宏基因組和宏蛋白組課件

從宏基因組到宏蛋白組邦菲生物技術(shù)部邦菲生物BeijingBio-FlyBioscienceCoL從宏基因組到宏蛋白組1前言SystemsBiologyFunctionGenemRNAproteinmetabolitesGenomicsTranscriptomicsProteomicsMetabolomicsMetagenomicsMettranscriptomicsMetaproteomicsMetametabolomics邦菲生物BeijingBio-FlyBioscienceCoL前言2宏基因組(Metagenomics)以各種環(huán)境樣品中的微生物群體基因組為研究對(duì)象,包含了可培養(yǎng)的和未可培養(yǎng)的微生物的基因,目前主要指環(huán)境樣品中的細(xì)菌和真菌的基因組總和揭示微生物多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系、功能活性、相互協(xié)作關(guān)系及與環(huán)境之間的關(guān)系宏基因組學(xué)研究領(lǐng)域分邦菲生物BeijingBio-FlyBioscienceCo.Ltd.宏基因組(Metagenomics)3高通量測(cè)序加速宏基因組gEus于高通量詡序餉宏基因組研究無(wú)需構(gòu)建克隆文庫(kù),這避免了文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中利用宿主黃對(duì)樣品進(jìn)行克隆而引趙帕系統(tǒng)差,簡(jiǎn)化了實(shí)臉操作,提高了測(cè)庫(kù)率,從而級(jí)大地促進(jìn)了宏基因組學(xué)帕發(fā)展對(duì)于環(huán)境中大量非培養(yǎng)的樣啐直接進(jìn)行測(cè)序,避免許多無(wú)法微生物株系難以純化堾養(yǎng)用于鑒定的弊鶿邦菲生物BeijingBio-FlyBioscienceCoL高通量測(cè)序加速宏基因組4狹義宏基因組測(cè)序宏基因組測(cè)序即利用測(cè)序枚術(shù)對(duì)環(huán)境樣品中全部微生物的基組進(jìn)行測(cè)定,以析生物群體帕基因飯及功能,解讀微生物群體的多樣性和豐度,探索徼生物與環(huán)境及宥主之間的關(guān)系taurusalp現(xiàn)有的高通量測(cè)序技術(shù)平臺(tái)在PIandP2adaptorligated高覆蓋率、長(zhǎng)讀長(zhǎng)和讀序精度上的矛盾,限制了宏基因組測(cè)序在微生物群體基因組成、多樣性分析方面的能力·且在物種分類菲、豐度以及進(jìn)化關(guān)系方面的能力不足邦菲生物BeijingBio-FlyBioscienceCoL狹義宏基因組測(cè)序5環(huán)境微生物群落多樣性分析環(huán)境微生物群落多樣性分析,利用高通量測(cè)序平臺(tái),對(duì)核糖體RNA高變區(qū)域,比如16s/18S/|T等序列;或直系同源的功能基因,比如細(xì)菌和古菌的氨氧化酶基因進(jìn)行測(cè)序。從而揭示研究對(duì)象環(huán)境中的微生物群落的物種組成、相對(duì)豐度、群落類型以及進(jìn)化關(guān)系,是宏基因組測(cè)序的有效補(bǔ)充·無(wú)需培養(yǎng)分高菌群口直接從環(huán)境樣本中擴(kuò)增核糖體rDNA髙變區(qū)進(jìn)行測(cè)序,解決了大部分菌株不可培養(yǎng)的難題。·客觀還原菌群結(jié)構(gòu)口專業(yè)、成熟、穩(wěn)定的樣本制備流程,嚴(yán)格控制PR循環(huán)數(shù)客觀還原樣品本身的菌群結(jié)枃及豐度比例。痕量菌檢測(cè)口充分發(fā)揮高通量測(cè)序的大據(jù)量?jī)?yōu)勢(shì),能檢測(cè)出豐度低至萬(wàn)之一的痕量菌。邦菲生物BeijingBio-FlyBioscienceCoL環(huán)境微生物群落多樣性分析6環(huán)境微生物群落多樣性分析測(cè)序區(qū)域073R可變區(qū)Vl:09.9bpV2:137.242bpV3:43497ypV:576682bpV5:822879bpv6:981043bpV7:1111173hpv8:1243-1294bpV914351465bITS2817F1196RBeijingBio-FlyBioscienceCoL環(huán)境微生物群落多樣性分析測(cè)序區(qū)域7環(huán)境微生物群落多樣性分析測(cè)序nk-abundancedistributioncurve501001502019503邦三物BeijingBio-FlyBioscienceCoL環(huán)境微生物群落多樣性分析測(cè)序8環(huán)境微生物群落多樣性分析測(cè)序tacanhereSecn297*邦菲生物BeijingBio-FlyBioscienceCoL環(huán)境微生物群落多樣性分析測(cè)序9環(huán)境微生物群落多樣性分析測(cè)序Relabvsaburcncewo)邦菲生物BeijingBio-FlyBioscienceCoL環(huán)境微生物群落多樣性分析測(cè)序10宏基因組和宏蛋白組課件11宏基因組和宏蛋白組課件12宏基因組和宏蛋白組課件13宏基因組和宏蛋白組課件14宏基因組和宏蛋白組課件15宏基因組和宏蛋白組課件16宏基因組和宏蛋白組課件17宏基因組和宏蛋白組課件18宏基因組和宏蛋白組課件19宏基因組和宏蛋白組課件20從宏基因組到宏蛋白組邦菲生物技術(shù)部邦菲生物BeijingBio-FlyBioscienceCoL從宏基因組到宏蛋白組21前言SystemsBiologyFunctionGenemRNAproteinmetabolitesGenomicsTranscriptomicsProteomicsMetabolomicsMetagenomicsMettranscriptomicsMetaproteomicsMetametabolomics邦菲生物BeijingBio-FlyBioscienceCoL前言22宏基因組(Metagenomics)以各種環(huán)境樣品中的微生物群體基因組為研究對(duì)象,包含了可培養(yǎng)的和未可培養(yǎng)的微生物的基因,目前主要指環(huán)境樣品中的細(xì)菌和真菌的基因組總和揭示微生物多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系、功能活性、相互協(xié)作關(guān)系及與環(huán)境之間的關(guān)系宏基因組學(xué)研究領(lǐng)域分邦菲生物BeijingBio-FlyBioscienceCo.Ltd.宏基因組(Metagenomics)23高通量測(cè)序加速宏基因組gEus于高通量詡序餉宏基因組研究無(wú)需構(gòu)建克隆文庫(kù),這避免了文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中利用宿主黃對(duì)樣品進(jìn)行克隆而引趙帕系統(tǒng)差,簡(jiǎn)化了實(shí)臉操作,提高了測(cè)庫(kù)率,從而級(jí)大地促進(jìn)了宏基因組學(xué)帕發(fā)展對(duì)于環(huán)境中大量非培養(yǎng)的樣啐直接進(jìn)行測(cè)序,避免許多無(wú)法微生物株系難以純化堾養(yǎng)用于鑒定的弊鶿邦菲生物BeijingBio-FlyBioscienceCoL高通量測(cè)序加速宏基因組24狹義宏基因組測(cè)序宏基因組測(cè)序即利用測(cè)序枚術(shù)對(duì)環(huán)境樣品中全部微生物的基組進(jìn)行測(cè)定,以析生物群體帕基因飯及功能,解讀微生物群體的多樣性和豐度,探索徼生物與環(huán)境及宥主之間的關(guān)系taurusalp現(xiàn)有的高通量測(cè)序技術(shù)平臺(tái)在PIandP2adaptorligated高覆蓋率、長(zhǎng)讀長(zhǎng)和讀序精度上的矛盾,限制了宏基因組測(cè)序在微生物群體基因組成、多樣性分析方面的能力·且在物種分類菲、豐度以及進(jìn)化關(guān)系方面的能力不足邦菲生物BeijingBio-FlyBioscienceCoL狹義宏基因組測(cè)序25環(huán)境微生物群落多樣性分析環(huán)境微生物群落多樣性分析,利用高通量測(cè)序平臺(tái),對(duì)核糖體RNA高變區(qū)域,比如16s/18S/|T等序列;或直系同源的功能基因,比如細(xì)菌和古菌的氨氧化酶基因進(jìn)行測(cè)序。從而揭示研究對(duì)象環(huán)境中的微生物群落的物種組成、相對(duì)豐度、群落類型以及進(jìn)化關(guān)系,是宏基因組測(cè)序的有效補(bǔ)充·無(wú)需培養(yǎng)分高菌群口直接從環(huán)境樣本中擴(kuò)增核糖體rDNA髙變區(qū)進(jìn)行測(cè)序,解決了大部分菌株不可培養(yǎng)的難題?！た陀^還原菌群結(jié)構(gòu)口專業(yè)、成熟、穩(wěn)定的樣本制備流程,嚴(yán)格控制PR循環(huán)數(shù)客觀還原樣品本身的菌群結(jié)枃及豐度比例。痕量菌檢測(cè)口充分發(fā)揮高通量測(cè)序的大據(jù)量?jī)?yōu)勢(shì),能檢測(cè)出豐度低至萬(wàn)之一的痕量菌。邦菲生物BeijingBio-FlyBioscienceCoL環(huán)境微生物群落多樣性分析26環(huán)境微生物群落多樣性分析測(cè)序區(qū)域073R可變區(qū)Vl:09.9bpV2:137.242bpV3:43497ypV:576682bpV5:822879bpv6:981043bpV7:1111173hpv8:1243-1294bpV914351465bITS2817F1196RBeijingBio-FlyBioscienceCoL環(huán)境微生物群落多樣性分析測(cè)序區(qū)域27環(huán)境微生物群落多樣性分析測(cè)序nk-abundancedistributioncurve501001502019503邦三物BeijingBio-FlyBioscienceCoL環(huán)境微生物群落多樣性分析測(cè)序28環(huán)境微生物群落多樣性分析測(cè)序tacanhereSecn297*邦菲生物BeijingBio-FlyBioscienceCoL環(huán)境微生物群落多樣性分析測(cè)序29環(huán)境微生物群落多樣性分析測(cè)序Relabvsaburcncewo)邦菲生物Beiji