如何用MS建模

1、如何用MS建模陶小馬在第一原理計(jì)算中有個(gè)POSCAR文件，那里面有晶體結(jié)構(gòu)的一些信息，主要包括基矢以及原子的位子，那么一般來(lái)說(shuō)簡(jiǎn)單的BCC、FCC、HCP以及Diamond結(jié)構(gòu)都比較簡(jiǎn)單，可以直接輸入就可以了，但是一般涉及比較復(fù)雜的結(jié)構(gòu)如D019、D022等結(jié)構(gòu)則可以用MS modeling來(lái)建模。在建立模型之前，我們要找到該化合物的結(jié)構(gòu)方面的信息，這個(gè)主要可以通過(guò)Pearson手冊(cè)來(lái)找尋，也可以用ICSD軟件找。在有了結(jié)構(gòu)方面的信息后，我們就可以利用MS Modeling來(lái)進(jìn)行建模。首先打開(kāi)MS Modeling 軟件：建立一個(gè)新的文件名example點(diǎn)擊 File 出來(lái)一個(gè)菜單，點(diǎn)擊New

2、 后出現(xiàn)以下畫(huà)面雙擊第一個(gè)3D Atomistic,出現(xiàn)以下界面這時(shí)你可以把鼠標(biāo)指在3D Atomistic上 點(diǎn)擊右鍵進(jìn)行重新命名。后綴名為.xsd就可以了。下邊就點(diǎn)擊Build>Crystals>Build Crystal出現(xiàn)以下界面在Enter Group： 中輸入晶體結(jié)構(gòu)的空間群的數(shù)字；點(diǎn)擊Lattice Parameters中輸入晶格常數(shù)后點(diǎn)擊下面的Build：例如我們要建立AlFe3的結(jié)構(gòu)，它的結(jié)構(gòu)信息如下：也就是在Enter Group中輸入225，在Lattice Parameters中輸入5.789 A就可以了，點(diǎn)擊Build得到以下界面：現(xiàn)在就是加原子了，點(diǎn)擊B

3、uild，下拉框中有Add Atoms，另外界面上也有就是一個(gè)原子左上角有個(gè)+號(hào)的就是。點(diǎn)擊Add Atoms，可以看見(jiàn)以下的界面在Element 中輸入原子符號(hào)，右邊的a，b，c就對(duì)應(yīng)于上面我們找到的晶體結(jié)構(gòu)信息中的x，y，z。也即，在Element中輸入Al時(shí)，a，b，c中輸入0 0 0，點(diǎn)擊Add，再在Element中輸入Fe，在a，b，c中輸入0.5 0.5 0.5點(diǎn)擊Add，還是Element為Fe，a，b，c中輸入0.25 0.25 0.25.點(diǎn)擊Add。這樣就把AlFe3的所有的信息輸入進(jìn)去了?？梢躁P(guān)閉Add Atoms的對(duì)話框。得到以下界面：下面點(diǎn)擊Modules>CAS

4、TEP>Calculation出現(xiàn)以下對(duì)話框：在對(duì)話框中的最下面有三個(gè)按鈕，中間那個(gè)主要是可以把原子的一些位子信息存下來(lái)的，所以點(diǎn)擊Files，以后會(huì)出現(xiàn)一個(gè)對(duì)話框，點(diǎn)擊Save Files就可以了。如果你所建立的晶體結(jié)構(gòu)不是原胞的話，會(huì)出現(xiàn)一個(gè)選項(xiàng)讓你選擇，一般來(lái)說(shuō)yes 是保存最小的原胞的基矢和原子位子，而No呢就是當(dāng)前的晶胞的基矢和原子位子。下面就是去看看，保存下來(lái)的晶體結(jié)構(gòu)的一些信息的文件。在MS的文件夾中找到example這個(gè)文件夾，點(diǎn)擊其中的Documents文件夾，找到你所建立的晶體結(jié)構(gòu)信息的文件名的那個(gè)文件夾（如AlFe3 CASTEP Energy）進(jìn)入該文件夾。由于包

5、含原子位子的那個(gè)文件是一個(gè)隱藏文件，你必須設(shè)置隱藏文件可以顯示（具體設(shè)置方法是工具>文件夾選項(xiàng)>查看>顯示所有文件和文件夾。）。這樣就可以看見(jiàn)一個(gè)cell文件（AlFe3.cell）。打開(kāi)就可以看見(jiàn)：%BLOCK LATTICE_CART -0.000000000000001 2.894499999999999 2.894500000000000 2.894499999999999 0.000000000000000 2.894500000000000 2.894500000000000 2.894500000000000 0.000000000000000%ENDBLOCK LATTICE_CART%BLOCK POSITIONS_FRAC Al 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 Fe 0.4999999999999999 0.4999999999999999 0.5000000000000001 Fe 0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000001 Fe -0.2500000000000000 -0.2500000000000000 0.7500000000000000%ENDBLOCK POSITIONS