生物醫(yī)學(xué)信息檢索與利用

1、MEDLINE 光盤數(shù)據(jù)庫(kù)檢索與利用主要內(nèi)容1.Medline數(shù)據(jù)庫(kù)介紹2.WinSPIRS簡(jiǎn)介3.數(shù)據(jù)庫(kù)的組成結(jié)構(gòu)4.WinSPIRS檢索界面5.檢索方法與技巧6.檢索練習(xí)MEDLINE數(shù)據(jù)庫(kù)美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書館（National Library of Medicine, NLM）編輯出版Medical Literature Analysis and Retrieval System Online MEDLINE數(shù)據(jù)庫(kù) 1. 數(shù)據(jù)庫(kù)的類型：書目型數(shù)據(jù)庫(kù) 2. 收錄5240多種世界范圍的生物醫(yī)學(xué)期刊，范圍涉及70多個(gè)國(guó)家和地區(qū)，40多種語(yǔ)言的文獻(xiàn)，以期刊文獻(xiàn)為主 3. 學(xué)科范疇：基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)

2、學(xué)、實(shí)驗(yàn)醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生學(xué)、藥理學(xué)和藥學(xué)、牙科學(xué)、護(hù)理學(xué)等。數(shù)據(jù)庫(kù)的組成結(jié)構(gòu) 數(shù)據(jù)庫(kù)的組成結(jié)構(gòu)是指該數(shù)據(jù)庫(kù)的每條記錄是由哪些部分組成。MEDLINE光盤數(shù)據(jù)庫(kù)是由許多記錄組成的，一條記錄就是一篇文獻(xiàn)，每條記錄又是由若干字段組成的。 TI: GOLEM-multimedia simulator for medical education. AU: Kofranek,-J; Vu,-L-D; Snaselova,-H; Kerekes,-R; Velan,-T AD: Department of Pathological Physiology, 1st Medical Faculty, Charle

3、s University, Prague, Czech Republic. kofranekcesnet.cz SO: Medinfo. 2001; 10(Pt 2): 1042-6 JN: Medinfo- IS: 1569-6332 PY: 2001 LA: English CP: Netherlands AB: We created multimedia medical training simulator GOLEM for learning diagnostics and therapy of the critical clinical disorders. The theoreti

4、cal basis of the simulator is the mathematical formulation of the relationship of homeostasis of the internal environment (acid/base and electrolyte equilibrium, of transport of blood gases, of osmotic and volume homeostasis), respiration, circulation and kidneys including regulatory influence of re

5、levant hormones and the influence of some therapeutic procedures. Mathematical description consists of 39 non-linear differential equations and containing 89 input and 179 output variables. For the development of the simulation models developers tools from MathWorks (Matlab and Simulink) has been us

6、ed. The integration of the multimedia components, hypertext and simulation models interface was achieved by using Control Web, developed by Moravian Instruments, originally designed for long distance controls using PC and Internet. We have used our simulator as an efficient educational tool to help

7、medical students learn circulatory, respiratory, acid-base, electrolyte, osmotic and volume disorders and train the diagnostic and therapeutic decisions by executing simulated interventions on virtual patients. MJME: *Computer-Simulation; *Computer-Assisted-Instruction-methods; *Education,-Medical-m

8、ethods; *Homeostasis-; *Multimedia- MIME: Acid-Base-Imbalance-diagnosis; Acid-Base-Imbalance-therapy; Hypermedia-; User-Computer-Interface; Water-Electrolyte-Imbalance-diagnosis; Water-Electrolyte-Imbalance-therapy TG: Humans; Research-Support,-Non-U.S.-Govt PT: Journal-Article SH: diagnosis; therap

9、y; methods JC: Medical-Informatics SB: Index-Medicus UD: 20041117 DA: 20011017 DR: 20041117 CD: 20020214 RO: National-Library-of-Medicine AN: 11604890 PI: Citation processed from: Print Journal available in: Print XREC: ABSTRACT (AB)Medline記錄實(shí)例MEDLINE光盤數(shù)據(jù)庫(kù)的結(jié)構(gòu)篇名作者來(lái)源語(yǔ)種文摘Liver cancerJohn,SCancer Reseng

10、 Liver cancer antibioticsJuurlink,-B-H J-Neurochem eng antibiotics Astrocytes Wang. HChinese journal of medicinechiAstrocytes 記錄字段 標(biāo)識(shí)符 字段名稱 屬性 TI Title(篇名) AU Author(著者) AD Address of Author(地址) SO Source(文獻(xiàn)來(lái)源) PY Publication Year(出版年) * LA Language(語(yǔ)種) * CP Country of Publication(出版國(guó)) * AB Abstract

11、(文摘) XREC Record Features(記錄特征) * MESH Medical Subject Headings(醫(yī)學(xué)主題詞表) MIME Minor MeSH Headings(次要醫(yī)學(xué)主題詞表) MJME Major MeSH Headings(主要醫(yī)學(xué)主題詞表) SH Subheadings(副主題詞) * PS Personal Name as Subject(人名主題詞) CN Contract or Grant Numbers(合同號(hào)或基金號(hào))標(biāo)識(shí)符 字段名稱 屬性RN CAS Registry Number(化學(xué)物質(zhì)登記號(hào))NM Name of Substance(

12、物質(zhì)名稱)IS International Standard Serial Number (國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)刊號(hào)) *TG Checktages(特征詞) *AN Accession Number(存取號(hào)) *UD Update code(更新代碼) *SI Secondary Source Identifier(第二次文獻(xiàn)來(lái)源標(biāo)識(shí))SB Subset(子集) *CM Comments(評(píng)論)GS Gene Symbol(基因號(hào))PT Publication Type(出版類型) *帶*為限制性字段，其他為基本字段或默認(rèn)字段WinSPIRS簡(jiǎn)介 WinSPIRS是美國(guó)銀盤公司基于Windows平臺(tái)開發(fā)

13、的適用于該公司所有光盤數(shù)據(jù)庫(kù)的專業(yè)信息檢索軟件。 WinSPIRS 的含義是 Silver platter Information Retrieval System for Windows。 WinSPIRS是一個(gè)用戶界面友好的易操作軟件。它的檢索功能強(qiáng)大，檢索文獻(xiàn)時(shí)，提供多種檢索入口和檢索方案，給用戶以很大的自由度和靈活性，查全率與查準(zhǔn)率較高。WinSPIRS的檢索界面主要有5個(gè)界面：1.數(shù)據(jù)庫(kù)選擇屏；2.數(shù)據(jù)庫(kù)版權(quán)頁(yè)；3.檢索屏；4.索引屏；5.敘詞屏。數(shù)據(jù)庫(kù)選擇屏 是供我們選擇檢索文獻(xiàn)時(shí)間范圍的一個(gè)界面。有兩個(gè)對(duì)話框，第一個(gè)框列出了時(shí)間范圍(choose from these datab

14、ase,選擇這些數(shù)據(jù)庫(kù))；第二個(gè)框用來(lái)添加數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)間范圍(use these database,使用這些數(shù)據(jù)庫(kù))用“add”按鈕實(shí)現(xiàn)選擇，即從第一個(gè)框選出的范圍添加到第二個(gè)框來(lái)選擇。 “remove”按鈕可以更改數(shù)據(jù)庫(kù)的時(shí)間范圍，選好后點(diǎn)擊“OK”按鈕，就能實(shí)現(xiàn)。數(shù)據(jù)庫(kù)版權(quán)頁(yè) 該頁(yè)也有兩個(gè)框，第一個(gè)框介紹數(shù)據(jù)庫(kù)信息：數(shù)據(jù)庫(kù)出版信息、涉及的學(xué)科內(nèi)容、銀盤公司的網(wǎng)址等。 第二個(gè)框介紹銀盤公司的法律責(zé)任，點(diǎn)擊“OK”按鈕進(jìn)入數(shù)據(jù)庫(kù)，點(diǎn)擊“Next”、“Previous”可瀏覽其他數(shù)據(jù)庫(kù)信息。檢索屏 主要的檢索途徑和過(guò)程都在這個(gè)界面下完成。第一行是菜單欄；第二行是按鈕欄；第三行是檢索詞輸入欄；第四行是

15、檢索史顯示區(qū)，其中列有No.記錄號(hào)、record記錄數(shù)、Search檢索詞。 下面有兩個(gè)框，第一個(gè)框是命中結(jié)果狀態(tài)區(qū)，第二個(gè)框是命中結(jié)果顯示區(qū)。命中結(jié)果顯示區(qū)檢索史區(qū)檢索區(qū)命中結(jié)果狀態(tài)區(qū)索引屏 列出了數(shù)據(jù)庫(kù)中所有可以檢索的詞、詞組或字母數(shù)字組合，它允許用詞根檢索，查找某個(gè)單詞或詞組，并瀏覽包含這些詞的所有記錄。當(dāng)通過(guò)索引找到所需要的詞，可以直接選擇并進(jìn)行檢索。敘詞屏 敘詞和主題詞一樣是規(guī)范化的檢索語(yǔ)言，用它來(lái)檢索文獻(xiàn)可以檢索結(jié)果既全面又準(zhǔn)確。 在敘詞屏中輸入的檢索詞只有是主題詞才能查到文獻(xiàn)。若不是主題詞會(huì)設(shè)參見條目，必須用參見詞條去檢索文獻(xiàn)。檢索技巧與方法檢索方法：1. Search屏基本檢索

16、：自由詞2. Thesaurus屏主題檢索：主題詞3. 限制性檢索： Search屏狀態(tài)下用限定詞完成的檢索。限定詞：in、=1.自由詞檢索MEDLINE光盤檢索過(guò)程中，如果沒有特別指定敘詞字段或用詞表功能檢索，一般的檢索詞都是自由詞。數(shù)據(jù)庫(kù)中的自由詞是指出現(xiàn)在記錄中任何字段的文獻(xiàn)的原文詞，來(lái)源于所有記錄基本字段的單詞、詞組、數(shù)字、字符組合（禁用詞除外）。1.自由詞檢索自由詞檢索可以在三種狀態(tài)下實(shí)現(xiàn)：1. 檢索屏Search: 提示符后2.命中結(jié)果顯示區(qū)內(nèi)3.索引屏狀態(tài)下任意的單詞或詞組（禁用詞除外），如：AIDS 連綴詞組，如：Il-6 詞根（截詞）檢索，如：cardio*可以檢索到card

17、iology，cardiologist，cardiological等詞（*為截詞符，代表任意個(gè)字母） 帶通配符“?”的單詞，例如： Wom ?n 可檢索 woman或women 的文獻(xiàn)， “?”表示0或1個(gè)字母。 以前的檢索序號(hào)，如：#6 帶引號(hào)的運(yùn)算符的檢索，“ in vitro” 邏輯檢索式：用邏輯運(yùn)算符連接檢索詞形成的檢索式就是邏輯檢索式。(1)檢索屏Search: 提示符后，可輸入：WinSpirs中有以下幾個(gè)邏輯運(yùn)算符可進(jìn)行邏輯復(fù)合檢索：邏輯“與”運(yùn)算AND： 檢索式寫成A and B，表示文獻(xiàn)中同時(shí)包含檢索詞A和檢索詞B的文獻(xiàn)才是命中文獻(xiàn)。 AIDS and therapy 邏輯“

18、或”運(yùn)算OR： 檢索式寫成A or B，表示包含檢索詞A的文獻(xiàn)或者包含檢索詞B的文獻(xiàn)或者同時(shí)包含檢索詞A和B的文獻(xiàn)為命中文獻(xiàn)。 AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndrome邏輯“非”運(yùn)算NOT： 檢索式寫成A not B，表示包含檢索詞A同時(shí)不包含檢索詞B的文獻(xiàn)為命中文獻(xiàn)。 Hepatitis not Animal檢索舉例1肝癌的藥物療法方面的文獻(xiàn)。1.課題分析： 肝癌（ liver cancer ） 藥物療法（drug therapy）2.列檢索表達(dá)式： liver cancer and drug therapy3.瀏覽檢索結(jié)果：(2) 命中結(jié)果顯示區(qū)

19、內(nèi) 指令Show是用來(lái)顯示檢索命中結(jié)果的，如果在瀏覽已檢到的檢索結(jié)果時(shí)，發(fā)現(xiàn)文中有更好的，更確切的詞，那么你可以通過(guò)鼠標(biāo)加亮該詞或詞組，按Add to Search按鈕送到檢索提示符Search:后進(jìn)行檢索。這種從顯示的記錄中選詞再檢索也稱為橫向檢索。在橫向檢索中，既可以選擇一個(gè)單詞也可以選擇一串單詞（詞組或短語(yǔ)）作為檢索式。選擇的短語(yǔ)長(zhǎng)度不超過(guò)140個(gè)字符。(3) 索引屏狀態(tài)下 索引屏所展現(xiàn)的是MEDLINE數(shù)據(jù)庫(kù)的基本索引，又稱主要倒排檔。 它列出了MEDLINE數(shù)據(jù)庫(kù)中全部記錄的所有可以檢索的詞、詞組或字符組合。可檢的索引條目包括了用戶可以用以檢索的任意單詞、數(shù)字、字符組合、詞組和短語(yǔ)。

20、在索引屏狀態(tài)下，用戶既可以按字順查看數(shù)據(jù)庫(kù)中所有被索引的詞及用連字符連接起來(lái)的術(shù)語(yǔ)，并允許從中選擇一個(gè)或多個(gè)詞進(jìn)行自動(dòng)檢索，也可以在Index:提示符后輸入一個(gè)特定的詞或詞根，索引會(huì)自動(dòng)停留在相關(guān)的條目上。2. 敘詞檢索 主要在敘詞屏(Thesaurus)狀態(tài)下檢索。敘詞也可稱為主題詞，它是對(duì)自然語(yǔ)言進(jìn)行規(guī)范化處理后的結(jié)果。敘詞檢索是MEDLINE CD-ROM數(shù)據(jù)庫(kù)的重要檢索途徑。主題詞(headings)： 直接、準(zhǔn)確表達(dá)主題概念的詞或詞組。每個(gè)概念只能用一個(gè)主題詞表達(dá)。如：腫瘤cancer CarcinomaTumorNeoplasmNeoplasm副主題詞(subheadings)：副

21、主題詞：用于對(duì)主題詞的某一特定方面加以限定，強(qiáng)調(diào)主題概念的某些專指方面。如：治療（therapy）、外科學(xué)（surgery）、 代謝（metabolism）、 診斷（diagnosis）主題詞與副主題詞之間的組配檢索，起到對(duì)主題詞的限定作用，是主題詞具有更高的專指性，縮小檢索范圍，保證檢索結(jié)果的準(zhǔn)確性。如：白血病的藥物治療 leukemia/drug therapy但并不是每個(gè)副主題詞和任何主題詞都能進(jìn)行組配使用，每個(gè)副主題詞具有一定的專指性，其使用范圍僅限于它后面括號(hào)內(nèi)的類目。2.敘詞檢索使用控制詞表的優(yōu)點(diǎn)之一，是可以將相似的資源集中在一起，而與各個(gè)著者在著述中所使用的詞語(yǔ)無(wú)關(guān)。利用MeSH

22、則可克服同義詞上的問(wèn)題，因此，MeSH檢索要比簡(jiǎn)單的自由文本檢索更為精確。敘詞檢索可以在兩種狀態(tài)下實(shí)現(xiàn)：（1）敘詞屏Thesaurus狀態(tài)下 （2）檢索屏Search: 提示符后(1) 敘詞屏Thesaurus狀態(tài)下敘詞屏展示的是MEDLINE數(shù)據(jù)庫(kù)特有的一個(gè)主題詞表(Medical Subject Headings, MeSH)。主題詞表主要由三部分組成：輪排索引(Permuted Index)所選詞注釋信息(Term Information)副主題詞表選擇屏(Subheadings Selection)主題詞-副主題詞組配思考：肺腫瘤的診斷 肺腫瘤/診斷 explode Lung-Neop

23、lasms/ diagnosis(2) Search狀態(tài)下： 用符號(hào)“/”連接主題詞與副主題詞作為敘詞檢索表達(dá)式 表達(dá)式為：主題詞/副主題詞 例如： Lung-Neoplasms / diagnosis檢索舉例2維生素C治療貧血方面的外文文獻(xiàn)。1.課題分析：維生素C（ vitamin C） 貧血（anemia）2.選擇MEDLINE數(shù)據(jù)庫(kù)3.選擇Thesaurus屏檢索4.選擇相應(yīng)的主題詞與副主題詞： therapeutic use drug therapy5.瀏覽檢索結(jié)果6.保存結(jié)果7.獲取原文3.限制性檢索 限制符：“in” “=” 在檢索屏狀態(tài)下，在檢索詞輸入?yún)^(qū)內(nèi)，對(duì)任意自由詞可用“in

24、”或“=”等限制符加上字段標(biāo)識(shí)符指定在某個(gè)字段內(nèi)檢索。MEDLINE數(shù)據(jù)庫(kù)的所有字段都可進(jìn)行限制檢索，其中限制性字段只有用這種方式檢索才能發(fā)揮它的作用。3.限制字段檢索輸入格式： 檢索詞 in 字段標(biāo)識(shí)符 字段標(biāo)識(shí)符檢索詞 所有字段都可進(jìn)行限制檢索，其中限制性字段只有用這種方式檢索才是有效檢索。 “=”只能用在限制性字段 “in”可以用在所有字段常用的限制性字段：PY, LA, CP, PT, XREC, SH, SB 標(biāo)識(shí)符 字段名稱 屬性 TI Title(篇名) AU Author(著者) AD Address of Author(地址) SO Source(文獻(xiàn)來(lái)源) PY Publi

25、cation Year(出版年) * LA Language(語(yǔ)種) * CP Country of Publication(出版國(guó)) * AB Abstract(文摘) XREC Record Features(記錄特征) * MESH Medical Subject Headings(醫(yī)學(xué)主題詞表) MIME Minor MeSH Headings(次要醫(yī)學(xué)主題詞表) MJME Major MeSH Headings(主要醫(yī)學(xué)主題詞表) SH Subheadings(副主題詞) * PS Personal Name as Subject(人名主題詞) CN Contract or Gran

26、t Numbers(合同號(hào)或基金號(hào))3.限制字段檢索范圍運(yùn)算符 =、=、 （一般用于檢索年代的限定）=(等于): PY=2006（出版年為2006年）(小于): PY(大于): PY 2006 （出版年為2006年以后）=(小于等于): PY=(大于等于) :PY= 2006(指定范圍): PY=2000 -2006 （出版年為2000年-2006年）限制檢索舉例：(1)篇名內(nèi)檢索：liver cancer in ti(2)文摘內(nèi)檢索： liver cancer in ab(3)出版年份(限制性字段)檢索：2000 in py(4)語(yǔ)種(限制性字段)的限制檢索： la=german 或 ger

27、man in la(5)作者的限制檢索：han-q-d in au （ han q d in au ）(6)著者通訊地址檢索：peking university in ad限制檢索舉例：(7)醫(yī)學(xué)主題詞的限制： leukemia in mesh; (8)出版類型(限制性字段)的限制檢索： review* in pt; pt= review* (9)期刊名稱的限制： nature in so檢索舉例3 2007年，北京大學(xué)全體師生用英文發(fā)表的文章被MEDLINE數(shù)據(jù)庫(kù)收錄數(shù)量。1.分析課題：2007年；北京大學(xué)； 英文文獻(xiàn)2.檢索表達(dá)式： PY=2007 peking university in

28、 ad english in la檢索舉例4檢索我校韓啟德教授2005年發(fā)表的文獻(xiàn)#1 han q d in au#2 peking university in ad #3 2005 in py (py= 2005)#4 #1 and #2 and #3 檢索技巧與方法小結(jié)檢索方法的選擇 Thesaurus屏和Search屏檢索表達(dá)式(1)分析課題的主題內(nèi)容列出中英文詞或詞組(2)表達(dá)式中可以使用運(yùn)算符檢索結(jié)果輸出 檢索結(jié)果的輸出方式有： 顯示(show) 打印(print) 套錄(download) 這三種命令都是在檢索屏狀態(tài)下完成的?？梢杂谩癿ark ”、“options”選項(xiàng)來(lái)標(biāo)記記錄和選擇字段種類。顯示格式默