甲基化芯片技術(shù)服務(wù)

1、康成生物甲基化芯片技術(shù)服務(wù)DNA甲基化在人的正常發(fā)育、X染色體失活、衰老以及許多人類疾?。ㄈ绨l(fā)育畸形、癌癥、心血管疾病、糖尿病和神經(jīng)心理失調(diào)等）過(guò)程中發(fā)揮重要作用。通過(guò)MeDIP(甲基化DNA免疫共沉淀)與甲基化芯片結(jié)合，研究者可快速高通量地發(fā)現(xiàn)靶基因組上的甲基化區(qū)域，比較不同細(xì)胞、組織、腫瘤樣本間的DNA甲基化差異?？党缮餅槟峁〢gilent公司甲基化芯片全程技術(shù)服務(wù)。您只需要提供保存完好的組織或細(xì)胞標(biāo)本，康成的芯片技術(shù)服務(wù)人員就可為您完成全部實(shí)驗(yàn)操作，并為您提供包括實(shí)驗(yàn)方法、實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)與圖表的詳細(xì)實(shí)驗(yàn)報(bào)告。AgilentDNA甲基化芯片通過(guò)SurePrint 芯片合成專利技術(shù)、優(yōu)化探針設(shè)

2、計(jì)、及實(shí)驗(yàn)方法，Agilent 的甲基化芯片可靈活進(jìn)行甲基化研究，得到高靈敏度、高特異性、高重復(fù)性的結(jié)果。l 高覆蓋面，高解析度的探針每個(gè)甲基化芯片上都集成有約244,000個(gè)60-mer的寡聚核苷酸探針，視設(shè)計(jì)方案不同這些探針以100-300bp的平均間隔覆蓋研究者感興趣的UCSC數(shù)據(jù)庫(kù)中所有的CpG島和RefSeq數(shù)據(jù)庫(kù)中所有已研究清楚的約17000個(gè)轉(zhuǎn)錄本。l 優(yōu)異的芯片質(zhì)量Agilent公司擁有眾多芯片專利技術(shù)，每個(gè)芯片探針都經(jīng)反復(fù)實(shí)驗(yàn)篩選優(yōu)化而來(lái)，使用雙色標(biāo)記系統(tǒng)比單色標(biāo)記系統(tǒng)得到靈敏度和精確度更高、重復(fù)性更好的結(jié)果，既可以有效地檢測(cè)出弱的、低頻DNA甲基化水平改變，又可以在同一張芯

3、片上直接比較不同樣本的差異。l 快速的芯片更新Agilent公司的SurePrint 專利技術(shù)可以實(shí)現(xiàn)在1x 3的玻璃片基上靈活地大規(guī)模地原位合成芯片探針，該技術(shù)可以很快很靈活地響應(yīng)最新的探針設(shè)計(jì)，使研究者快速、容易地得到高質(zhì)量的、最新的芯片。l 可靈活定制的芯片Agilent公司有完整的探針集供研究者選擇，研究者可根據(jù)感興趣的組織、基因組區(qū)域自己定制各種不同探針密度的芯片。l 嚴(yán)格的質(zhì)控體系為了保證實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性，從基因組DNA片斷的大小到染色質(zhì)免疫共沉淀的成功與否都有完善的質(zhì)控措施。l 專業(yè)的數(shù)據(jù)處理軟件Agilent公司專門設(shè)計(jì)了ChIP Analytics Software軟件處理甲

4、基化芯片數(shù)據(jù)，保證研究者更好檢測(cè)出DNA甲基化事件并降低錯(cuò)判率。該軟件還有可視化數(shù)據(jù)瀏覽器功能，研究者可方便的將數(shù)據(jù)定位到基因組上，結(jié)合各種已有的基因組注釋進(jìn)行研究甲基化芯片技術(shù)示意圖A 將基因組DNA超聲打斷成400bp-500bpDNA片段；B 加熱變性并將變性后的單鏈DNA樣品分成兩份；C 其中一份單鏈DNA樣品加入抗5-甲基化胞嘧啶核苷抗體。D 使用免疫磁珠法分離C步樣品中甲基化DNA片段的抗體復(fù)合物，樣品中其余的非甲基化DNA片段被洗脫；E 純化免疫共沉淀的DNA片段（MeDIP）；視需要可對(duì)MeDIP與Input樣品進(jìn)行擴(kuò)增；F 對(duì)MeDIP(Cy5)與Input(Cy3)樣品分別

5、進(jìn)行標(biāo)記；G 標(biāo)記后的MeDIP與Input樣品混合、變性，與DNA微陣列芯片雜交；H 用高解析度芯片掃描儀檢測(cè)雜交信號(hào)；對(duì)雜交結(jié)果進(jìn)行數(shù)據(jù)提取、標(biāo)準(zhǔn)化、峰值分析、報(bào)告。Agilent 甲基化芯片產(chǎn)品列表：Agilent芯片格式探針解析度描述HumanCpGIslands244K x 1195K 探針在CpG島內(nèi)，50K探針在CpG島間探針平均間距95bp數(shù)據(jù)來(lái)源UCSC hg17(NCBI Build35)覆蓋約27800 個(gè)CpG島MouseCpGIslands2 x 105K97652個(gè)CpG島探針探針平均間距95bp數(shù)據(jù)來(lái)源UCSC mm8(NCBI Build36)覆蓋16030個(gè)C

6、pG島Human Promoter244K x 2探針覆蓋轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游5.5kb至下游2.5kb平均每基因探針數(shù)25個(gè)探針平均間距195bp數(shù)據(jù)來(lái)源UCSC hg17(NCBI Build35)覆蓋約17000個(gè)RefSeq數(shù)據(jù)庫(kù)中已研究清楚人轉(zhuǎn)錄本的啟動(dòng)子Mouse Promoter244K x 2探針覆蓋轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游5.5kb至下游2.5kb平均每基因探針數(shù)25個(gè)探針平均間距200bp數(shù)據(jù)來(lái)源UCSC mm7(NCBI Build35)覆蓋約17000個(gè)RefSeq數(shù)據(jù)庫(kù)中已研究清楚小鼠轉(zhuǎn)錄本的啟動(dòng)子康成生物為您提供NimbleGen公司甲基化芯片全程技術(shù)服務(wù)。您只需要提供保存完好

7、的組織或細(xì)胞標(biāo)本，康成的芯片技術(shù)服務(wù)人員就可為您完成全部實(shí)驗(yàn)操作，并為您提供包括實(shí)驗(yàn)方法、實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)與圖表的詳細(xì)實(shí)驗(yàn)報(bào)告。NimbleGen DNA甲基化芯片NimbleGen的專利光導(dǎo)合成技術(shù)可制作高密度的長(zhǎng)片斷Oligo探針（50-85mer）芯片，結(jié)合高嚴(yán)謹(jǐn)度的雜交方法可得到具高靈敏度和特異性的結(jié)果，另外，因?yàn)镹imbleGen公司的DNA甲基化檢測(cè)實(shí)驗(yàn)使用雙色標(biāo)記（Cy3/Cy5），同一張芯片上的信號(hào)變異幾乎可以忽略。圖A 用NimbleGen公司的芯片驗(yàn)證DNA甲基化從原始探針信號(hào)數(shù)據(jù)，經(jīng)過(guò)數(shù)據(jù)校正得到log2(IP/input)值，此值代表每個(gè)探針在IP DNA和input DNA中

8、的相對(duì)富集強(qiáng)度。計(jì)算每個(gè)探針的p-value（ACME算法），p值表示log2(IP/input)值是由隨機(jī)因素造成而非真實(shí)值的概率，圖中為方便觀看以 log10 p代替原始p值。根據(jù)每個(gè)探針的p值計(jì)算相應(yīng)的peaks（代表可能的甲基化區(qū)域），結(jié)合基因組基因和CpG位點(diǎn)注釋可非常方便地進(jìn)行研究。圖B 檢測(cè)不同樣本中DNA甲基化差異由ENCODE數(shù)據(jù)庫(kù)設(shè)計(jì)的DNA微陣列芯片結(jié)合MeDIP法(甲基化DNA免疫共沉淀)可檢測(cè)不同腫瘤樣本中的DNA甲基化差異。圖B中可明顯看出腫瘤樣本B比腫瘤樣本A有更多的區(qū)域發(fā)生了DNA甲基化。NimbleGen含CpG島和啟動(dòng)子的芯片系列單芯片設(shè)計(jì)覆蓋所有UCSC注

9、釋的CpG島和所有RefSeq數(shù)據(jù)庫(kù)基因的啟動(dòng)子區(qū)。覆蓋了人的28226個(gè)CpG島和小鼠的15963個(gè)CpG島，人的啟動(dòng)子區(qū)覆蓋區(qū)為1kb而小鼠的為1.8kb（小鼠基因組的CpG島的出現(xiàn)頻率比人的低）。特別針對(duì)小的CpG島向兩翼延伸使之達(dá)到700bp的覆蓋范圍從而更可靠地被檢測(cè)。包括DNA甲基化陽(yáng)性對(duì)照區(qū)，如HoxA、H19/IGF2、KCNQ1基因簇，IGF2R基因。 產(chǎn)品目錄號(hào)產(chǎn)品名物種基因組版本CpG 島數(shù)啟動(dòng)子上游Tiling (bp)啟動(dòng)子下游 Tiling (bp)008922006-11-02 HG18 CpG Promoter Homo sapiensH/p>

10、00008932007-02-27 MM8 CpG Promoter Mus musculusMM8159631300500另外還有探針根據(jù)RefSeq數(shù)據(jù)庫(kù)設(shè)計(jì)的芯片，包括RefSeq數(shù)據(jù)庫(kù)中所有已被研究清楚的基因（帶NM前綴的RefSeq基因）。人類（2.8Kb）、小鼠（2.6Kb）及大鼠（2.8kb）的啟動(dòng)子區(qū)被覆蓋，啟動(dòng)子覆蓋區(qū)平均探針間隔為100bp。產(chǎn)品目錄號(hào)探針設(shè)計(jì)名啟動(dòng)子上游Tiling(bp)啟動(dòng)子下游Tiling(bp)C4226-00-01HG18 RefSeq promoter2200500C4222-00-01MM8 RefSeq promoter2000500C44

11、95001-00-01RN34 RefSeq promoter2250500康成生物為您提供UHN DNA甲基化芯片全程技術(shù)服務(wù)。您只需要提供保存完好的組織或細(xì)胞標(biāo)本，康成的芯片技術(shù)服務(wù)人員就可為您完成全部實(shí)驗(yàn)操作，并為您提供包括實(shí)驗(yàn)方法、實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)與圖表的詳細(xì)實(shí)驗(yàn)報(bào)告。UHN DNA甲基化芯片UHN DNA甲基化芯片加拿大芯片中心（UHNMAC，the University Health Network Microarray Centre）專業(yè)提供高質(zhì)量芯片和相關(guān)技術(shù)支持。所有芯片均根據(jù)加拿大芯片中心標(biāo)準(zhǔn)的標(biāo)記，雜交，掃描實(shí)驗(yàn)方法進(jìn)行嚴(yán)格質(zhì)量檢測(cè)，確認(rèn)芯片點(diǎn)樣的忠實(shí)性和芯片中各點(diǎn)的完整性，從而

12、保證芯片實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性和準(zhǔn)確性。同時(shí)，加拿大芯片中心為每種芯片的實(shí)際應(yīng)用提供經(jīng)過(guò)優(yōu)化的詳細(xì)實(shí)驗(yàn)操作說(shuō)明。加拿大芯片中心開發(fā)的DNA甲基化分析芯片，用于分析基因組中CpG島（CpG island）的甲基化。CpG島是基因組中CpG二核苷酸含量高的區(qū)域。據(jù)估計(jì)，60%的人類基因和47%的小鼠基因都與CpG有關(guān)。CpG多集中在5區(qū)。大部分CGI集中在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)-500至+1500的區(qū)域。在啟動(dòng)子區(qū)域的CpG島甲基化，能調(diào)控下游基因的轉(zhuǎn)錄。Yan等在文章中指出（Methods，2002，27：162-169），應(yīng)用DNA甲基化芯片，結(jié)合其他甲基化研究方法，可以根據(jù)腫瘤的甲基化水平對(duì)其進(jìn)行分類。加拿

13、大芯片中心開發(fā)的DNA甲基化分析芯片，設(shè)計(jì)嚴(yán)謹(jǐn)，CpG島克隆來(lái)源于Wellcome Trust Sanger Institute。芯片上固定的所有探針經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的質(zhì)量檢測(cè)，首先在Sanger Centre, UK.克隆測(cè)序，并且進(jìn)一步經(jīng)過(guò)Michael Smith Genome Sciences Centre驗(yàn)證（在NIH/NCI支持下）和the UHN Microarray Centre的內(nèi)部驗(yàn)證。UHNMAC在芯片中使用了Stratagene的SpotReport Alien cDNA芯片驗(yàn)證體系。在芯片生產(chǎn)過(guò)程中，UHNMAC采用UltraGAPS玻片（Corning Inc.）作為片基，

14、點(diǎn)樣則采用高效精確的機(jī)械手臂完成。保證芯片靈敏度高和特異性好，實(shí)驗(yàn)結(jié)果準(zhǔn)確可靠?？党缮锾峁┘幽么笮酒行牡腄NA甲基化芯片實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)，通過(guò)MeDIP(甲基化DNA免疫共沉淀)與高通量DNA甲基化芯片的結(jié)合，研究者可快速高效地發(fā)現(xiàn)實(shí)驗(yàn)樣品中基因組的甲基化區(qū)域，通過(guò)比較不同細(xì)胞或組織樣本間的甲基化差異，可以研究DNA甲基化與疾病發(fā)生發(fā)展的關(guān)系。UHN DNA甲基化芯片產(chǎn)品名稱物種探針來(lái)源CpG島數(shù)量HCGI12K Human CpG-island 12K ArrayHomo sapiensWellcome Trust Sanger Institute,UK12192MCGI4.6KMouse

15、CpG-island 4.6K Array Mus musculusWellcome Trust Sanger Institute,UK4,642DNA甲基化芯片技術(shù)服務(wù)康成生物提供的DNA甲基化芯片技術(shù)服務(wù)實(shí)驗(yàn)流程：1.超聲打斷基因組將基因組DNA超聲打斷成400bp-500bpDNA片段；2.甲基化DNA免疫共沉淀a.加熱變性并將變性后的單鏈DNA樣品分成兩份；b.其中一份單鏈DNA樣品加入抗5-甲基化胞嘧啶核苷抗體。c.用免疫磁珠法分離b步樣品中甲基化DNA片段的抗體復(fù)合物，樣品中其余的非甲基化DNA片段被清洗；d.純化免疫共沉淀的DNA片段（MeDIP）；3.MeDIP與 Input DNA片段線性擴(kuò)增使用Sigma WGA Kit對(duì)兩份D