pymol常用操作

1、cddirectorch：ngedirectorControl-Shift-Middle-Click確定旋轉(zhuǎn)中心右鍵+中間鍵拖動分子hohide顯示隱藏全部hohide棒狀顯示Crtoon主鏈，e:h網(wǎng)孔結(jié)構(gòu)，here球狀結(jié)構(gòu)；rion線條；rf：（表面結(jié)構(gòu)基本命令（也可使用鼠標(biāo)操作，但不如命令來得簡單）hocrrentdirectordirlistfileinthecurrentdirectorlo：dxxx注意要打上擴(kuò)展名，例如M.否則會errorcre：tn：me,electionneoecttocretelection非常toincldein實(shí)用的功能M：nipul：tingobjec

2、thowrepresent：tionelectionhiderepresentation,(selection)#theavailablerepresentationsare:(前面是個人比較常用的)lines,spheres,ribbon,cartoon,sticks,surface,/mesh,dots,labels,extent例如：stickmoll&resi100#moll為顯示在pymol右邊的分子名稱Turnanobjectonandoff:(這個直接用鼠標(biāo)就ok了)enable/disable,object-name#turnon/offallrepresentationBas

3、icatomselections:name縮寫n.例子：showcartoon,(n.lLDK/)resnr.resii.chainc.eleme.Selectionalgebra:就是怎么選擇交集是and、&,例如1LDKandchainAandi.1-103并集是or/l,補(bǔ)集是not/!Changeyourpointofview:zoom,(selection)#fittheselectiontoscreenorient,(selection)#alignmolecularaxiscenter,(selection)#sizenotchangedturnaxis,angle#rotate

4、cameramoveaxis,distance#translatecameraAlign（個人認(rèn)為最重要的功能）：align(source),(target)#thesourceobjectwillbemovedandrotatedtofitthetargetobject例如：align(prot1andchainA),(prot2andchainB)按整條鏈疊合alignmol1&resiN1,mol2&resiN2按某一個殘基疊合alignmol1&resiN1-N2&namen+ca+c+o，mol2&resiN3-N4&namen+ca+c+o按某段殘基的主鏈進(jìn)行疊合在align的過程中會產(chǎn)生一個rootmeansquaredeviation(RMSD),這個值可在一定程度上衡量alignment的效果。Setcontrol(可以通過這個命令來調(diào)整所有參數(shù)的值，可惜沒有什么詳細(xì)的介紹)例如setsphere_scale,0.5,(n.Fe)#decreaseFeatomsizeto0.5setbg_rgb,1,1,1#setbackgroundaswhitesetribbon_sampling,1Measurement(又一個十分重要的功能，可以真正挖掘結(jié)構(gòu)的意義)dist#測量兩個原子之間的距離，ctrl+右鍵選擇第一個原子，ctrl+中鍵選