核酸序列的獲取與比對-實驗課二-20151109-13

核酸序列的獲取與比對李洪濤醫(yī)學科學實驗中心ATCG上機練習內容1從數據庫獲取核酸序列信息2序列搜索比對3序列特征分析31從數據庫獲取基因mRNA序列信息4以NCBI數據庫為例學習如何獲取核酸序列及序列相關信息//genbank/NCBIGenBank5CCL21HomePage678Results9HomePage10HomePage11CCL2112Results13HomePage14HomePage15CCL2116Results17Results18Results1920Results21222324Results252627…………28…………29…………30CCL21mRNA序列CCL21mRNA登錄號CCL21編碼蛋白CCL21登錄號31………基因序列信息基因相關信息Genbank

格式注解3233LOCUS條目名稱（標識符）DEFINITION序列的定義，說明ACCESSION序列編號，具有唯一性和永久性VERSION版本KEYWORDS由序列提交者提供，包括序列的基因產物及相關信息SOURSE序列來源，說明序列的來源物種，來源組織等REFERENCE和序列相關的文獻，包括題目，作者等信息FEATURES具有特定格式，包含大量的信息和內容，用來詳細描述序列特性及相關內容BASECOUNT堿基組成ORIGIN堿基序列，并以//作為序列條目結束的標記序列文件的主要結構：3435…………….36成功提取CCL21mRNA全長序列提取完成37…………….38編碼序列39成功提取CCL21mRNA編碼序列提取完成40AdvancedSearch41AdvancedSearch42434445462序列搜索比對47NCBI主站點：

/BLAST/

對一般用戶來說，目前常用的辦法是通過NCBI國際著名生物信息中心的BLAST服務器進行搜索。序列比對神器-BLAST48HomePage4950HomePage515253主要的BLAST程序程序名查詢序列數據庫搜索方法Blastn核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸數據庫中的序列Blastp蛋白質蛋白質蛋白質序列搜索逐一蛋白質數據庫中的序列Blastx核酸蛋白質核酸序列6框翻譯成蛋白質序列后和蛋白質數據庫中的序列逐一搜索。Tblastn蛋白質核酸蛋白質序列和核酸數據庫中的核酸序列6框翻譯后的蛋白質序列逐一比對。TBlastx核酸核酸核酸序列6框翻譯成蛋白質序列，再和核酸數據庫中的核酸序列6框翻譯成的蛋白質序列逐一進行比對。54555657GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTG58數據庫簡述nrmonthdbestdbstshtgsyeastE.colipdbkabatvectormitoalugss非冗余的GenBank＋EMBL＋DDBJ＋PDB序列，除了EST、STS、GSS和0,1,2階段的HTGS序列nr中過去30天的最新序列非冗余的Genbank＋EMBL＋DDBJ＋PDB的EST部分非冗余的Genbank＋EMBL＋DDBJ＋PDB的STS部分0,1,2階段的高產量基因組序列(3階段完成的HTG序列在nr庫里)酵母的全基因組序列大腸桿菌的全基因組序列由三維結構庫來的核酸序列Kabat的免疫學相關序列庫Genbank的載體子集線粒體核酸序列REPBASE中Alu重復序列翻譯而來，用來遮蔽查詢序列中的重復片段，基因組勘測序列(GenomeSurveySequence)BLAST的核酸數據庫59GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTG60結果頁面61結果頁面623序列特征分析基因序列特征分析主要內容一、開放閱讀框—ORF二、啟動子—promoters三、CpG島——CpGislands四、microRNA-mRNA分析

636465666768697071727374751GenBank762Fastanucleotide3Fastaprotein77啟動子預測及分析工具

（參考教材）PromoterScan/molbio/proscan/

787980啟動子原件81啟動子原件轉錄因子結合位點8283利用CpGPlot預測分析CpG島CpGPlot是預測CpG島的在線工具，它是由歐洲分子生物學實驗室EMBL——EuropeanMolecularBiologyLaboratory提供的。其網址為：http://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/emboss_cpgplot/

84SPARCL1promotersequence8586L81167.1序列87microRNA-mRNA分析工具TargetScan（/）RNA22（/rna22/）LewisBP,BurgeCB,BartelDP.ConservedSeedPairing,OftenFlankedbyAdenosines,IndicatesthatThousandsofHumanGenesareMicroRNATargets.Cell,120:15-20(2005)Miranda,KCetal(2006)Apattern-basedmethodfortheidentificati