生物信息學序列分析課件

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Bioinformatics2.SequenceAnalysis1.Databases3.PhylogeneticanalysisREVIEWSIdentity/SimilarityHomology空位罰分打分矩陣:PAM/Blosum多序列比對REVIEWSBioXM的功能介紹BioXM的功能介紹以SRZ1基因序列為例Motif預測：什么是Motif?為什么要預測它？Motif（基序），即氨基酸序列中的一些作用位點，比如酶的活性位點，修飾位點等．在論文中常常對新蛋白進行此類分析，推測其可能的被修飾方式，或者具有什么活性．對我們進一步了解它的功能具有指導意義．事實上，motif預測依賴于龐大的數(shù)據(jù)庫支持系統(tǒng)．說明：Prosite數(shù)據(jù)庫中的motif都是已知功能或特性的．亞細胞定位：判斷該蛋白可能在細胞內的位置：細胞核？細胞質？質體？線粒體？質膜？內質網(wǎng)？溶酶體？細胞外間隙……目的：該蛋白功能描述的重要依據(jù)．往往在進行實驗驗證之前進行初步分析，為實驗方案提供依據(jù)．Softberry的不足：不能給出信號肽的（裂解）位置和核定位信號等序列的特征．因此：我們還采用SignalP和PredictNLS等程序進行預測．查找核定位信號：NLS分析的目的:2)啟動子序列分析:a.可以初步判斷基因的表達是否有特異性,是否與某個功能相關,為下一步的實驗提供依據(jù);b.為你當前的實驗結果進行解釋(或討論).比如,你發(fā)現(xiàn)6PGDH基因的啟動子區(qū)存在W-box,推測其可能受WRKY轉錄因子的控制,參與植物的生物脅迫應答,所以你打算做病原菌誘導的實驗;或者,你首先實驗證實了6PGDH基因受病原菌的誘導,進而你在啟動子區(qū)域發(fā)現(xiàn)了這樣的cis-element(如W-box),那么推測6PGDH基因受誘導可能通過WRKY因子控制,同時也驗證了你的實驗結果.

分析的目的:2)啟動子序列分析:

所以首先,我們必須得到啟動子序列,一般在TSS之前2000bp內（也可以選擇起始密碼子之前2000bp左右）如何通過生物信息學方法確定TSS?1)軟件預測,如Softberry;2)搜索EST數(shù)據(jù)庫;3)是否能找到全長cDNA序列.4)如果實在無法判斷TSS,則將ATG之前2000bp序列進行預測.當然也可以配合實驗!確定可能的TSS之后,通過RT-PCR進行驗證.分析的目的:2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學方法確定TSS?以AF486280為例.首先要找到包含AF486280的基因組序列.分析的目的:2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學方法確定TSS?以AF486280為例.選擇了大概13kb的包含AF486280的序列方法一:用FGENESH預測.TTATAAAAAGGATTGACATTTGTATTCCATTGTTA2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學方法確定TSS?以AF486280為例.選擇了大概13kb的包含AF486280的序列方法二:用Fruitfly網(wǎng)站的promoter預測程序預測.2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學方法確定TSS?以AF486280為例.選擇了大概13kb的包含AF486280的序列方法二:用Fruitfly網(wǎng)站的promoter預測程序預測.2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學方法確定TSS?以AF486280為例.選擇了大概13kb的包含AF486280的序列方法三:用全長cDNA比對預測.(搜索nr數(shù)據(jù)庫)ggctgcacgcctttccgcga與fruitfly網(wǎng)站的預測結果非常接近!!2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學方法確定TSS?以AF486280為例.選擇了大概13kb的包含AF486280的序列方法四:搜索dbEST2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學方法確定TSS?以AF486280為例.方法四:搜索dbESTWecare??2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學方法確定TSS?以AF486280為例.方法四:搜索dbESTatcgctgcacgcctttccgcgatttcgtca與fruitfly的結果幾乎一致.因此,我們初步認為ATC..為TSS2)啟動子序列分析:確定TSS后的實驗驗證也是很重要的.可以選擇推測的TSS之前,之后的序列設計引物,進行RT-PCR擴增,初步確定TSS.(該步驟也可以不做)下一步:

選擇TSS(orATG)之前的2000bp左右的序列,通過MatInspector程序進行分析.1、BLAST檢索NR或基因組數(shù)據(jù)庫，打開檢索結果，選取基因起始部分拷貝至BioXM軟件，手工查找；2、自動搜索：適合于水稻等基因組公布的作物,而且一般只限定于查找ATG上游序列。2)啟動子序列分析:Selectmorethan2000bpsequenceandcopyitintoBioXM注意是否需要將序列反向互補？查找SRZ1基因的起始序列．藍色部分即為啟動子序列2)啟動子序列分析:Easyway:直接通過網(wǎng)站查詢某個基因的啟動子序列。2)啟動子序列分析:2)啟動子序列分析:2)啟動子序列分析:2)啟動子序列分析:2)啟動子序列分析:可以直接將結果放在論文里發(fā)表.2)啟動子序列分析:Stresspromoter1.02)啟動子序列分析:Stresspromoter1.02)啟動子序列分析:otherchoices:EMBOSS6.3.1:tfscanInClassExercise1.SearchforriceZFP252proteinsequence,predicttheMWandpI(BioXM);2.SubcellularlocalizationpredictionforZFP252(ProtCOMP);3.Motif(MotifScan)predictionforZFP252;4.E