ubMed數(shù)據(jù)庫簡介ppt課件

1、一、一、PubMed數(shù)據(jù)庫簡介數(shù)據(jù)庫簡介 PubMed是美國國家醫(yī)學圖書館是美國國家醫(yī)學圖書館(NLM)下屬下屬的國家生物技術(shù)信息中心的國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)開發(fā)的、基開發(fā)的、基于于WWW的醫(yī)學數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)。的醫(yī)學數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)。PubMed的的/pubmed特點：收錄范圍廣、內(nèi)容全、檢索途徑多、特點：收錄范圍廣、內(nèi)容全、檢索途徑多、檢索體系完備，可少部分獲取原文。檢索體系完備，可少部分獲取原文。P75二、經(jīng)過二、經(jīng)過PubMed可檢索可檢索到如下的信息到如下的信息 MEDLINE PreMedline 出版商提供的書目信息出版商提供的書目信息 NC

2、BI其它數(shù)據(jù)庫的相關(guān)其它數(shù)據(jù)庫的相關(guān)記錄記錄MEDLINE MEDLINE：是美國國立醫(yī)學圖書：是美國國立醫(yī)學圖書館館MEDLARS系統(tǒng)中最大的生物系統(tǒng)中最大的生物醫(yī)學數(shù)據(jù)庫，收錄醫(yī)學數(shù)據(jù)庫，收錄1966年以來年以來70多個國家近多個國家近4300種生物醫(yī)學期刊種生物醫(yī)學期刊的書目信息和著者文摘，每周更的書目信息和著者文摘，每周更新。每條記錄均帶有新。每條記錄均帶有PubMed-Indexed for MEDLINE標志。標志。PreMedlinePreMedline：搜集未正式給予：搜集未正式給予MeSHMeSH詞、出版類型等深度標引信詞、出版類型等深度標引信息的一個暫時庫。息的一個暫時庫。

3、NLMNLM每天把最每天把最新記錄參與到新記錄參與到PreMedlinePreMedline庫中，庫中，每條記錄均帶有每條記錄均帶有PubMed-in PubMed-in ProcessProcess標志。任務(wù)人員在一周標志。任務(wù)人員在一周內(nèi)將這些記錄標引，然后轉(zhuǎn)入內(nèi)將這些記錄標引，然后轉(zhuǎn)入MEDLINEMEDLINE，同時從，同時從PreMedlinePreMedline中中刪去。刪去。PreMedlinePre-MedlineMedlineNew DataCollectProcessPubMed出版商提供的書目信息：出版商出版商提供的書目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，假設(shè)提供的是整本

4、期刊的信息，假設(shè)有部分沒有被有部分沒有被MEDLINE收錄，收錄，PubMed仍保管，在記錄中做仍保管，在記錄中做PubMed-as supplied by publisher的標志。的標志。圖1以下是幾條以下是幾條PubMed的記錄，標志不同，其出自的分庫也不同的記錄，標志不同，其出自的分庫也不同NCBI其它數(shù)據(jù)庫的相關(guān)記錄：其它數(shù)據(jù)庫的相關(guān)記錄：PubMed建立了與建立了與NCBI其他數(shù)其他數(shù)據(jù)庫之間聯(lián)絡(luò)。它們是雙向網(wǎng)據(jù)庫之間聯(lián)絡(luò)。它們是雙向網(wǎng)絡(luò)互連的關(guān)系見下頁圖。絡(luò)互連的關(guān)系見下頁圖。其它庫NCBI中經(jīng)過中經(jīng)過Entrez可互查的數(shù)據(jù)庫可互查的數(shù)據(jù)庫三、三、PubMed頁面的構(gòu)造頁面的構(gòu)

5、造 登錄登錄 PubMedPubMed主頁主頁/entrez//entrez//PubMed//PubMed/PubMed頁面的構(gòu)造頁面的構(gòu)造 檢索提問區(qū)相關(guān)數(shù)據(jù)庫鏈接、檢索提問區(qū)相關(guān)數(shù)據(jù)庫鏈接、 檢索提問框檢索提問框 、輔助檢索工具輔助檢索工具檢索提示區(qū)對各項檢檢索提示區(qū)對各項檢索功能的簡單描畫索功能的簡單描畫輔助功能區(qū)輔助功能區(qū)Entrez簡介、簡介、 PubMed效力、效力、特有檢索、相特有檢索、相關(guān)資源關(guān)資源NCBI數(shù)據(jù)

6、庫Nucleotide：DNA序列數(shù)據(jù)庫序列數(shù)據(jù)庫Protein：蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫：蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫Genome：基因組序列數(shù)據(jù)庫：基因組序列數(shù)據(jù)庫Structure：分子構(gòu)造模型數(shù)據(jù)庫：分子構(gòu)造模型數(shù)據(jù)庫Popset：種群、種系發(fā)生或突變序列數(shù)據(jù)庫：種群、種系發(fā)生或突變序列數(shù)據(jù)庫Taxonomy：微生物類別數(shù)據(jù)庫：微生物類別數(shù)據(jù)庫OMIM：人類孟德爾遺傳學在線數(shù)據(jù)庫。：人類孟德爾遺傳學在線數(shù)據(jù)庫。PubMed輔助檢索工具輔助檢索工具Limits 限制功能限制功能Preview/Index預覽預覽/索引索引History檢索史檢索史Clipboard剪貼板或文件夾剪貼板或文件夾Details明

7、細欄明細欄Journal Browser-雜志閱讀器雜志閱讀器MeSH Browser-主題詞閱讀器主題詞閱讀器Citation Matcher-在表格輸入刊物的引文信息來在表格輸入刊物的引文信息來定位特定文章。定位特定文章。Clinical Queries-與臨床相關(guān)的療法，診斷，病與臨床相關(guān)的療法，診斷，病因，預后因，預后Cubby-提供檢索戰(zhàn)略存儲空間提供檢索戰(zhàn)略存儲空間Order Documents-購買原文購買原文Grateful Med-銜接到銜接到NLM提供的其他效力。提供的其他效力。Clinical Alerts-公布公布NIH資助重要臨床研討結(jié)果資助重要臨床研討結(jié)果Clini

8、cal Trials-對公眾提供臨床科研的當前信息對公眾提供臨床科研的當前信息PubMed Central-可免費提供全文生命科學文獻可免費提供全文生命科學文獻效力功能四、四、PubMed的根本檢索功能的根本檢索功能詞語檢索及自動詞語匹配詞語檢索及自動詞語匹配作者姓名檢索作者姓名檢索雜志稱號檢索雜志稱號檢索截詞檢索截詞檢索短語檢索短語檢索邏輯運算符檢索邏輯運算符檢索四、四、PubMed的根本檢索功能一的根本檢索功能一詞語檢索及自動詞語匹配詞語檢索及自動詞語匹配在檢索框中鍵入一到多個檢索詞，按在檢索框中鍵入一到多個檢索詞，按“GO鍵，即顯示檢索結(jié)果。鍵，即顯示檢索結(jié)果。 “clear按鈕可以幫他

9、去除查詢框按鈕可以幫他去除查詢框中的內(nèi)容，然后開場一個新的查詢中的內(nèi)容，然后開場一個新的查詢。四、四、PubMed的根本檢索功能一的根本檢索功能一自動詞語匹配自動詞語匹配PubMed能自動利用它的能自動利用它的“自動詞語匹自動詞語匹配功能將重要的詞語結(jié)合在一同，配功能將重要的詞語結(jié)合在一同，并將不規(guī)范的詞語轉(zhuǎn)換成規(guī)范的用詞并將不規(guī)范的詞語轉(zhuǎn)換成規(guī)范的用詞。如：輸入如：輸入vitamin c common cold，系統(tǒng)，系統(tǒng)會將自動轉(zhuǎn)換成會將自動轉(zhuǎn)換成(“ascorbic acidMeSH Terms OR vitamin cText Word) AND (“common coldMeSH T

10、erms OR common cold Text Word)進展檢索。這種處置能使檢索進展檢索。這種處置能使檢索結(jié)果更準確和全面。結(jié)果更準確和全面。四、四、PubMed的根本檢索功能二的根本檢索功能二作者姓名檢索作者姓名檢索 在檢索框內(nèi)按照姓在檢索框內(nèi)按照姓+名縮寫名縮寫(不用標不用標點點)的格式鍵入作者姓名，如的格式鍵入作者姓名，如Smith ja，系統(tǒng)會自動在作者字段內(nèi)進展檢索，系統(tǒng)會自動在作者字段內(nèi)進展檢索。 假設(shè)想進展更準確的檢索，可以用假設(shè)想進展更準確的檢索，可以用雙引號將作者名引起來，再加雙引號將作者名引起來，再加au，如如“smith jau 四、四、PubMed的根本檢索功能三

11、的根本檢索功能三雜志名檢索雜志名檢索在檢索框中鍵入雜志全名在檢索框中鍵入雜志全名molecular biology of the cell也可以直接鍵入也可以直接鍵入Medline的期刊規(guī)范縮的期刊規(guī)范縮寫方式，如：寫方式，如：mol boil cell，鍵入刊物的鍵入刊物的ISSN(國際規(guī)范出版物代國際規(guī)范出版物代碼進展檢索，如碼進展檢索，如1059-1524。Cell transplantation ta四、四、PubMed的根本檢索功能四的根本檢索功能四截詞檢索截詞檢索可利用系統(tǒng)的截詞功能獲取更多的相可利用系統(tǒng)的截詞功能獲取更多的相關(guān)文獻，這與關(guān)文獻，這與Medline光盤中截詞檢光盤中

12、截詞檢索的用法是一樣的：截詞符索的用法是一樣的：截詞符“*可可代表多個字符，將代表多個字符，將*加在檢索詞后可加在檢索詞后可以表示對一切以該詞開頭的詞進展以表示對一切以該詞開頭的詞進展檢索；如：檢索；如：bacter*，可以檢出，可以檢出bacter, bacteria, bacterium, bacteriophage等詞。等詞。PubMed一次最多可以檢索出一次最多可以檢索出150個詞個詞形變異詞。如形變異詞。如staph*，可以產(chǎn)生，可以產(chǎn)生150個起作用，可以采取加長詞根的方個起作用，可以采取加長詞根的方法進展檢索。法進展檢索。四、四、PubMed的根本檢索功能五的根本檢索功能五短語檢

13、索短語檢索PubMed首先將鍵入的檢索詞詞組視為首先將鍵入的檢索詞詞組視為合理的短語在短語索引中進展查找。如：合理的短語在短語索引中進展查找。如：poison ivy，PubMed將其視為詞組進展查將其視為詞組進展查找。當找。當PubMed沒有找到該詞組時，系統(tǒng)沒有找到該詞組時，系統(tǒng)將自動把兩個詞分開進展檢索；將自動把兩個詞分開進展檢索；假設(shè)不希望系統(tǒng)將兩詞分開，那么需求用假設(shè)不希望系統(tǒng)將兩詞分開，那么需求用“把檢索詞括起來，即強迫把檢索詞括起來，即強迫PubMed進進展詞組檢索。如展詞組檢索。如“single cell。當用雙引號括起詞語時，當用雙引號括起詞語時，PubMed將不執(zhí)行將不執(zhí)行

14、自動詞語匹配功能。自動詞語匹配功能。 四、四、PubMed的根本檢索功能六的根本檢索功能六邏輯運算符檢索邏輯運算符檢索在檢索框中輸入邏輯運算符，留意要在檢索框中輸入邏輯運算符，留意要大寫，執(zhí)行順序從左向右，可用括號大寫，執(zhí)行順序從左向右，可用括號來改動此順序。來改動此順序。如：如：lung cancer AND smok* #1 OR #2 (#1 OR #2) AND #3五、五、 PubMed輔助檢索工具一輔助檢索工具一1. Limits限制功能限制功能:對檢索詞的限定和對檢索詞的限定和修飾，包括字段、年齡、性別、研討對象修飾，包括字段、年齡、性別、研討對象、出版類型、語種、出版或輸入日期

15、以及、出版類型、語種、出版或輸入日期以及子字段等。子字段等。All Field字段選擇：共有字段選擇：共有23個字段可供選擇個字段可供選擇Publication Types出版物類型選擇：有出版物類型選擇：有8種類型種類型Languages語種選擇：提供常用的語種選擇：提供常用的7種語種種語種Ages年齡組選擇：共有年齡組選擇：共有12個年齡段個年齡段Gender性別選擇：男性、女性性別選擇：男性、女性Human or Animal人或動物實驗選擇人或動物實驗選擇Subsets子集：子集：8個子集個子集Dates日期日期limited五、五、 PubMed輔助檢索工具二輔助檢索工具二2. Pr

16、eview/Index：Preview是對檢索結(jié)果進展預覽，顯示檢索結(jié)是對檢索結(jié)果進展預覽，顯示檢索結(jié)果的條數(shù)和最近三次檢索式，用戶可根據(jù)詳果的條數(shù)和最近三次檢索式，用戶可根據(jù)詳細情況在檢索提問框中用邏輯運算符組配新細情況在檢索提問框中用邏輯運算符組配新的檢索式。的檢索式。Index是對提交的檢索詞列出按字順陳列的某是對提交的檢索詞列出按字順陳列的某一字段的索引詞表的位置和數(shù)量括弧內(nèi)一字段的索引詞表的位置和數(shù)量括弧內(nèi)，可用流動條來回進展查看列表。選中的詞，可用流動條來回進展查看列表。選中的詞高亮顯示，然后選擇適宜的邏輯運算符進展高亮顯示，然后選擇適宜的邏輯運算符進展檢索。檢索。preview1

17、檢索檢索Common Cold AND Vitamin C3. History: 保管一切的檢索戰(zhàn)略和結(jié)果，只需在執(zhí)行了保管一切的檢索戰(zhàn)略和結(jié)果，只需在執(zhí)行了一次檢索后，一次檢索后，History才干有記錄。才干有記錄。顯示檢索序號、檢索詞、檢索時間以及檢索顯示檢索序號、檢索詞、檢索時間以及檢索結(jié)果數(shù)量。結(jié)果數(shù)量。可在檢索序號之間添加邏輯運算符進展檢索可在檢索序號之間添加邏輯運算符進展檢索，如，如#2 AND #6單擊記錄條數(shù)超級鏈接可以重新顯示檢索結(jié)單擊記錄條數(shù)超級鏈接可以重新顯示檢索結(jié)果。果。點擊點擊Clear History按鍵可以去除按鍵可以去除History和和Preiew/Inde

18、x中的信息。中的信息。最多存貯檢索式數(shù)為最多存貯檢索式數(shù)為100個，檢索式的存貯時個，檢索式的存貯時間為間為1小時。小時。五、五、 PubMed輔助檢索工具三輔助檢索工具三五、五、 PubMed輔助檢索工具四輔助檢索工具四4. Clipboard：剪貼板或文件夾。用于用戶：剪貼板或文件夾。用于用戶將檢索選中記錄的暫時保管，方便用戶將檢索選中記錄的暫時保管，方便用戶集中打印、下載或索取原文。剪貼板中集中打印、下載或索取原文。剪貼板中可存的最多記錄為可存的最多記錄為500條，假設(shè)一小時內(nèi)條，假設(shè)一小時內(nèi)無作何操作，記錄將自動消逝。無作何操作，記錄將自動消逝。 將文獻添加到將文獻添加到Clipboa

19、rd 在檢索結(jié)果界面點擊記錄左側(cè)的復選框在檢索結(jié)果界面點擊記錄左側(cè)的復選框，再點，再點Add Clip。被添加到。被添加到Clipboard中中的記錄，檢索記錄的數(shù)字將變成綠色。的記錄，檢索記錄的數(shù)字將變成綠色。五、五、 PubMed輔助檢索工具五輔助檢索工具五5. Details：了解：了解PubMed經(jīng)過自動詞語匹配經(jīng)過自動詞語匹配功能、句法規(guī)那么轉(zhuǎn)換出的實踐檢索戰(zhàn)功能、句法規(guī)那么轉(zhuǎn)換出的實踐檢索戰(zhàn)略和調(diào)整、保管檢索戰(zhàn)略。在檢索框下略和調(diào)整、保管檢索戰(zhàn)略。在檢索框下面，顯示出檢索結(jié)果的總數(shù)?？梢栽跈z面，顯示出檢索結(jié)果的總數(shù)?？梢栽跈z索框中修正檢索戰(zhàn)略，再點擊索框中修正檢索戰(zhàn)略，再點擊Sea

20、rch按按鍵重新執(zhí)行檢索。點鍵重新執(zhí)行檢索。點URL按鈕，檢索戰(zhàn)按鈕，檢索戰(zhàn)略將顯示在略將顯示在URL框中，再用閱讀器的書框中，再用閱讀器的書簽收藏功能保管該戰(zhàn)略。簽收藏功能保管該戰(zhàn)略。六、特別檢索效力六、特別檢索效力Journal Browser：期刊閱讀器：期刊閱讀器MeSH Browser： 主題詞閱讀器主題詞閱讀器Citation Matcher：單篇：單篇/多篇多篇 引文匹配器引文匹配器 Clinical Queries： 臨床咨詢臨床咨詢1. Journal Browser：期刊閱讀器：期刊閱讀器 查找指定期刊上發(fā)表的文章。可分查找指定期刊上發(fā)表的文章?？煞謩e以期刊的全名或稱號某個

21、詞、期刊別以期刊的全名或稱號某個詞、期刊稱號在稱號在MEDLINE的縮寫或的縮寫或ISSN號來號來檢索；假設(shè)點擊超鏈檢索；假設(shè)點擊超鏈 journals with links to full-text web sites，可獲取與，可獲取與PubMed鏈接提供全文的期刊名單。鏈接提供全文的期刊名單。2. MeSH Browser：主題詞閱讀器：主題詞閱讀器 協(xié)助用戶查找MeSH詞進展檢索，閱讀器提供了每個主題詞的信息和層次構(gòu)造，此外，用戶可以直接選用副主題詞來限制主題詞的主要領(lǐng)域。假設(shè)輸入的詞在MeSH詞表中沒有，MeSH閱讀器將顯示相關(guān)的MeSH詞。3. Citation Matcher單篇

22、單篇/多篇引文匹配器多篇引文匹配器 單篇引文匹配器可經(jīng)過知的刊名、單篇引文匹配器可經(jīng)過知的刊名、日期、卷、期、論文首頁碼、作者名日期、卷、期、論文首頁碼、作者名等任一項信息查找論文的題錄。經(jīng)常等任一項信息查找論文的題錄。經(jīng)常用于核對參考文獻的著錄細節(jié)。用于核對參考文獻的著錄細節(jié)。 多篇引文匹配器是給出版商用的，多篇引文匹配器是給出版商用的，普通用戶不運用。普通用戶不運用。4. Clinical Queries臨床咨詢臨床咨詢(一一) 為了協(xié)助臨床醫(yī)生更有效地獲取為了協(xié)助臨床醫(yī)生更有效地獲取PubMed數(shù)據(jù)庫中普通疾病的病因?qū)W、預數(shù)據(jù)庫中普通疾病的病因?qū)W、預后、診斷、預防以及治療等方面的信息后、

23、診斷、預防以及治療等方面的信息，PubMed系統(tǒng)設(shè)置了系統(tǒng)設(shè)置了Clinical queries功功能項。該項具備特殊的過濾器安裝能將能項。該項具備特殊的過濾器安裝能將上述主題文獻集中提供檢索，這樣可以上述主題文獻集中提供檢索，這樣可以濾除部分不相關(guān)或相關(guān)性差的文獻。濾除部分不相關(guān)或相關(guān)性差的文獻。 4. Clinical Queries臨床咨詢二臨床咨詢二 治療therapy)研討范疇 診斷(diagnosis) (Category) 病因(etiology) 預后(prognosis) 強調(diào)程度 靈敏度Sensitivity(Emphasis) 專指度Specificity七、檢索結(jié)果的處

24、置一七、檢索結(jié)果的處置一顯示檢索結(jié)果顯示檢索結(jié)果(Display)：PubMed可用可用6種不同的格式顯示檢索結(jié)果，種不同的格式顯示檢索結(jié)果，默許默許Summary格式?？山?jīng)過格式?？山?jīng)過Display下拉下拉菜單項選擇擇其它顯示方式：菜單項選擇擇其它顯示方式：Brief，Abstract，Citation，MEDLINE and ASN.1等，可以根據(jù)需求進展選擇。等，可以根據(jù)需求進展選擇。 點擊點擊Text鍵，系統(tǒng)顯示記錄的純文本方式。鍵，系統(tǒng)顯示記錄的純文本方式。 點擊點擊Show鍵，可選擇每頁顯示的記錄條鍵，可選擇每頁顯示的記錄條數(shù)。數(shù)。 點擊點擊Select Page的數(shù)字，顯示相應(yīng)

25、的數(shù)字，顯示相應(yīng)Web頁頁的記錄的記錄點擊點擊Sort鍵，可以分類顯示。鍵，可以分類顯示。Displaytexttext1showpagesore各種顯示方式的主要內(nèi)容各種顯示方式的主要內(nèi)容Summary作者姓名、文章標題、出處、記錄形作者姓名、文章標題、出處、記錄形狀、語種、出版物類型、狀、語種、出版物類型、PMID。Brief作者姓名、文章標題的前作者姓名、文章標題的前30個字母、個字母、PMIDAbstract出處、記錄形狀、文章標題、作者姓名出處、記錄形狀、文章標題、作者姓名、作者單位、文摘、出版物類型、縮寫、注釋、作者單位、文摘、出版物類型、縮寫、注釋、PMID等。等。Citatio

26、n出處、記錄形狀、文章標題、作者姓名出處、記錄形狀、文章標題、作者姓名、作者單位、文摘、出版物類型、縮寫、注釋、作者單位、文摘、出版物類型、縮寫、注釋、MeSH、化學物質(zhì)稱號、化學物質(zhì)稱號、SI數(shù)據(jù)庫索取號、基金號數(shù)據(jù)庫索取號、基金號、PMID等。等。MEDLINE一切記錄字段都是以兩個字目格式一切記錄字段都是以兩個字目格式顯示，運用該格式保管套錄記錄可以用文獻管理顯示，運用該格式保管套錄記錄可以用文獻管理者軟件保管。者軟件保管。七、檢索結(jié)果的處置二七、檢索結(jié)果的處置二保管保管(Save)閱讀器提供的保管功能可保管當前屏幕上的結(jié)果閱讀器提供的保管功能可保管當前屏幕上的結(jié)果；點擊點擊sent t

27、o file，可以保管一切的檢索結(jié)果或選，可以保管一切的檢索結(jié)果或選擇保管；系統(tǒng)允許以不同的顯示格式保管檢索擇保管；系統(tǒng)允許以不同的顯示格式保管檢索結(jié)果；最多一次可以保管結(jié)果；最多一次可以保管10000條。條。可以保管可以保管Clipboard中的記錄，中的記錄，Clipboard中最多中最多可有可有500條記錄。條記錄。存盤時存盤時PubMed默許文件名為默許文件名為“query.fcgi。該。該文件名可以修正，文件格式也可在文件名可以修正，文件格式也可在“.fcgi和和“.txt中選擇。中選擇。save直接全部存在本地盤直接全部存在本地盤save1save2七、檢索結(jié)果的處置三七、檢索結(jié)果的處置三打印打印(Print)可以利用閱讀器的打印鍵進展屏幕上內(nèi)容可以利用閱