化學(xué)分子式的輸入教材

1、化學(xué)分子式的輸入目錄n基本知識(shí)n1 無(wú)機(jī)結(jié)構(gòu)式的輸入n2 有機(jī)結(jié)構(gòu)式的輸入n3 三維結(jié)構(gòu)的輸入1 無(wú)機(jī)結(jié)構(gòu)式的輸入n使用Word、PowerPoint直接輸入n使用Word的自動(dòng)更正功能n使用公式編輯器鍵入Fe2(SO4)3 SO42-24SO公式編輯器的使用o2500 C30MPa223224422NaOHHClH ONaClN3H2NHCaSOCaSOH O(l)H O(g) 2 有機(jī)結(jié)構(gòu)式的輸入n軟件介紹n安裝與使用n基本應(yīng)用-簡(jiǎn)單結(jié)構(gòu)n應(yīng)用進(jìn)階-畫(huà)更復(fù)雜的結(jié)構(gòu)2.1 軟件介紹軟件名稱網(wǎng)址ChemSChemDrawhttp:/ Windowhttp:/ Drawhttp:/www.ch.

2、cam.ac.uk/SGTL/MDL/ISISdraw.html2.1 ChemSktech軟件n軟件介紹n安裝與打開(kāi)n基本使用-簡(jiǎn)單結(jié)構(gòu)n高級(jí)使用-復(fù)雜結(jié)構(gòu)n附帶工具n性質(zhì)預(yù)測(cè)n自動(dòng)命名2.1.1 軟件介紹nACD/ChemSketch 是高級(jí)化學(xué)發(fā)展有限公司(ACD)設(shè)計(jì)的用于化學(xué)畫(huà)圖用軟件包，該軟件包可單獨(dú)使用或與其他軟件共同使用。該軟件可用于畫(huà)化學(xué)結(jié)構(gòu)、反應(yīng)和圖形。也可用于設(shè)計(jì)與化學(xué)相關(guān)的報(bào)告和演講材料。n公司主頁(yè)：主要功能n結(jié)構(gòu)模式：用于畫(huà)化學(xué)結(jié)構(gòu)和計(jì)算它們的性質(zhì)。n畫(huà)圖模式：用于文本和圖象處理n分子性質(zhì)模式：對(duì)以下性質(zhì)進(jìn)行估算：n*分子量n*百分組成n*摩爾折射率，n*摩爾體積n*

3、等張比容n*折射率n*表面張力n*密度n*介電常數(shù)n*極性n*單一同位素質(zhì)量, 標(biāo)稱分子量和平均分子質(zhì)量 附加軟件nChemBasic - 一種特殊的匯編語(yǔ)言, 用戶可以使用這個(gè)軟件來(lái)根據(jù)自己的需要靈活地設(shè)定ACD軟件的功能 (可以從 http:/ 下載)。ACD/I-Lab 一種可以從因特網(wǎng)進(jìn)入的化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)和化學(xué)性能預(yù)測(cè)軟件。.nACD/同分異構(gòu)體 - 檢查并生成有機(jī)結(jié)構(gòu)的最常見(jiàn)的異構(gòu)體(商業(yè)版和免費(fèi)版均有)。nACD/字典 可以用來(lái)查詢普通藥品名稱所對(duì)應(yīng)的分子結(jié)構(gòu). 它們包含85，000個(gè)化學(xué)和生物中常見(jiàn)的系統(tǒng)和非系統(tǒng)命名的化合物。全部覆蓋200多個(gè)領(lǐng)域。包括超過(guò)500種不同酶的名稱和結(jié)構(gòu)

4、(只有商業(yè)版有)。nNew!ACD/免費(fèi)化學(xué)名稱軟件 給出有機(jī)物, 生化結(jié)構(gòu)和無(wú)機(jī)物的IUPAC名稱,這個(gè)功能是完全免費(fèi)的ACD ChemSketch附件.詳情請(qǐng)參考12.4.nACD/沸點(diǎn)與蒸汽壓預(yù)測(cè)軟件 計(jì)算從0.001毫米汞柱到10個(gè)大氣壓下任意壓力下的沸點(diǎn)，一般情況下精確到+/-10度或更好, 詳細(xì)內(nèi)容請(qǐng)參閱”ACD / 沸點(diǎn)與蒸汽壓計(jì)算用戶指南”, 這是獨(dú)立于ChemSketch 的軟件.nACD/西格碼預(yù)測(cè)軟件 - 顯示不同原子團(tuán)的Hammett 類(lèi)型或相關(guān)參數(shù), 獨(dú)立于ChemSketch 的”ACD/Sigma 用戶指南”中有詳細(xì)記載.nACD 化學(xué)結(jié)構(gòu)式軟件 可以給出相應(yīng)化學(xué)

5、有機(jī)物和天然產(chǎn)品衍生物IUPAC名稱的結(jié)構(gòu)式,詳情請(qǐng)參考獨(dú)立于ChemSketch的”ACD/名稱到結(jié)構(gòu)式用戶指南”. 免費(fèi)版與專業(yè)版其他信息n軟件下載 n新聞組 news:/ 安裝與使用n安裝程序n設(shè)定可兼容的文件類(lèi)型n更改可兼容的文件類(lèi)型 FileFile Associationsn改變?nèi)笔∥募窂?OptionsPreference啟動(dòng)n啟動(dòng)n程序啟動(dòng)后，將在左下角任務(wù)欄出現(xiàn)ACD Host，可用于管理所有ACD系列程序。nACD Host的使用和設(shè)置。n可以從Chemsketch的ACD/Labs菜單中啟動(dòng)其他程序。退出n退出n在屏幕右上腳點(diǎn)擊關(guān)閉按鈕 . n在 ACD/Labs 菜單

6、中選擇 Close All. 這將退出所有ACD軟件.n從ACD Host中選擇Close All退出所有ACD軟件.n從File 菜單中選擇 Exit ?在退出之前, 計(jì)算機(jī)將提示您存盤(pán).基本操作保存打開(kāi)輸出Export輸入Import打印Print打印預(yù)覽Print Preview結(jié)構(gòu)模式Structure與繪圖模式Drawn結(jié)構(gòu)模式： 用于繪制各種分子結(jié)構(gòu)式，反應(yīng)式，以及對(duì)結(jié)構(gòu)式進(jìn)行各種操作，如命名，預(yù)測(cè)性質(zhì)等。n繪圖模式：進(jìn)行復(fù)雜的圖形編輯，為分子結(jié)構(gòu)增加圖形和注釋，以構(gòu)成一份完整的報(bào)告。nStructure/Draw的切換結(jié)構(gòu)模式Structure基本界面Title barMenu

7、barStatus barColor PaletteStructure toolbarChemBasic toolbarGeneral toolbarWorkspaceAtomstoolbarReferencetoolbar繪圖模式Draw基本界面Title barMenu barStatus barColor PaletteEditing toolbarChemBasic toolbarGeneral toolbarWorkspaceDrawingtoolbar2.3 基本應(yīng)用-簡(jiǎn)單結(jié)構(gòu)CH3CH3CH3CH3CH3CH3CH3CHCH3n畫(huà)原子, 化學(xué)鍵(單鍵, 雙鍵, 三鍵, 共價(jià)鍵,

8、等等), 和標(biāo)簽.n翻轉(zhuǎn)分子結(jié)構(gòu)式. n選擇, 旋轉(zhuǎn)和擴(kuò)大與縮小結(jié)構(gòu)圖 n將結(jié)構(gòu)式輸出至文件夾, 文件及打印機(jī).n清理屏幕.畫(huà)原子, 化學(xué)鍵和標(biāo)簽.nDraw Normal工具n畫(huà)一個(gè)最簡(jiǎn)單的構(gòu)型n雙鍵、三鍵的畫(huà)法n原子之間的連接n使用Clean命令清潔結(jié)構(gòu)CH3CH3CH3刪除n刪除按鈕n刪除鍵 n刪除原子n刪除結(jié)構(gòu)n使用鍵盤(pán)刪除全部?jī)?nèi)容nCtrl+A 選擇全部?jī)?nèi)容n按Del鍵刪除改變?cè)觧原子工具欄的定制n周期表的使用n改變?cè)舆x擇、移動(dòng)和旋轉(zhuǎn)n選擇n矩形選擇n自由選擇n移動(dòng)n旋轉(zhuǎn)n三維旋轉(zhuǎn)翻轉(zhuǎn)n鍵翻轉(zhuǎn)為水平n鍵翻轉(zhuǎn)為垂直n以鍵為中心翻轉(zhuǎn)n上下翻轉(zhuǎn)n左右翻轉(zhuǎn)Draw Continuous

9、工具nCleanDraw Chains 工具CH3CH3CH3使用立體鍵、配位鍵和非定義化學(xué)鍵工具 n在立體結(jié)構(gòu)中,指向您的鍵n在立體結(jié)構(gòu)中,遠(yuǎn)離您的鍵n配位鍵n非定義鍵COHCH3HHNCHNCHCHNCHNCH3CH3CH2CH2COCH CH2CH3CHCH3CH2CH2COOOCH2Fe血紅素分子結(jié)構(gòu)式CH3OHHH原子標(biāo)簽的編輯n基本用法n改變位置n擴(kuò)展ExpandF(CH2)3PhFFF本節(jié)練習(xí)課堂答疑n如何畫(huà)AcO-n如何隱藏/顯示碳原子n如何把題目Copy到ChemSketch中2.4應(yīng)用進(jìn)階-畫(huà)更復(fù)雜的結(jié)構(gòu)n如何用化學(xué)基團(tuán)表畫(huà)化學(xué)基團(tuán);n如何迅速地畫(huà)環(huán)結(jié)構(gòu);n如何刪除和替換原

10、子;n如何畫(huà)雙鍵和三鍵;n如何畫(huà)原子的電荷,陽(yáng)離子和陰離子;n如何改變不同原子的性能.化學(xué)基團(tuán)表畫(huà)環(huán)結(jié)構(gòu)OHOOHOOHOOHOOHOOHO加上羧基 COOH刪除和替換原子n在連續(xù)模式下不能替換原子OOHOOHOOHOOHOOHOOHOCH3CH3CH3CH3CH3刪除替換NHNNHNHNNOOHOHOHNH2NH2設(shè)定雙鍵和單鍵NHNNHNHNNOOHOHOHNH2NH2NN+NNHNNOOHOHOHNH2NH2標(biāo)定電荷和定義陽(yáng)離子與陰離子 nIncrement (+) Charge 鍵nIncrement (+) Charge 正電荷nDecrement (-) Charge負(fù)電荷nRad

11、ical自由基;nPositive Radical Ion正離子基;nNegative Radical Ion負(fù)離子基.NH2+CH3CH3例題CH3CH3CH3NH CH3CH3NH2+CH3CH3NCH3CH3NCH3NH2改變?cè)雍徒Y(jié)構(gòu)的性質(zhì)n雙擊nToolsStructure Properties2.5 2D和3D優(yōu)化n2D優(yōu)化nToolsClean StructurenF9鍵nClean按鈕清理功能(Clean)可以理解為2D的優(yōu)化。例如：可以重新畫(huà)和調(diào)整大小，以使所有鍵長(zhǎng)和鍵角符合標(biāo)準(zhǔn)。使用該功能，您可以很容易地畫(huà)出完美的結(jié)構(gòu)。2D優(yōu)化應(yīng)用舉例n環(huán)烷烴n環(huán)形氨基酸3D優(yōu)化n3D優(yōu)化

12、和3D旋轉(zhuǎn)使您可以很容易地創(chuàng)建含有非標(biāo)準(zhǔn)角度和鍵長(zhǎng)的結(jié)構(gòu)。n該3D優(yōu)化算法是基于CHARMM變量方法，考慮力場(chǎng)的分子機(jī)理。優(yōu)化包括一些簡(jiǎn)化和增加計(jì)算速度和穩(wěn)定性。請(qǐng)注意:3D優(yōu)化不是分子全方位的優(yōu)化，它的目標(biāo)是由2D結(jié)構(gòu)中建立穩(wěn)定的可重復(fù)的三維結(jié)構(gòu)，并不是簡(jiǎn)單的3D優(yōu)化。n有機(jī)分子往往擁有很多結(jié)構(gòu)，優(yōu)化只能產(chǎn)生其中的一個(gè)。例如，您期望環(huán)己烷的結(jié)構(gòu)是椅子形狀的，當(dāng)實(shí)際優(yōu)化的結(jié)果是雙曲船形，一種可能形狀之一(事實(shí)上，許多這種結(jié)構(gòu)是雙曲船形)。在這種情況下，您可以改正結(jié)構(gòu)(如手工移動(dòng)原子，再進(jìn)行3D優(yōu)化)。n您也可以用特定的分子機(jī)理或量子化學(xué)幾何優(yōu)化包對(duì)您的分子進(jìn)行實(shí)際的結(jié)構(gòu)分析。 應(yīng)用舉例13D優(yōu)化3D Viewer應(yīng)用舉例2應(yīng)用舉例3關(guān)于3D優(yōu)化n對(duì)于一般應(yīng)用，3D優(yōu)化獲得的結(jié)果是可靠的。n3D優(yōu)化采用了簡(jiǎn)化模型計(jì)算分子的空間結(jié)構(gòu)。因此，對(duì)于復(fù)雜的結(jié)構(gòu)得到的結(jié)果是否可用，應(yīng)由使用者加以判斷。n3D優(yōu)化并不能保證得到所有的構(gòu)型。2.6 反應(yīng)式n反應(yīng)箭頭n反應(yīng)條件+2.7 使用模板自定義模板2.8 其他功能n顯示/隱藏氫原子n顯示/隱藏芳環(huán)n自動(dòng)命名n性質(zhì)預(yù)測(cè)n自動(dòng)為原子編號(hào)2.9 Draw模式2.10 3D Viewern在ChemSketch中建