上海超算現(xiàn)有硬件資源

1、上海超算現(xiàn)有硬件資源上海超算現(xiàn)有魔方超級計算機，配置如下表：魔方（曙光5000A）主要技術指標計算核心23000 Cores計算節(jié)點1450個刀片節(jié)點：每個刀片節(jié)點配置4顆CPU，64GB內存CPUAMD 8347HE 64bit 4核低功耗1.9GHzCPU磁盤總容量500 TB SAN Storage網(wǎng)絡互連Infiniband ConnectX DDR操作系統(tǒng)Suse Linux Enterprise Server10作業(yè)調度系統(tǒng)LSF7.0在此超級計算機上為我校開設專用賬號，預置5個，可視情況增加。魔方（曙光5000A）專用賬號賬號數(shù)5計算核心每個賬號128Cores，共640Core

2、s存儲空間每個賬號500GB，共2500GB2015年我校專用硬件資源上海超算2015年預留給上科大的專用硬件資源配置如下表：專用資源區(qū)計算核心2400 Cores計算節(jié)點100個：雙路Intel E5-2680 v3十二核，主頻不低于2.5GHz，128GB內存大內存節(jié)點2個：八路Intel Xeon系列CPU，主頻不低于2.3GHz，總計算CPU核心數(shù)不低于96核，1TB內存GPU計算節(jié)點10個：雙路Intel E5-2680 v3十二核，主頻不低于2.5GH，256GB內存，1塊Nvidia K40 GPU卡存儲容量1PB計算網(wǎng)絡互連Infiniband FDR 56Gb/s操作系統(tǒng)64

3、位企業(yè)級Linux操作系統(tǒng)使用方式開發(fā)專用應用平臺上海超算軟件資源上海超算配備了完善的系統(tǒng)軟件環(huán)境，供研究人員開發(fā)應用程序，同時購買了大量工程類商業(yè)軟件，并移植、安裝了豐富的開源免費程序。下為軟件列表：系統(tǒng)軟件環(huán)境軟件名稱功能描述GPU編譯器GNU C/C+/FortranPGI編譯器PGI C/C+/Fortran77/ Fortran90/ Fortran95Intel編譯器Intel C/C+/FortranMPICH編譯器標準MPI C/C+/Fortran77/ Fortran90編譯器MVAPICH編譯器基于Infiniband計算網(wǎng)絡的MPI編譯器OPENMPI編譯器MPI-2標

4、準的開源MPI編譯器BLAS基礎線性代數(shù)子程序庫LAPACK線性代數(shù)子程序庫ScaLAPACK可擴展線性代數(shù)計算軟件包FFTW快速計算離散傅里葉變換的標準C語言程序集MKLIntel數(shù)學核心函數(shù)庫ACMLAMD核心數(shù)學庫工程商業(yè)計算軟件軟件名稱功能描述HOBBIES超大規(guī)模精細電磁計算平臺ABAQUS計算結構力學分析軟件ANSYS.MultiphysicsMSC.NASTRANMSC.MARC顯示動力學分析軟件MSC.DYTRANLS-DYNAMadymo Q/FEA DUMMY/MDB,ODB多體動力學分析軟件ANSYS.FLUENT計算流體力學分析軟件ANSYS.CFXSTARCDSTAR

5、CCM+MSC.PATRANCAE前后處理軟件HyperWorksAI*ENVIRONMENTICEM-CFDCFD前后處理軟件GAMBITModeFrontier多目標優(yōu)化分析軟件OPTIMUS過程集成和優(yōu)化分析軟件開源計算程序軟件名稱功能描述autoDOCK分子對接軟件ABINIT從頭計算量子化學程序GAMESSACES IINWChem量子化學計算軟件PSI3MOLPROGROMACS分子動力學計算軟件CPMDCP2KESPRESSOLAMMPSDL_POLYCHARMMNAMDSIESTA分子和固體的電子結構計算和分子動力學模擬EGO蛋白質分子動力學程序SMEAGOL從頭電子疏運計算軟件WIEN2k固體電子結構計算軟件CosmoMC