藥物靶點(diǎn)定位課件

通過網(wǎng)絡(luò)的推理來預(yù)測藥物靶標(biāo)相互作用和藥物重新定位：FeixiongCheng,ChuangLiu,JingJiang,WeiqiangLu,WeihuaLi,GuixiaLiu,WeixingZhou,JinHuang,andYunTang.PLoSComputBiol.2012May;8(5):e1002503.

報(bào)告人:10級導(dǎo)師:陳臨溪教授讀書報(bào)告

藥物靶相互作用（DTI）是藥物發(fā)現(xiàn)和設(shè)計(jì)的基礎(chǔ)。

但是傳統(tǒng)的方法來預(yù)測新的目標(biāo)既耗時(shí)也比較昂貴。

背景

因此，基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論，開發(fā)了三個(gè)新的推理方法來預(yù)測DTI和用于藥物重新定位：藥物為基礎(chǔ)的相似性推理（DBSI）目標(biāo)為基礎(chǔ)的相似性推理（TBSI）網(wǎng)絡(luò)為基礎(chǔ)的相似性推理（NBI）在NBI方法中，只使用已知DT二分網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的相似性，來預(yù)測未知DTI。圖1：酶；圖2：離子通道；圖3：G蛋白偶聯(lián)受體；圖4：核受體。性能基準(zhǔn)數(shù)據(jù)集上的比較10倍交叉驗(yàn)證測試中，由30個(gè)仿真倍的4個(gè)標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集的平均AUC：方法酶離子通道G蛋白偶聯(lián)受體核受體DBSI0.781±0.018

0.709±0.0250.755±0.0330.789±0.084TBSI0.903±0.0160.905±0.0180.745±0.0440.528±0.139NBI0.975±0.0060.976±0.0070.946±0.0190.838±0.087藥物靶標(biāo)相互作用的預(yù)測藥物重新定位的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證驗(yàn)證藥物靶標(biāo)相互作用的網(wǎng)絡(luò)可視化結(jié)果藥物靶標(biāo)相互作用的預(yù)測起先，在DT二分網(wǎng)絡(luò)，構(gòu)建了著名的藥物數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)提取DrugBank。這種藥理空間的全面映射，通過使用NBI的方法，使我們能夠預(yù)測老藥的新適應(yīng)癥。在藥物靶（DT）的二分網(wǎng)絡(luò)，其中藥物節(jié)點(diǎn)（圓圈）和目標(biāo)節(jié)點(diǎn)（方形）的灰色邊緣彼此連接。在polypharmacology的活動(dòng)，劑量-反應(yīng)曲線對雌激素受體（ER）和二肽基肽酶IV（DPP-IV）的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證用MTT法檢測，劑量-反應(yīng)曲線的抗增殖效力酮康唑（A）和辛伐他丁（B）對人體MDA-MB-231乳腺癌細(xì)胞株的效應(yīng)。與傳統(tǒng)的計(jì)算方法相比，NBI方法只利用已知的藥物-靶標(biāo)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)湫畔?，不需要任何藥物小分子或靶?biāo)蛋白的結(jié)構(gòu)信息，這是一大突破。

目標(biāo)疾病和疾病的基因關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)新開發(fā)的基于二部網(wǎng)絡(luò)的推理（NBI）在藥物的重新定位上可能是一個(gè)強(qiáng)有力的工具。

結(jié)論NBI只用DTI拓?fù)渚W(wǎng)絡(luò)相似性推斷出潛在的