ex0000009 exOOOOOlO exOOOOOll 60000004 exOOOOOOShik33 disruptant hik33 disruphik33 disruptenthik33 disruptant hik33 disruptant hik33 disruptzt hik33 disruptanttransferredfrom34匚to22Ctransferredfrom34Cto22Ctransferredfrom34Cto22Ctrans

32、ferredfrom34Cto22Ctransferredfrom34Cto22Ctrsnsf昌rredfrom34Cto22Ctransferredfrom34Cto22C(noma 11 zed data, only)Hik33 34C/22C-1Hik33 34C/22C-2Hik33 34C/22C-3Hik33 34C/22C-4)Hik33 34C/22C-5JHik33 34C/22C-6Downlcdisruptantvs.wilddisruptdntvs.wilddisruptantvswilddisruptantVS -wilddisruptantVS-wildesnCOO

33、GOOS hik33 esODODOie hik33 eKOOOOOl? hik33 exODOOGlS hik33 exOOODOl hik33 ez0000G06 hik33 esGCOGOO? hik33di am pt ant vs wild disruptant vs. wildatep7(normalized data only). Download dateUTzHik331WT/Hik332UT/Hik33-3rrzH>k33-4VT/Hik33-5rWTHik33-6JHlhara et al. (20C1), Synschocystis POC6S03 acclima

34、tion croa low to high 1ight intensity Yoshimura et al. (2001) . Synechocystis PCX?6S03 cAMF receptor protein sycrpl (si11371 nu-* HihAre et a J. (2DQ3). Synechocvstis FCC6B03 redox-respans i ve enes PMID：1?591S91這是芯片數(shù)據(jù)的一個(gè)目錄層次，箭頭向右和向下分別表示收起和展開(kāi)數(shù)據(jù)。我們以上圖中的第一條數(shù)據(jù)為例，即Suzuki et al. 做的關(guān)于Synechocystis PCC6803

35、冷激響應(yīng)的一條數(shù)據(jù)ex0000012,點(diǎn)擊這個(gè)數(shù)據(jù)，在打 開(kāi)的頁(yè)面下面有個(gè)option列表，點(diǎn)擊Launch KegArray,加載這個(gè)應(yīng)用程序來(lái) 分析這條數(shù)據(jù)。出現(xiàn)如下對(duì)話框：EHTRY DEFUnilMS-ONTROLTARSETSUBMITTER DUEREFERENCExOMoaiaSyEBchoaystis KCCE03 cold abackwildfrom 3北 X 22C KT 34C/22C-1wild-tpe sella greywn at 34Cwild-tpe cells gzoMn at 34C were tiansferred t for 20 amnHcrioKin

36、urata Snibb ag r jp)L9-99-09-17 »:5«: 00409Keg Army Jn Ip www,qer>Dme,jpjF"1AUTHOR Suzuki IB Kdrieaski 弋* Hikun 兀 Kanehisa £ Mu： TITLE Ccld-reguiated gen.es uzidez coatzcl of the cold SynechccyiB'Ei 3 Mfl-l MiCEe-biDla 2001(13:2J：S-44MIDL12M2MCODEsy®.1BATA IS 3K3Tiff盯

37、幵辺«W 0 I螂靈跚Options:1 wiroui data lines |th£ pg-e|2 EMre EXPRESSION fil 3 Launch Keirapfar Mac OS X 1D2.0 df higher/Wmdciws with JRE 15.01 or hdgh&r冋你是打開(kāi)還是保存，打開(kāi)就相當(dāng)于臨時(shí)用一下，網(wǎng)頁(yè)關(guān)掉就沒(méi)了；保存就是把這個(gè)軟件下載到自己的電腦上，以后還可以用。你先打開(kāi)試試吧，這個(gè)不是關(guān)鍵，關(guān)鍵的是你可能打不開(kāi)這個(gè)文件。 大家都知道，生物信息學(xué)的一些 軟件往往要求安裝JAVA才能運(yùn)行，我JAVA早就安裝了，但是仍然告訴我打不

38、開(kāi) 這個(gè)文件，我看了一下文件格式，是什么 JNLP格式的沒(méi)見(jiàn)過(guò)，看看屬性，又從 網(wǎng)上搜搜，說(shuō)需要java web start才能打開(kāi)和運(yùn)行，我安裝了 JAVAjava webstart在哪里找到和啟動(dòng)，查了半天也沒(méi)個(gè)頭緒，忽然一想，java webstart肯 定在JAVA安裝文件夾里，取首字母縮寫，很有可能是 javaws.exe,我一搜還真 在安裝文件夾里搜到這個(gè)執(zhí)行程序了，用作JNLP的默認(rèn)打開(kāi)方式，立馬就呼呼地啟動(dòng)了。出現(xiàn)了如下的界面：File Edit View Tools List HelpDataGene/Cornpound ClusteringFileFite name : e

39、x;ex0000012Local GenomeNet Clear# Organism: Svrchocvstis sp. PCC 6803y Compound dataFile name:1 總' Keg Ar ray analysisFile Edit View TcStatistics Arravln*T'quunKIntensrtyrhrestioim ino iujoocrhi eshold and normatizdtionToolsMapping to Pathway GoRdtio threshold itifouLocal ClearED conversion

40、Gg圖中的File Name、Organism還都對(duì)，下面的參數(shù)一般都是默認(rèn)的， 不需要改。右邊還有一個(gè)統(tǒng)計(jì)圖，用以顯示上調(diào)、下調(diào)和不調(diào)的基因數(shù)目比例。 綠色表示下調(diào)，紅色上調(diào)，黃色無(wú)明顯差異（之前有文獻(xiàn)說(shuō)紅色是下調(diào)，搞的我 迷糊了好大一陣子?。?。那怎么在生物學(xué)通路中看這些基因的調(diào)整情況呢？看到最下面的Mapping to 了嗎，選擇pathway（默認(rèn)的也是 pathway）,GO 下，就0K了。然后它就會(huì)把這個(gè)芯片數(shù)據(jù)涉及到的基因所在的 通路圖列出來(lái)，并在通路中用不同的顏色標(biāo)明基因表達(dá)差異。如下圖（選取的是 嘌呤代謝通路的一部分）綠色表示基因下調(diào)，黃色表示沒(méi)明顯變化，灰色是什么，這個(gè)可能species-specific基因，與芯片無(wú)關(guān)的吧。那怎么沒(méi)紅色？（1）通路中本就沒(méi)有基因上調(diào)（2）雖然綠色表示下調(diào)，紅色上調(diào)，但是在他們之間有過(guò)渡的顏色，比如某個(gè) 基因只是稍微上調(diào)，因此不能大紅大紫，只能呈現(xiàn)過(guò)渡的暗黃色。如果你一定有 見(jiàn)紅情結(jié)的話，那你可以在help菜單中選擇preferences,把顏色梯