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文檔簡介

16S （constantregion）?？勺儏^(qū)序列因細(xì)菌而異，OTU(operationaltaxonomic16SrRNA序列的相似OTU對應(yīng)于一個(gè)不同的16SrRNA序列，也就是每區(qū)由于16srDNA較長（1.5kb），考慮到 主要?QIIME ?OTU?Venn?Heatmap?(Alphadiversity)?(Betadiversity)?系統(tǒng)樹的構(gòu)建?Qiime的安裝(Qiime我的電腦為什么安裝不了Linux常見

主要?QIIME ?OTU?Venn?Heatmap?(Alphadiversity)?(Betadiversity)?系統(tǒng)樹的構(gòu)建?FASTQ數(shù)?EBI(?SRA(樣品信息#lD第一列必須是#SampleID第三列必須為LinkerPrimerSequence，為擴(kuò)增樣品的引最后一列必須是Description。每一個(gè)樣品不一樣的地方，必須不一樣?convertto?Readtooshortafterquality?N-- 使用referencebiomadd- 主要?QIIME ?OTU?Venn?Heatmap?(Alphadiversity)?(Betadiversity)?系統(tǒng)樹的構(gòu)建? 1.single_rarefaction.py------RarifytheOTUtable summarize_taxa.py------SummarizeTaxonomy常用的度量指標(biāo)有Chao1豐富度估計(jì)量（Chao1richness多樣性指數(shù)（Simpsondiversityindex）Chao1Chao1：是用chao1算數(shù)目的指數(shù)，chao1在種總數(shù)，由Chao Shannon-Wiener曲線，是利用shannon指數(shù)來進(jìn)行繪制的， 數(shù)量時(shí)的微生物多樣性。當(dāng)曲線趨向平坦時(shí)， Rank-Abundance unweightedweighted 序列的豐度納入考慮,主要?QIIME ?OTU?Venn?Heatmap?(Alphadiversity)?(Betadiversity)?系統(tǒng)樹的構(gòu)建?系統(tǒng)發(fā)生樹（英文：phylogenetictree或evolutionarytree）是表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物 nkBacteria;pcChlorost;oStreptophyta;f;g kBacteria;pcGprot

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