高通量測序技術(shù)在腫瘤防治研究中的應(yīng)用

高通量測序技術(shù)在腫瘤防治研究中的應(yīng)用吉因加Biomarker體系助力腫瘤臨床應(yīng)用與科研探索2015年8月醫(yī)學(xué)檢測實驗室全流程運營吉因加：專業(yè)于基因，專注于腫瘤2015年4月吉因加注冊成立2016年8月完成2億元A輪融資液體活檢領(lǐng)域A輪最高吉因加醫(yī)學(xué)檢驗實驗室質(zhì)量評價衛(wèi)生部臨檢中心室間質(zhì)評（NCCL）滿分單位美國病理家協(xié)會（CAP）認證：優(yōu)異成績通過BRCA、NGSST多次PT（能力驗證）歐洲分子基因診斷質(zhì)量聯(lián)盟（EMQN）：通過多次PT（能力驗證）吉因加Biomarker體系助力腫瘤臨床應(yīng)用與科研探索●●●

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早期腫瘤

晚期腫瘤免疫狀態(tài)基因狀態(tài)遺傳風(fēng)險基因惡性腫瘤體細胞突變基因C1021Onco-IR基因檢測對腫瘤的臨床實踐和科研探索有重大意義遺傳風(fēng)險評估？腫瘤早期局部晚期腫瘤晚期手術(shù)輔助治療復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移新輔助治療藥物治療靶向免疫療效評估輔助治療預(yù)測療效評估復(fù)發(fā)監(jiān)測療效評估耐藥監(jiān)測基因檢測廣泛應(yīng)用于腫瘤全病程管理更換治療方案C1021

產(chǎn)品介紹●●●

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fusionROS1

fusionBRAF

ActionalevariantsFrom

Gene+

dataJAMAOncol.2018May1;4(5):739-742.

EGFR伴隨突變預(yù)測患者療效與預(yù)后多基因檢測更好地預(yù)測EGFR變異患者的療效與預(yù)后吉因加NSCLC中EGFR及聯(lián)合突變分布EGFRactionable突變檢出以Ex19InDel和L858R為主（40%，36%）；其余涉及拷貝數(shù)變化、G719等初診肺癌樣本ALKROSRET組織9.33%(18/193)1.04%(2/193)1.04%(2/193)血漿6.22%(12/193)1.04%(2/193)1.04%(2/193)Intotal72.72%rearrangementsdetectedintissuealsoidentifiedincfDNA75%aredetectedincfDNA(FromFoundationMedicine)治療前的組織和血漿配對樣本樣本數(shù)目：193例吉因加數(shù)據(jù)非小細胞肺癌基因融合檢出情況Gene+數(shù)據(jù)癌癥類型NTRK融合發(fā)生率融合形式非小細胞肺癌1/1058NTRK3-KDM5A結(jié)直腸癌2/214LMNA-NTRK1ETV6-NTRK3胃腸道間質(zhì)瘤1/16TPM3-NTRK1腮腺癌1/4ETV6-NTRK3乳頭狀甲狀腺癌2/20NTRK1-TPM3頭頸部癌1/36ETV6:NTRK3腎細胞癌1/69AKAP13:NTRK3食管/胃癌1/200IGHMBP2:NTRK21021

panel檢出融合類型分布科研項目：發(fā)現(xiàn)14個NTRK融合（5種融合形式）吉因加1021panel全面準確檢測NTRK1/2/3融合，助力臨床精準篩選Larotrectinib獲益患者NatureReviewsClinicalOncology

11,

473–481

(2014)

MeachamCE,etal.Nature.2013Chabon

J,

et

al.

ASCOANNUALMEETING2016ElzaC.deBruin,etal.Science2014NGS技術(shù)可以平行檢測多種耐藥基因變異，有助于精細化指導(dǎo)后續(xù)治療和了解預(yù)后46%EGFR-TKIs耐藥突變呈現(xiàn)異質(zhì)性（多種耐藥基因并存）一代EGFR-TKIs耐藥機制異質(zhì)性在65%的患者中發(fā)現(xiàn)耐藥機制，涉及9個基因，21%患者存在多種耐藥機制三代TKIs耐藥機制更為復(fù)雜多節(jié)點監(jiān)測篩查EGFR-TKI耐藥原因耐藥機制復(fù)雜多基因多節(jié)點發(fā)現(xiàn)耐藥原因，及時調(diào)整治療方案非小細胞肺癌三代TKI耐藥機制回顧性研究，選擇接受osimertinib治療的患者（n=118）T790M消失（n=21）中,PIK3CA突變（n=2），MET擴增和小細胞轉(zhuǎn)化71名PD繼續(xù)osimertinib治療(n=42)停止治療（n=27）2.T790M保留（n=19）中，出現(xiàn)C797S/G和L792H（n=11），MET擴增（n=5）3.存在T790M胚系變異（n=2）；Osimertinib耐藥與多種機制有關(guān)，T790M的消失群組耐藥機制與EGFR肺依賴性突變相關(guān)；T790M保留群組耐藥機制與EGFR新增突變相關(guān)Gene+AZD9291耐藥患者（n=293）EGFR(-)T790M(-)

（n=66）EGFR(+)T790M(-)

（n=130）EGFR(+)T790M(+)（n=87）全面的NGS檢測為分析AZD9191治療耐藥機制提供可能。NCCN指南推薦TMB-H患者可免疫治療1021panel-TMB對PD-1/L1治療的療效預(yù)測價值From

Gene+

dataIIB-F1RSTstudyFMPanel-Atezo35.30n=12n=17<9≥980%EGFR

-

Cell.

2016Oct6;167(2):397-404.e9.NEnglJMed.2016Sep1;375(9):819-29.

存在IL7R和IGF1R基因的錯義突變Gene+基線數(shù)據(jù)庫ctDNA檢測可有效鑒別假性進展鑒別假性進展和真進展doi:10.1158/1078-0432.CCR-17-1341.ctDNA響應(yīng)與更好的PFS和OS相關(guān)“ctDNAresponse”:adropinctDNAlevelto<50%ofbaseline,withasecondsuccessiveconfirmatorymeasurementdoi:10.1001/jamaoncol.2017.5332C1021輔助療效監(jiān)測分析DXM-肺癌YCF-肺癌WZ-結(jié)直腸癌放療+PD-1抑制劑單獨靶向治療單獨化療北京胸科醫(yī)院，MDAderson，北京吉因加聯(lián)合發(fā)表22例小細胞肺癌患者活檢腫瘤標本及多個時間節(jié)點的血漿樣本治療前ctDNA主克隆豐度與患者無進展生存和總生存期相關(guān)豐度高的患者預(yù)后較差100%樣本檢出ctDNA（血液）檢測突變，且血液樣本檢出突變整體更多mTBIctDNA動態(tài)檢測與影像學(xué)檢測高度一致可作為小細胞肺癌患者動態(tài)檢測的手段mClonectDNA顯示在治療后新基因突變，集中于DNA修復(fù)和NOTCH信號通路，可能與小細胞肺癌化療耐藥有關(guān)中國人，18種不同癌腫類型（n=7363）NGS-62個癌癥相關(guān)基因GPVs為5.1%，卵巢癌最高27.6%，乳腺癌11.3%，結(jié)直腸癌8.3%，膀胱癌6.2%等NSCLC為2.5%，肝細胞癌為2.3%74%檢出GPVs患者可靶向治療胚系變異檢測可通過常規(guī)NGS檢測，檢出可能增加靶向治療的機會或遺傳風(fēng)險評估。遺傳風(fēng)險評估OncoDOncoMDOncoMRDOncoH確診分型腫瘤早期局部晚期腫瘤晚期手術(shù)輔助治療復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移新輔助治療藥物治療靶向免疫更換治療方案結(jié)直腸癌、卵巢癌、乳腺癌療效預(yù)測療效評估輔助治療預(yù)測療效評估復(fù)發(fā)監(jiān)測療效評估耐藥監(jiān)測1021基因panel吉因加Onco系列產(chǎn)品：個體化治療的全病程管理Onco-IR產(chǎn)品介紹●●●

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repertoire，IR)是指在任何指定時間，某個個體的循環(huán)系統(tǒng)中所有功能多樣性B細胞和T細胞的總和。群體組庫個體組庫遺傳影響年齡影響疾病影響免疫調(diào)節(jié)疫苗影響免疫組庫技術(shù)（Onco-IR)是一種將免疫系統(tǒng)和免疫反應(yīng)進行數(shù)字化研究的方法。OncoIR-Index精準預(yù)測肺癌免疫治療獲益免疫組庫檢測通過評價患者抗腫瘤免疫狀態(tài)，從免疫學(xué)角度預(yù)測腫瘤免疫治療療效。適用人群：肺癌患者獲益組DCB:

DurableClinicalBenefit非獲益組NDB：No

DurableBenefitOncoIR產(chǎn)品良好預(yù)測肺癌免疫治療獲益情況Gene+基線數(shù)據(jù)庫Gene+基線數(shù)據(jù)庫吉因加多指標聯(lián)合對PD-1/L1治療的療效預(yù)測多組學(xué)聯(lián)合檢測提高免疫治療的療效預(yù)測效率Diversity、ClonalityOLITMB、MSI、dMMR、HLA、耐藥/敏感變異PD-1/PD-L1表達Onco-IRC1021PD-L1-IHC可評價因素檢測指標檢測技術(shù)吉因加腫瘤大數(shù)據(jù)分析●●●

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2016Jul;48(7):740-6.Gene+基線數(shù)據(jù)庫Gene+基線數(shù)據(jù)庫臨床檢測數(shù)據(jù)基線計劃健康人篇晚期肺癌篇晚期乳腺癌篇晚期消化道腫瘤篇早期消化道腫瘤篇遺傳基線篇免疫基線篇婦科腫瘤篇早期肺癌篇早期乳腺癌篇泌尿系統(tǒng)腫瘤篇血液腫瘤篇Gene＋基線數(shù)據(jù)庫基因突變數(shù)據(jù)庫臨床解讀數(shù)據(jù)庫臨床信息隨訪數(shù)據(jù)庫Germline突變信息ctDNA突變信息突變數(shù)目TMB突變頻率mTBI克隆分析mCloneSignature分析免疫組庫信息公共數(shù)據(jù)庫診斷信息遺傳致病預(yù)測信息預(yù)后信息基礎(chǔ)信息癌癥類型影響結(jié)果用藥方案治療反應(yīng)療效變化TNM分期隨訪信息Gene+基線數(shù)據(jù)庫Gene+Online大數(shù)據(jù)在線服務(wù)平臺腫瘤基因大數(shù)據(jù)—推動學(xué)術(shù)產(chǎn)出+臨床轉(zhuǎn)化ctDNA技術(shù)驗證JMDctDNA動態(tài)監(jiān)測應(yīng)用NC胰腺癌免疫監(jiān)測應(yīng)用CCRPD-1治療療效預(yù)測CCR科研文獻34篇IF>10分5篇技術(shù)專利及軟著15項成功重大專項課題申報3項Oral&Poster&Abstract：2018ASCO（28篇）2017ASCO（9篇）/WCLC（3篇）癌癥研究方向治療方式晚期轉(zhuǎn)移腫瘤肺癌、乳腺癌ctDNA對肺癌EGFR-TKI、HER2陽性晚期轉(zhuǎn)移乳腺癌療效預(yù)測價值靶向藥物肺