單晶結(jié)構(gòu)解析加氫-繪圖問題解答

1、1. 通常，H原子的處理方法作者要給出(1)一般通過理論加H，其溫度因子為固定值，可通過INS等文件查看(2) 水分子上H原子可通過Fourier syntheses得到(3)檢查理論加上的H原子是否正確，主要看H原子的方向。若不正確則刪去再通過Fourier syntheses合成得到(4) 檢查H原子的鍵長、鍵角、溫度因子等參數(shù)是否正常。通過檢查分子間或分子內(nèi)的H鍵是否合理最易看出H鍵的合理性(5) 技巧：有時通過Fourier syntheses得到的H原子是正確的，可一計算其溫度因子等參就變得不正常，則可以固定其參數(shù)后再精修（如在INS中的該H原子前用afix 1,其后加afix 0）

2、（6）各位來說說方法與心得？2. 胡老師，下面的問題怎么解決?。恐x謝您。220_ALERT_2_B Large Non-SolventC Ueq(max)/Ueq(min) .3.70 Ratio 222_ALERT_3_B Large Non-SolventH Ueq(max)/Ueq(min) . 4.97 Ratio342_ALERT_3_B Low Bond Precision on C-C bonds (x 1000) Ang . 49B 級提示當然得重視了。建議你先把 H撤消，精修到 C的熱橢球不太變形和鍵長趨正常。如做不到就要看空間群？衍射點變量比太?。恳灾磷凡榈皆紨?shù)據(jù)的錄取參

3、數(shù)和處理等。這些粗略意見僅供參考，如何？3. 在XP中畫圖時，只有一部分，想長出另外的對稱部分。我是envi完了，然后sgen長出來的，可是和symm顯示的對稱信息不一樣。比如：我根據(jù)envi的結(jié)果用sgen O1 4555得到的是O1A而不是O1D，這跟文獻中標注的不一樣啊，怎么統(tǒng)一呢？很困擾，忘達人指教。xp里是按順序編號的，第一個sgen出的的統(tǒng)一為A,依次標號。你如果想一開始就統(tǒng)一D的話，重新name一下4. 高氯酸根怎么精修呀？我用的SHETXL6.1版的，最好告訴我怎么用其中的XSHELL來做，我覺得他好用！Method 1èDFIXDfix1.42 0.02 Cl1 O

4、1 Cl1 O2 Cl1 O3 Cl1 O4Dfix1.42 0.02 O1 O2 O1 O3 O1 O4 O2 O3O2 O4O3 O4Method 2èSADISadi 0.01 Cl1 O1 Cl1 O2 Cl1 O3 Cl1 O4Sadi 0.01 O1 O2 O1 O3 O1 O4 O2 O3 O2 O4 O3 O45. 晶體的無序是怎么造成的呀，是晶體培養(yǎng)的問題嗎？如果無序太多，在解單晶的時候怎么辦？我指的是很多的點，沒有結(jié)構(gòu)，他們的峰值都大于了0.5大于0.5沒什么的，解完后都在1以下就可以了。特殊的比較大的在重原子附近也沒有關系5. 比較確切的定義是單胞中你測定的或你

5、設想的“化學式”的數(shù)目。在分子晶體中，Z 是分子數(shù)，在其它各類晶體中則為化學式個數(shù)。例如有機物一般是分子數(shù)目，離子晶體像 NaCL只好說化學式為4。晶體結(jié)構(gòu)常有無序和缺位等，但給出非化學計量式后Z都是確定的。Z 的數(shù)字決定于你的化學式。三斜晶系的 P-1空間群的 Z多為 2。由于雙聚等原因如將雙聚體寫成你的化學式，那么 Z就變?yōu)?1了。但是就拿這個三斜晶系來說，出現(xiàn) Z為 4或 6的情況也是可能的。這時分子形成雙聚或者三聚，而你指定的分子式只是個單體罷了。測定結(jié)構(gòu)初期得到單胞以后，往往希望知道單胞中有幾個"分子",如你知道了或提出了化學式，從我們介紹的范氏半徑或原字體積即可

6、毛估這個為整數(shù)的 Z了，不必測密度就知道 Z是很有意義的，因分子式有誤 Z將不會合理，你不愿試一試？6. 其實現(xiàn)在水簇或者各種氫鍵越來越受到重視。但是給水加氫總是遇到很多麻煩，大家都希望能有一些實際可以用的經(jīng)驗來指導一下大家。您能給我們一些建議嗎？有時候鍵長不合理（但是又沒有其他合適的參峰），鍵角合理，您說這樣如何加氫？我仔細瀏覽了論壇的一些文章，您能給這些經(jīng)驗做一個評價嗎？哪位大俠清楚DFIX和AFIX的用法及格式，請詳細指點一下。Thanks a lot還有，差值加氫的時候如果找不到q，可以用cent產(chǎn)生個點，然后命名為氫嗎？把O原子改成C原子,然后再看Q有沒有了;如果沒有放大Q值到100

7、,不行放大到500個Q值我想你會加上去的!固定H的溫度因子為母原子的1.5倍,然后再把C改成O,計算,大功告成 我非常關心這兩條經(jīng)驗。麻煩您！從這個貼子了解到大家對 H的指定問題非常熱中，只好再談談我的看法僅供大家參考了。我曾表白原則上 X光衍射不能準確測定 H的位置，現(xiàn)在我仍舊這樣看而不太懂所談經(jīng)驗。即使是低溫也很困除非是做低溫的中子衍射工作，不過眼下我們沒有條件且無法短平快！在網(wǎng)上曾經(jīng)提出過一些有助于尋找 H位置的想法，因為水在晶體中必定與周邊形成氫鍵。可是如一位網(wǎng)友所說水處在對稱中心的位置上時，那么可肯定 H呈無序分布無法指定的。反過來講如果一個結(jié)構(gòu)報告把 H參數(shù)都準確列出，我們可以認定

8、這是一篇高水平的研究。理論加 H是基于分子幾何構(gòu)型指定 H的輔助方法，水和甲基等等都不是它可應付得來的?？磥硎墙榻B能量優(yōu)化理論計算來指定 H的時候了，將請國武老師貼出兩篇好文章供分享。有關的計算程序已在論文中列出并可在網(wǎng)上下載，希望這種“理論加氫”方法得以推廣。參考文獻1.Z. Anorg. Allg. Chem., 2003, 629: 666-6722.Acta Cryst., 2004, B60: 179-183從這個貼子了解到大家對 H的指定問題非常熱中，只好再談談我的看法僅供大家參考了。我曾表白原則上 X光衍射不能準確測定 H的位置，現(xiàn)在我仍舊這樣看而不太懂所談經(jīng)驗。即使是低溫也很困

9、除非是做低溫的中子衍射工作，不過眼下我們沒有條件且無法短平快！在網(wǎng)上曾經(jīng)提出過一些有助于尋找 H位置的想法，因為水在晶體中必定與周邊形成氫鍵?？墒侨缫晃痪W(wǎng)友所說水處在對稱中心的位置上時，那么可肯定 H呈無序分布無法指定的。反過來講如果一個結(jié)構(gòu)報告把 H參數(shù)都準確列出，我們可以認定這是一篇高水平的研究。理論加 H是基于分子幾何構(gòu)型指定 H的輔助方法，水和甲基等等都不是它可應付得來的?？磥硎墙榻B能量優(yōu)化理論計算來指定 H的時候了，將請國武老師貼出兩篇好文章供分享。有關的計算程序已在論文中列出并可在網(wǎng)上下載，希望這種“理論加氫”方法得以推廣。參考文獻1.Z. Anorg. Allg. Chem.,

10、2003, 629: 666-6722.Acta Cryst., 2004, B60: 179-183首先，x-ray衍射是不能準確確定H的真實位置的。其次，對于N，O等上面的活性氫最好在dmap上找。再次，H的位置的確定一定要考慮其化學合理性，即H和周圍原子形成的氫鍵的鍵長鍵角要合理?；谏鲜鲈瓌t，具體的方法一般是：1。先在dmap上找到活性氫的位置，如果找不出，就給更大的Q值，然后用dfix固定，在ins文件里編輯。2。精修后，檢查H的位置是否化學合理。3。在xp里面，用himp固定X-H的鍵長。4。在ins文件里，將dfix去掉，同時在新加的氫的前面加上afix 03，并將其溫度因子改為

11、-1.處理水上H的一個小技巧通常有機骨架上的C和N以及羥基（-OH）上的H都可以利用幾何加氫的方法來處理，但是水分子上的氫卻不能這樣做。 在晶體學數(shù)據(jù)比較好的情況下，水分子的H原子在殘余峰上還是有跡可循的。通常需要考慮兩方面的因素：1）H-O-H的鍵長和鍵角（個人認為鍵長應在0.65-1.15之間，鍵角在95-115之間）；2）氫鍵，水分子的H應位于能形成合適的氫鍵位置上，而不是隨意的位置?；谝陨蟽牲c考慮，在用SHELXTL程序精修時，在主體骨架都確定之后把殘余峰的數(shù)量改為50，甚至更大（PLAN 50）,然后在O周圍的殘余峰中仔細辨認，把位置合適的殘余峰定為H。從殘余峰中得到H原子，鍵長一

12、般不是理想的鍵長，而且位置在經(jīng)修過程可能會發(fā)生改變，為了解決這些問題，我們可以這樣來做。在精修以前打開*.ins文件，找到先前確定的H原子，如：H1 x1 y1 z1 11.0000 0.05H2 x2 y2 z2 11.0000 0.05加入 AFIX 3的指令可以把找到的H固定，同時把H的溫度因子固定為父原子的1.2倍。改為如下：AFIX 3H1 x1 y1 z1 11.0000-1.2000H2 x2 y2 z2 11.0000-1.2000AFIX 0改完保存之后再做精修。（解決H原子位置變化的問題）H-O的鍵長，可以在xp界面下用himp指令來解決。運行xp時，在file之前運行一次

13、HIMP，就可以把HO調(diào)整為理想的0.85A。這樣就基本上可以得到較好的水分子的H原子了。此外還可以通過WinGX程序包中的CACL-OH來計算水上的H原子。如果以上兩種方法都得不到較好的H原子，建議放棄加氫，因為并不一定每個結(jié)構(gòu)中的水分子的氫都能確定，雖然理論存在可能性。歡迎大家討論，共同進步！1.呵呵,剛剛注冊,很不錯的網(wǎng)站.以后大家可以經(jīng)常討論一些結(jié)構(gòu)解析的問題.我有一個結(jié)構(gòu),游離水的氫通過差值傅里葉定位總出錯(溫度因子過高),不知道各位大俠有什么高見 "把氧原子改為氮原子，并把該氮原子和其他原子連起來，然后理論加氫，把原子名稱改回去，把氫原子的參數(shù)保留，加入命令AFIX 3H

14、1a .H2a.AFIX 0就可以拉"呵呵，能用差傅里葉峰投H已經(jīng)是很好的情況了，樓上的法子不太好，那樣得到的鍵角好象有偏差吧。我們一般是限制鍵長和鍵角，固定溫度因子，然后就一切OK了2.求助空間群轉(zhuǎn)換教程:其實轉(zhuǎn)換起來也比較容易很多情況下，xprep程序提示的高低不同的空間群CFOM值差別并不是很大，如P1和P-1Cc與C2/c，但是直接按照高的空間群無法顯示出分子，或只能看到一部分這時?？梢詫⒖臻g群降低，先解出絕大部分的結(jié)構(gòu)，加不加氫均可，然后點擊platon中的addasym計算空間群，如果提示空間群需要升高，在原文件夾中出現(xiàn)一個platon.res文件，改名為您原來的文件名，

15、用xshell或者xp打開,繼續(xù)解析即可 .高的空間群無法解析的時候，被迫用低空間群解的例子還有一種情況：程序建議采用低空間群，這時用地的空間群可以解出大部分的結(jié)構(gòu)，但是配體的一部分怎么也連不上，grow后也無濟于事，這是空間群錯誤的一個信號，這時我們就可以去升高空間群了.據(jù)經(jīng)驗，升高空間群時我們只需要解析出主要骨架的結(jié)構(gòu)就可以了，溶劑分子可以不處理，甚至有時只需把所有的原子都定成碳原子也可以（金屬原子當然必須先確定了）在轉(zhuǎn)換后，經(jīng)常出現(xiàn) 參數(shù)溢出 的情況,無法繼續(xù)精修，據(jù)經(jīng)驗一般是以下原因造成的：（1）存在Q峰，在對稱性發(fā)生變化后，出現(xiàn)混亂)(2)存在H原子無法抵消造成的混亂以上兩種情況提示

16、我們在對稱性轉(zhuǎn)換前最好刪掉所有H原子和Q峰。(3)轉(zhuǎn)換后通常會得到FMAP 0的情況，只需將0改為2 就可以了(4)如果帶著氫原子去轉(zhuǎn)換，往往會出現(xiàn)一個碳原子上有很多氫的情況，這時，建議刪掉所有的氫原子，重新加氫另外，需要說明的是：空間群的轉(zhuǎn)換經(jīng)常會造成R之間的差異較大，這種情況經(jīng)常出現(xiàn)，需要注意。In XP mode, the information can be easily obtained from MATR command. For example, when the chain along the (101) direction, Matr 1 0 0 0 0 0 0 0 1, y

17、ou will find the chain just appeared as a motif. Then you ROTA 1 90, a chain will be observed.晶體結(jié)構(gòu)分析中 H 的指定游離的水加氫時，我認為是有可能但危險！所謂理論加氫的根據(jù)是幾何構(gòu)型的需要，對于水和甲基等的氫，我們很難說出它的取向，不過水多半形成氫鍵，這就提供了線索。請參考請國武老師本周貼出有關氫鍵的兩文獻，根據(jù)可能的位置放上氫后最好放開精修。不過原始數(shù)據(jù)不好時，氫參加精修可能無結(jié)果。如不精修就要審查是否符合化學的原理不久前發(fā)表了一有機化合物 C18H17FN3O4 的 X 光單晶工作：Acta

18、Cryst. 2005, E61(7): o2235。但定出的這個分子式不符合化學中我們所知道的“氮規(guī)則”。估計 F 和 N 出錯的可能性比較小，很有可能是 H 拉掉了 。感謝作者對我們的疑惑做出解答，原來拉掉了一分子內(nèi)氫鍵：Acta Cryst. 2005, E61(9): e3。因而有單雙鍵的重新布置。那么，是不是可以說：如果我們從化學的角度審視每個晶體結(jié)構(gòu)分析的最后輸出結(jié)果，將會使我們有可能盡量減免失誤？從晶體結(jié)構(gòu)分析中 H 的指定看出，晶體結(jié)構(gòu)研究結(jié)合化學將有事半功倍之效。與中子衍射不同，X 光不易“看”到 H 原子。當從富里埃差分圖找不著 H 的位置時，我們多采用“理論”加 H 再作

19、最小二乘的修正或是將它們固定起來。像苯這樣的二維平面分子加 H 是完全沒有問題的，一維鏈上加 H 就要小心了而一個水或銨離子朝那里加 H 就更加困難盡管它有可能與周邊原子形成 H鍵。讓我們分析一a-氨基酸的結(jié)構(gòu)：請參考結(jié)構(gòu)化學,2005，24(1)：89 - 93。標題化合物是一個中性分子還是兩性物？這要看 N 原子上是一個還是兩個 H。如按我們與作者現(xiàn)在達成的兩性物共識，那么兩個羧基上的H僅能 1/2占有率。從作者們用原始數(shù)據(jù)再精修的結(jié)果得知，兩性物確是此晶體結(jié)構(gòu)的真實的情況R 因子在結(jié)構(gòu)精修的最后階段已“遲鈍”，很多有問題甚至錯誤結(jié)構(gòu)R值很小。我們可以說化學知識對于晶體結(jié)構(gòu)分析來，他們是互

20、相幫助而相得益彰的朋友為了說明這一點，我們還將利用文中的 FLACK 因子為 0.1(15) 為例進行研究此是后話了。 最后，感謝原文作者對以上分析提供的原始數(shù)據(jù)和有益的討論。眾所周知，H 鍵在結(jié)構(gòu)化學特別是超分子化學中占有其特殊的地位。因此有機物的晶體結(jié)構(gòu)報道一般要求 H的指定。只要有好數(shù)據(jù)，通過差分圖和理論加 H，這是可能做到的。對于含有金屬原子，特別是在重原子的附近確定 H位置時，就困難些。這是由于重原字的電子云往往把 H原子掩蓋著。歷史上曾報道一沒有其它原子橋聯(lián)的金屬原子多重鍵結(jié)構(gòu)：Cp*Co=CoCp*,其中 Cp*是五甲基環(huán)戊二烯基，Co是鈷原子,參見： Angew.Chem.In

21、t.Ed.Engl. 30: 1124-1126 (1991)。這是引人矚目的新結(jié)構(gòu)類型， 因鈷原子間沒有橋聯(lián)羧基等。令人興奮的同時，其磁性和反應性能引起人們對它的懷疑。低溫的 X光數(shù)據(jù)，似顯示在鈷原子間有 2.5eA(-3)的蜂值。隨后兩個實驗室，獨立對其進行再研究，證明它是氫化物！我們有這種經(jīng)驗，利用 H的多少調(diào)節(jié)化學結(jié)構(gòu)的電荷平衡。這里存在著風險。例如上面討論的 H化物中有三個 H原子，鈷以混合價存在。那么，你能不能提供我們一具體的解釋？化學工作者常期待單晶結(jié)構(gòu)分析提供分子的基本骨架，判斷是否拿到目的物。從前一年測不到一兩個小分子單晶結(jié)構(gòu)到現(xiàn)在一兩個小時就得到完整的結(jié)果，人們就疏于其它結(jié)

22、構(gòu)表征手段了。何況一般說來單晶的結(jié)果是“終審裁決”?？上У氖?，計算機的輸出是否正確有待于認真的審核，而一不當心就會受騙。其中 H原子再指定往往給我們提供有關結(jié)構(gòu)的新內(nèi)容。下面是一個好的實例。曾報道 C14H13N3O2*C8H7N3O 中性有機物的結(jié)構(gòu)報道, 最后 R 因子為0.039。次年由作者和"陪審團"用原始強度數(shù)據(jù)分別進行復審, 后共同撰文發(fā)表更正: Acta Cryst. 1997, C53: 922-925.原來 C8H7N3O 是一有機陰離子, 它的一個 H 轉(zhuǎn)移了, 實際上它是 C8H6N3O-.而前者的一 C=O 基團實際上是 C=NH, 接受一 H 后就

23、變成了正電基團C=NH2+.這樣一來,正確的化學式應當是: C14H15N4O(+)*C8H6N3O(-), 它是一有機鹽,又不同于討論(二)內(nèi)鹽的形成, 且離子間相互關系和 H 鍵的聯(lián)結(jié)都有新意!正確指定 H坐標后參與最小二乘精修的結(jié)構(gòu)一般期待得到有關 H的如下結(jié)果：0.85 < C-H < 1.05 A; 2.0 < Biso < 6.0 A2.我們知道，N-H 和 O-H 鍵長要稍短些，而 S-H 鍵可能稍長些。第二，H.H 接觸要合適。H 的范氏半徑約為 1.1 A, 如 H接觸距離小于范氏半徑的和，我們就要警惕是否有失誤，除非形成了 H.H 二氫鍵等特殊結(jié)構(gòu)。

24、最后，H的溫度因子大小也是有要求的。如果絕對構(gòu)型搞錯了，或是 C，N，O 等鄰近原子搞混了，H溫度因子很遲鈍?？墒侨缈臻g群定錯了，特別是遺漏了對稱心，溫度因子將會是極其反常的了。綜合以上三個方面，我們不妨提出 H 的指定和修正用來判斷結(jié)構(gòu)是否正確和精修好壞的三指標。這是一般的原則，不排斥有時出現(xiàn)例外，特別是第三點。R. Harlow 曾在美國晶體學會上提出“挑戰(zhàn)”：如發(fā)現(xiàn)空間群定錯而有關 H的鍵長和溫度因子都落在正常值范圍的晶體結(jié)構(gòu)，基金會將給予200美元的獎勵。我們試圖應戰(zhàn)，并最終得到了成功。這個唯一的例證發(fā)表在國際晶體學報上：Acta Cryst., 1991, C47: 332-337，

25、原空間群為 R-3，H 指標正常。但正確空間群為 R-3c,空間群更正文章請參考Acta Cryst., 2002, B58: 62 - 77。那么，你愿參加討論并提出新的例證嗎？羧基加 H是不時會遇到的問題。如羧基的 C=O 和 C-O(H) 鍵長分別近似 1.19A 和 1.34A， 那么后者的 O附近將有一 H待指定。這個 H的位置最好由差分圖上找到，如想采用“理論”加 H我們知道將會遇到一定的困難。中子衍射指定 H最為理想，但受儀器的限制和拿不到大的單晶等原因，我們有時只好從這個羧基與它周圍可能形成 H鍵來毛估 H的存在范圍。這里，C=O 是H 鍵的受體，而 C-O則是供體。當羧基的

26、H離解掉，C=O 與 C-O 將因電子共軛使鍵長均勻化為1.25A 左右了。這是一極限的情況。設 n為鍵級，介于單雙鍵間的鍵級的似 Pauling 公式為：R(C.O) = 1.34 - 0.5*log n我們提出一簡單的線性方程式：R(C.O) = 1.49 - 0.15 n無論如何，部分離解和 H鍵的形成都要服從鍵價和（BVS）計算的支持。有關的討論將是后話。從小分子到生物大分子晶體結(jié)構(gòu)，從超分子化學到晶體工程，H鍵無不扮演著重要角色。常規(guī) H 鍵已經(jīng)研究得夠透徹的了，非常規(guī) H鍵也有了很好的了解,基本內(nèi)容可參考周公度，段連運編著：結(jié)構(gòu)化學基礎 (第三版)，北大出版社,2002。但是在具體

27、的晶體結(jié)構(gòu)分析中，H 鍵的測定和描述并不簡單,為何如此?就以經(jīng)常遇到的 O-H.O為例, 我們在拿到兩個 O原子坐標后, O.O 的距離上限究竟是多長而 < O-H.O 的角度的下限又是多小才算它們形成了 H鍵呢?統(tǒng)計分析表明, 如鍵角不小于 165度時, O.O間距可短到 2.36A，而最長可達 3.7 A左右，跨度很大。O 的范氏半徑為 1.40 A, 是 H把它倆鍵合起來的。對于 O-H.O, 鍵長小于 2.50 A 是強鍵, 大于 2.80A 是弱鍵, 介于起間的是中等強度鍵。它們反映 H鍵的性質(zhì)從基本上是共價的向很弱的范氏鍵過渡。H 鍵的鍵角很少等于 180度。無論如何,任何

28、H鍵的鍵角不能小于 90度,因為偏離 O.O聯(lián)線越遠就越起不到橋聯(lián)作用了。在 90與 180度間則存在著分布。值得我們重視的一點是, 原子間的短接觸而與 H 鍵毫無干系的情況比比皆是!沒有 H參與的這類短接觸或化學作用力稱為"次級鍵"。 H 鍵包含在次級鍵中,沒有 H參與的次級鍵是當今結(jié)構(gòu)化學中越來越受到重視的一個熱點研究課題。在晶體結(jié)構(gòu)中, 當 H 的位置很好指定后, 最后注意 H可與兩個或更多受體原子形成網(wǎng)絡的結(jié)構(gòu), 即涉及 H鍵體系的正確而又完整的描述問題。 如有興趣,不妨參閱以下文獻, 看看外國同行如何仔細點評我們在這方面一有關工作的:Acta Cryst. 200

29、2, C58: m12-m13;Acta Cryst. 2002, C58: e9.鍵價（Bond Valence,簡寫為 BV)是從離子晶體電價規(guī)則發(fā)展出來的一個結(jié)構(gòu)化學概念. 鍵價和(BVS)計算用來評審無機晶體結(jié)構(gòu)是否合理幾乎成為結(jié)構(gòu)晶體學一不可或缺的手段,鮑林(L.Pauling)這位大結(jié)構(gòu)化學家最早為我們作出了示范.我國最早介紹鍵價法的文章大概是:邵美成,唐有祺, 大學化學, 1986, 1(1): 3-13此后有結(jié)構(gòu)化學叢書的分冊的出版:邵美成, " 鮑林規(guī)則與鍵價理論 ", 高等教育出版社, 北京, 1993 較新的專著則是國際晶體學會叢書:I. D. Bro

30、wn, The Chemical Bond in Inorganic Chemistry. The Bond Valence Model. Oxford University Press, Oxford, 2002進行 BVS 計算的必要條件是要有可靠的鍵價參數(shù),這是一直在進行的研究課題.對于 O(-2) - H(+1), 冪數(shù)方程的參數(shù)是: Ro = 0.87 A, N = 2.2. 利用這套參數(shù), 可以很好地了解冰結(jié)構(gòu)中 H鍵的鍵價分布.當今常用的指數(shù)方程的O-H鍵參數(shù)還未很好的建立起來.為討論O - H.O型氫鍵曾提出參數(shù): Ro = 0.927 A, B = 0.395 A, 但還不理

31、想而有待進一步修訂.請參考文獻: Tetrahedron, 1998, 54: 5683-J.Mol.Struct., 2000, 552: 153-I.D.Brown 匯編了約 1500個不同化學鍵的鍵價參數(shù)，免費下載文件的網(wǎng)址是：http:/www.ccp14.ac.uk/ccp/web_mirrors/i_d_brown/bond_valence_param/這個數(shù)據(jù)庫還在不斷發(fā)展中。你愿進入研究前沿并能提出更好的新鍵價參數(shù)嗎?H的指定和它在晶體結(jié)構(gòu)中所扮演的角色是結(jié)構(gòu)化學一直受到人們重視的問題。低溫與中子衍射測定是最好的實驗手段， 但在目前的情況下還不是那么現(xiàn)實。常溫下X光單晶衍射從差

32、分富里埃合成指定H的位置是可能的， 特別是有機物。但是，晶體質(zhì)量要好，衍射數(shù)據(jù)的質(zhì)和量都達到很高的要求， 成功希望就大。特別要強調(diào)的是質(zhì)量，原始數(shù)據(jù)不很好，可以說是后患無窮， 有時進退兩難。你多花一分鐘挑晶體，甚至于重新錄譜，可能節(jié)省大量時間， 真是事半功倍。按幾何構(gòu)筑或理論加 H是可采用的辦法, 不過我們應當留心,是否加的合理,分析結(jié)構(gòu)一定敲鍵盤，但我們知道它離不開化學的基本知識， 化學家沾光了。就拿 H的指定舉例說，你掌握了H可能形成各種模式的H鍵后， 就可能抓住它。這里推薦兩篇好文獻，它們對于H的指定很有參考價值，已下載愿與大家分享：Acta Cryst. 1990, B46: 89-1

33、03Acta Cryst. 1990, B46: 546-549本討論側(cè)重實驗方面，H的位置是我們所關注的。成鍵和配位當然也是重要的。但像C-H.O究竟是空間排布需要還是帶來能量降低而使結(jié)構(gòu)穩(wěn)定仍在爭辯中。這是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)晶體學的研究范疇, 暫不去管它, 不過可看到小小H有大學問!參考文獻:JACS, 2004, 128: 2284-2285van der Waals Radii rw (nm) of the Elements 供參考 HHeLiBeBCNOFNePauling10.1100.140   0.1720.1500.1400.1350.154B

34、ondi20.1200.1400.182 0.2130.1700.1550.1520.1470.154Bokii30.1170.122   0.17-0.190.1570.1380.1350.160Allinger 40.1620.1530.2550.2230.215 0.2040.1930.1820.1710.160Zefirov50.116 80.1710.1500.1290.140 Batsanov70.160.1550.150.15Rowland 70.11

35、0    0.1770.1640.1580.146 Zorkii et al80.1175    0.17350.1520.134  Hu et al 90.108（0.134）0.1750.2050.1470.1490.1410.1400.139(0.168)  NaMgAlSiPSClArKCaPauling1    0.1900.1850.1800.192  Bondi20.2270.1730.251

36、0.2100.1800.1800.1750.1880.275 Bokii3    800.192  Allinger40.2700.2430.2360.2290.2220.2150.2070.1990.3090.281Zefirov0  0.1840.190 0.270.24Batsanov10.210.1990.280.24Rowland 7     

37、0.1810.176   Zorkii et al8      0.178-0.182   Hu et al 90.1840.2050.2110.2070.1920.1820.183(0.193)0.2050.221  ScTiVCrMnFeCoNiCuZnPauling1          Bondi2    

38、60;     Bokii3          Allinger40.2610.2390.2290.2250.2240.2230.2230.2220.2260.229Zefirov50.22       0.190.19Batsanov60.230.2150.2050.2050.2050.2000.21Hu et al 90.2160.1870.1790

39、.1890.1970.1940.1920.1840.1860.210  GaGeAsSeBrKrRbSrYZrPauling1   0.20 0.20 0.195     Bondi2          Bokii3  950.198    Allinger40.2460.2440.2360.2290.2220.2150.32

40、50.3000.2710.254Zefirov50.21   0.197 0.280.260.23 Batsanov000.290.2550.240.23Rowland 7    0.187     Hu et al 90.2080.2150.2060.1930.198(0.212)0.2160.2240.2190.186  NbMoTcRuRhPdAgCdInSnPauling1

41、0;         Bondi2     0.1630.1720.1620.2550.227Bokii3          Allinger40.2430.2390.2360.2340.2340.2370.2430.2500.2640.259Zefirov5      2&#

42、160;Batsanov60.2150.210.2050.2050.200.2020.225Hu et al 90.2070.2090.2090.2070.1950.2020.2030.2300.2360.233  SbTeIXeCsBaLaCePrNdPauling10.2200.2200.2150.218      Bondi20.1900.2060.1980.216      Bokii150.218&

43、#160;     Allinger40.2520.2440.2360.2280.3440.3070.2780.2740.2730.273Zefirov5  0.214 0.290.260.23   Batsanov10.220.300.270.25   Rowland 7  0.203       Hu et al 9 0.225 0.223

44、0.223 0.221 0.222 0.251 0.240 0.235 0.239 0.229  PmSmEuGdTbDyHoErTmYbPauling1          Bondi2          Bokii3          Allinger40.2720.2710.

45、2940.2710.2700.2690.2670.2670.2670.279Zefirov5          Batsanov6          Hu et al 9(0.236)0.2290.2330.2370.2210.2290.2160.2350.2270.242  LuHfTaWReOsIrPtAuHgPauling1    

46、      Bondi2       0.1750.1660.170Bokii3          Allinger40.2650.2530.2430.2390.2370.2350.2360.2390.2430.253Zefirov5        0.200.20Batsanov6

47、60;0.20050.210.205Hu et al 90.2210.2120.2170.2100.2170.2160.2020.2090.2170.209  TlPbBiPoAtRnFrRaAcThPauling1          Bondi20.1960.2020.187       Bokii3 0.169   

48、;     Allinger40.2590.2740.2660.2590.2510.2430.3640.3270.3080.274Zefirov50.22         Batsanov3      0.24Hu et al 90.2350.2320.243(0.229)(0.236)(0.243)(0.256)(0.243)0.2600.237 1.請大家指教

49、：我用的是shelxtl 6.10,為什么我不能在CIF文件中加入帶有對稱編碼的那組氫鍵數(shù)據(jù)？我這樣執(zhí)行操作：在ins文件加入HTAB,XL后，在1st中找到氫鍵表，D-H d(D-H) d(H.A) <DHAd(D.A) AO10-H100.8202.249 172.533.064O4 -x, -y+1, -z+2在ins文件加入EQIV-x, -y+1, -z+2 HTAB o10 04 -x, -y+1, -z+2 ACTA有個小錯誤，應該是：EQIV$1 -x, -y+1, -z+2HTAB O10 O4_$1ACTA謝謝可愛的lmy,您說的這個命令格式我也試過，只是沒留意$ 前

50、那個“”，結(jié)果費了好大功夫，希望您以后多多指教！1.1請教-客體水分子的氧周圍如果沒有Q峰，如何加氫連接該氧原子與其它原子將氧原子改為C或N原子理論加氫，記下氫的坐標再把原子重新改成O原子在ins文件中加入AFIX 3H1W 。-1.50000 H2W。-1.500000AFIX 02. 我用xp處理的單晶數(shù)據(jù),通過photoshop把象素該為600,存為tiff格式,插到word 文檔,轉(zhuǎn)換成pdf格式的時候不清楚了,我該怎么辦?哪位大蝦遇到過幫個忙哈,我的文章已經(jīng)被接收了叫修改呢,可是圖老是出問題.拜托了!1. 直接存成hgl格式，然后在word中插入。2. 可以將圖形文件轉(zhuǎn)換為WMF,

51、CGM、EPS等格式，再在Word中插入，就可以在Word中任意縮放該圖形，而不用擔心打印輸出的精度，因為WMF,CGM,EPS是矢量格式，Word中改變大小是不會引響其精度的, 我們建議采用WMF格式輸出到Word中,畢竟WMF是MS自己定義的格式。 3. 要在互連網(wǎng)中發(fā)布該圖形，可以將圖形文件轉(zhuǎn)換為SVG格式，SVG是基于XML技術的矢量格式。 4. 要在其它環(huán)境(如電子標書.)使用該圖形，可以將圖形文件轉(zhuǎn)換為GIF,JPEG等光柵格式，我們推薦選用GIF格式，GIF格式采用無損壓縮方式，同時GIF文件比相同的JPEG文件要小。5. 通常有機骨架上的C和N以及羥基（-OH）上的H都可以利用

52、幾何加氫的方法來處理，但是水分子上的氫卻不能這樣做。 在晶體學數(shù)據(jù)比較好的情況下，水分子的H原子在殘余峰上還是有跡可循的。通常需要考慮兩方面的因素：1）H-O-H的鍵長和鍵角（個人認為鍵長應在0.65-1.15之間，鍵角在95-115之間）；2）氫鍵，水分子的H應位于能形成合適的氫鍵位置上，而不是隨意的位置?；谝陨蟽牲c考慮，在用SHELXTL程序精修時，在主體骨架都確定之后把殘余峰的數(shù)量改為50，甚至更大（PLAN 50）,然后在O周圍的殘余峰中仔細辨認，把位置合適的殘余峰定為H。從殘余峰中得到H原子，鍵長一般不是理想的鍵長，而且位置在經(jīng)修過程可能會發(fā)生改變，為了解決這些問題，我們可以這樣來

53、做。在精修以前打開*.ins文件，找到先前確定的H原子，如：H1 x1 y1 z1 11.0000 0.05H2 x2 y2 z2 11.0000 0.05加入 AFIX 3的指令可以把找到的H固定，同時把H的溫度因子固定為父原子的1.2倍。改為如下：AFIX 3H1 x1 y1 z1 11.0000-1.2000H2 x2 y2 z2 11.0000-1.2000AFIX 0改完保存之后再做精修。（解決H原子位置變化的問題）H-O的鍵長，可以在xp界面下用himp指令來解決。運行xp時，在file之前運行一次HIMP，就可以把HO調(diào)整為理想的0.85A。這樣就基本上可以得到較好的水分子的H原

54、子了。此外還可以通過WinGX程序包中的CACL-OH來計算水上的H原子。如果以上兩種方法都得不到較好的H原子，建議放棄加氫，因為并不一定每個結(jié)構(gòu)中的水分子的氫都能確定，雖然理論存在可能性。歡迎大家討論，共同進步！二者的差別在于（官方的說法）：AFIX/HFIX instructions are constraintsSAME/SADI/DFIX instructions are restraints這兩者應該是有差別的，具體的差別只能能靠自己在實踐中體會了印刷跨越式試驗學生作品的技術要求賈建榮中山市教育局電教站 yiwei_jia008摘 要本文介紹了跨越式試驗中一些學校制作學生作品集時出現(xiàn)

55、的一些技術上的失誤，從技術角度講述了如何提高學生作品制作的質(zhì)量。關鍵詞分辨率圖像 圖形PostScript 排版引言基礎教育跨越式試驗在中山已經(jīng)開展了兩年多了，第一批試驗學生已經(jīng)三年級了。在兩年多的試驗中，各個學校的學生都積累了一定數(shù)量的學生作品，其中也有相當一部分時很出色的。為記錄和呈現(xiàn)跨越式試驗的成果，各試驗學校各顯神通，憑借種種手段展示學生的優(yōu)秀作品！其中，有相當?shù)膶W校把優(yōu)秀的學生作品以印刷品或打印稿的形式表現(xiàn)和保存了下來！而很多的紙介作品是以不恰當?shù)募夹g手段制作的，制作期間在屏幕上顯示的是色彩繽紛！一旦到了紙上卻并不令人十分滿意！一 常用辦公軟件不能用于印刷品的制作：我到一些學校了解學

56、生作品印刷品的制作，發(fā)現(xiàn)很多學校利用常見的辦公軟件進行學生作品的排版和打印。用得比較多的是使用MicroSoft Office 里的Word或PowerPoint進行排版，圖片處理用Adobe 的Photoshop，有一些用ACDsee。這些制作技術存在很大問題！有些老師會提出疑問：為什么不能用來制作學生作品？我們每天都在用Word和PowerPoint寫作、打印、交流！為什么不能用這些軟件來制作學生作品呢？這是因為MicroSoft Office是一個辦公軟件，處理普通的公文，打印考試試卷，提交工作報告是足夠的！但用于印刷品的制作，差得太遠了！假如你瀏覽微軟的網(wǎng)站，找到有關Office Word 的功能介紹，你會發(fā)現(xiàn)Word的功能描述基本局限在“創(chuàng)建和編輯信件、報告、網(wǎng)頁或電子郵件中的文本和圖形”這個范圍之內(nèi)。至于Office中的其他軟件包的功能介紹，根本沒有提過關于打印、印刷、出版方面的內(nèi)容！至于圖像處理軟件，有很多人使用Photoshop，由于在