腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程

1、經(jīng)歷檢測(cè)前臨床咨詢(xún)部分、實(shí)驗(yàn)室部分、信息分析部分、臨床解讀部分共四個(gè)環(huán)節(jié)。其中的第四部 分臨床解讀部分即是根據(jù)檢測(cè)結(jié)果、患者信息、醫(yī)生共識(shí)綜合判斷，臨床和遺傳咨詢(xún)有效銜接、充 分溝通，最終出具臨床解讀報(bào)告。在做成臨床解讀報(bào)告之前，首先需要將解讀的各個(gè)環(huán)節(jié)進(jìn)行明確，包括解讀的步驟流程，解讀的技術(shù)細(xì)節(jié)。這樣才有可能真正的做到解讀的規(guī)范化，使解讀過(guò)程有據(jù)可依，有章可循，才能出具一份 好的臨床解讀報(bào)告，基因檢測(cè)才能更好的服務(wù)患者和臨床醫(yī)生。從大的框架講，基因檢測(cè)數(shù)據(jù)解讀可分為三個(gè)步驟：原始數(shù)據(jù)T分析數(shù)據(jù)、基于數(shù)據(jù)庫(kù)的解讀T與患者個(gè)體表征/臨床病例結(jié)合的解讀。1、讀懂原始數(shù)據(jù)將測(cè)序的原始序列數(shù)據(jù) （FA

2、STQ）去除接頭及低質(zhì)量序列， 經(jīng)BWA軟件比對(duì)至 GRCh37/38 （NCBI 版本）或hg19/hg38 （ UCSC版本）人類(lèi)基因組參考序列上， Picard去除重復(fù)序列，使用 GATK 檢測(cè)SNV與In del變異，使用 ANNOVAR 進(jìn)行變異注釋。最后獲得一份 .vcf文件（圖1 ）。圖1從測(cè)序的原始序列數(shù)據(jù)到 vcf文件的流程一份vcf文件包含如下基本信息。Chr :變異所在的染色體Start :變異在染色體上的起始位置End :變異在染色體上的結(jié)束位置Ref :參考基因組的序列Alt :檢測(cè)樣本基因組的序列Func.refGene :變異所處參考基因的功能區(qū)（exonic，n

3、tronic , UTR3 , UTR5 , splicing , upstream ，downstream ，intergenic ）（此處的exonic特指外顯子編碼氨基酸區(qū)，不包括外顯子的UTR區(qū)）Gen e.refGe ne :變異所處參考基因名稱(chēng)（如果是基因間，則是兩側(cè)的基因）Gen eDetail.refGe ne:非外顯子區(qū)處于特定轉(zhuǎn)錄本中的具體位置（如果是基因間，則是距離兩側(cè)的基因的距離）ExonicFunc.refGene:外顯子區(qū)的變異類(lèi)型 （frameshift insertion, frameshiftdeletion,stopgain ,stoploss ， non

4、frameshift insertion , non frameshiftdeleti on, synonym ous SNV ，nonsynonymous SNV ），如果這一欄是一個(gè)".”的話(huà)，就說(shuō)明該變異不在外顯子區(qū)AAChange.refGene:氨基酸水平的改變（同一個(gè)基因可能具有多個(gè)轉(zhuǎn)錄本，氨基酸改變的位置在不同的轉(zhuǎn)錄本中有可能不一樣）經(jīng)注釋后的vcf文件還會(huì)包含如下信息：CLINSIG :該變異在 ClinVar 數(shù)據(jù)庫(kù)中的臨床意義 （Benign ，Likely benign,Uncertain significanee ，Likelypathogenic ， Pat

5、hogenic ， Drug-response）CLINDBN :該變異所引起的疾病名稱(chēng)CLINACC :該變異的登記號(hào)和版本號(hào)(VariantAccession and Versions)CLINSDB :該變異所引起疾病所在數(shù)據(jù)庫(kù)名稱(chēng)CLINSDB :該變異所引起疾病所在數(shù)據(jù)庫(kù)中的IDPopFreqMax :該變異人群中的最大等位基因頻率1000_AII :該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中的人群等位基因頻率1000_AFR :該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中非洲人群的等位基因頻率1000_AMR :該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中美國(guó)人群的等位基因頻率1000_EAS :該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)

6、據(jù)庫(kù)中東亞人群的等位基因頻率1000_EUR :該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中歐洲人群的等位基因頻率1000_SAS :該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中南亞人群的等位基因頻率Snp138 :該變異在 dbSNP 數(shù)據(jù)庫(kù)中的IDCosmic70 :該變異在癌癥體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)庫(kù)COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL :該變異在美國(guó)國(guó)家心肺血液研究所的ESP6500數(shù)據(jù)庫(kù)中的人群等位基因頻率ESP6500siv2_AA :該變異在美國(guó)國(guó)家心肺血液研究所的ESP6500數(shù)據(jù)庫(kù)中的非洲裔人群等位基因頻率ESP6500siv2_EA :該變異在美國(guó)國(guó)家心肺血液研究所的ESP6500數(shù)據(jù)庫(kù)中的歐洲

7、裔人群等位基因頻率ExAC_AII :該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中的人群等位基因頻率ExAC_AFR :該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中非洲人群的等位基因頻率ExAC_AMR :該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中美國(guó)人群的等位基因頻率ExAC_EAS :該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中東亞人群的等位基因頻率ExAC_FIN :該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中芬蘭人群的等位基因頻率ExAC_NFE :該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中非芬蘭歐洲人群的等位基因頻率ExAC_OTH :該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中除已指定人群之外的人群等位基因頻率ExAC_SAS :該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中南亞人群的等位基因頻率CG46 :該變異在 CG46數(shù)據(jù)庫(kù)中的

8、人群等位基因頻率。CG46是由CompleteGenomics （ BGI）公司對(duì)46個(gè)樣本的全基因組測(cè)序而建立的數(shù)據(jù)庫(kù)，截止2017年，他們已經(jīng)對(duì)超過(guò) 20000個(gè)樣本進(jìn)行了全基因組測(cè)序和分析。ICGC_Id :國(guó)際癌癥基因協(xié)作組中各研究的IDICGC_Occurre neeNci60 :該變異在nci60數(shù)據(jù)庫(kù)中的等位基因頻率。Nci60是被廣泛用于藥物篩選的人類(lèi)60種腫瘤細(xì)胞系組合，已經(jīng)進(jìn)行了全外測(cè)序。隨著研究的進(jìn)步，美國(guó)癌癥研究所 NCI在2016年宣布NCI-60 細(xì)胞系“退休”，PDX新模型“上任”。Interpro_domain: InterProdbscSNV_ADA_SCOR

9、E :基于adaptive boosting預(yù)測(cè)變異對(duì)剪接位點(diǎn)改變的可能性dbscSNV_RF_SCORE :基于Random Forest 預(yù)測(cè)變異對(duì)剪接位點(diǎn)改變的可能性。得分代表剪接 影響的可能性大小， 如果dbscSNV_ADA_SCORE 和dbscSNV_RF_SCORE 得分均小于 0.6，則對(duì) 剪接位點(diǎn)沒(méi)有影響()。Omim_phe no type:在OMIM 數(shù)據(jù)庫(kù)中該基因(不是該變異)對(duì)應(yīng)的表型QUAL :測(cè)序質(zhì)量分?jǐn)?shù)，計(jì)算方法為Q = -10log10(e)，可衡量堿基未正確檢出的概率。FILTER:對(duì)變異位點(diǎn)做進(jìn)一步的過(guò)濾。無(wú)論你用什么方法對(duì)變異位點(diǎn)進(jìn)行過(guò)濾，過(guò)濾完了之后

10、，在FILTER 一欄都會(huì)留下過(guò)濾記錄，如果是通過(guò)了過(guò)濾標(biāo)準(zhǔn)，那么這些通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)的好的變異位點(diǎn)的FILTER 一欄就會(huì)注釋一個(gè) PASS，如果沒(méi)有通過(guò)過(guò)濾，就會(huì)在FILTER這一欄提示除了 PASS的其他信息(other FILTER flag )。如果這一欄是一個(gè)“.”的話(huà)，就說(shuō)明沒(méi)有進(jìn)行過(guò)任何過(guò)濾INFO&F ORMAT :該欄數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)GT:AD:AF:ALT_F1R2:ALT_F2R1:FOXOG:QSS:REF_F1R2:REF_F2R1 。GT:基因型，對(duì)于一個(gè)二倍體生物，0表示跟REF 一樣，1表示表示跟Alt 一樣；2表示第二個(gè)Alt ； AD :對(duì)應(yīng)兩個(gè)以逗號(hào)隔 開(kāi)的值，

11、這兩個(gè)值分別表示覆蓋到 REF和Alt堿基的reads數(shù)，相當(dāng)于支持 REF和支持Alt的測(cè)序深度；AF :支持Alt的測(cè)序深度占總測(cè)序深度的比例，即等位基因豐度NORMAL :與腫瘤組織對(duì)應(yīng)的正常組織中的信息，一般通過(guò)外周血測(cè)序獲得TUMOR :腫瘤組織中的信息此外還可能包含各種算法對(duì)非同義突變保守性預(yù)測(cè)值，這些算法包括 SIFT prediction(T: tolerated;D: deleterious) ， PolyPhen HumanDiv prediction (D:Probably damaging, P: possiblydamaging; B: benign) 、LTR、Mu

12、tT aster、MutationAssessor、FATHMM、CADD、GERP+等等。2、分析挖掘數(shù)據(jù)對(duì)全外顯子檢測(cè)(或者屬于較大pannel范疇的情況也可以)，可以進(jìn)行腫瘤突變負(fù)荷(Tumormutatio nburden )計(jì)算。臨床研究表明，使用PD1/PD-L1抑制劑等免疫治療藥物時(shí)，具有較高突變負(fù)荷的患者具有較好的客觀緩解率(ORR)、較長(zhǎng)的無(wú)進(jìn)展生存期(PFS)，同時(shí)持續(xù)臨床療效(DCB)也更佳。然而，由于目前沒(méi)有統(tǒng)一的腫瘤突變負(fù)荷計(jì)算方法，在做縱向比較時(shí)需謹(jǐn)慎。該分析使用 的計(jì)算方法為，腫瘤組織中突變豐度大于等于5%，正常組織中突變豐度小于等于1%，ExonicFunc.r

13、efGene欄去除".”、synonymous SNV 、unknown 標(biāo)簽的數(shù)據(jù)， PopFreqMax一欄去除人群等位基因頻率大于0.1%的數(shù)據(jù)(注意保留“.”)。此外，免疫治療相關(guān)的一些基因突變(如EGFR、干擾素信號(hào)通路的 JAK、B2M等)值得關(guān)注。對(duì)全外顯子檢測(cè)，能夠發(fā)現(xiàn)大量的體細(xì)胞突變。有的突變是致病性的稱(chēng)為為驅(qū)動(dòng)突變或司機(jī)突變(與之對(duì)應(yīng)的稱(chēng)為乘客突變或繼發(fā)性突變)，這些突變或?qū)е?DNA修復(fù)缺陷，或?qū)е录?xì)胞不受調(diào)控的增殖生長(zhǎng)，或?qū)е录?xì)胞不能正常凋亡，或?qū)е录?xì)胞侵襲性增強(qiáng)，或?qū)е旅庖咛右?。因而從大量的體細(xì)胞突變中鑒定腫瘤的驅(qū)動(dòng)基因突變既是基因檢測(cè)的重要目的之一，同時(shí)也

14、是一項(xiàng)艱難的工作。一般來(lái)說(shuō)一個(gè)腫瘤的發(fā)生其驅(qū)動(dòng)基因突變的數(shù)目為0-8個(gè)，且他們不會(huì)分布于同一個(gè)關(guān)鍵的腫瘤相關(guān)信號(hào)通路中（比如BRAF和KRAS，比如APC和CTNNB1 ）或并行的兩個(gè)重要信號(hào)通路中（比如PIK3CA和KRAS ）。一般來(lái)說(shuō)原癌具有較為明顯突變熱點(diǎn)聚集傾向（比如KRAS和PIK3CA ）,而抑癌基因的突變位點(diǎn)較為分散（比如RB1和VHL）。對(duì)全外顯子檢測(cè)目前已經(jīng)在腫瘤中得到較為廣泛的應(yīng)用，如何高效尋找驅(qū)動(dòng)基因突變急需指導(dǎo)和規(guī)范化的文件，但由于腫瘤細(xì)胞突變多為體細(xì)胞突變，遺傳性突變領(lǐng)域的規(guī)范化文件（后面會(huì)具體講）難以照搬使用。因?yàn)轶w細(xì)胞突變的意義和遺傳性突變的意義比如致病性突變這

15、樣的描述有所不同， 比如我們可以采用響應(yīng)藥物的突變（respo nsive ）、耐藥突變（resista nt ）、驅(qū)動(dòng)性突變（driver ）、繼發(fā)性突變（passenger ）來(lái)描述突變的意義。值得慶幸的是，2017年伊始，分子病理協(xié)會(huì)（Association for Molecular Pathology, AMP）、美國(guó)臨床腫瘤協(xié)會(huì)（ American SocietyofCli nical On cology）和美國(guó)病理學(xué)家聯(lián)盟（ College ofAmerica n Pathologists）對(duì)高通量測(cè)序在腫瘤診療領(lǐng)域的應(yīng)用從突變記載（HGVS ）、注釋解讀、報(bào)告進(jìn)行了指導(dǎo)和規(guī)范（

16、PMID: 27993330 ）。該指導(dǎo)規(guī)范中對(duì)參考序列數(shù)據(jù)庫(kù)（如NCBI ）、人群基因頻率數(shù)據(jù)庫(kù)（如 1000G、ExAC）、腫瘤數(shù)據(jù)庫(kù)（如 COSMIC、ICGC ）、疾病數(shù)據(jù)庫(kù)（如 HGMD、ClinVar ）、預(yù)測(cè)軟件（如 PolyPhen2、Human Splicing Finder ）的使用和注意事項(xiàng)給出了意見(jiàn)。該規(guī)范還推薦對(duì)腫瘤細(xì)胞的體細(xì)胞變異劃分為四 個(gè)級(jí)別：具有確定性臨床意義的突變（variants with strong clinical significance, Level A 和 LevelB）、可能具有臨床意義的突變（varia nts with pote ntia

17、l cli nical sig nifica nee, Level C 和 Level D ）、臨床意義不明的突變（variants of unknown clinical significanee）、良性或可能良性的突變（variants deemed benign or likely benign）,并詳細(xì)闡述如何將檢測(cè)到突變結(jié)合數(shù)據(jù)庫(kù)以歸類(lèi)到這四個(gè)級(jí)別中。其中具有確定性臨床意義/可能具有臨床意義的突變包括四個(gè)等級(jí)的證據(jù)：Level A :可作為預(yù)測(cè)藥物反應(yīng)或耐藥性的FDA批準(zhǔn)的針對(duì)特定類(lèi)型腫瘤（適應(yīng)癥）的治療的突變；或者已經(jīng)被包括在專(zhuān)業(yè)指南中 （如腫瘤的NCCN ）作為特定類(lèi)型腫瘤的治療

18、、診斷或預(yù)后的突變;Level B，可作為預(yù)測(cè)藥物反應(yīng)或耐藥性的基于充分研究和專(zhuān)家共識(shí)的治療的突變，或者是基于充分研究和專(zhuān)家共識(shí)的具有特定疾病診斷、預(yù)后意義的突變；Level C，可作為預(yù)測(cè)藥物反應(yīng)或耐藥性的FDA或?qū)I(yè)協(xié)會(huì)批準(zhǔn)的跨適應(yīng)癥的治療的突變，或者是已經(jīng)作為臨床試驗(yàn)的入組參考標(biāo)準(zhǔn)，或者是基于多項(xiàng)研究的具有特定疾病診斷、預(yù)后意義的突變；Level D，基于臨床前研究、案例報(bào)道的可能具有臨床意義的突變；或者有研究表明該突變有助于 疾病診斷和預(yù)后判斷。目前，尋找腫瘤驅(qū)動(dòng)基因突變的具體策略可以說(shuō)是多種多樣（圖2 ）。通過(guò)尋找熱點(diǎn)基因的熱點(diǎn)突變（recurrent mutation）是一種較為確

19、定的策略，相關(guān)的研究證據(jù)較為充分。例如EGFR的突變主要發(fā)生在胞內(nèi)酪氨酸激酶（TK）區(qū)域的前四個(gè)外顯子上（1821），目前發(fā)現(xiàn)的TK區(qū)域突變有 30多種。缺失突變主要發(fā)生在外顯子 19上，最常見(jiàn)的是 del E746-A750 ，替代突變最常見(jiàn)的是 發(fā)生在外顯子21上的L858R，復(fù)制或插入突變發(fā)生在外顯子20上。發(fā)生在外顯子 20上的替代突變T790M 為耐藥突變，研究還發(fā)現(xiàn)L858Q、D761Y、T854A等耐藥突變。HER2基因在乳腺癌、膀胱癌、結(jié)直腸癌、胃癌中主要突變方式是擴(kuò)增或者表達(dá)上調(diào)，鮮有突變，在2030%的乳腺癌中存在HER2基因明顯擴(kuò)增或過(guò)表達(dá)，但是在肺癌中，其激活機(jī)制為擴(kuò)增

20、、過(guò)表達(dá)及點(diǎn)突變， 點(diǎn)突變?cè)诜伟┲械陌l(fā)生概率約占2-4%，多發(fā)生在其激酶結(jié)構(gòu)域中，常見(jiàn)的激活性點(diǎn)突變包括p.S310, p.L755 , p.G776L, p.V777L, p.S855l , p.N857S 等。BRAF V600E 突變臨床意義在Pubmed中有上百遍報(bào)道。BRAF突變存在于1% -3%的非小細(xì)胞肺癌中。V600E是最常見(jiàn)的腫瘤 驅(qū)動(dòng)突變，在肺癌中也有多種其他類(lèi)型的BRAF突變被報(bào)道，包括 G466V、G469A和D594G。盡管性藥物例如 vemurafenib 在包含BRAF V600E突變的黑色素瘤中高度有效，但這些藥物對(duì)BRAF其他位點(diǎn)突變，或者 V600E突變肺癌

21、中的腫瘤驅(qū)動(dòng)活性還需評(píng)估。圖2?鑒定驅(qū)動(dòng)基因突變策略（）熱點(diǎn)基因的熱點(diǎn)突變?cè)诤芏鄶?shù)據(jù)庫(kù)中有不完全的收錄，這些數(shù)據(jù)庫(kù)有Civic數(shù)據(jù)庫(kù)，OncoKB數(shù)據(jù)庫(kù)，Personalized cancer therapy數(shù)據(jù)庫(kù)，Clinical Knowledgebase數(shù)據(jù)庫(kù)等等。預(yù)測(cè)變異對(duì)蛋白質(zhì)功能的影響，可以作為尋找腫瘤驅(qū)動(dòng)突變的一種有益補(bǔ)充方法。比較常見(jiàn)的預(yù)測(cè)工具如SIFT、PolyPhen2、MutationAssessor等等，這些算法的原理一般是基于氨基酸的進(jìn)化保守性，有的考慮到蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的功能（例如TP53蛋白的有害突變多位于DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域），還有的會(huì)考慮蛋白的空間結(jié)構(gòu)。對(duì)于檢測(cè)到的變

22、異各算法預(yù)測(cè)值在上述的vcf文件中可查閱。對(duì)于SIFT，值越小變異有害性的可能性越大，推薦閾值0.05 ;對(duì)于PolyPhen2，值越大變異有害性的可能性越大，推薦閾值0.3 ;對(duì)于MutationAssessor，值越大變異有害性的可能性越大，推薦閾值8，需要注意的是，不同的參考文獻(xiàn)閾值可能不同（）。將基因放在信號(hào)通路中分析，這對(duì)于不是十分常見(jiàn)的小眾腫瘤驅(qū)動(dòng)基因?qū)ふ矣泻艽髱椭Ｔ诿绹?guó)，每年有大約18,000名患者被確診為腦膜瘤。它們約占原發(fā)性腦腫瘤的三分之一，女性患病比率高一倍。但是一直以來(lái)對(duì)于腦膜瘤的遺傳突變了解甚少。在一項(xiàng)研究中（），科學(xué)家們對(duì)17個(gè)腦膜瘤樣本進(jìn)行了全基因組或是外顯子組測(cè)

23、序。在這些腫瘤中發(fā)現(xiàn)改變基因后，研究人員隨后又對(duì)另外兩組腫瘤進(jìn)行了測(cè)序。研究人員發(fā)現(xiàn)，相比大多數(shù)類(lèi)型的腫瘤，腦膜瘤具有較少數(shù)量的遺傳改變或 損傷。在一些腫瘤中，他們發(fā)現(xiàn)兩個(gè)在已知致癌信號(hào)通路中發(fā)揮作用的基因存在突變。在3個(gè)腫瘤15%腦膜瘤的重要驅(qū)動(dòng)子。中發(fā)現(xiàn)的SMO，是Hedgehog 信號(hào)的成員。在5個(gè)腫瘤中發(fā)現(xiàn)了 AKT1，該基因參與了與乳腺癌、 結(jié)直腸癌和肺癌相關(guān)的PI3K-AKT-mTOR 信號(hào)。第6個(gè)腫瘤具有一個(gè)從前已知的，與mTOR信號(hào)通路相關(guān)的突變。總的來(lái)說(shuō)，這些突變基因信號(hào)通路構(gòu)成了所研究的1、了解臨床資料2、核心表型轉(zhuǎn)對(duì)于遺傳性腫瘤，可以借助遺傳病致病基因鑒定的方案，流程即化

24、為中文人類(lèi)表型標(biāo)準(zhǔn)用語(yǔ) (CHP0)3、基因檢測(cè)及其質(zhì)控 4、生信分析N_Freq )>40%，比對(duì)遺 傳性腫瘤相關(guān)突變基因，是否有遺傳性腫瘤相關(guān)胚系突變，查看并按照下述步驟進(jìn)行確認(rèn)。按照基因名+c._或基因名+p._進(jìn)行g(shù)oogle 搜索或進(jìn)入NCBI、HGMD、OMIM 等網(wǎng)站查閱是否有相關(guān)致病性報(bào)道，按照 ACMG指南進(jìn)行位點(diǎn)致病性判定或可借助 InterVar在線輔助判定(僅適用于 exon范圍內(nèi)突變)。發(fā)現(xiàn)遺傳性腫瘤相關(guān)的基因突變， 還應(yīng)推薦家族其他直系血親進(jìn)行基因檢測(cè)做 進(jìn)一步的確認(rèn)。美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)(American Collegeof Medical Ge n

25、etics and Ge nomics,ACMG )和分子病理協(xié)會(huì)(Association forMolecular Pathology, AMP)在 2015 年對(duì)臨床實(shí)驗(yàn)室的基因檢測(cè)進(jìn)行了指導(dǎo)和規(guī)范()。該指導(dǎo)規(guī)范主要就是適用于孟德?tīng)栠z傳病相關(guān)基因變異或者是生殖系變異。指導(dǎo)規(guī)范推薦記載突變遵循統(tǒng)一的規(guī)范一一人類(lèi)基因組變異協(xié)會(huì)(Huma nGenomeVariation Society, HGVS ),并將變異根據(jù)人群基因頻率( population data )、軟件預(yù)測(cè)(computational data)和功能試驗(yàn)(functional data)等參數(shù)分為五個(gè)級(jí)別：致病性突變(pathogenic )、可能致病性突變 (likelypathogenic)、意義不明突變 (uncertain significanee)、可能良性突變(likely benign 、和良性多態(tài)性突變(benign )。這五個(gè)級(jí)別如何認(rèn)定？該規(guī)范列出 了致病性/可能致病的各種情況的支持證據(jù)，證據(jù)強(qiáng)度依次包括超強(qiáng)證據(jù)(PVS1 )、強(qiáng)證據(jù)(PS1-4 ,注意這里的數(shù)字不代表證據(jù)強(qiáng)度的區(qū)別，僅表示同一證據(jù)強(qiáng)度的不同的證據(jù)情況，下同)、中度證據(jù)(PM1-6 )、支持性證據(jù)(PP1-5 ),良性多態(tài)