尋找啟動子區(qū)域和預測轉錄因子結合位點PPT

1、目的： 尋找promoter區(qū)域預測Transcription factor binding site舉例：預測人基因ANKH上游2000bp啟動子區(qū)域中NF-kB的結合位點尋找promoter區(qū)域用NCBI：/用UCSC：/用Ensembl：/index.html用公司信息（只包含公司擁有promoter clones的信息）： http:/ ttp://pubmed/選擇Gene, 輸入ankh,點擊sear

2、ch選擇第一項，人類Homo sapiens的ANKHChromosome 5 location 14704909-14871887, complement(反義鏈)即-14871887 到 -14704909為基因范圍此例中選取-14873887 到-14871887 約2000bp核苷酸序列作為啟動子區(qū)域尋找promoter區(qū)域圖形顯示FASTA格式顯示的核苷酸序列輸入序列可以查詢染色體位置ANKH gene在反義鏈上，所以用負數表示可以查詢具體核苷酸序列點擊Graphics-Tools-Sequece Text View尋找promoter區(qū)域點擊Go To Position, 輸入-1

3、4873887，點擊Prev Page找到具體位置復制白底黑色區(qū)域即為promoter區(qū)域。白底黑字為啟動子區(qū)域紫底黑字為基因區(qū)域粉底黑字為編碼區(qū)，ATG為啟示密碼子尋找promoter區(qū)域在前兩張幻燈片中選擇FASTA在右邊Change region shown輸入14871887到14873887Display options選擇Show reverse complement可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列（似乎有一個bp的差距，可以輸入14871887到14873886 ）尋找promoter區(qū)域/ 選擇genome

4、s在clade選擇Mammal，genome選擇Human，assmebly選擇最新的數據庫，gene中輸入ANKH點擊Tables在track中選擇RefSeq Genes，在output format中選擇sequence點擊get output。 選擇genomic。尋找promoter區(qū)域選擇Promoter/Upstream by 2000 basesExons in upper case, everything else in lower case外顯子大寫，其他小寫尋找promoter區(qū)域選擇Promoter/Upstream by 2000 basesExons in uppe

5、r case, everything else in lower case外顯子大寫，其他小寫尋找promoter區(qū)域小寫字母為promoter區(qū)域大寫字母為基因區(qū)域，與NCBI結果相同ATG為CDS區(qū)起始密碼子尋找promoter區(qū)域/index.html 選擇human 輸入 ankh選擇Gene，點擊 GeneID ENSG00000154122點擊左邊的Export data 尋找promoter區(qū)域5 Flanking sequence 輸入2000Options for FASTA sequence中Genomic選5 Flanking s

6、equence，deselect all點擊Next（不管正反此法都適用）尋找promoter區(qū)域得到2000 bases 的核苷酸序列尋找promoter區(qū)域http:/ product， 選擇promoter clones，因為沒有ANKH的信息，此處輸入FIBRONECTIN 選擇目的基因尋找promoter區(qū)域點擊click here to view the promoter sequence得到promoter信息丁香園網友給出的方法 鏈接：http:/ factor binding site用Jaspar http:/ http:/alggen.lsi.upc.es/cgi-bin

7、/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3用TFSEARCH（據說用的是TRANSFAC很舊的數據庫） http:/www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html用商業(yè)數據庫TRANSFAC（要付費） http:/www.gene- factor binding sitehttp:/ 點擊JASPAR CORE vetebrata左邊轉錄因子選擇MA0061.1 NF-kappaB，右邊輸入ANKH啟動子區(qū)域，點擊SCAN結果得到5個 Transcription factor binding site， 其中Strand -

8、1沒有特殊意義，另外三個GGGAAATACC得分最高 預測Transcription factor binding sitehttp:/alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3Step1 selectspecies選擇humanStep1 SelectFactors選擇NF-kappaB T00590Step2 SearchSites輸入ANKH的promoter區(qū)域結果中有一個位點TGGGAAATACCT，與JASPAR結果中得分最高的相同預測Transcription factor binding sitehttp:/www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.htmlEnter a la