引物設(shè)計實驗課課件教學(xué)課件

1、引物設(shè)計2021/7/91引物設(shè)計常用軟件介紹軟件的功能主要體現(xiàn)在兩個方面：首先是引物分析評價功能；其次是引物的自動搜索功能。 “Primer Premier”為最強(qiáng)且方便使用，“Oligo 6”其次，其他軟件如“Vector NTI Suit”、“Dnasis”、“Omiga”和“Dnastar”都帶有引物自動搜索功能。 要想得到效果很好的引物，在自動搜索的基礎(chǔ)上還要輔以人工分析。引物設(shè)計軟件的最佳搭配是“Oligo”和“Premier”軟件合并使用，以“Premier”進(jìn)行自動搜索，“Oligo”進(jìn)行分析評價，如此可快速設(shè)計出成功率很高的引物。2021/7/92引物設(shè)計與分析軟件引物設(shè)計軟

2、件（ Primer 、Oligo 、codehop、FastPCR、Generunner 、Vector NTISuit、Dnasis、Omiga、Dnastar等）引物分析軟件（ Oligo 、Primer、Blast等）2021/7/93Primer Premier 5.0 簡介主要功能：引物設(shè)計限制性內(nèi)切酶位點分析DNA基元（motif）查找同源性分析此外，該軟件還有一些特殊功能，其中最重要的是設(shè)計簡并引物，另外還有序列“朗讀”、DNA 與蛋白序列的互換、 語音提示鍵盤輸入等等。2021/7/94Primer Premier 5.0 使用介紹2021/7/95Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗

3、中心xy6安裝Primer premier52021/7/96Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy72021/7/97Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy82021/7/98Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy92021/7/99Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy102021/7/9109、 人的價值，在招收誘惑的一瞬間被決定。2022/7/182022/7/18Monday, July 18, 202210、低頭要有勇氣，抬頭要有低氣。2022/7/182022/7/182022/7/187/18/2022 10:37:47 PM11、人總是珍惜為得到。2022/7/182022/7/18

4、2022/7/18Jul-2218-Jul-2212、人亂于心，不寬余請。2022/7/182022/7/182022/7/18Monday, July 18, 202213、生氣是拿別人做錯的事來懲罰自己。2022/7/182022/7/182022/7/182022/7/187/18/202214、抱最大的希望，作最大的努力。18 七月 20222022/7/182022/7/182022/7/1815、一個人炫耀什么，說明他內(nèi)心缺少什么。七月 222022/7/182022/7/182022/7/187/18/202216、業(yè)余生活要有意義，不要越軌。2022/7/182022/7/18

5、18 July 202217、一個人即使已登上頂峰，也仍要自強(qiáng)不息。2022/7/182022/7/182022/7/182022/7/182021/7/911Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy122021/7/912Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy132021/7/913Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy142021/7/914Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy152021/7/915Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy162021/7/916Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy172021/7/917Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy182021/7/918Jul-22廣西醫(yī)學(xué)

6、科學(xué)實驗中心xy192021/7/919Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy202021/7/920Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy212021/7/921Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy222021/7/922Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy232021/7/923Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy242021/7/924Jul-22廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實驗中心xy252021/7/925以腫瘤壞死因子TNF基因為例2021/7/926UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 創(chuàng)立和維護(hù)的，該站點包含

7、有人類、小鼠和大鼠等多個物種的基因組草圖，并提供一系列的網(wǎng)頁分析工具。站點用戶可以通過它可靠和迅速地瀏覽基因組的任何一部分，并且同時可以得到與該部分有關(guān)的基因組注釋信息，如已知基因，預(yù)測基因，表達(dá)序列標(biāo)簽，信使RNA，CpG島，克隆組裝間隙和重疊，染色體帶型，小鼠同源性等。 2021/7/9272021/7/928目標(biāo)基因序列的獲取2021/7/9292021/7/930引物設(shè)計功能同源性分析蛋白酶體基元和活性位點分析限制性酶切位點分析DNA與蛋白序列的互換2021/7/931序列名稱原始序列選擇一種功能2021/7/932Premier Primer 5提供了8種生物遺傳密碼使用的偏好選擇1

8、、纖毛蟲大核（Ciliate Macronuclear）2、無脊椎動物線粒體（Invertebrate Mitochondrion）3、支原體（Mycoplasma）4、植物線粒體（Plant Mitochondrion）5、原生動物線粒體（Protozoan Mitochondrion）6、一般標(biāo)準(zhǔn)（Standard）7、脊椎動物線粒體（Vertebrate Mitochondrion）8、酵母線粒體（Yeast Mitochondrion）2021/7/9332021/7/934DNA/mRNA引物的區(qū)別DNA35intronexonmRNAAAAAAA 35 pmGpppG檢測的基因如果

9、來自真核生物，需要用mRNA進(jìn)行引物設(shè)計檢測的基因如果為原核生物，其表達(dá)一般是要基因序列中不含內(nèi)含子，因此引物設(shè)計時直接用基因組DNA即可2021/7/9352021/7/9362021/7/937希望搜索的引物不會與其它存在于反應(yīng)中序列發(fā)生錯配2021/7/938簡并引物設(shè)計獲得序列未完全清楚的核酸的一種引物設(shè)計方案，特點是所設(shè)計的引物序列某位置的核苷酸可以是兩個或者兩個以上不同的堿基，結(jié)果所合成的引物是該位置上不同序列的混合物。為了增加特異性，可以參考密碼子使用表，根據(jù)不同生物的堿基使用偏好，減少簡并性。核苷酸鏈中除出現(xiàn)正常的A、T、G、C四種堿基符號外還出現(xiàn)如R、Y、M、K等其他字母（其

10、中R=A/G,Y=C/T,M=A/C,S=C/G,W=A/T,H=A/C/T,B=C/G/T,V=A/C/G,D=A/G/T,N=A/C/G/T）。2021/7/939搜索到的引物對數(shù)搜索結(jié)果2021/7/940雙擊選中一對引物選中引物的信息引物的信息，包括是否出現(xiàn)發(fā)夾結(jié)構(gòu)、二聚體等。理想引物應(yīng)當(dāng)不存在任何一種上述結(jié)構(gòu)2021/7/941引物分值100分為滿分2021/7/9422021/7/943在此編輯引物分析編輯結(jié)果接受引物編輯結(jié)果返回主窗口接受引物編輯結(jié)果返回主窗口2021/7/944打開功能選擇“save to database”2021/7/945引物訂購輸出雙擊選擇需要訂購的引物

11、2021/7/946引物合成訂購表2021/7/947Primer-BLAST 引物驗證Primer-BLAST 界面包括了Primer和BLAST的功能。提交的界面主要包括三個部分：Target template（模板區(qū)）The primers (引物區(qū))Specificity check（特異性驗證區(qū)）Blast 主 頁 ( / ) 或者/tools/primer-blast/ 2021/7/948（已經(jīng)設(shè)計好的引物）2021/7/949特異性4種數(shù)據(jù)庫：RefSeq mRNA, Genome (selected reference assemblies), Genome (all chr

12、omosomes), and nr (the standard non-redundant database)選擇此項可以擴(kuò)增出長短不同的轉(zhuǎn)錄本序列2021/7/950注意事項：優(yōu)先使用參考序列的Gi號或Accession號，確保序列式最新版本（填A(yù)ccession Number時后面不加版本號就會自動用最新的序列）；盡量使用沒有冗除的數(shù)據(jù)庫（如refseqrna 或者genome database，這兩個數(shù)據(jù)庫是經(jīng)過專家注釋的數(shù)據(jù), 這樣可以給出更準(zhǔn)確的結(jié)果 ），nr數(shù)據(jù)庫包括了太多的冗除的序列，會干擾引物的設(shè)計）；指定一個或者幾個PCR擴(kuò)增的目標(biāo)物種。如果不指定在所有的物種搜索，將會使程序

13、變得很慢，引物的結(jié)果也會受其他不相關(guān)的物種影響。2021/7/951Thank you !2021/7/9529、 人的價值，在招收誘惑的一瞬間被決定。18-7月-2218-7月-22Monday, July 18, 202210、低頭要有勇氣，抬頭要有低氣。*7/18/2022 10:37:47 PM11、人總是珍惜為得到。18-7月-22*Jul-2218-Jul-2212、人亂于心，不寬余請。*Monday, July 18, 202213、生氣是拿別人做錯的事來懲罰自己。18-7月-2218-7月-22*18 July 202214、抱最大的希望，作最大的努力。18 七月 2022*1

14、8-7月-2215、一個人炫耀什么，說明他內(nèi)心缺少什么。七月 22*18-7月-22*18 July 202216、業(yè)余生活要有意義，不要越軌。*7/18/202217、一個人即使已登上頂峰，也仍要自強(qiáng)不息。*18-7月-22謝謝大家2021/7/9539、 人的價值，在招收誘惑的一瞬間被決定。2022/7/182022/7/18Monday, July 18, 202210、低頭要有勇氣，抬頭要有低氣。2022/7/182022/7/182022/7/187/18/2022 10:37:47 PM11、人總是珍惜為得到。2022/7/182022/7/182022/7/18Jul-2218-Jul-2212、人亂于心，不寬余請。2022/7/182022/7/182022/7/18Monday, July 18, 202213、生氣是拿別人做錯的事來懲罰自己。2022/7/182022/7/182022/7/182022/7/187/18/202214、抱最大的