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第十三章蛋白質(zhì)的生物合成一遺傳密碼遺傳密碼實(shí)際上是指mRNA中的核苷酸排列序列與蛋白質(zhì)中的氨基酸排列序列的關(guān)系。一個(gè)三聯(lián)體密碼(密碼子)決定著一個(gè)氨基酸。mRNA中共有64種密碼子,AUG既是Met的密碼,也是“起始”密碼。UAA、UAG、UGA是終止密碼。生物的遺傳密碼是通用的。在起始密碼上游約10個(gè)核苷酸處,通常有一段富含嘌呤的序列,稱為SD序列。SD序列使mRNA與小亞基結(jié)合。二核糖體(一)核糖體是蛋白質(zhì)合成的部位(二)核糖體的組成和結(jié)構(gòu)原核細(xì)胞的核糖體真核細(xì)胞的核糖體(三)核糖體的功能核糖體上有兩個(gè)tRNA結(jié)合位點(diǎn):肽鏈結(jié)合位(P位)和氨酰接受位(A位)。真核生物核糖體
80S60S40S5SrRNA,5.8SrRNA,28SrRNA49種蛋白質(zhì)18SrRNA33種蛋白質(zhì)三tRNA的功能tRNA分子上與蛋白質(zhì)合成有關(guān)的位點(diǎn):1.3′端-CCA上的氨基酸接受位點(diǎn)。2.識(shí)別氨酰-tRNA合成酶的位點(diǎn)。3.核糖體識(shí)別位點(diǎn),使延長(zhǎng)中的肽鏈附著于核糖體上。4.反密碼子位點(diǎn)。第一套密碼系統(tǒng)、第二套密碼系統(tǒng)蛋白質(zhì)生物合成的分子機(jī)制蛋白質(zhì)合成的一般特征:蛋白質(zhì)生物合成的方向:N端→C端
mRNA的翻譯方向:5ˊ→3ˊ蛋白質(zhì)合成除需要aa外,還需要ATP、GTP,一系列酶和許多輔助因子。
(一)氨基酸的激活A(yù)TP+HOOCCH(NH2)R→A—P—OCCH(NH2)R+PPiPA—P—OCCH(NH2)R+tRNA→RCH(NH2)CO-tRNA+AMPPE.Coli蛋白質(zhì)的生物合成
:1.氨基酸的活化:
由高度特異的氨酰-tRNA合成酶
(aminoacyl-tRNAsynthetase)催化,反應(yīng)分兩步
總反應(yīng)式
2.肽鏈的起始:
mRNA中的起始密碼是AUG,少數(shù)是GUG。起始密碼子的上游約10個(gè)核苷酸的地方往往有一段富含嘌呤的序列稱SD序列(Shine-Dalgarno序列),一般為3~10個(gè)核苷酸,它與核糖體16srRNA3ˊ端的核苷酸序列互補(bǔ),可促使核糖體與mRNA的結(jié)合。
在E.Coli和其它原核生物中與這起始密碼(AUG)相對(duì)應(yīng)的tRNA是甲酰甲硫氨?!猼RNA(fMet-tRNAf
Met),這是起始tRNA。
起始tRNA怎樣形成?由甲硫氨酰-tRNA甲?;?/p>
tRNAMetMet-tRNA甲酰基轉(zhuǎn)移酶N10-甲酰FH4FH4(fMet-tRNAf)甲?;鵖tructureofN-formyl-methionyl-tRNA[Met]DifferenceswithothertRNAs細(xì)胞內(nèi)有2種可攜帶Met的tRNA,它們都識(shí)別同樣的AUG密碼子,但它們的一級(jí)結(jié)構(gòu)和功能不同。
(2)tRNAmMet帶上Met后不能甲酰化,用于肽鏈的內(nèi)部,在肽鏈延伸中起作用。
(1)tRNAf
Met帶上Met后能甲酰化,是起始tRNA,用于肽鏈合成的起始。所以AUG和GUG是兼職密碼子,它們既可以作為起始密碼子,作為肽鏈合成的起始信號(hào),這時(shí)與之對(duì)應(yīng)的氨基酸是甲酰Met。另外也可作肽鏈內(nèi)部相應(yīng)aa的密碼,這時(shí)AUG編碼Met,GUG編碼val。MetATP/Mg2++tRNAm
MettRNAf
MetMet-tRNAmMetMet-tRNAfMetfMet-tRNAfMetN10-FormyltetrahydrofolateTransformylaseAMP/Mg2+PPiThesameaaRSNowayAMP/Mg2+PPiinactive70SribosomeSDsequence30Sinitiationcomplex70SinitiationcomplexGDP+Pi肽鏈的延長(zhǎng)需要一些延長(zhǎng)因子或稱延伸因子(elongationfactor,EF)
原核生物的EF有EF-T和EF-G兩類:
EF-T:延伸因子“T”,開(kāi)始誤認(rèn)為這類延伸因子有肽基轉(zhuǎn)移酶的活性peptidyl
transferase,所以取轉(zhuǎn)移酶的第一個(gè)字母“T”。3.肽鏈的延長(zhǎng):
氨酰-tRNA進(jìn)入核糖體的A位肽鍵的形成移位
肽鏈的延長(zhǎng)包括3步:
這是個(gè)比較復(fù)雜的過(guò)程,需Ts、Tu,還要消耗GTP。EF-Tu與GTP和氨酰-tNRA首先形成三元復(fù)合物,才能進(jìn)入A位。
(1)氨酰-tRNA進(jìn)入核糖體的A位(3)移位(translocation)
移位包括三種運(yùn)動(dòng):空載的tRNA離開(kāi)P位。二肽基tRNA由A位移到P位核糖體沿mRNA的5ˊ→3ˊ方向移動(dòng)一個(gè)密碼子的距離。移位需要EF-G和GTP。4.肽鏈的終止與釋放:
釋放因子(releasefactorRF)能識(shí)別終止密碼子與終止密碼子結(jié)合。UAARF1orRF2終止密碼子
RF-1:識(shí)別UAA和UAGRF-2:識(shí)別UAA和UGARF-3:RF-3和GTP形成復(fù)合物,是一種GTP結(jié)合蛋白,可促進(jìn)核糖體與RF-1
和RF-2的結(jié)合。
5.多聚核糖體(polyribosome,orpolysome)
五真核生物與原核生物蛋白質(zhì)合成的差異真核細(xì)胞蛋白質(zhì)的生物合成與原核細(xì)胞相似,但過(guò)程更復(fù)雜,參加的因子更多。
1.核糖體:真核細(xì)胞核糖體更大,為80S,可解離成60S和40S兩個(gè)亞基。
2.起始tRNA:真核生物也有二種攜帶Met的tRNA,一種攜帶Met的tRNA為起始tRNA,即tRNAiMet,起始tRNA攜帶Met后,并不甲?;涣硪环N用于肽鏈內(nèi)部的tRNAMet。
起始密碼子:真核起始密碼子總是AUG,它的上游無(wú)SD序列,通常把mRNA上最靠近5ˊ端的AUG定為起始部位,40S核糖體與mRNA5ˊ一端的帽子相結(jié)合,向3ˊ一方向移動(dòng),以便尋找AUG密碼子,這過(guò)程要消耗ATP。
真核細(xì)胞的起始因子很多,到目前為止發(fā)現(xiàn)的至少有10種,命名為eIF-n,“e”代表真核,有eIF-1,eIF-2,eIF-2A,eIF-3,eIF4A、4B、4C、4D,eIF-5,eIF-6,其中eIF-2是最重要的一種,它是一種帽結(jié)合蛋白質(zhì)(cap-bindingprotein)它與GTP與起始tRNA結(jié)合形成三元復(fù)合物,起始翻譯。
4.起始因子:真核細(xì)胞的延伸因子為EF-1α和EF-1βr,相當(dāng)于原核細(xì)胞中的EF-Tu和EF-Ts。真核生物的EF-2相當(dāng)于原核生物的EF-G(EF-2能催化GTP水解,供能,推動(dòng)位移)。
真核細(xì)胞多肽合成的終止只有一種釋放因子eRF,可識(shí)別3種終止密碼子。
5.延伸因子和終止因子:蛋白質(zhì)合成總結(jié)需很多酶和輔助因子參加。需很多酶和輔助因子參加。折疊和加工終止密碼eRFGTP終止密碼RF-1,RF-2,RF-3GTP肽鏈的終止和釋放EF-1α,EF-1βr,GTP肽酰轉(zhuǎn)移酶EF-2,GTPEF-Tu,EF-Ts,GTPK+,肽酰轉(zhuǎn)移酶EF-G,GTP肽鏈的延長(zhǎng)(1)氨?!猼RNA的結(jié)合(2)肽鍵的形成(3)位移
起始密碼Met-tRNAiMet
eIF-1~eIF-6GTP,ATP起始密碼,SD序列fMet-tRNAIF-1,IF-2,IF-3GTP肽鏈起始氨酰—tRNA合成酶,ATP,Mg2+氨?!猼RNA合成酶,ATP,Mg2+aa的活化
真核生物所需因子原核生物所需因子過(guò)程(四)蛋白質(zhì)生物合成所需的能量:
若要合成100個(gè)aa組成的肽鏈要消耗多少能量?
aa活化1ATP(2個(gè)~鍵)起始1GTP(1個(gè)~鍵)延長(zhǎng)2GTP(2個(gè)~鍵)終止1GTP(1個(gè)~鍵)PPPP原核生物(五)肽鏈合成后的加工:
1.N端甲?;騈端aa的除去:
原核生物fMet-(aa)n
Met(aa)n
(aa)nor(aa)n-m
去甲酰基酶氨肽酶多數(shù)情況下,在肽鏈合成中,即當(dāng)肽鏈的N端游離出核糖體后,立即進(jìn)行去甲?;?。
真核生物N端Met常常在肽鏈的其他部分還未完全合成時(shí),就已經(jīng)水解下來(lái)。2.信號(hào)肽(signalpeptide)的切除
3.二硫鍵的形成:
4.氨基酸的修飾:
乙?;⒓谆?、磷酸化、羥基化、泛酸化、糖基化等
5.切去新生肽鏈中非功能所需的肽段:
如胰島素原→胰島素,胰蛋白酶原→胰蛋白酶,胰凝乳蛋白酶原→胰凝乳蛋白酶
6.高級(jí)結(jié)構(gòu)的形成:
蛋白質(zhì)的一級(jí)結(jié)構(gòu)決定高級(jí)結(jié)構(gòu),多肽鏈的折疊在肽鏈合成沒(méi)有結(jié)束時(shí)就已經(jīng)開(kāi)始(1)不需要分子伴侶(molecularchaperone)(2)需要分子伴侶
(六)蛋白質(zhì)的分揀(sorting)與定向輸送
多肽或蛋白質(zhì)合成后要送往細(xì)胞的各個(gè)部分,以行使各自的生物功能。
真核細(xì)胞質(zhì)核糖體合成的蛋白質(zhì)
胞漿內(nèi)質(zhì)網(wǎng)線粒體細(xì)胞核高爾基體溶酶體細(xì)胞膜分泌到胞外
原核生物如E.Coli合成的蛋白質(zhì)胞漿、質(zhì)膜、外膜、質(zhì)膜與外膜之間的空隙。
為了能準(zhǔn)確地運(yùn)送蛋白質(zhì),在進(jìn)化過(guò)程中每種蛋白質(zhì)形成了一種明確的地址標(biāo)簽(addresstarget),細(xì)胞通過(guò)對(duì)蛋白質(zhì)地址標(biāo)簽的識(shí)別進(jìn)行運(yùn)送,這就是蛋白質(zhì)的分揀或稱分選(sorting)。
蛋白質(zhì)的定向由蛋白質(zhì)N端特殊的aa序列——信號(hào)肽決定的,1975年Blobel和Dobberstein提出了信號(hào)肽學(xué)說(shuō)(signalpeptidehypothesis),由于Blobel在闡明蛋白質(zhì)的分揀與定向中所作出的杰出貢獻(xiàn),因而獲得了1999年諾貝爾醫(yī)學(xué)生理學(xué)獎(jiǎng)。
信號(hào)肽(signalorleadersequence):位于多肽鏈的N端,長(zhǎng)約15~30個(gè)氨基酸序列,大部分為疏水性氨基酸,接近N端有幾個(gè)正電荷的Arg和Lys。
信號(hào)肽識(shí)別顆粒(signalrecognitionparticle,SRP)SRP是一個(gè)RNA和蛋白質(zhì)組成的復(fù)合物,由7SLRNA和6種蛋白質(zhì)組成。
SRP受體(SRPreceptor):是一個(gè)二聚體蛋白質(zhì),由α亞
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