講義教案紅外search

1、Spectroscopic SoftwareVersion 4.2譜庫檢索I 21892© 2002 BRUKER OPTIK GmbHThe text, figures, and programs have been worked out with the utmost care. However, we cannot accept either legal responsibility or any liability for any incorrect statements which may remain, northeir consequences. The followi

2、ng publication is protected by copyright.s. No partof this publication may be reproduced in any form by photocopy, microfilm or other procedures ortransmitted in a usable language for machines, in particular data processing systems without our writtenauthorization. The rights of reproduction through

3、 lectures, radio and television are also. Thesoftware and hardware descriptions referred to in this manual are in many cases registered trademarks and as such are subject to legal requirements.This manual is the original documentation for the OPUS spectroscopic software.目錄1OPUS 譜圖檢索簡介12譜庫檢索52.12.22.

4、3OPUS 譜庫檢索圖標5選擇譜庫6譜圖檢索82.3.12.3.22.3.3檢索參數(shù)9排除一些光譜范圍12檢索窗口與檢索報告122.42.52.6峰位檢索17信息檢索20結構檢索253建立譜庫文件293.13.2譜庫編輯助理29添加譜圖344編輯譜庫394.14.24.34.4譜庫編輯頁39譜庫譜圖頁41信息設置內容頁42譜庫瀏覽器43附錄 :OPUS 中結構的處理iiiiv1OPUS 譜庫檢索簡介一般法則OPUS-NT 譜庫檢索是把未知光譜同譜庫中光譜比較，鑒定未知材料?？梢詮氖袌錾嫌惺鄣纳虡I(yè)譜庫或自建譜庫檢索。OPUS 檢索包含兩個功能不同的部分： 譜庫檢索 用于鑒定未知材料。 譜庫編輯

5、建立與維護的譜庫。OPUS 譜庫對已有譜庫提供四種不同的檢索方法：譜圖檢索 用于鑒定未知材料。峰位檢索 根據(jù)單個或多個峰檢索譜庫。信息檢索 檢索譜庫中的名稱、材料特性、量等。結構式檢索 檢索譜庫中全部或部分的結構式。檢索結果存于檢索報告中。在顯示方式上，含有檢索報告的譜圖能夠與屏幕中測試的譜圖比較。初步的檢索報告也用于進一步精細檢索。譜庫編輯提供建立和維護的譜庫所需的全部工具。注意：OPUS 檢索軟件利用 OPUS 設置中的用戶名。請注意用戶名要少于 9 個字符，也不能包含一些特殊字符（+*# 等）或致錯誤信息。（）。否則使用譜庫時會導Bruker Optik GmbHOPUS Search1

6、OPUS 譜庫檢索簡介譜庫結構譜庫是由若干個文件組成的；文件名相同、擴展名不同。這使得備份時很容易。FILENAME.D01 FILENAME.D02 FILENAME.D03 FILENAME.D04 FILENAME.D05 FILENAME.D06 FILENAME.D07 FILENAME.D08 FILENAME.D09 FILENAME.D10 FILENAME.D11 FILENAME.D12 FILENAME.D13 FILENAME.K01 FILENAME.K02 FILENAME.K03 FILENAME.S01 FILENAME.D02 FILENAME.TXD在譜庫中

7、每一組份都有一個數(shù)字化的，也是在譜庫中的地址。每一有唯一的一張光譜，并附有從光譜圖中帶來的文字信息。這些文字信息部分是在創(chuàng)建譜庫時產生的。因使用這些信息，所以強制要求輸入。結構式也被存入譜庫的中。譜庫應嚴格按同樣光譜方法建立。例如，譜庫可以由近紅外，中紅外或拉曼光譜組成，但不能混合在一起。另外也可以使用 OPUS 參數(shù)。光譜圖應在同一頻率范圍和同一數(shù)字化分辨率。然而，這并不影響檢索結果，因為在檢索中總是使用原始光譜。OS/2 版檢索軟件強制使用的頭四個字段：材料名稱，式，量和CAS 號，現(xiàn)在是可選的。然而， BRUKER 提倡使用這些字段（在信息部分的位置可以是隨機的）。如果在信息部分沒有材料

8、名稱字段，這一行將2OPUS SearchBruker Optik GmbH自動被選。譜庫方法物質 1物質 2物質 3譜圖信息化學結構譜圖參數(shù)Figure 1:顯示了譜庫中一個物質的內部結構的流程圖Bruker Optik GmbHOPUS Search3OPUS 譜庫檢索簡介4OPUS SearchBruker Optik GmbHOPUS 檢索圖標2譜庫檢索檢索的目的是要鑒別未知物質光譜圖。檢索有以下模式：譜圖檢索 未知光譜圖與譜庫比較。比較譜庫光譜與未知光譜圖的區(qū)別并給出報告。峰位檢索 - 輸入某一或多個波段位置，對沒有數(shù)字化格式（如只有硬拷貝）的譜圖可用此方法檢索。信息檢索 - 從檢索

9、譜庫中的信息中檢索。例如以化合物特定量進行檢索。譜圖數(shù)量。不明物質的一些線索，這可以減少要檢索的結構檢索 - 對單物質或化合物檢索的唯一“安全”方法。完整或部分結構與庫中數(shù)據(jù)比較。檢索之前需將未知光譜調入 OPUS 瀏覽窗口。 BRUKER 提供一個樣品庫（展示庫），在此手冊中大部分例子即是此庫。2.1OPUS 檢索圖標所有 OPUS-NT 檢索功能都可以從工具條上使用。這需要你在安裝 OPUS- NT 后，將這些圖標加入工具條。參考 OPUS-NT 參考手冊設置工具條章節(jié)。否則，只能從 OPUS-NT 譜圖評價下拉菜單中尋找。Figure 2: OPUS 檢索功能 .Bruker Optik

10、 GmbHOPUS Search5譜庫檢索2.2選擇譜庫不管想用何種檢索方法，首先必須選擇一個或多個譜庫供你使用。選擇譜庫窗口使用與所有檢索方法，在檢索方法窗口的最后一頁。選擇任一檢索方法圖標或下拉菜單即可調入譜庫。下例中用的是譜圖檢索方法，摁選譜庫條如下圖 3。Figure 3: 選擇譜庫框你可以添加、刪除或刪除全部譜庫。只有被列入的譜庫才能使用。最后一次參加檢索的譜庫自動加入譜庫表。常用譜庫可以存入磁盤，供以后調用。BRUKER 提供若干覆蓋面較寬的商業(yè)譜庫，可以幫助你解決化學分析中問題。也可以從文件類型下拉表中調入 Sadtler 譜庫。 Sadtler 譜庫 （擴展名為：.IDX）取代

11、了OPUS譜庫（擴展名為.S01）。OPUS與Sadtler 可以混合檢索。Sadtler 譜庫用一個 dongle 保護。需要安裝 dongle 驅動，在 OPUS CD（SENTINEL 目錄）中提供?？截?Sadtler文件 （IR.CTL）到 OPUS目錄中。這個文件可以從 Sadtler CD 或軟盤中找到。需要重新啟動計算機才能激活 dongle 驅動。譜庫的狀態(tài)由點、驚嘆號、選擇對號或叉叉表示。點表示譜庫還沒被檢查6OPUS SearchBruker Optik GmbH譜圖檢索過。驚嘆號 表示譜庫文件有問題。叉叉表示缺少譜庫文件或路徑錯誤，最糟的是譜庫已從硬盤中刪除。如果從 C

12、D 中檢索，檢中。CD 需在驅動器a)b)c)d)Figure 4:譜庫狀態(tài) 沒被檢查 (a), 通過檢查 (b), 沒找到譜庫 (c), 測試失敗 (d)選 "Check Libraries" 測試譜庫，測試結束后每個譜庫譜圖的庫表中。顯示在譜2.3譜圖檢索譜圖檢索的目標是用一個或多個譜庫鑒別未知譜圖。可從評價菜單或工具條進入此程序。使用譜圖檢索需先在 OPUS 瀏覽窗口調入要檢索的譜圖。譜圖檢索只能使用吸收光譜（如吸光度譜或譜）。檢透過率光譜會被自動轉換成吸收光譜使用，被檢索譜圖仍以透過率光譜顯示。存貯或調出透過率光譜會產生錯誤，因此存貯透過率光譜時將自動被轉換成吸收光

13、譜。轉換在內部自動完成，原始光譜不變。注意：若譜庫偶然用透過光譜建成，必須用 OPUS 重新建立。進入譜圖檢索功能，選擇圖標窗口如圖 5 被打開。在窗口第一頁選擇未知光譜。若選擇立即顯示檢索報告，譜庫窗口將自動打開。若選擇使用檢索報告進行檢索，你可以調出以前的檢索結果報告，讓你進行進一步精細檢索。必Bruker Optik GmbHOPUS Search7譜庫檢索檢索之前在小區(qū)域定義該檢索報告，這時不受已選譜庫設置的限制（見下圖）。Figure 5: 譜圖檢索框 選擇被檢索的譜圖2.3.1檢索參數(shù)在第二頁設置譜圖檢索參數(shù)。8OPUS SearchBruker Optik GmbH譜圖檢索Fig

14、ure 6: 譜圖檢索框 選擇檢索參數(shù)檢索算法 :譜庫檢索提供三種運算：Standard Algorithm BRUKER 發(fā)展的這種運算在檢索過程中需要 （并會自動產生一個臨時的）峰位表。Use Existing Peak Table 這種運算使用用戶定義并以存在的外部峰位表。使用已經存在的峰位表可以抑制基片造成的峰位變化的影響。Spectrum Correlation 這種方法計算被檢索光譜與結果光譜的平方差的和。用戶可以限制這個總和范圍。當使用光譜相關算法時檢索靈敏度滑動條被兩列可拖拽表取代，你可以選擇歸一化方 法和求導方法。更進一步的說明請參閱 OPUS 參考說明的第 8.7 和 8.

15、11 章。這三種檢索運算都適用于檢索Sadtler 格式的譜庫。標準檢索運算的結果可能與檢索 OPUS 格式的譜庫有所不同。由于 Sadtler 譜圖信息量的差別，這種運算對 Sadtler 譜庫檢有所不同。因此建議先測試該運算方法，若得出錯誤結果就使用別的相關運算方法。靈敏度：可以選擇檢索靈敏度變量檢索結果。因為檢索結果受譜圖類型和質量影響很大，所以無法給出一個靈敏度推薦值。對用 KBr 壓片、普通信噪比Bruker Optik GmbHOPUS Search9譜庫檢索的樣品，可以用 6-10 的靈敏度。然而，最好用已知樣品試幾次，以找出該參數(shù)的影響。一般來說，大于 15 時，幾乎找不到好的

16、結果。最大匹配數(shù)量：可以設定要存入檢索報告的提示數(shù)量。根據(jù)在最小匹配數(shù)量字段的設置， 結果數(shù)量可以小于設定的提示數(shù)量。最小匹配值：這個字段為顯示檢索出匹配結果的最小值。1000 為完全匹配，0 為無任何相關。實際上，即使譜圖之間無任何相關時，檢索結果也會給出一個大于零的值。所以在檢索報告中應該給定一個數(shù)字來限制檢索結果（缺省值為300）。這個值也與譜圖類型和預處理有關。只有當檢索無結果時，才設置較大的最小匹配值。完成設置全部參數(shù)后即可開始檢索（假定已選譜庫）。結果會保存在檢索報告中。在 2.3.3 章結尾中，將用幾個例子說明某些參數(shù)對檢索結果的影響。2.3.2排除某些譜區(qū)Figure 7:譜圖

17、檢索框 排除的譜圖區(qū)域在譜圖檢索的第三頁可以設置檢需要排除的譜區(qū)?？梢越换ナ竭x擇或10OPUS SearchBruker Optik GmbH譜圖檢索手動將值輸入到表格中。另外，使用調入上次值功能可將上次的值調入表中。例如，排除 CO2 譜區(qū)，可以避免中紅外譜圖中這種常見的氣相組分的干擾。選擇清除范圍可以清除頻率表，然后重新輸入新的范圍。輸入完成后可以該范圍。用調入功能可以重新調入已存入的范圍。也可以使用交互模式選擇頻率范圍。這時會打開選擇被檢索譜圖窗口。調 入要檢索譜圖，加入檢索范圍。想排除的區(qū)域顯示為灰色，移動光標選出 你想界定的區(qū)域。2.3.3譜庫窗口與檢索報告檢索結果以報告塊的形式附在

18、被檢索譜圖文件中 （見圖 9）。除檢索方法外，所有報告都以此方法建立。檢索完成后，摁顯示檢索報告鈕，即可自Bruker Optik GmbHOPUS Search11譜庫檢索動顯示檢索報告 （見圖 5）。Figure 8: 譜圖檢索 譜庫窗口譜圖窗口由四部分組成，用鼠標可以改變窗口大小和移動窗口。窗口的下部分列出全部檢索提示，按匹配值排列。最相似提示自動排在最上面。全部提示譜圖數(shù)量顯示在該列的頭部。選擇提示光譜，譜圖將會顯示在窗口中。所選提示光譜將以紅背景的選擇框表示，另外兩個上面的窗口顯示其結構式和物質信息。提示譜圖簽的數(shù)字表明它的匹配值級別。每行的最后一列是譜庫物質的序號。Show Que

19、ry Spectrum 鈕顯示被檢索譜圖。若被檢索譜圖是透過率光譜，譜圖自動以透過率方式顯示。此鈕右側顯示當前譜庫的描述和信息。關閉譜庫窗口會在被檢索譜圖文件中加入一個報告塊（在 OPUS-NT 瀏覽窗口中能看到）。在檢索報告塊上單擊鼠標右鍵 （或雙擊）可以打開相應12OPUS SearchBruker Optik GmbH譜圖檢索的報告窗口。Figure 9: 打開一個報告窗口檢索報告窗口有的瀏覽窗口供你查看報告。窗口顯示提示譜圖表 （檢索中使用的譜庫數(shù)量）以及檢索信息。圖 10 顯示一個用展示譜庫檢索出的報告例子。通過展開譜圖檢索報告可以查看檢索參數(shù)。(a)(b)Figure 10: 檢索

20、報告 瀏覽窗口 (a) 及檢索參數(shù) (b)檢索參數(shù)細表如下：所使用的檢索運算方法提示數(shù)目檢索日期檢間所使用的方法檢索使用的譜庫 （包括名稱和目錄） 被檢索譜圖的名稱和目錄檢索使用的靈敏度Bruker Optik GmbHOPUS Search13譜庫檢索注意：最后兩項僅適用于譜圖檢索，對于峰位、信息或結構檢索請參考：- 譜段檢索：譜段數(shù)量，譜段位置- 信息檢索：關鍵字- 結構檢索：結構文件名稱例 :用標準算法檢索調入文件 "SEARCH3.0"，這是一張 1-Methoxy-2-propanol 的光譜圖。用以下幾個靈敏度檢索。靈敏度 : 10有以下提示 :1) 9792)

21、 6503) 6184) 5995) 5851- Methoxy-2-propanolDi-Ethylene-glycol-dimethyl-ether 3-PentanolEthanol2- Methoxyethylacetate注意：1 和 2 匹配值差別很大， 2 至 5 卻很接近。若譜庫中不包括被檢索光譜，這個設置就不是很有用或用處較小。靈敏度 : 5提示如下 :1) 9982) 6803) 6714) 6075) 5951-Methoxy-2-propanolDi-Ethylene-glycol-monomethyl-ether 3-PentanolEthyleneglycol-mo

22、nomethyl-ether1-Propanol14OPUS SearchBruker Optik GmbH譜圖檢索靈敏度設為 5 仍然能檢索出被檢索光譜。同時由于被檢索光譜條件的放松， 1 的匹配值的增加。 2 和 3 以及 4 和 5 的值也開始出現(xiàn)分離的趨勢。靈敏度 : 1提示如下 :1) 10002) 7373) 7104) 5995) 5851 -Methoxy-2-propanolEthylene-glycol-monomethyl-ether Di-Ethyleneglycol-monomethyl-ether Cis-Trans-1,5,9-CyclododecatrieneI

23、sopropyl myristate檢索未知物質的條件非常模糊，比較光譜發(fā)現(xiàn)，只有頭三個提示明顯近似。靈敏度 : 20提示如下 :1) 9232) 6603) 6404) 6245) 6151-Methoxy-2-propanol 1,4-Phenylenediisocyanat Ethanol Poly(Formaldehyde)Carbon Tetrachloride這一檢索設置另一，已用了最苛刻檢索條件。只有差別很小的光譜被提示。這個與我們得到的第一個例子很相似。同前面的作比較，第一個提示卻給出最小的相似值，因為即使是很小的偏差，也占有很大權。經驗顯示，檢索靈敏度太高常產生很難解釋的結果

24、。Bruker Optik GmbHOPUS Search15譜庫檢索2.4峰位檢索峰位檢索是一簡單卻非常有效的檢索方法。它使用一個或多個峰位同所選譜庫進行比較。對 Sadtler 譜庫進行峰位檢，其結果取決于譜庫中所存峰位數(shù)量。數(shù)據(jù)中可能沒有那些次要峰位?？梢允褂貌煌\算方法。輸入峰強度條件和度，可以限制檢索結果。這種檢索方法通常用于用老式儀器得到（繪在紙張的）光譜，或非數(shù)字化的數(shù)據(jù)。但是也可以用于回答“哪上有這個峰？”一類的問題。從 OPUS 評價菜單中選峰位檢索或單擊圖標，出現(xiàn)一個窗口，你可以選擇一個或多個譜庫。在第一頁中輸入峰位，度和強度。在范圍和強度列有下拉表可供選擇。Figure

25、11: 峰位檢索 定義檢索峰位表在范圍字段，可以輸入波數(shù)的邊。如果頻率為 1000 cm-1 、到 1010 cm-1 。度值。該度范圍將被加在峰位的兩度值為 10 cm-1 ，則峰位的范圍是 990對于強度字段，峰的強度也在考慮之列；它被分為三個等級 （強、中、弱）。其范圍是相對于最強峰 （220%）計算的，范圍是：弱 : 0% - 50%中 : 50% - 75%16OPUS SearchBruker Optik GmbH峰位檢索強 : 50% - 100%若不考慮強度，可從列表中選擇 “任何”值?？梢砸呀⒌姆逦槐?，也可以再調入該表供以后檢索使用。峰位表以擴展名為“.PKL"

26、的文件在硬盤。不論存貯峰位表與否，運行峰位檢都會產生并一個臨時文件(DEFAULT.PKL)，且下次檢新。會被更與譜圖檢索一樣，你也可以限制檢索的范圍 （見 2.3 章）。檢索參數(shù)窗口的第二頁選擇檢索方法，最大提示值和最小匹配值。后面一個只在計算匹配值為運算方法時才被激活，這時只顯示大于該值的檢索結果。Figure 12: 峰位檢索 參數(shù)頁以下運算方法可供檢使用：計算匹配值 Calculate Hit Quality 這種運算與譜圖檢索相似，計算被檢索峰位與譜庫峰位的偏差，從中得出匹配值。偏差愈大， 匹配值愈小。若所有峰位匹配則提示Hit if all Peaks match 只顯示包含所有表

27、Bruker Optik GmbHOPUS Search17譜庫檢索中輸入峰位的光譜，所以此種情況匹配值總是 1000。只要有一個峰匹配就顯示 Hit if one Peak matches 所有至少包含表中所列任何一個峰位的光譜都被提示。同樣此種情況匹配值也總是 1000。計算匹配峰位數(shù) Count matching Peaks 此時匹配值值代表峰位表與譜庫光譜的峰位匹配的數(shù)量。至少有一個表中所列峰匹配。同譜圖檢索一樣，峰位檢索結果被存在報告塊中 （見 2.3.3 章 ）。例 :這個例子用的是文件 “ABBOE05.0”和展示譜庫。輸入以下峰位：用全部四種運算方法檢索：用計算匹配值方法得出

28、20 個提示，所列正確光譜的最大匹配值為 901。顯示所有峰都匹配的光譜，只有一個正確光譜。任意一個峰匹配都顯示，有 203 個結果且匹配值都為 1000。使用計算匹配峰數(shù)量方法，列出了 203 個范圍匹配的結果。2.5信息檢索信息檢索讓你使用譜庫中存貯信息進行檢索。用戶輸入和采樣時得到的數(shù)據(jù)信息都可以使用。每次可以使用若干字段 （多條件混合）檢索。從 OPUS-NT 評價菜單或單擊圖標可進入信息檢索，并顯示一個窗口。最后頁讓你選擇一個或多個譜庫。在第一頁設置檢索條件。每一行都對應一個檢索條件?？梢允謩虞斎脒@些字段，也可以從下拉條中選值， 單擊字段激活下拉條。跟其它方法一樣，信息檢索也可以限制

29、提示值，檢索報告，也可以存貯和調入檢索方法。同 OPUS 譜庫相反， Sadtler 譜庫中的可檢索信息不是為單個譜庫所設置的，而是為所有可用譜庫設置的。由于信息并不是對所有譜庫都有效，所以信息檢索可能出現(xiàn)空結果。在進行信息檢索之前，先用譜庫瀏覽窗口檢18OPUS SearchBruker Optik GmbH頻率范圍強度343420any145220any111120strong97320any信息檢索的可用信息。檢索結果與 OPUS 譜庫相同。Figure 13: 信息檢索框可以通過布爾運算用若干個條件混合檢索。下面解釋這些運算及其值。本章后面有幾個信息檢索的例子。運算符：可以使用“與”、

30、“或”、“或非”和“與非”進行若干條件的混合檢索。OR 只要有一個條件滿足即返回真。AND 滿足所有條件才返回真。OR/AND NOT 上面運算為假，如條件可以 / 一定不滿足時返回真。信息條目：這一列用于定義檢索參數(shù)。不同信息行的可用值取決于譜庫。從下拉條中選取。? 比較運算：對字符和數(shù)字比較 (= =, <, >, > =, ) 的若干運算，可以有以下選擇：a=A A=A= =>大小寫不敏感的字符比較。大小寫敏感的字符比較。 十進制數(shù)字相等。譜庫中的數(shù)字必須大于給定的數(shù)字。Bruker Optik GmbHOPUS Search19譜庫檢索<> =<

31、; =譜庫中的數(shù)字必須小于給定的數(shù)字。譜庫中的數(shù)字必須大于等于給定的數(shù)字。譜庫中的數(shù)字必須小于等于給定的數(shù)字。式為參數(shù)，則不可以使用字符運算。如果值 :此列為檢索值。對于不同的比較運算，值可以是字符或數(shù)字。對于字符比較，檢除主字符串外還可以有次字符串：$*?%d%l%p%w 詞符號后面的必須以字符開始替代后面所有字符 ( 通配符 ) 替代字符串中的一個字符替代一個數(shù)字替代一個字符替代一個數(shù)字或一個字符替代除數(shù)字或字符之外的任何符號忽略空格Example:benzene$benzene benzoi? benz*%d-Methyl*%p%d-Methyl*返回 benzene 和 methylb

32、enzene返回 benzene 但 不是 nitrobenzene返回 benzoin 和 benzoic返回 benzoin, benzoic, benzpyrene 等 .返回 諸如 . 1-Methyl. , 2-Methyl.等返回 諸如 3-Methyl. 和 .1,3-Methyl.窗的第二頁（選擇信息文本）。通常，對多個譜庫進行信息檢索。選擇只當使用不止一個譜庫時， 只有當全部譜庫都有信息供檢信息文本頁列出了所選譜庫的信息字段。20OPUS SearchBruker Optik GmbH信息檢索Figure 14: 信息檢索 選擇信息文本圖 14 顯示了三個供信息檢索的譜庫的信

33、息部分。頭兩個設置為定性，第三個跟其它的不一樣。這一區(qū)別用紅色標明。選擇框表明被選中，會在第一頁的信息列中顯示出。然而這些選擇框在檢不影響譜庫的使用。摁檢索譜庫鈕開始檢索。再次說明，結果保存在報告塊中 （ 2.3.3 )。Example:數(shù)字檢索這個條件只返回譜庫中物質量為 60.00 的譜圖，60.05 就不符合條件。這個條件返回量在 60.00 和 61.00 之間的值。Bruker Optik GmbHOPUS Search21譜庫檢索有時候數(shù)值字段中含有文字（象沸點字段中有“分解”）。這一字符串可 以單獨檢索或與數(shù)值一起混合檢索?；衔锩Q和 CAS號只限于文字檢索，量為數(shù)值檢索。如果

34、字段為式，則自動進入式檢索 （下面介紹）。其余信息條目將視其值區(qū)別對待。若一個字段的第一為數(shù)字，值將以數(shù)值形式儲存，后跟的字符串將以文字貯存?！?00 度，分解”在譜庫中的存貯：500.0 為 數(shù) 值，“ 度，分 解”為 文 字。這 就數(shù) 值和 文 字 檢 索。 同 樣， 可 以 寫 出 這 樣 的 檢 索 條 件：“ 熔 點 a=A 500.0”。例 :檢索一個式這 個 設 置 會 檢 索， 含 有 5 或 6 個 碳 和 5 至 8 個 氫 原 子 的 全 部 光譜。式 檢 索 的 形 式 為：E1 n,m E2 n,m E3 n,m.E 為 化 學 元 素； X 可 以 代 表 鹵 素，

35、Ht 代 表 雜 原 子 (hetero atoms)。n和 m 為 原 子數(shù)目量， n 和 m 為式 中 最 小、最 大 數(shù) 值。例 :混合檢索下 面 的 檢 索，將 返 回 含 有 5 至 9 個 碳 原 子、沸 點 在 150°C 和 250°C 之 間，名 稱 中 必 須 有 “methyl”（ 大 小寫 都 行） , 但 不 能 有 “Di- Methyl”和 “Di Methyl”的 值。22OPUS SearchBruker Optik GmbH結構檢索2.6結構檢索結構檢索是提供一個方便可靠的檢索譜庫中化合物的方法。當你不知道化合物的準確名稱時，這種檢索方法

36、通常能快速地得到較好的結果。另外可以將 結構斷開來細化和過濾檢索。結構檢索支持 Sadtler 譜庫。結構。到現(xiàn)在為止 OPUS-NT在檢索前，必須先使用結構式編輯輸入版的結構式編輯還沒有寫好，所以，結構式檢索只限于 OPUS-OS/2 版本。從評價下拉菜單進入結構式檢索或單擊圖標口。，即打開結構式檢索窗在第一頁選擇結構式塊，其余頁與譜圖檢索相似，參閱譜圖檢索 （2.3 章）。結構式檢索也產生一個包含檢索結果的報告塊。檢索參數(shù)有兩個檢索參數(shù)可供選擇：完全匹配 這種運算檢索全部的結構（包括子結構），只返回完全匹配結果。匹配這種運算是用自由鍵取代所有末端為氫原子的鍵。所以，結構式同被檢索結構的某一

37、部分一致的示。都被顯Bruker Optik GmbHOPUS Search23譜庫檢索再次說明，你可以限定最大顯示值。Figure 15: 結構檢索 檢索參數(shù)輸入部分結構式除了那些完整結構式的基本符號之外，還可以使用部分結構式來給定結構式的特殊部分。R Z YHtX取代除了氫之外的結構式取代結構式并包括氫取代單元素，但不包括氫取代單個雜原子取代任何單元素結構檢索的例子從演示譜庫中檢索如下的結構：Cyclohexane BenzeneBenzene with substitute R Benzene with substitute X Acetic Acid24OPUS SearchBruke

38、r Optik GmbH結構檢索使用兩種算法并比較結果。Bruker Optik GmbHOPUS Search25譜庫檢索26OPUS SearchBruker Optik GmbH譜庫編輯助理3生成譜庫文件譜庫編輯助理將引導你一步一步地建立譜庫。在使用初始化譜庫助理過程中，你能夠隨時返回到某一頁。也可以不生成譜庫文件而理。譜庫編輯助3.1譜庫編輯助理本章將介紹用譜庫編輯助理產生譜庫文件。從評價下拉菜單中的初始化譜庫或單擊圖標進入編輯助理，這時顯示一個信息窗口，解釋產生譜庫文件的所有的步驟。Figure 16: 初始化譜庫助理 信息頁進入方法文件頁，請注意此時退回鍵已被激活。這個文件定義了選

39、庫中譜圖的頻率范圍或數(shù)字分辨率。另外還可以存貯其它參數(shù)。要創(chuàng)建一個譜庫文件，必須先建立一個方法文件。該文件定義了譜庫中光譜的頻率范圍和數(shù)字分辨率。此外，還可以定義與譜庫中譜圖存在一起的附加參數(shù)。Bruker Optik GmbHOPUS Search29生成譜庫文件Figure 17: 初始化譜庫助理 創(chuàng)建一個方法文件缺省目錄為 OPUS 下的“METHODS”目錄，“DEFAULT”為文件名。你可以隨便改變這些值。方法文件的擴展名為 “.MTD” 。如果你已經建立了一個方法，可以直接調入。Figure 18: 設置一個新方法文件數(shù)字分辨率決定了用該方法存貯的譜圖的數(shù)據(jù)點數(shù)；它直接影響譜庫在3

40、0OPUS SearchBruker Optik GmbH譜庫編輯助理硬盤上的空間。譜庫所用的“缺省”方法的原則是：1000 張光譜使用 6 至7MByte 的磁盤空間。數(shù)字分辨率關系到被存譜圖，影響到相關算法、顯示、打印以及混合使用的基礎。然而，它影響標準算法譜圖檢索的質量。如果要嚴格區(qū)分那些非常相似、并依賴相關算法的譜圖，建議使用 2 或 1 的數(shù)字分辨率。下面我們建立一個新的方法文件。單擊建立新方法鍵，圖 18 的窗口打開， 在第一頁定義頻率范圍和數(shù)字分辨率，另外，你必須鍵入方法說明。你也可以選擇調入已有的方法文件并轉換此文件。如果沒有存貯你建立的文件，存貯方法窗口將自動打開。第二頁定義

41、庫中光譜的參數(shù)。這些參數(shù)將按類分組?？梢詥螕粝鄳霓翕o相互轉換。左邊的窗口顯示所有參數(shù)，右邊的列表為譜庫所包含的。單擊箭頭可將參數(shù)從一個窗口移到另一個窗口。Figure 19: 選擇參數(shù)選好之后，單擊 OK 返回方法文件窗口。摁 NEXT 進入特息窗口，息的方法文件名和路徑自動進入方法名字段。單擊 NEXT 顯示特窗。Bruker Optik GmbHOPUS Search31生成譜庫文件Figure 20: 信息特征框此頁你可以建立或調入一個文件，這個文件同庫中光譜存在一起的附加信息的類型。這個窗口同方法文件窗口相似。這些特息相對在 OPUS 編輯下拉菜單中所選的特息是唯一的。怎樣創(chuàng)建和修改

42、特息在 “OPUS-NT 參考手冊”中有進一步的說明。單擊設置新信息文本會顯示創(chuàng)建新特息窗口。你同樣可以借助調入文本定義鍵調入已經存在的特“.TXD”。息為模板，特息文件的擴展名為制表符表示相應頁所顯示的行數(shù)。每行有文字輸入區(qū)。信息可以同光譜圖存在一起，它可以是用 OPUS-NT 中編輯下拉菜單中的信息輸入命令輸入的。設置特息窗可以讓你所有對模板的更改。單擊恢復原有模板設置即可。另外選擇 Clear All 還可以清除整頁。息文件，再次出現(xiàn)保存文件窗和特息單擊 OK（圖 20）。特窗32OPUS SearchBruker Optik GmbH譜庫編輯助理Figure 21: Setup Inf

43、o Mask Dialog現(xiàn)在轉換到譜庫路徑窗，選擇新建譜庫的路徑。Figure 22: Library Path Dialog可以接受缺省路徑或鍵入別的路徑，單擊進入幫助精靈的最后一Bruker Optik GmbHOPUS Search33生成譜庫文件頁。Figure 23:譜庫名稱及描述框在這一頁定義新譜庫的名稱。譜庫說明是必需的，還可以加入信息等。單擊結束幫助精靈。已經建立了一個新譜庫文件，但到現(xiàn)在它還只是一個空庫。紹如何中加入光譜圖。3.2中添加譜圖首先將要加到譜庫中的所有譜圖調入到 OPUS-NT 瀏覽窗口中。所有譜圖應是吸收光譜或光譜，否則檢出現(xiàn)好的結果。每一譜圖必須含有信息塊，

44、檢查此塊確實包含你所希望在譜庫中應有的信息，且按所選譜庫定義的特 息設置。如果使用了透過率光譜，則會被臨時轉換成吸收光譜并保存。從評價菜單選譜圖或單擊圖標，出現(xiàn)一個框，框中總是含有以前在第一頁所選的塊。有時會出現(xiàn)一個警告，可能是你試圖調入一個非吸收譜或譜圖，也可能是譜圖中不包含信息塊。34OPUS SearchBruker Optik GmbH中添加譜圖Figure 24:中譜圖譜庫特性字段表明此譜庫是一個用戶自建譜庫。還顯示設置時鍵入的譜庫 說明和關于譜庫的一些數(shù)字。用改變譜庫鈕，可以在譜庫文件之間切換。在參數(shù)頁選擇將存貯譜庫中的數(shù)據(jù)類型。用新譜圖鈕譜圖和它的信息文本。也可以替換一個已存在的

45、譜圖。這時需要鍵入被替換譜圖的序號。同樣可以替代譜庫中譜圖的信息文本（Replace Info），或添加或替代結構式 （Add/Replace Structure)。同樣需要鍵入被替換譜圖的序號。Bruker Optik GmbHOPUS Search35生成譜庫文件Figure 25:中存貯譜圖 參數(shù)頁在譜庫條目頁，可以按條目瀏覽：序號、化合物名稱、式、量和CAS號。雙擊序號進入參數(shù)頁，并自動拷貝序號到一個字段。36OPUS SearchBruker Optik GmbH中添加譜圖Figure 26:中存貯譜圖 譜庫中物質頁Bruker Optik GmbHOPUS Search37生成譜庫

46、文件38OPUS SearchBruker Optik GmbH譜庫編輯頁4譜庫編輯可以用譜庫編輯器維護和編輯的譜庫：調入譜庫譜圖刪除譜庫譜圖編輯譜庫說明編輯信息文本從評價菜單或單擊圖標進入譜庫編輯助理程序。4.1譜庫編輯頁Figure 27: 譜庫編輯器框譜庫編輯窗口的第一頁的上部分是當前譜庫的信息。有譜庫名稱和路徑， 譜圖說明和 信息（包括有效的和刪除的）。單擊改變譜庫可以改變當前被激活的譜庫。Bruker Optik GmbHOPUS Search39譜庫編輯第一頁還列出了譜庫處理功能：調入譜圖：能從譜庫中解出并成單張文件名為 ENTRYx.0 的譜圖。X 為譜這圖在庫中的序號，必須定義

47、這個值?？梢允謩虞斎霐?shù)值也可以雙擊譜圖的序列號得到。刪除譜圖：使用此功能刪除庫中譜圖。同樣必須給定譜圖序號，被刪除譜圖的序號會在此頁上部庫信息部分中顯示。Figure 28: 譜庫編輯器框 有刪除的譜庫改變描述：如果想改變譜庫的說明，選擇改變說明功能，并在右邊寫入新的說明。改變信息定義：這能讓你改變與譜庫關聯(lián)的特息。單擊改變信息的鈕選擇已有的信息特征或新建一個。然而，只能向已存在特征追加新行或編輯已存在的特征的類型。從編輯下拉菜單中的設置特息建立新的特息。如何建立和修改新特征在 “OPUS-NT 參考手冊”有進一步的介紹。40OPUS SearchBruker Optik GmbH譜庫所含物質

48、頁4.2譜庫所含物質頁譜庫譜圖頁列出激活譜庫中全部譜圖。同每一張譜圖一起還顯示了譜圖序號，化合物名稱，式，量以及 CAS 號碼。雙擊譜圖序號，會自動賦值輸入到第一頁的輸入字段，此時自動顯示第一頁。Figure 29: 譜庫編輯器框 譜庫中所含物質頁如果刪除了一張或多張譜圖，在被刪除譜圖序號后面會顯示出刪除標記。Bruker Optik GmbHOPUS Search41譜庫編輯Figure 30: 譜庫編輯器框 顯示已刪除的物質4.3信息設置頁的內容此頁顯示所選譜庫特義，右面會顯示新的特息的定義。若選擇編輯譜圖中的改變特息定息欄。檢查兩邊新舊特征是否相容；新的特征必須包含舊特征的全部字段，同時

49、列出追加字段。42OPUS SearchBruker Optik GmbH譜庫瀏覽窗口Figure 31: 譜庫編輯框 信息設置內容頁譜庫中特殊譜圖自動加入的一些字段（如化合物名稱，式，量和CAS號碼）在列表的上面顯示。相應的譜圖也在表中標出。4.4譜庫瀏覽窗口譜庫瀏覽窗口包含同檢索報告相似的四個窗口。此功能只能用于瀏覽譜庫，不能改變或追加譜庫。此功能也支持 Sadtler 譜庫。Bruker Optik GmbHOPUS Search43譜庫編輯Figure 32:譜庫瀏覽窗口左邊窗口以結構顯示當前激活譜庫的全部譜圖的化合物名稱。單擊 +或 - 號展開或壓縮數(shù)型結構。單擊譜圖號碼顯示化合物譜

50、，化學結構和化合物信息。選擇改變譜庫鍵調入其它譜庫。選鍵瀏覽窗口，選改變譜庫右邊的鍵顯示譜庫的信息。44OPUS SearchBruker Optik GmbH附錄 :OPUS 中結構式的處理簡介用 OPUS 基本軟件可以處理、顯示和打印結構式，有三個功能可用：結構式輸入將結構式連接到譜圖上產生 / 編輯結構式結構式的輸入輸入結構式功能可以將 Molfile 格式轉換成 OPUS Molfike 格式的擴展名為 “MOL”。的結構式。Molfile 格式是由 MDL 開發(fā)的，近幾年來已經成為準標準。幾乎所有的商業(yè)結構式編輯軟件都支持該格式。該格式可以被，而不受任何限制。啟動結構式輸入功能后，彈

51、出 OPUS 調入文件框，并顯示擴展名為 MOL的文件。選擇一個或多個結構式文件，單擊打開。 全部文件被轉換并打開。文件名與原文件名相同，擴展名自動變?yōu)?“0”。雙擊結構式數(shù)據(jù)塊，結構式顯示在窗口中。將結構式連接到譜圖中該功能用于將 Molfile 結構式轉換并結構式文件塊添加到譜圖文件中。Bruker Optik GmbHOPUS SearchA - 1 該功能打開如下框：abcdFigure 1: 結構式的處理 - 連接結構式a) 選擇要添加的結構式b) 要轉換的結構式文件名及路徑c) 用瀏覽窗口選擇結構式文件d) 添加結構式 轉換并結構式文件塊添加到譜圖文件中編輯 / 創(chuàng)建結構可以使用編輯 / 創(chuàng)建結構式 功能編輯一個結構式，或創(chuàng)建一個新文件。OPUS 本身還沒有結構式編輯功能；你可以使用一個你熟細的結構式編輯軟件。也可以從 BRUKEROPUS 優(yōu)化的軟件；如果沒有任何結構編輯軟件 （OPUS/STRUCTURE 軟件包），該功能會將已存在的 OPUS 格式的結構式轉換成 Molfile 格式，并寫成一個臨時文件 （在 OPUS、SEARCH 子目錄中RIRSY.MOL）。接著打開某一結構式編輯器，通過命令行添加臨時文件名。這時適當?shù)慕Y構式編輯器將調入臨時文件名，并自動顯示其結構式?？梢愿淖兘Y構式的屬性。根據(jù)編輯器的不同，只需要確認被改變的結構式，改變過的結構式被重寫到原