2022年ctDNA高通量測(cè)序臨床實(shí)踐專家共識(shí)解讀（全文）

1、2022年ctDNA高通量測(cè)序臨床實(shí)踐專家共識(shí)解讀（全文）近日，由中國(guó)抗癌協(xié)會(huì)腫瘤標(biāo)志專業(yè)委員會(huì)組織，重慶市中醫(yī)院輦偉奇教 授、天津醫(yī)科大學(xué)腫瘤醫(yī)院于津浦教授、華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院附屬同 濟(jì)醫(yī)院袁響林教授、重慶大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院張海偉教授擔(dān)任編寫(xiě)組長(zhǎng)，全 國(guó)醫(yī)院和行業(yè)知名企業(yè)專家共計(jì)五十余人參與籌備和撰寫(xiě)的ct D N A高通 量測(cè)序臨床實(shí)踐專家共識(shí)（2022年版），正式刊登于中國(guó)癌癥防治雜 志，鼎晶生物醫(yī)學(xué)總監(jiān)夏超然博士參與了本共識(shí)的編寫(xiě)工作。共識(shí)的主 要內(nèi)容包括：ctDNA定義概述，臨床應(yīng)用，檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)三局部?jī)?nèi)容。ctDNA（circulating tumor DNA , ctDNA）通常由

2、腫瘤細(xì)胞主動(dòng)分泌或在 腫瘤細(xì)胞凋亡或壞死過(guò)程中釋放入循環(huán)系統(tǒng)中的DNA片段，長(zhǎng)度 132145bp，半衰期較短（一般2h）。因其無(wú)創(chuàng)或微創(chuàng)、檢測(cè)時(shí)間短、能 夠反映瘤內(nèi)和轉(zhuǎn)移灶異質(zhì)性、可動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)治療療效等優(yōu)勢(shì)而在臨床得到越 來(lái)越廣泛的應(yīng)用。ctDNA會(huì)攜帶來(lái)源于腫瘤細(xì)胞相關(guān)的遺傳學(xué)特征，如基 因突變、甲基化、擴(kuò)增或重排等，可作為腫瘤篩查、伴隨診斷、治療療效 評(píng)估及預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)分層的重要指標(biāo)。然而，其豐度受多種因素影響，波動(dòng)較 大，在內(nèi)外因素特別是治療壓力下，其攜帶的生物信息可能會(huì)發(fā)生演變, 且受正常細(xì)胞胚系變異或克隆性造血細(xì)胞體系突變干擾，在臨床檢測(cè)和報(bào) 告解讀過(guò)程中應(yīng)特別注意。ctDNA NGS檢

3、測(cè)的臨床應(yīng)用01、伴隨診斷目前已有臨床證據(jù)支持ctDNANGS檢測(cè)可應(yīng)用于肺癌、乳腺癌、前列腺 癌、卵巢癌等晚期實(shí)體腫瘤的伴隨診斷，但涉及的驅(qū)動(dòng)基因及其變異類型與 相應(yīng)分析體系均有嚴(yán)格限定，假設(shè)超適應(yīng)癥應(yīng)用時(shí)，建議與患者就檢測(cè)必要性、 檢測(cè)費(fèi)用以及局限性等內(nèi)容進(jìn)行充分知情。ctDNA NGS檢測(cè)已被國(guó)內(nèi)外 專家共識(shí)或指南建議作為多種晚期惡性腫瘤(包含如胃食管腺癌、 NSCLC、乳腺癌、轉(zhuǎn)移性胰腺癌、皮膚性黑色素瘤等)組織基因檢測(cè)的 替代方式，但依據(jù)其分析結(jié)果實(shí)時(shí)制定臨床治療策略時(shí)仍需高級(jí)別循證證 據(jù)支持。02、評(píng)估腫瘤治療療效及預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)分層采用腫瘤標(biāo)志物和影像學(xué)等傳統(tǒng)方法評(píng)估分子靶向和免疫檢查

4、點(diǎn)抑制劑 治療療效時(shí)，無(wú)法動(dòng)態(tài)反映腫瘤特征性的分子演化,ctDNA NGS檢測(cè)可對(duì) 腫瘤驅(qū)動(dòng)基因相關(guān)ctDNA的豐度變化進(jìn)行監(jiān)測(cè)，判斷腫瘤治療應(yīng)答，其有望 成為新興的療效評(píng)估途徑。微小殘留病灶(minimal residual disease,MRD)概念最早來(lái)自血液腫瘤。 實(shí)體腫瘤的MRD概念更多被稱為分子殘留病灶(molecular residual disease,MRD),是指經(jīng)過(guò)治療后，傳統(tǒng)影像學(xué)(包括PET/CT)或其他實(shí)驗(yàn) 室方法不能發(fā)現(xiàn)，但通過(guò)液體活檢發(fā)現(xiàn)的腫瘤來(lái)源分子異常，代表腫瘤持 續(xù)存在和臨床進(jìn)展可能.ctDNA是評(píng)估MRD的一種非侵入性工具?，F(xiàn)已 有多項(xiàng)研究說(shuō)明術(shù)后ct

5、 DNA陽(yáng)性與疾病復(fù)發(fā)之間的強(qiáng)相關(guān)性，術(shù)后的 ctDNA分析結(jié)果可作為預(yù)后預(yù)測(cè)依據(jù)。ctDNA MRD檢測(cè)是全新的個(gè)性 化技術(shù)應(yīng)用領(lǐng)域，尚難以建立通用性技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)，亟待通過(guò)大樣本、多中心、 前瞻性的臨床試驗(yàn)驗(yàn)證其臨床效用。03、助于腫瘤獲得性耐藥機(jī)制分析在臨床環(huán)境中，ctDNA NGS檢測(cè)可用于識(shí)別分子靶向治療的耐藥機(jī)制， 尤其對(duì)于疑難復(fù)雜的腫瘤患者，該結(jié)果有助于后續(xù)的治療選擇決策。免疫 檢查點(diǎn)抑制劑治療獲得性耐藥機(jī)制復(fù)雜，治療選擇壓力下的腫瘤亞克隆演 進(jìn)僅為其局部原因，ctDNA靶向測(cè)序、全外顯子和（或）全基因組檢測(cè)僅 作為其轉(zhuǎn)化研究工具之一。ctDNA NGS檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)ctDNA NGS檢測(cè)的

6、建立與優(yōu)化涉及分析前、分析中以及分析后的三個(gè)階 段多個(gè)步驟，實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量管理需貫穿ctDNA NGS檢測(cè)的整個(gè)流程。收集、 樣本處理和自動(dòng)化過(guò)程應(yīng)按照標(biāo)準(zhǔn)化和臨床驗(yàn)證程序進(jìn)行，最大程度防范 因操作差異而引發(fā)的假陰性可能。樣本采集建議采用含細(xì)胞穩(wěn)定劑的抗凝 管（如Streck采血管等游離核酸專用采血管）盡快完成血漿別離,提取的 cfDNA建議在24h內(nèi)進(jìn)行后續(xù)檢測(cè)，否那么，置于-3CTC至-15乙下儲(chǔ)存 并防止反復(fù)凍融。ctDNA NGS檢測(cè)應(yīng)根據(jù)工程需求選擇技術(shù)路線，可依 據(jù)檢測(cè)基因數(shù)量及覆蓋范圍大小選擇不同測(cè)序策略。在進(jìn)行基于ctDNA 的超高靈敏度突變檢測(cè)時(shí)，建議使用分子標(biāo)簽技術(shù)和優(yōu)化對(duì)應(yīng)的

7、生物信息 分析設(shè)置，以降低由于測(cè)序平臺(tái)隨機(jī)誤差導(dǎo)致的假陽(yáng)性結(jié)果;建議通過(guò)建立 測(cè)序噪音和克隆性造血背景庫(kù)的方法降低克隆性造血及背景噪音帶來(lái)的 影響。ctDNA NGS臨床檢測(cè)報(bào)告應(yīng)包含受檢者基本信息、樣本信息、實(shí)驗(yàn)室信 息、檢測(cè)工程、檢測(cè)結(jié)果及變異解讀、檢測(cè)方法的實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部驗(yàn)證結(jié)果、 檢測(cè)局限性及不確定性以及進(jìn)一步檢測(cè)的建議等內(nèi)容。實(shí)驗(yàn)室應(yīng)建立報(bào)告 SOP,建議根據(jù)國(guó)內(nèi)外文獻(xiàn)、共識(shí)指南、臨床試驗(yàn)證據(jù)和實(shí)踐對(duì)檢出的腫 瘤基因突變進(jìn)行分類或分級(jí)報(bào)告。臨床研究說(shuō)明,基于ctDNA NGS檢測(cè)的bMSI(blood MSI)和bTMB (blood TMB)具有免疫檢查點(diǎn)抑制劑療效預(yù)測(cè)價(jià)值，但仍有諸多因素影響其在臨床中的應(yīng)用，如樣本采集時(shí)間、檢測(cè)panel基因覆蓋范圍、panel大 小、測(cè)