單細(xì)胞懸液制備儀在皮膚單細(xì)胞懸液制備及測序過程中的應(yīng)用

———單細(xì)胞懸液制備儀在皮膚單細(xì)胞懸液制備及測序過程中的應(yīng)用

作為哺乳動(dòng)物最大的器官，皮膚是動(dòng)物與外界環(huán)境間最主要的物理屏障；由于生活習(xí)性和所處的外界環(huán)境不同，皮膚的功能和表面的微生物組成等都會(huì)發(fā)生變化。同時(shí)，皮膚又是獨(dú)特的免疫器官，在維持穩(wěn)態(tài)和抵抗各種病理?xiàng)l件時(shí)，發(fā)揮獨(dú)特的免疫功能。皮膚組織內(nèi)包含如朗格漢斯細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、樹突細(xì)胞等多種免疫細(xì)胞。在單細(xì)胞測序應(yīng)用領(lǐng)域，研究者往往需要對(duì)皮膚組織內(nèi)的不同細(xì)胞亞群進(jìn)行分類，并在不同疾病模型下定位靶細(xì)胞，同時(shí)在進(jìn)行腫瘤類研究時(shí)（如黑色素瘤和鱗狀細(xì)胞癌等）也需要對(duì)腫瘤亞型及細(xì)胞的識(shí)別。

只有制備高質(zhì)量的單細(xì)胞懸液才能保證下游實(shí)驗(yàn)的順利進(jìn)行，但是常規(guī)手工解離皮膚組織，不但費(fèi)時(shí)，且獲得的細(xì)胞懸液碎片高，產(chǎn)量低，同時(shí)還易結(jié)團(tuán)，細(xì)胞活性差，嚴(yán)重影響下游研究的開展，如單細(xì)胞測序。因此在進(jìn)行皮膚組織單細(xì)胞懸液制備時(shí)，需要更加簡單快捷的方法，在提高實(shí)驗(yàn)效率同時(shí)，又能保證實(shí)驗(yàn)樣本的質(zhì)量。

瑞沃德單細(xì)胞懸液制備儀，通過組織處理管機(jī)械剪切，配合酶解試劑盒和內(nèi)置的處理程序及溫控系統(tǒng)，只需將樣本放入，設(shè)好程序，即可輕松獲得高質(zhì)量皮膚單細(xì)胞懸液，獲得的細(xì)胞可直接用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)，如單細(xì)胞測序、原代細(xì)胞培養(yǎng)、細(xì)胞分選等。

有了高質(zhì)量的單細(xì)胞懸液后，高效穩(wěn)定且高性價(jià)比的單細(xì)胞測序平臺(tái)將保障下游實(shí)驗(yàn)結(jié)果的質(zhì)量與大規(guī)模應(yīng)用的可能。達(dá)普生物Galaxy單細(xì)胞建庫平臺(tái)基于專利的微流控油包水單細(xì)胞包裹技術(shù)與微球編碼配套技術(shù)，可快速實(shí)現(xiàn)1-4樣本的單細(xì)胞測序文庫構(gòu)建。經(jīng)過生信分析軟件StarScope處理后，表達(dá)矩陣結(jié)果兼容幾乎所有下游生信分析軟件，輕松得到單細(xì)胞測序?qū)嶒?yàn)數(shù)據(jù)。

下面為大家展示一下，瑞沃德單細(xì)胞懸液制備儀和達(dá)普生物單細(xì)胞建庫平臺(tái)無縫對(duì)接的樣本制備與單細(xì)胞建庫測序結(jié)果。

單細(xì)胞懸液制備

樣本：小鼠耳部皮膚、背部皮膚。

制備方法：

1.試劑準(zhǔn)備

使用試劑盒中配套的Buffer將酶A、B、C分別充分溶解。

2.樣本準(zhǔn)備

將剪下的小鼠背部皮膚置于冷PBS緩沖液中，用手術(shù)剪或手術(shù)刀的閉合圓邊尖端分離皮膚樣本后清洗3遍；耳部皮膚去除無毛部分，用鑷子將背腹側(cè)分開，用鑷子輕輕刮耳朵內(nèi)側(cè)，去除殘留軟骨，然后將皮膚切成約1cm2的組織塊。

圖1.小鼠背部皮膚處理

圖2.小鼠耳部皮膚處理3.程序處理

將組織塊和酶mix放入組織處理管，安裝加熱套，運(yùn)行加熱程序"M_Skin_Heater_1'。

4.單細(xì)胞懸液收集

程序運(yùn)行結(jié)束后，用潤濕后的40m細(xì)胞濾器過濾細(xì)胞懸液樣本，50mL離心管收集細(xì)胞懸液，500g離心8min，徹底棄掉上清后，用適當(dāng)緩沖液重懸后用于單細(xì)胞測序、流式細(xì)胞術(shù)或原代細(xì)胞培養(yǎng)等。

實(shí)驗(yàn)結(jié)果圖3.耳部皮膚

圖4.背部皮膚

單細(xì)胞測序結(jié)果

達(dá)普生物先對(duì)上述懸液進(jìn)行成像質(zhì)檢，并選取背部皮膚組織單細(xì)胞懸液，用其自主研發(fā)的Galaxy單細(xì)胞建庫平臺(tái)及配套的轉(zhuǎn)錄組試劑盒進(jìn)行單細(xì)胞建庫測序。

測序結(jié)果

1）達(dá)普StarScope軟件分析結(jié)果：

2）UMAP聚類分析：

與發(fā)表文獻(xiàn)對(duì)比，所有細(xì)胞類群能夠mapping，比例高度相似，并且線粒體基因百分較低，證實(shí)利用達(dá)普Galaxy對(duì)皮膚組織樣本單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的可行性及瑞沃德單細(xì)胞懸液制備儀解離的皮膚組織樣本可直接對(duì)接達(dá)普Galaxy單細(xì)胞建庫系統(tǒng)。圖5.UMAP圖

圖6.Reference：ASingleCellTranscriptomicAtlasCharacterizesAgingTissuesintheMouse

以上單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測序結(jié)果顯示：通過瑞沃德自動(dòng)單細(xì)胞懸液制備系統(tǒng)制備的皮膚組織樣本可以直接用于達(dá)普Galaxy單細(xì)胞建庫平臺(tái)，不但縮短樣本懸液制備時(shí)間，同時(shí)高質(zhì)量的懸液質(zhì)量，減少了單細(xì)胞建庫過程中樣本優(yōu)化及減少一些碎片對(duì)反轉(zhuǎn)錄的影響，保證了建庫質(zhì)量，整體上縮